阿尤恩地区自然发酵牛乳中乳酸菌分离鉴定及多样性研究

为了分离、保藏自然发酵乳中乳酸菌菌种,丰富自然发酵乳中乳酸菌多样性信息.本文采用传统的纯培养分离方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对阿尤恩地区自然发酵牛乳的乳酸菌多样性进行研究.纯培养结果表明:5份自然发酵牛乳中共分离出111株乳酸菌,鉴定为5个属10个种,其中Lactococcus lactis,占总分离株的...     

婴儿肠道菌群中乳酸菌的分离鉴定及其多样性分析

结合传统培养方法与基于PacBio Sequel平台的单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)三代测序技术,对中国婴儿肠道菌群中的乳酸菌进行分离鉴定并分析其多样性,同时探究抗生素治疗对婴儿肠道乳酸菌多样性的影响。采用稀释涂布法培养分离粪便样品菌落,运用生理生化试验及16S rDNA序列比对鉴定菌株,并分析不同菌株间的系统发育关系。同时提取整体粪便样品的基因组DNA进行16S rDNA全长SMRT测序,利用QIIME、Mothur等生物信息学分析软件进行细菌群落结构和多样性分析。结果表明:中国婴儿肠道菌群中乳酸菌丰度及多样性普遍较低,传统培养方法分离出7种共32株乳酸菌,经鉴定为Lactobacillus rhamnosus、Enterococcus faecalis、L. gasseri、L. plantarum、L. casei、Pediococcus pentosaceus与Bifidobacterium longum;SMRT测序技术共获得11种乳酸菌,分别为L. rhamnosus、E. faecalis、L. gasseri、L. casei、P. pentosaceus、L. paracasei、L. salivarius、L. paraplantarum、L. porcinae、B. pseudocatenulatum、B. longum。其中,抗生素组仅分离检测到2种乳酸菌,分别为L. porcinae和E. faecalis。传统培养方法与SMRT测序技术对婴儿肠道菌群中乳酸菌多样性的分析存在差异,且抗生素的使用会降低婴儿肠道菌群中乳酸菌的多样性。     

摩洛哥发酵橄榄汁中乳酸菌的分离鉴定及其多样性研究

为了分离、保藏自然发酵食品中乳酸菌资源,丰富自然发酵食品中乳酸菌多样性信息,本文采用纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对采集自摩洛哥的2份自然发酵橄榄汁中的乳酸菌进行分离鉴定和多样性研究。结果表明:2份样品中共分离鉴定出52株乳酸菌,分属于3个属、4个种,其中乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）为摩洛哥卡萨布兰卡地区发酵橄榄汁中的优势菌种,占总分离株的42.31%,同时还分离到植物乳杆菌和肠球菌;利用PacBio SMRT16S rRNA测序技术,将橄榄汁中的细菌归为5个门、40个属和80个种,优势菌种同样为Lactococcus lactis,其次还检测到干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。     

福建省腌菜中乳酸菌的分离与鉴定

目的对福建省不同地区的腌菜样品中的乳酸菌进行分离鉴定。方法采集福建省部分地区农户自制的12种腌菜,并分离出26株乳酸菌,并通过乳酸菌的计数、分离纯化、革兰氏染色、过氧化氢酶实验、API 50CHL试剂鉴定、电镜检验和DNA测序方法记录乳酸菌的种类和多样性。结果腌菜中分离、鉴定出3株乳杆菌种,分别为FJAT-46739 Lactobacillus.brevis(短乳杆菌)、FJAT-46744 Lactobacillus.fermentum(发酵乳杆菌)、FJAT-7926 Lactobacillus.plantarum(植物乳杆菌)。结论此研究结果与文献报道基本相符,为研究福建省腌菜乳酸菌的机制与开发应用奠定基础。     

