基于网络嵌入的癌症性状hub基因发现

研究影响癌症性状的hub基因时存在如下问题：仅关注强相关性基因进行基因信息处理,缺少对弱相关性基因和不同基因模块间共表达性的研究;仅采用度中心性判断hub基因进行分析基因网络,对蕴含数据挖掘不够全面.本文提出基因模块标签信息游走的图嵌入算法Gene2vec.选取合适软阈值,保留更多弱相关性的基因信息.联合不同种类但与性状高度正相关性的基因模块,构成基因模块共表达网络.针对传统加权基因共表达网络分析方法与图嵌入方法挖掘基因模块网络信息存在的问题,利用标签参数与其他参数调节基因模块网络中的随机游走过程,分析游走生成的节点序列以挖掘基因网络的信息.实验表明,Gene2vec在hub基因的检出率上优于其他算法,得到的hub基因在癌症性状中的基因表达量高于常用生物学方法得到的hub基因.     

基于复杂网络的时延基因调控网络构建

 借鉴复杂网络的分析思想和方法,采用规范化Laplace矩阵和K均值聚类法对基因调控网络进行多社团划分,同时给出每个社团内部和社团之间基因的相互作用情况.另外,为反映基因之间真实的相互作用过程和提高建模精度,在社团划分之前,采用时间序列谱分析法对基因表达时延进行精确估计.酵母细胞周期基因调控关系分析的实验结果表明,本文所提方法能更准确地反映基因之间的相互作用过程和提供基因调控模型的细节.     

信息熵在基因调控网络构建中的应用

目的:基于基因表达的时空特性,寻求一种新的描述基因表达调控网络的方法.方法:用信息熵确定属性权重,对各时间点进行加权聚类:根据信息熵相关系数,得到信息熵相关系数,用于基因之间的调控关系的描述.结果:得到各基因之间的调控矩阵,并用图像可视化.结论:用信息熵确定属性权重,对各时间点进行加权聚类,这种方法根据客观数据计算权重,消除了人为主观因素的影响.     

用多时延信息论构建基因调控网络

最近涌现出大量基因调控网络重构的模型和方法,但是都没有涉及到基因数据尺寸大小对算法精度的影响问题。文中研究了基因数据尺寸大小对信息论方法构建基因调控网络精度的影响,实验表明基因调控网络构建的精度会在一定数据尺寸规模下达到一个稳态。为了克服互信息的一些缺点,引入文中多时延互信息值来计算两个基因之间的调控关系,所构建的基因调控网络取得了很好的查全率和查准率。并应用它对两个真实的生物分子网络进行重构,结果表明基于多时延的策略下,所构建的基因调控网络取得了很高的特异度和精确度。     

一种构建基因调控网络的混合算法

基因调控网络的重构是系统生物学一个热门研究领域,其中条件互信息是一种很实用的方法。文中提出一种基于条件互信息和爬山搜索策略相结合的混合算法,并应用于大量的基因表达数据,结果证明能提高基因调控网络构建的精确度。条件互信息可以确定变量之间的条件独立性,既可以识别变量间线性关系,也可以识别变量间的非线性关系。这种方法使用打分搜索策略来确定变量X或者Y的邻接点。在有n个变量和n个样本的DREAM数据集以及包含9个变量和9个样本的大肠杆菌数据集中,应用文中方法进行仿真测试,结果显示文中方法能提高基因调控网络的构建精度。     

基于概率布尔网络的基因调控网络研究及应用

几乎所有的生命活动都受基因调控网络的影响,对基因调控网络的研究可以让人们从基因层面认识人类的生命活动。癌症在我国的发病率和死亡率日益上升,严重威胁了人类健康。文章在基因调控网络的基础上,以癌症的研究为例,在原有的布尔网络的基础上,通过引入更适合生物体内复杂环境的概率布尔网络,对癌症网络进行分析和预测,减少由于布尔网络的确定性产生的错误规则。     

构建基因调控布尔网络及其动态分析

利用互信息理论和布尔网络共同建立基因调控网络模型,并且通过举例说明该方法,用此方法相应地可推导出多个基因决定某个或多个基因的表达值的逻辑规则,根据得到的逻辑规则建立基因电路网络,再对得到的基因逻辑电路网络依据分析逻辑电路网络的方法建立基因调控网络动态转换,从而分析基因间的调控关系.     

