基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

从212对SSR标记引物中筛选出48对引物,对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

基于SSR分子标记的普通菜豆种质遗传多样性分析

建立SSR-PCR反应体系对69份菜豆种质资源进行遗传多样性分析,并利用UPGMA法进行聚类分析及类群划分。17对SSR标记共检测获得等位变异位点55个,变幅2～5个,平均每对检测到标记3.24个;17对引物的多态性位点数17个,多态性百分含量100%。根据聚类分析结果：材料间遗传相似性系数（GS）变异范围0.392～0.963,平均值为0.659;在遗传相似系数0.67水平上将69份菜豆种子材料分为4个类群,说明普通菜豆种质遗传多样性丰富。     

23株酵母菌株遗传亲缘关系的SRAP分析

探讨酵母菌株间的遗传亲缘关系以及遗传多样性,为酵母菌株的分类和鉴定提供科学依据.利用44个SRAP(sequence-related amplified polymorphism)引物组合对23株酿酒酵母菌株进行聚类分析、主成分分析及遗传多样性的评价.结果表明,从160个SRAP引物组合中筛选得到44个多态性引物组合,共检测到529条DNA带,其中多态性条带有465个,多态性条带百分率为86.20％,平均每个引物组合产生多态性条带10.1个.各菌株遗传相似系数在0.531～0.813之间,平均遗传相似系数为0.671;根据UPGMA聚类分析,23株酵母菌种在遗传相似系数0.610处被分为两大类群,在遗传相似系数0.705处被进一步划分为6个亚类群.第Ⅰ大类又分为Ⅰ a(包括1、2、4、7、10、11、12、14和13号酵母菌株)、Ⅰ b(包括15、16、19、20和21号酵母菌株)、Ⅰ c(包括17和23号酵母菌株)及Ⅰ d(18号酵母菌株);第Ⅱ大类分为Ⅱa(包括3、8、9和6号酵母菌株)和Ⅱb(包括5和22号酵母菌株).主成分(PCA)分析结果与此一致.这也与形态及生理特性的分类基本相似.SRAP标记技术能很好地用于酿酒酵母遗传亲缘关系、菌种鉴定和分类的研究,是一种经济、有效和可靠的分子标记技术.     

酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立

以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分率为100%。利用NTSYSpc2. 10e软件进行遗传相似性系数分析,所有品种间的遗传相似系数变化范围在0. 71~0. 85之间,平均遗传相似系数为0. 76。通过非加权类平均法(unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0. 73处,将10个葡萄品种分成了2个类群,在一定程度上揭示了红白酿酒葡萄之间的亲缘关系。将扩增片段图谱按大小赋值后利用6对引物构建了酿酒葡萄分子身份证编码,可区分所有试材。同时,选择多态性高,重复性好的Vr ZAG79、Vr ZAG62、VVMD27、VVMD5和VVS2引物构建了酿酒葡萄品种的SSR位点荧光图谱,这为鉴定和检测葡萄品种及葡萄酒真实性和纯度提供了参考依据。     

2个甘蔗品种的遗传基础与核型分析

通过对2个甘蔗品种的遗传基础和染色体核型分析,研究其遗传组成源、染色体组成系统演化和血缘构成的基本特征。通过亲缘关系追溯分析,粤糖06-233和粤糖10-396这2个甘蔗品种的细胞资源均为班扎马新黑潭,其遗传组成源主要由热带种、割手密种、印度种和中国种组成。采用酶解去壁低渗法进行染色体数目与核型分析,粤糖06-233的染色体数2n=88,核型公式为K(2n)=88=82m+6sm,核型分类属于2C型;粤糖10-396的染色体数2n=106,核型公式为K(2n)=106=2M+98m+6sm,核型分类属于1B型。以上结果为甘蔗育种选配亲本提供遗传学和细胞学依据。     

43份葡萄种质遗传多样性的SSR分析

SSR(Simple Sequence Repeat,简单序列重复)标记技术被广泛应用于葡萄的品种鉴定和遗传多样性研究。本研究选取43份葡萄种质,采用6对SSR引物对供试品种遗传多样性进行了分析,构建了DNA指纹图谱,并根据遗传相似系数,采用非加权平均法(UPGMA)进行聚类分析,以期为品种鉴定和亲缘关系分析提供参考依据。结果表明,6对SSR引物共扩增出64个多态性位点,观测杂合度在0.74~0.84;利用获得的DNA指纹图谱,可以实现对葡萄品种的区分;聚类分析表明,在遗传相似系数为0.13时,全部供试品种被分为3大类,可以区分酿酒品种和鲜食品种,并能区分欧亚种和欧美杂种。研究结果表明,SSR标记可以从分子水平上有效区分葡萄品种和分析其亲缘关系。     

