HIV-1 gp41蛋白与其抑制剂NB-2的结合模式

为了设计以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂,采用分子对接、分子动力学模拟及自由能计算方法研究了gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法,通过改造NB-2的结构,设计了有效的gp41选择性抑制剂,并用分子对接方法评价了这些新化合物的结合模式和能力.从分子对接结果得到2种主要的NB-2与gp41的结合模式.分子动力学模拟和自由能计算结果表明,结合模式1优于模式2,所以模式1是比较合理的结合模式.从结合模式1出发设计了103个新的化合物,这些化合物具有已知gp41抑制剂所没有的结构特征且大部分化合物比NB-2与gp41的结合自由能低.得到的结合模式合理解释了NB-2与gp41的相互作用.     

具有Beddington-DeAngelis感染函数的时滞HIV-1模型稳定性

利用特征方程和稳定性理论,研究了一类具有Beddington-DeAngelis感染函数的时滞HIV-1模型的动力学性质,得到了无感染平衡点全局稳定和感染平衡点局部渐近稳定的充分条件.     

阻断HIV-1进入细胞的抑制剂研究

为了解决HlV-1病毒耐药的难题,研究阻断病毒进入细胞的抑制剂是一个重要途径,通过对近年来国 内外学者在阻断HIV-1病毒进入宿主细胞的抑制剂方面所发表的文献进行分析,概述了阻断HIV-1病毒进入宿主细胞的抑制剂的研究进展．阻断病毒进入细胞的抑制剂具有强大的抗逆转录病毒作用,它的优势在于可以对抗目前所有的HIV-1耐药毒株,它分为阻断病毒与细胞吸附的抑制剂、阻断病毒进入的抑制剂及阻断病毒与细胞融合的抑制剂．提出了研究抑制剂时可考虑的几个不同靶点．     

HIV-1抑制剂依曲韦林的合成

为了解决依曲韦林(Ⅰ)目前合成工艺中普遍存在的成本高问题,采用Joshi-Maikap合成策略以更佳的工艺条件合成得到Ⅰ:原料2,4,6-三氯嘧啶(Ⅱ)和3,5-二甲基-4-羟基苯腈(Ⅲ)在N,N-二异丙基乙胺作用下于1,4-二氧六环中发生嘧啶环C-4亲核取代反应得到中间体Ⅳ,收率为82.3%;Ⅳ与对氨基苯腈于N-甲基吡咯烷酮中发生嘧啶环C-2亲核取代反应得到中间体Ⅴ,收率为61.7%;Ⅴ与氨水于1,4-二氧六环中发生嘧啶环C-6亲核取代反应得到中间体Ⅵ,收率为84.5%;Ⅵ与液溴于二氯甲烷中发生溴代反应得到Ⅰ,收率为81.3%.四步反应的总收率由文献报道的30.4%提高到34.9%.中间体和产品的熔点、质谱和核磁数据均与文献报道数据吻合.     

DFT和ABEEM方法研究HIV-1 PR活化位点的化学性质

应用密度泛函理论计算并研究了HIV-1 PR活化位点的硬度、软度、化学势和电负性,分析了酶-水络合物、酶-抑制剂络合物及酶-抑制剂-水络合物的性质.在密度泛函方法研究的基础上,应用原子-键电负性均衡方法(ABEEM)计算研究了活化位点的电荷分布和Fukui函数值,分析了活化位点的化学性质,本研究也支持HIV-1PR的水解反应应有水分子的参与.     

抑制剂PMI与MDM2结合模式的分子动力学研究

p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标.采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了肽类抑制剂PMI与MDM2的绝对结合自由能,通过基于残基的自由能分解方法计算了MDM2的各残基与PMI的相互作用.结果表明:CH-π、CH-CH和π-π相互作用驱动了PMI在MDM2疏水性裂缝中的结合;相关矩阵的计算表明PMI在一定程度上诱导了MDM2内部的相关运动.     