基因调控网络模型研究综述

基因调控网络的研究从基因之间相互作用相互影响的角度道出的生命现象,既是现在生物信息学研究的前沿,又是研究功能基因组学的主要内容。本论文主要论述了基因调控网络模型研究的目的意义,介绍了主要几种模型的研究现状,同时介绍基因调控网络发展过程中存在的一些问题。这类看法也能够用在指导生物实验室的相关研究,应用可以扩散到医学领域,在生物信息学分子层面开发靶基因能够最大影响药物的作用。     

基于中值的JS散度可变剪接差异分析研究

可变剪接是一种广泛存在于生物体中造成蛋白质多样性的重要机制,它对细胞的增殖、分化、发育、凋亡等一系列重要的生物过程具有重要精细调控的作用。近年来,人们发现多种复杂疾病的产生往往伴随着剪接异构体的紊乱表达。为了研究剪接异构体在整体分布上的差异,该文提出一种基于中值的JS散度可变剪接(AS)差异分析方法。结果表明,该文的方法能够发现大量在剪接异构体整体分布上具有显著差异的基因。这些基因不仅富集在一些癌症密切相关的通路,而且也富集在一些基于可变剪接调控的信号通路、细胞分裂过程和蛋白质功能等通路。此外,与基因层次的差异分析相比,可变剪接显著差异的基因在生存分析方面也具有更好的性能。总之,该文提出基于中值的JS散度可变剪接差异分析方法,将为进一步揭示可变剪接在癌症中的机制奠定基础。     

信息论在基因调控网络中的应用

研究表明,基因大都不是独立存在的。一个基因表达,会促进或抑制另一个基因的表达;当因为一个基因的表达而改变了细胞的生化环境后,又会影响一系列基因的表达。同时,基因的表达还存在许许多多的反馈。为了研究基因之间的相互关系,科学家建立了基因调控网络。网络的建立有很多方法,如向图法、布尔网络法、贝叶斯网络法和微分方程法。但由于基因网络是个复杂的非线性网络,数学描述方法将会非常复杂,而且满足同一功能的基因系统可能存在不同的网络结构。随着信息技术的发展,香农在20世纪提出了信息论,利用互信息量来描述数据与数据之间的联系,为研究大量数据提供了新的理论。文章从信息论出发,利用互信息建立基因之间的联系。     

职业性尘肺伴发肺癌的超微病理研究

本文报告了２８例尘肺伴发肺癌的病理组织学及超微结构改变，一般特点是：发病年龄偏早，有中度以上吸烟史，预后差。病理特点是全部病例除尘性病变外均有支气管树上皮的慢性损害（变性和增生），肺内纤维化病变周围的肺泡上皮增生。２８例肺癌的光、电镜诊断符合率为３９．３％，不符合占６０．７％，电镜诊断结果为：单纯鳞癌４例、单纯腺癌３例，单纯Ａｐｕｄ肿瘤１例，单纯间皮瘤２例、鳞腺混合癌１０例，鳞癌和Ａｐｕｄ瘤混合３     

人白细胞介素12双亚基共表达pVAX1-IRES-hIL12载体的构建与表达

目的构建下游可以共表达人白细胞介素12(hIL12)双亚基的双顺反子真核表达载体pVAX1-IRES-hIL12。方法通过搭桥PCR获得人白细胞介素12P35及P40双亚基的融合基因P35-F2A-P40,插入DNA疫苗载体pVAX1-IRES的下游,瞬时转染293-T细胞,ELISA检测融合基因的表达。结果酶切鉴定和序列分析表明融合基因与设计完全一致,融合基因在体外细胞培养液检测中获得分泌表达。结论该载体的成功构建可以为肿瘤基因疫苗研制提供免疫增效载体。     

PHP技术支持的基因数据库Web平台构建

在计算机网页设计中,PHP是一项重要的应用技术。利用PHP技术开发设计算机网页平台,不仅可以加快开发与设计构成的速度,还能够是的网页操作更简便。由此可见,PHP具有较大的应用优势。本文就PHP技术对基因数据库Web平台的构建进行简单的分析,以期能够进一步了解PHP技术的应用。     

脑转移肺癌的超微病理研究

本文应用电子显微技术研究7例肺癌脑转移活检组织的超微病理形态特征,其中腺癌3例,鳞癌1例,神经内分泌癌1例,肺泡细胞癌1例,另1例细胞学分类不清.电镜下肺腺癌细胞表面有疏密不一的微绒毛,胞浆内有典型的微腺腔,相邻癌细胞胞膜之间可见细胞连接;肺神经内分泌癌在胞浆内有大小不一,多少不等的核心致密的神经内分泌颗粒;肺泡细胞癌在细胞表面有微绒毛,胞浆内可见Ⅱ型肺泡上皮细胞特有的嗜锇板层体;鳞状细胞癌在相邻癌细胞膜表面可查见桥粒-张力原纤维复合体和胞浆内的张力原纤维.上述脑内转移性肺癌的电镜超微结构特征对临床病理诊断和鉴别诊断具有重要意义.     

