Cyt b和12S rRNA基因进化速度对构建系统进化树的影响

[目的]论证线粒体Cyt b和12S rRNA基因不同进化速率影响构建的系统树拓扑结构.[方法]从CenBank下载了蛇亚目12科15种蛇线柱体全序列,提取Cyt b和12S rRNA基因序列,选用GTR+I+G核苷酸替代模型,基于最大似然法,用PAUP4.0软件分别构建2个基因的系统关系树.[结果]在选用相同的软件、建树方法和研究物种的情况下,构建的系统树拓扑结构差异主要是因为线粒体Cyt b和12S rRNA基因进化速率不同产生的.[结论]在分子系统进化研究中,要针对不同的研究物种和研究目的,选择合适的基因构建系统进化树.     

6种模式生物热休克蛋白70家族的进化分析

[目的]研究柄海鞘和其他5个物种的热休克蛋白70家族的系统发育关系.[方法]通过在Ensembl中下载与筛选,获得柄海鞘和其他5种生物的热休克蛋白70家族的氨基酸序列,对其进行系统发育树和基因结构分析,并阐明其系统发育关系.[结果]经过筛选,共获得了来自线虫、果蝇、柄海鞘、斑马鱼、家鸡和人类6种生物的热休克蛋白70家族的33个氨基酸序列,其中25个具有明确的基因结构.系统发育分析表明,系统发育树并未完全按照来源物种聚类;6种生物热休克蛋白70的氨基酸序列相当保守,但其内含子插入位点并不整齐,表明热休克蛋白70家族是一个多基因、多结构的家族.[结论]这6个物种均发生了基因复制事件,新产生的基因仅仅是冗余的存在,还是具有新的功能,仍需作进一步的研究.     

薯蓣皂苷糖苷酶基因的克隆及同源性分析

[目的]从分子生物学水平上研究Absidia sp.G3d产薯蓣皂苷糖苷酶,对该酶基因CDS区的序列进行调取和分析.[方法]根据薯蓣皂苷糖苷酶的N端序列设计简并引物,以总RNA为模板进行RT-PCR调取cDNA,然后采用3RACE和5RACE技术,调取CDS区基因全序列.[结果]测序得到序列长度为1 497 bp.该基因的同源性比较分析表明,薯蓣皂苷糖苷酶基因与α-鼠李糖苷酶没有同源性,与α-淀粉酶的基因序列具有很高的同源性,达到93%以上.[结论]蛋白质结构存在差异,酶反应特性不同.     

BIOLOG自动微生物鉴定系统在水产动物病原菌检测中的应用

[目的]了解BIOLOG自动微生物鉴定系统对水产动物病原菌鉴定结果的可靠性,为水产动物细菌性疾病的诊断提供参考.[方法]选用BIOLOG自动微生物鉴定系统对9株分离自发病水产动物的病原菌进行鉴定,同时采用16S rDNA序列分析对其中的4株进行鉴定,比较2种鉴定结果的符合率.[结果]采用自动微生物鉴定系统对9株病原菌进行鉴定均取得良好结果,采用16S rDNA序列分析对4株病原菌进行鉴定的结果与应用自动微生物鏊定系统所得结果完全一致,二者符合率为100%.[结论]应用BIOLOG自动微生物鉴定系统对水产动物病原菌进行鉴定具有操作简便、快速、准确等特点,是实验室鉴定水产动物病原菌的一种可行方法.     

新疆阿拉尔垦区猪嗜血支原体PCR检测方法的建立

[目的]掌握阿拉尔垦区猪嗜血支原体的流行现状.[方法]根据GenBank上发表的猪嗜血支原体16S rRNA基因组序列(U88565)设计1对特异性引物,对采自新疆阿拉尔垦区的样品进行PCR扩增,并将其产物克隆到pBR322载体后测序.[结果]扩增出的片段为0.836 kb.同源性分析结果表明,该序列与猪嗜血支原体参考基因组序列同源性为99.47%,反映出我国分离株与国外株基因同源性较高.[结论]建立了一种猪嗜血支原体PCR检测方法,该方法为猪嗜血支原体病的快速诊断及流行病学调查提供了新的手段,并为相关基因的表达及功能研究奠定了基础.     