一株芽孢杆菌BLYS-1蛋白酶性质的研究

提取了一株芽孢杆菌BLYS-1蛋白酶,探讨了pH值、温度、有机溶剂、金属离子、氧化剂和EDTA等对其的影响.研究发现,该芽孢杆菌蛋白酶具有一定酸碱耐受性和抗氧化性,在pH值5~8时活性较高,最适宜pH值为7,最佳反应温度为50℃,70%饱和度的硫酸铵可使其完全沉淀.吐温-20和异丙醇、变性剂SDS、金属离子Sn2+、Ca2+、N i+对蛋白酶抑制作用较大,Mg2+、Zn2+等对其有促进作用.以干酪素为底物,测得该酶动力学参数Km为2.53 g/L,Vmax为6.67μg/s.     

酵母细胞表面展示HIV-1 gp41用于血清中抗体的检测的研究

以Hexa-His和Flag为标签,利用酵母表面展示技术将HIV-1囊膜蛋白gp41展示于酿酒酵母(Saccharomycws cerevisiase)细胞MT8-1表面.流式细胞测定结果表明His标签成功展示于重组酵母细胞MT8-1/pICAS-His和MT8-1/pICAS-His-gp41表面;活性的gp41成功展于重组酵母MT8-1/pICAS-His-gp41表面,荧光显微镜观测结果表明了这一点;Flag标签可以在TM8-1/pICAS-Flag表面检测到,但Flag和gp41均不能在MT8-1/pICAS-Flag-gp41表面检测到活性.利用展示在酵母表面的gp41蛋白建立酵母细胞CbELISA体系,可成功用于检测单克隆抗体,其浓度达到了10 ng/mL,此体系可用于检测血清中的抗体.     

食品蛋白质与风味物质的结合作用

蛋白质本身风味很弱 ,但是它能够通过结合或吸附风味成分而影响食品的风味 .风味化合物的化学性质 ,温度 ,食品蛋白质的解离状态、结构及其加工状况决定着蛋白质和食品风味物质之间相互作用程度 .本文旨在论述蛋白质变性剂 (尿素 )、热变性、化学改性等因素对食品蛋白质与风味物质结合作用的影响     

低温碱性蛋白酶高产菌株的选育与发酵条件研究

利用实验室保藏的枯草芽孢杆菌为出发菌株,采用紫外诱变进行选育,得到1株低温碱性蛋白酶的高产菌株,编号为B.Sub3.采用摇瓶液体发酵方式,考察碳源、氮源等营养条件及温度、发酵时间等发酵条件对发酵的影响,结果表明以上因素对低温碱性蛋白酶的生产均有影响.在单因素基础上设计4因素3水平的正交实验,确定B.Sub3的最佳发酵条件为：葡萄糖5 g/L,蛋白胨5 g/L,酵母粉3 g/L,pH=8.0,接种比例为5%,50 mL三角瓶装液量为20 mL,32℃发酵28 h,发酵液的低温蛋白酶活力为2 231 U/mL     

基于特征选择和支持向量机的HIV-1型蛋白酶剪切位点预测

为了提高HIV-1型蛋白酶剪切位点的预测准确性,提出一种基于特征选择和支持向量机的剪切位点预测模型。首先,通过对5830个样本的HIV-1型蛋白酶剪切位点数据集进行分析,根据最小冗余最大相关理念,采用可自动终止法选择剪切位点的特征向量;然后,将特征向量输入到支持向量机进行学习和训练,建立HIV-1型蛋白酶剪切位点的分类模型;最后,采用Matlab 2014的仿真工具箱进行仿真测试。实验结果表明:本文模型在特征最少的条件下,剪切位点预测精度优于参比模型及文献报道,且所选择的特征向量具有较好的可解释性及生物学意义。     

流域内森林土壤蓄水功能的研究

对研究流域内不同森林类型下的土壤和耕地进行野外调查和实验室分析,划分流域内不同林型和耕地土壤的蓄水能力,并分析了流域内湿地的水源涵养功能.研究成果指导流域内现有森林的合理经营,进而增强流域内森林水分调节功能.     

地铁隧道施工对管线的影响研究

利用三维弹塑性有限元法模拟了隧道施工过程中,管线的动态响应,通过数值模拟分析、现场量测的地表沉降值的对比分析可知,二者的数据基本吻合,论证了文中分析结果的合理性和可靠性,并对施工期间管线的安全性做出了评价,为该工程顺利实施提供了理论依据和指导作用。     

地铁隧道施工对管线的影响研究

利用三维弹塑性有限元法模拟了隧道施工过程中,管线的动态响应,通过数值模拟分析、现场量测的地表沉降值的对比分析可知,二者的数据基本吻合,论证了文中分析结果的合理性和可靠性,并对施工期间管线的安全性做出了评价,为该工程顺利实施提供了理论依据和指导作用.     