基于纯培养方法和PacBio三代测序技术研究蒙古国传统酸马奶中乳酸菌多样性

通过纯培养方法结合PacBio三代测序技术对采自蒙古国的12份传统酸马奶中的乳酸菌多样性进行研究。应用传统的纯培养技术从12份传统酸马奶样品中分离出62株乳酸菌,通过16S rRNA基因序列分析和系统进化关系研究,62株乳酸菌被鉴定为5个属,6个种,分别是:25株瑞士乳杆菌、20株植物乳杆菌、7株产马乳酒乳杆菌、5株屎肠球菌、3株嗜热链球菌和2株粪肠球菌。采用PacBio SMRT测序技术研究其中8份样品中乳酸菌的多样性,宏基因组测序得到的优势菌为乳酸菌,同时也检测到一些痕量的其它种属细菌。共检测到5个乳酸菌的属,分别是:乳杆菌属、乳球菌属、链球菌属、明串珠菌属和肠球菌属,20个乳酸菌的种,即:瑞士乳杆菌、乳酸乳球菌、副乳链球菌、棉子糖乳球菌、肠膜阴串珠球菌和产马乳酒乳杆菌。宏基因组测序相对含量表明:蒙古国酸马奶样品中乳酸菌优势属为乳杆菌属(95.56%),优势种为瑞士乳杆菌(94.64%),纯培养方法和宏基因组三代测序方法都表明瑞士乳杆菌为蒙古国传统酸马奶中的优势菌种。宏基因组测序技术除检测到纯培养获得的菌株外,还获得14个低丰度乳酸菌,如棉籽糖乳球菌、肠膜明串珠球菌和开菲尔乳杆菌等,这些菌在酸马奶中含量较少。通过PacBio SMRT测序技术可以全面了解酸马奶中乳酸菌的多样性,为通过纯培养方法获得低丰度乳酸菌提供指导。     

摩洛哥自然发酵驼乳中乳酸菌分离鉴定及特性研究

为了丰富菌种资源库资源,探索乳品细菌多样性及菌株生化特性,对摩洛哥阿尤恩地区4份自然发酵驼乳的乳酸菌应用传统纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术进行分离、鉴定,同时对细菌宏基因组测序进行多样性研究及单菌株生化特性研究。由纯培养结果可知:4份样品中分离乳酸菌株包含3个属、8个种,共82株乳酸菌,其中58.54%为Lactococcus lactis;根据宏基因组测序结果可知:4份样品中分离的细菌分属于7个门、78个属和147个种,Proteobacteria(54.64%)和Firmicutes(41.77%)是样品中的优势菌门,Lactococcus(31.87%)及Lactococcus lactis(22.95%)占比较高,是样品中优势菌属及菌种。通过比较不同乳酸菌在相同环境下的生长情况及产酸速率,从样品中分离得到的48株Lactococcus lactis中筛选得到2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。2株菌最适生长温度为37℃,pH值为5.5~7.5,且有一定的盐耐受性,NaCl质量分数小于6%时生长不会受到明显抑制。2种菌株在37℃发酵18h后其OD₆₀₀可达到2.5218和2.5172。研究结果表明:摩洛哥阿尤恩地区自然发酵驼乳中包含多类细菌,Lactococcus lactis是其中的优势菌种,并从其中筛选出2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。     

恩施地区酸萝卜中细菌多样性研究

采用Miseq高通量测序技术、变性梯度凝胶电泳技术以及传统微生物学手段对恩施地区酸萝卜中细菌和乳酸菌多样性进行了解析。结果发现酸萝卜中的优势菌主要为隶属于Firmicutes的Lactobacillus和Pediococcus构成,其平均相对含量分别为55.76%和34.50%。经DGGE分析发现,酸萝卜中乳酸菌主要包括L. kefiri、P. tuberculata、L. senmaizukei、L. acetotolerans、L. acetotolerans和L. kefiri。从3个样品中共分离出14株乳酸菌,其中L.plantarum subsp. plantarum 5株,E.faecium、L.paracasei subsp. paracasei、L.fermentum和L.alimentarius各2株以及L.brevis 1株。由此可见,Lactobacillus是恩施酸萝卜中的优势细菌且多样性较高。     