肺癌组织的红外光谱研究

应用傅里叶变换红外光谱法对肺癌及癌旁正常组织粉末样品进行了分析,结果表明, 肺癌组织和癌旁正常组织的红外光谱表现出较大的差异性: N2H峰在肺癌组织中向低波数频移, 1536cm- 1处蛋白质酰胺Ⅱ带与1169cm- 1处蛋白质分子C2OH伸缩振动谱带在肺癌组织中向高波数频移; CH2 和CH3 的相对强度比值I2854 / I2872及I2929 / I2959在正常组织中的比值要比肺癌组织中的比值明显减小;肺癌组织中核酸分子磷酸二脂基团PO2- 的对称伸缩振动的相对吸收强度明显增强;正常组织中脂类分子弯曲振动谱带吸收峰相对强度明显强于甲基变角振动谱带的相对强度,而在肺癌组织中这两处吸收峰的相对强度大小基本相等。说明傅里叶变换红外光谱法可用于对良、恶性肺部组织进行鉴别诊断,有希望发展成为肺癌快速诊断的一种新方法。     

基于基因表达式编程的移动通信网络性能指标预测

移动通信网络性能指标的准确预测对移动通信行业有着极其重要的意义。将基因表达式编程(GEP)技术引入移动通信网络性能指标分析领域,提出了基于GEP的网络性能指标预测模型GEP-WirelessAP。对某市电信公司的全年AP利用率记录进行了时间序列分析试验,并进行了预测检验和结果分析。实验结果表明,GEP-WirelessAP模型有效地避免了传统预测方法的盲目性,从而使预测效果更加客观、有效。     

基于改进残差网络和动态ReLU肺癌病理图像分类

为实现肺癌病理图像的准确分类,提出一种基于双重注意力和动态ReLU的残差网络DrANeT,在网络模型中嵌入CBAM双重注意力机制,提高网络提取有用特种图的能力;使用动态ReLU替换网络中所使用的普通ReLU,可以根据不同特征图自动调整参数,提高模型性能。实验结果表明,该网络模型在肺良性图像、肺腺癌图像和肺鳞状细胞癌图像准确率分别达到100.00%、99.96%、99.96%,整个数据集准确率达到99.96%。因此,表明本实验所改进的网络模型可以有效地提高肺癌病理图像分类的准确率。     

肺癌切片的拉曼光谱分析

应用激光显微拉曼光谱法对肺癌变及癌旁正常组织冰冻切片进行了分析研究.结果表明:正常肺组织切片的1392cm-1附近的C-H变形振动在癌变组织光谱中向高波数移动约6cm-1;1523cm-1脂类类胡萝卜素的C=C振动谱带在癌变组织光谱中向高波数移动约3cm-1;在正常组织中1610cm-1处谱带的强度明显强于1526cm-1处谱带的强度,而在癌变组织中则正好相反.说明肺部正常和癌变组织的激光显微拉曼光谱有显著差异,这些差异有可能成为组织癌变的判据.     

网络数智运营体系构建的相关思考

数字化转型是社会经济发展新引擎.作为赋能全行业升级的新型数字信息基础设施的缔造者和运营者,运营商首先要做好自身数字化转型,促进网络运营和生产经营数字化和智能化.聚焦网络数智运营体系的建立,从实施举措、生产要素构建、注意事项等方面进行了系统论述,并结合中国联通数字化能力现状及使命要求,阐述了网络线数智运营工作开展思路.     

应用FTIR技术对肺癌疾病的研究

我们运用傅里叶变换红外光谱技术对15例肺癌及其癌旁正常组织进行了测定。结果表明,正常和肺癌组织的FTIR光谱存在着显著差异。主要集中在磷酸单脂和二脂基团,膜脂质末端甲基和亚甲基振动,蛋白质酰胺Ⅱ带和酰胺Ⅰ带及蛋白质分子丝氨酸,苏氨酸,酪氨酸残基的C-O（H）振动等。实验结果说明,FTIR技术可以成为诊断肺癌疾病的一种快速方法。