S-1360引起HIV-1整合酶多位点耐药突变的机理

为了探讨二酮酸类药物引起整合酶的耐药性机制,选取S-1360存在下产生的HIV耐药突变株TEQ:[T661,E138K,Q146K]和TLAEQSKVV:[T66I,L74M,A128T,E138K,Q146K,S153A,K160D,V1651,V2011]进行了分子动力学等计算机模拟研究.结果表明,S-1360引起IN产生耐药性与Loop区及Loop2区的柔性有关,并且耐药突变导致Helix4和Loop区相连处的结构发生变化.     

偶联剂TC—114对环氧树脂E—44／DDM固化的催化作用

用FTIR“原位”技术 ,得到E - 4 4环氧树脂 15 0℃下的固化曲线。结果表明 ,固化度提前 7min左右达到 70 % ,因此 ,Tc- 114的存在加速了环氧树脂固化反应的进行     

方解石表面结构影响水分子吸附的微观机理

为研究方解石表面结构对水分子吸附的影响规律和机理,首先利用分子动力学模拟研究水分子在不同类型、不同尺寸的表面结构处的吸附特征,分析其对水分子吸附的影响规律. 而后利用分子动力学模拟研究水分子在发育表面缺陷的纳米狭缝中的吸附规律,解释纳米狭缝中的水锁现象. 最终,结合悬键特征和表面能理论定量解释水分子在不同表面结构处差异性吸附的机理. 研究结果表明:表面结构对于水分子吸附具有重要影响,水分子优先在表面结构处聚集吸附,吸附强度与密度远高于理想表面处; 表面结构的尺寸对水分子吸附有较大影响,尺寸越大对水分子吸附越强;纳米狭缝中水分子在表面凸起和空位处快速聚集,形成的吸附凸起结合为水膜阻断流动空间,水锁作用明显;空位表面、凸起表面和理想表面对应的悬键密度和表面能依次为7.275 nm^-2和0.734 J/m²、6.716 m^-2和0.721 J/m²、5.098 nm^-2和0.581 J/m². 空位表面和凸起表面具有更多的反应活性位点、更强的反应活性,因此,水分子优先吸附于空位表面和凸起表面.     

潭头盆地恐龙化石埋藏层位古气候和物源分析

利用上白垩统秋扒组和古近系高峪沟组泥质岩的微量元素和稀土元素地球化学特征,研究了其物源及恐龙生活时期的古气候环境,结果表明:秋扒组到高峪沟组的源岩年代由新到老反映了源区的揭顶式剥蚀,岩性均以后太古代上地壳长英质岩为主,未经过明显的沉积再旋回,构造背景具有大洋岛弧性质,应以熊耳群火山岩为主;晚白垩世-古近纪源区风化作用总体强烈,古近纪早期有所减弱,综合孢粉资料,晚白垩世栾川地区恐龙应生活在热带-亚热带的湿润-半湿润气候区,古近纪早期气候有变干旱的趋势。该研究对于陆相断陷盆地白垩纪-古近纪(K-E)生物灭绝事件具有重要的理论意义。     

碱性蛋白酶对鸡蛋清的酶解效果研究

试验以新鲜鸡蛋蛋清为原料,以水解度(DH)作为试验衡量指标,利用pH-stat法对底物浓度、pH值、酶解温度、加酶量、酶解时间等试验条件进行考察,并采用正交试验综合分析得到碱性蛋白酶酶解鸡蛋清制备蛋清肽的最佳工艺条件为:底物浓度4%;酶解pH值9.5;酶解温度55℃;加酶量6%;酶解反应时间4 h,水解度可达23.74%。     

小波函数的性质及其应用研究

较详细地研究和总结了包括最新发展的小波在内的几大类小波的完整表示,分析了它们的各种性 质及其适合应用的科学和工程领域．这些工作可为科学分析和工程应用如何选择小波和小波基提供有价值 的参考．