浆水中细菌多样性分析及乳酸菌的分离鉴定

为研究自然发酵浆水中细菌的多样性并分离可以用于批量生产浆水的乳酸菌菌株,分析从3个不同地方采集的浆水中的细菌多样性,分离和鉴定浆水中对常见食源性致病菌抑菌效果好的优势菌乳酸菌。提取浆水总DNA,采用Mi Seq技术对细菌16S r RNA的V3~V4区进行测序分析,获得浆水中的细菌多样性。结果显示,乳杆菌在3种浆水中为优势菌,3种浆水中的细菌多样性存在差异,TS_taian和XA_changan 2种浆水中的细菌多样性组成比较相近,而XA_yanta则与前面2种浆水差异性比较大,在3种浆水中检测到致腐菌和可能的致病菌(或条件致病菌)。利用改良的MRS培养基从3种浆水中分离获得35株产生溶钙圈的菌株,挑选其中10株对4种常见食源性致病菌抑制效果好的菌株进行16S r RNA测序鉴定,其中8株为植物乳杆菌,2株为鼠李糖乳杆菌,说明该2种菌在浆水中为优势菌,为今后利用此两株菌进行单菌发酵或混合发酵生产浆水提供一定的理论和实践的依据。     

重庆东部地区鲊广椒乳酸菌分离鉴定及细菌菌群多样性分析

为明确重庆东部地区鲊广椒中乳酸菌多样性和细菌群落多样性，该研究以采集自重庆东部5个地区的鲊广椒为研究对象，采用微生物纯培养技术对其蕴含的乳酸菌菌株进行分离鉴定，并进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌菌群多样性进行了解析。结果表明，采用纯培技术共从鲊广椒样品中分离得到122株乳酸菌，鉴定为同一个门5个属下的22个种，其中戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）、消化乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）为鲊广椒中的优势细菌，分别占乳酸菌总分离株的26.23%、20.49%和18.85%。高通量测序结果表明重庆东部地区鲊广椒样品以厚壁菌门（Firmicute）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）为主，且在属水平上平均相对丰度大于1.0%的细菌属有7个，包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳球菌属（Lactococcus）、棒状杆菌属（...     

基于纯培养和高通量测序技术解析仙桃地区鲊菜细菌多样性

为解析湖北省仙桃地区鲊菜中细菌多样性,该研究在采用纯培养技术对乳酸菌菌株进行分离鉴定的基础上,进一步使用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。纯培养结果发现,分离到的44株乳酸菌隶属于乳酸杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳球菌属（Lactococcus）,其中植物乳杆菌（L. plantarum）和戊糖乳杆菌（L. pentosus）分别占总分离株含量的40.91%和34.09%。Illumina Mi Seq高通量测序结果显示,鲊菜中优势细菌属主要包括乳酸杆菌属、明串珠菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属（Pseudomonas）和肠杆菌属（Enterobacter）,其平均相对含量分别为85.03%、3.31%、1.68%、1.50%和1.05%。由此可见,仙桃地区鲊菜中乳酸菌具有较高的多样性,且以植物乳杆菌和戊糖乳杆菌为主。     

高通量测序分析臭豆腐中的细菌菌种多样性

通过高通量测序的方法以及传统分离培养方法对臭豆腐中的细菌的微生物群进行分析。通过传统培养的方法分离到49株细菌,经鉴定隶属于9个属15个种。其中有乳酸菌11种,其它细菌4种。分离鉴定到属水平的细菌中,属于明串珠菌属的菌株最多。高通量测序结果显示,在样品中乳酸菌占有较高的比例,H1和H3样品中超过50%的细菌属于乳酸菌。高通量测序共检测到212种细菌,其中66种属于乳酸菌。臭豆腐的菌群构成十分复杂,暂时没有一种菌种是臭豆腐菌群中的优势菌种。沙克乳杆菌在本次研究分离的样品中所占比例相对较高,在每个样品中都能分离到。     