小麦NBS类序列的分离与特征分析

[目的]获得小麦近等基因系TcLr24中NBS类抗病基因同源序列.[方法]利用已克隆植物抗病基因NBS序列中的保守结构"P-loop"和"GLPL"合成简并引物,以小麦近等基因系TcLr24基因组DNA为模板进行PCR扩增.[结果]得到13条具有连续ORF的抗病基因类似物序列,包括P-loop、Kinase-2、Kinase-3a、GLPL抗病基因所共有的保守结构,相应推测的氨基酸序列间的相似性系数在36.1%～98.3%,同时对分离的RGAs的氨基酸序列和5个已克隆植物NBS的氨基酸序列进行聚类分析表明,与Xal、RPS2亲缘关系较近,而与Lr21亲缘关系较远.[结论]TcLr24中NBS类RGAs可能会有与Lr21不同机制的抗病功能.     

茶园原生动物群落结构与土壤质量评价

[目的]分析城固茶园土壤原生动物群落结构,评价茶园土壤质量.[方法]物种鉴定采用活体观察和固定染色法.[结果]共鉴定出土壤原生动物6纲16目29属39种,其中包括4个未定名种.[结论]城固茶园土壤原生动物群落结构简单化,土壤质量属中度污染.     

固原鸡线粒体基因组ATPase 8基因的克隆及序列分析

[目的]扩增固原鸡(白羽、麻羽、红羽)、肉鸡品种AA鸡及蛋用品种罗曼鸡线粒体ATPase 8(ATP酶第8亚基)基因.[方法]从鸡血液中提取基因组DNA.然后,利用已经公布的鉴别检测鸡的源性成分的特异性引物,PCR扩增线粒体ATPase 8基因并测序.[结果]固原鸡不同品系和AA鸡的ATPase 8基因全序列为165 bp,罗曼鸡为168 bp.[结论]不同品系固原鸡的ATPase 8基因序列与罗曼鸡和AA肉鸡均有较高的同源性,但是与鹌鹑、鹧鸪、鸵鸟、鹅、火鸡的同源性相对较差.     

鸡催乳素受体基因的多态性分析

[目的] 研究PRLR基因对鸡就巢和产蛋性状的影响.[方法] 设计10对引物,采用PCR-SSCP方法,扩增了旧院黑鸡、固始鸡、山地乌骨鸡以及新扬州鸡PRLR基因部分外显子及邻近内含子序列.[结果] 检测到4个多态位点,分别为外显子3处的SNP1(A10862G,位于5'-UTR)、外显子6处的SNP2(A25670G,为同义突变)、内含子8处的SNP3(G30716A)以及外显子10处的SNP4(A31900G).卡方独立性检验结果发现,4个多态位点不同基因型在4个群体间的分布差异极显著(P<0.01). [结论] PRLR基因可能是影响鸡就巢和产蛋性状的一个主效基因.     

抑制消减杂交技术筛选鹅产蛋期差异表达基因

[目的]鉴定筛选鹅产蛋与就巢差异表达基因.[方法]应用抑制消减杂交技术构建鹅产蛋与就巢鹅卵巢组织双向cDNA文库,获得差异表达基因.[结果]从双向文库随机挑选单菌落进行PCR验证,结果表明文库质量良好.选取654个阳性克隆进行测序分析,获得641条表达序列标签(ESTs).对ESTs进行去除载体序列、质量检测、聚类及拼接,经Blast比对,有166条ESTs找到与之匹配的同源序列,其中92个是功能基因.[结论]比较就巢与产蛋SSH文库,发现产蛋特异性基因文库中参与物质能量代谢、细胞防御的基因较多,而在就巢SSH库中参与细胞凋亡、信号转导及细胞结构的基因出现频率较高.该结果对进一步研究鹅卵泡发育及繁殖力分子标记筛选打下了基础.