不同含油量甘蓝型油菜品种（系）的遗传差异分析

用SSR、SRAP和EST标记对40份含油量在43%以上和6份含油量在40%以下的甘蓝型油菜品种（系）进行含油量的遗传多样性分析。81对引物共扩增出192条多态性带,引物扩增位点多态性信息（PIC）值的变化范围为0.122～0.943,平均值为0.512。供试材料的平均遗传距离为0.409,变化范围为0.016～0.662,国外材料比国内材料显示出更远的亲缘关系,其中Hektor与7份材料间的遗传距离超过0.6,Sollux与15份材料间的遗传距离超过0.5。聚类分析显示：在相似系数为0.66处,供试材料被划分为5类;在相似系数为0.70处,供试材料被划分为9类;在相似系数为0.73处,46份材料被划分为18类。研究结果表明,高含油量供试品种间存在着较大的遗传差异,暗示它们可能含有增加含油量的不同位点;通过聚合这些可能的非等位位点,有望获得高含油量的油菜品种。     

烤烟种质资源遗传多样性和群体结构及亚群特异性研究

筛选多态性丰富的16对SRAP引物,对不同地理来源的276份烤烟资源的遗传变异进行分析,结果表明:16对SRAP引物共检测出611个等位位点,平均每对引物对38.19个,多态性较高;国外烤烟品种遗传多样性高于国内品种,贵州烤烟品种遗传多样性水平较低;NJ法聚类、PCA分析和STRUCTURE群体结构分析结果相互吻合,证明烤烟是与地理来源和亲缘关系密切相关的资源群,贵州烤烟资源形成了独立的组群,其遗传背景独特;各烤烟群体拥有独立的特有和特缺等位位点,群体间互补等位位点丰富,利用国外品种来拓宽国内烤烟品种的遗传基础最具潜力。     

吉林省绿豆种质资源遗传多样性SSR分析及指纹图谱构建

为分析吉林地区绿豆种质资源遗传多样性并构建DNA指纹图谱,明确吉林省绿豆资源遗传背景及品种真伪鉴定提供依据,以吉林省74份绿豆品种为材料,利用9对多态性丰富的SSR引物对其进行遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建。9对SSR引物共检测到40个等位基因,每对引物检测到2~9个,平均为4.44,PIC值变幅介于0.076 8~0.725 4之间,平均为0.45;品种间遗传相似系数变幅介于0.111 1~1.000 0之间,平均为0.499 0。遗传相似系数在0.6~1.0之间有1 159个,占全部数据的42.91%;UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.503 7的阈值处,可将74份绿豆材料分为三大类群,相同地理来源品种大多成簇分布;基于检测结果构建了0/1格式的DNA指纹图谱和分子身份证,为吉林省绿豆品种区分鉴别提供参考。吉林省绿豆品种间亲缘关系较近,遗传背景狭窄,遗传相似度较高,今后应加强种质资源引进与创新以丰富该地区绿豆资源遗传多样性;SSR指纹图谱及分子身份证的构建对绿豆品种真伪鉴定、溯源管理及原产地保护具有重要意义。     

应用SNP标记分析24份烟草品种的遗传多样性

为了阐明我国烟草主栽品种的遗传基础,利用烟草高密度SNP芯片技术对24份烟草品种进行全基因组扫描,并分析其遗传多样性。在筛选获得的纯合SNP位点中,多态性位点达到103 133个,基本覆盖烟草基因组。品种间遗传相似系数介于0.308 6~0.997 7之间。聚类分析结果,将24个品种划分为不同类群,反映出这些烟草品种间的亲缘关系远近。结果显示,SNP芯片能够在全基因组水平上获得不同烟草品种间的多态性信息,可用于品种间的遗传多样性分析。烟草主栽品种间的亲缘关系较近,在育种中迫切需要引入新的种质资源,以拓宽遗传背景。