基于PCR-DGGE研究琚湾酸浆水中细菌多样性及乳酸菌的分离鉴定

基于聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术结合乳酸菌纯化分离技术研究了枣阳酸浆水中乳酸菌的多样性。PCR-DGGE结果显示,不同来源酸浆水中既存在着一定的共有细菌又各自存在着一些特定的细菌。对细菌DGGE胶中的典型条带测序发现均为乳酸菌,说明在酸浆水中的优势菌株为乳酸菌,其中Lactobacillus fermentum为最优势菌属。对枣阳酸浆水中的乳酸菌进行分离鉴定,共得到15株乳酸菌,其中Lactobacillus fermentum 10株,为酸浆水中的优势菌属,这与PCR-DGGE的结果是一致的。     

塔吉克斯坦地区自然发酵牛乳中乳酸菌的分离鉴定及多样性分析

目的:自然发酵牛乳是塔吉克斯坦地区游牧民族日常饮食的重要组成部分,其中蕴含丰富的乳酸菌资源。目前对于该地区自然发酵牛乳中的微生物群落结构和乳酸菌多样性的研究较少。方法:采用纯培养的方法结合宏基因组测序技术对塔吉克斯坦自然发酵牛乳的微生物多样性进行研究。同时,将该地区微生物群落数据集与吉尔吉斯斯坦和摩洛哥的微生物群落数据集进行比较。结果:纯培养结果显示,从7份酸牛乳中共分离92株乳酸菌,其中的优势菌种为德氏乳杆菌;宏基因组16S rRNA基因测序结果显示,德氏乳杆菌相对含量高达82%,是所有样品的优势菌种。3个地区对比分析发现,自然发酵牛乳中微生物群落具有一定的地域差异,塔吉克斯坦和吉尔吉斯斯坦地区菌种组成上较为相似,而摩洛哥与二者差异较大。结论:获得塔吉克斯坦地区自然发酵牛乳的乳酸菌资源和多样性信息,为乳酸菌的开发利用提供了菌株,为自然发酵乳制品中乳酸菌的研究提供了基础数据。     

新疆喀什地区传统酸奶中乳酸菌的分离鉴定及产酸能力评价

为了解喀什地区传统发酵酸奶中乳酸菌的多样性和产酸能力,分别从喀什地区10个县市的29份农牧民自制的传统发酵酸奶中分离出59株乳酸菌,通过pH值和总酸度值的测定对菌种产酸能力进行评价;采用16S rDNA扩增序列比对,对分离菌种进行分子鉴定。结果表明,pH≤5. 05的菌株40株,约占分离数的67. 8%;总酸度值≥100°T的菌株36株,约占分离数的61. 02%。16S rDNA序列比对分析鉴定出屎肠球菌(Enterococcus faecium)23株、发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)8株、耐久肠球菌(Enterococcus durans)7株、德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)10株、乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)4株,屎肠球菌为喀什地区传统酸奶中的优势菌种,占总测序数的44. 23%。该实验揭示了喀什地区传统酸奶中乳酸菌种类和特性,筛选出了优质菌种资源,丰富了本地区乳酸菌的种类多样性。     

哈萨克斯坦传统发酵乳制品中乳酸菌的多样性

为了阐明哈萨克斯坦传统发酵乳制品中乳酸菌生物多样性,采用传统纯培养方法对采集的5份传统发酵乳制品中的乳酸菌进行分离纯化,运用16S rRNA基因序列分析方法和系统发育树研究进行属种鉴定。结果表明,从5份传统乳制品中分离鉴定了49株乳酸菌分属于4个属8个种或亚种,乳杆菌属(Lactobacillus)44株,片球菌属(Pediococcus)1株、肠球菌属(Enterococcus)3株,链球菌属(Streptococcus)1株。其中乳杆菌属、片球菌属、肠球菌属、链球菌属是哈萨克斯坦地区传统发酵乳制品中的主要乳酸菌,其中Pediococcus pentosaceus为优势菌种,占总分离株的22%。     

腌菜中细菌多样性研究及乳酸菌分离鉴定

以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术（HTS）与变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术相结合的方法对其中所 含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门 为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达97.09%。优势细菌属为Lactobacillus、Weissella、Leuconostoc、Vibrio、Pseudomonas、 Psychrobacter和Flavobacterium,其中Lactobacillus的平均相对含量高达82.37%;通过变性梯度凝胶电泳技术从样品中检测出的乳酸 菌 有 Lactobacillus sakei、Lactobacillus insicii、Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis、Lactobacillus plantarum subsp. plantarum 和 Lactobacillus acetotolerans;分离鉴定及保藏的乳酸菌中有L. plantarum 7株,L. alimentarius 2株,L. curvatus和L. brevis各1株以及L. sakei 4株。 由此可见,虽然Lactobacillus为腌菜样品中的优势菌,但乳酸杆菌的构成在样品间存在一定的差异。     

青稞酒酒曲与奶酪中乳酸菌的筛选与应用

通过传统的分离、培养方法从西藏青稞酒酒曲和西藏、新疆奶酪中分别得到1株和3株乳酸菌,采用16S rRNA基因序列同源性分析的方法对菌株进行鉴定.研究进行了这4株乳酸菌发酵制备酸奶的比较实验,发现这4株乳酸菌均具备乳酸发酵制成酸奶的能力,而且制成的酸奶品质良好.表明从酒曲和奶酪中分离乳酸菌是筛选生产酸奶菌株的良好途径.丰富乳酸菌多样性,提供优良菌株,为酸奶行业的可持续发展提供保证.     

俄罗斯卡尔梅克共和国酸奶油中乳酸菌的多样性分析

俄罗斯卡尔梅克地区的传统发酵乳制品的制作具有悠久的历史,其中蕴含着丰富的乳酸菌资源。本研究对俄罗斯卡尔梅克共和国3个地区采集到的6份酸奶油进行了乳酸菌多样性分析。乳酸菌活菌计数结果显示6份酸奶油中乳酸菌数在7.30-8.62lg cfu/m L之间,采用MRS培养基从酸奶油中共分离到28株乳酸菌,经过采用16S r RNA基因序列分析将28株乳酸菌鉴定为4个属中的10个不同的种和亚种,包括:Lactobacillus brevis(1株)、Lb.paracasei(1株)、Lb.plantarum(5株)、Lactococcus lactis subsp.lactis(2株)、Lac.lactis subsp.cremoris(5株)、Leuconostoc citreum(1株)、Leu.lactis(3株)、Leu.mesenteroides(5株)、Leu.pseudomesenteroides(4株)和Streptococcus thermophilus(1株),其中Leuconostoc是酸奶油的优势菌属,占分离菌株总数的50%。     

西藏羊八井地区牦牛酸乳中乳酸菌菌种鉴定

26株分离自西藏羊八井地区传统发酵牦牛酸乳的菌株,经形态学、分子生物学鉴定,其中18株为肠球菌属(Enterococcus)、6株为乳杆菌属(Lactobacillus)、2株为明串珠菌属(Leuconostoc)。构建系统发育进化树分析乳酸菌的遗传多样性,并与其它地区牦牛酸乳中分离到的乳酸菌进行比较,发现西藏羊八井地区传统发酵牦牛酸乳中乳酸菌多样性丰富,其优势乳酸菌株为肠球菌属(Enterococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus)。     

秭归地区鲊广椒中乳酸菌及细菌多样性研究

该研究在采用纯培养方式对秭归地区鲊广椒中乳酸菌进行分离鉴定的基础上，进一步采用MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。结果表明，从14个鲊广椒中分离出的43株疑似乳酸菌被鉴定为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和屎肠球菌属（Enterococcus），鉴定到的种主要有植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、敏捷乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和屎肠球菌（Enterococcus faecium），占所有分离株的86.05%，其中L. plantarum占所有分离株的60.74%，为优势菌种。测序结果显示，鲊广椒中主要的细菌类群为隶属于硬壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus和戊糖片球菌属（Pediococcus）以及隶属于变形菌门（Proteobacteria）的假单胞菌属（Pseudomonas），其平均相对含量分别为47.85%、13.29%和21.31%，其中乳酸菌含量累计达61.14%。由此可见，秭归地区鲊广椒中蕴含了较为丰富的乳酸菌资源，但同时也存在Pseudomonas等具有致病性的菌属。