Structure-based design of inhibitors of NS3 serine protease of hepatitis C virus

We have designed small focused combinatorial library of hexapeptide inhibitors of NS3 serine protease of the hepatitis C virus (HCV) by structure-based molecular design complemented by combinatorial optimisation of the individual residues. Rational residue substitutions were guided by the structure and properties of the binding pockets of the enzyme's active site. The inhibitors were derived from peptides known to inhibit the NS3 serine protease by using unusual amino acids and alpha-ketocysteine or difluoroaminobutyric acid, which are known to bind to the S1 pocket of the catalytic site. Inhibition constants (Ki) of the designed library of inhibitors were predicted from a QSAR model that correlated experimental Ki of known peptidic inhibitors of NS3 with the enthalpies of enzyme-inhibitor interaction computed via molecular mechanics and the solvent effect contribution to the binding affinity derived from the continuum model of solvation. The library of the optimised inhibitors contains promising drug candidates-water-soluble anionic hexapeptides with predicted Ki* in the picomolar range.     

扩展NS2的移动Agent仿真方法研究

在分析NS2仿真移动Agent的过程的基础上,通过扩展NS2中Packet结构,注册新的协议头并定义TCP的子类SCDTcp,解决了NS2上真实数据传输以及在TCP缓冲限制下的动态链接维护问题。设计了一个验证实例并在仿真平台上进行实验,实验结果表明所提出的扩展NS2设计可以有效地完成以上功能。     

NS2中新协议的实现

深入分析了网络仿真器NS2的组成和结构,以及NS2中队列管理算法的实现机制,在此基础上,通过一个新的主动队列管理算法的设计与实现阐述了在NS2中实现新协议、新算法的方法。新算法主要通过更为准确的拥塞检测和更为合理的分组丢弃概率计算来提高主动队列管理算法的稳定性,最后通过仿真实验对新算法的性能进行了测试,实验结果表明新算法的性能要由于RED算法。     

基于NS2的AOMDV路由协议的改进与性能仿真

对AOMDV协议进行了分析,指出了协议存在的不足,利用“一主一备”式路由和抢先式路由对其进行了改进,提出了PAOMDV协议。对NS2（Network Simulator Version2）的分裂对象模型进行了分析,基于NS2实现了AOMDV及PAOMDV路由协议的扩展与仿真。仿真结果表明：在相同的网络环境下,与AOMDV协议相比,PAOMDV协议减少了平均时延、降低了路由发现频率、提高了分组传送率。     

NS2中单播动态路由机制的剖析与扩展

NS2是在网络研究和设计中广泛使用的一个网络仿真器,但NS2对路由协议的实现过程非常复杂,所以严重阻碍了网络研究者对原有路由模块的扩展和仿真，本文详细剖析了NS2中单播动态路由的功能和实现过程,提出了在NS2中扩展路由协议的方法,并给出距离向量路由协议的扩展实例。     

基于NS2的Ad hoc网络MAC层协议仿真与分析

NS2是流行的网络仿真软件,已广泛用于Adhoc网络分析和研究。针对如何在NS2下进行Adhoc网络MAC层协议仿真的问题,本文研究了NS2仿真的基本机制,结合IEEE802.11的仿真实现,研究了Adhoc网络MAC层仿真的关键技术,最后分析了MAC层能量问题仿真。     

Exploring the P2 and P3 ligand binding features for hepatitis C virus NS3 protease using some 3D QSAR techniques

Several three-dimensional quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR) models have been constructed using the comparative molecular field analysis (CoMFA), comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA), and catalyst pharmacophore feature building programs for a series of 26 truncated ketoacid inhibitors designed particularly for exploring the P2 and P3 binding pockets of HCV NS3 protease. The structures of these inhibitors were built from a structure template extracted from the crystal structure of HCV NS3 protease. The structures were aligned through docking each inhibitor into the NS3 active site using program GOLD. The best CoMSIA model was identified from the stepwise analysis results and the corresponding pharmacophore features derived were used for constructing a pharmacophore hypothesis by the catalyst program. Pharmacophore features obtained by CoMFA and CoMSIA are found to be in accord with each other and are both mapped onto the molecular 5K surface of NS3 active site. These pharmacophore features were also compared with those obtained by the catalyst program and mapped onto the same NS3 molecular surface. The pharmacophore building process was also performed for 20 boronic acid based NS3 inhibitors characterized by a long hydrophobic side chain attached at position P2. This latter pharmacophore hypothesis built by the catalyst program was also mapped onto the molecular surface of NS3 active site to define a second hydrophobic feature at position P2. The possibility of using the pharmacophore features mapped P2 and P3 binding pocket to design more potent depeptidized NS3 inhibitors was discussed.     

基于NS2选播路由模块的设计与实现

提出选播路由模型及其组的管理,分析了NS2的仿真过程.通过修改NS2原有的数据结构和路由协议模块,在NS2平台上设计与实现了选播路由模块.给出了详细的设计方案和具体的实现过程,并利用NS2生成的随机网络拓扑,在该模型上仿真了不同的选播服务类型.实验结果表明,基于NS2的选播路由的功能扩展是可行、有效的.     

基于NS2的网络仿真实验教学研究

随着网络技术的日新月异,"计算机网络"课程的教学内容也需及时更新,为此引入一款优秀的开源网络仿真软件—NS2,并将它应用于计算机网络教学中,可仿真计算机网络中的大部分原理和协议,而且可以仿真网络的最新技术和进展。在对NS2进行研究的基础上,给出一个具体的网络仿真实例。实践表明,利用NS2进行演示教学,课堂教学气氛活跃,教学效果好,学生对网络原理、协议的理解也更加深刻。     

基于NS2的网络负载自适应DCF实现及性能分析

根据网络负载自适应DCF机制的工作流程,对NS2网络仿真软件的IEEES02.11无线局域网仿真模块-Mac802.11类进行了修改和扩展,实现了NS2对网络负载自适应DCF机制的仿真.结果表明,与标准DCF机制相比,网络负载自适应DCF机制时IEEE802.11无线局域网的吞吐量、时延、时延抖动和公平性等方面的性能均有所提高.     

网络模拟软件NS2与OPNET的剖析比较①

NS2和OPNET是目前主流的网络模拟软件,为深入地剖析比较它们的特点及差别以供学习和选用时参考,从软件技术、使用方法和引擎性能三个方面进行了详细对比分析。在软件技术方面分别从体系结构、支持的网络技术、网络设备模型库和软件可扩展性上进行分析比较;在模拟器引擎性能方面,通过在相同模拟条件下,选取内存消耗和CPU运算时间两个指标,针对不同规模的抽象网络,分别对OPN盯和NS2的引擎性能进行了对比实验。结果表明,OPNET具有商业软件的优势,在用户友好性、模拟速度、内存消耗等方面优于NS2,而NS2则在开源和易扩展性方面优于OPNET,适合于模拟中小型网络。     

AQM算法在NS2中的实现及其性能评价

为了评价一种新的主动队列管理(active queue management,简称AQM)算法而改变运行在成千上万个路由器上的软件是不现实的.研究人员被迫在模拟网络或私用网络上测试新算法.分析了网络模拟器NS2的模块组成,并以PSO-PID(Particle Swarm Optimization-Proportional Integral Differential)算法为例,重点描述新AQM算法如何在NS2中实现,详细介绍如何获取AQM算法的评价指标,如平均队列长度、队列抖动、丢包率、链路利用率等定量指标,并结合队列长度变化曲线对AQM算法性能进行评价.     

基于Windows环境下NS2网络模拟软件的安装

NS2是在Unix平台下开发的网络模拟软件，是一种面向对象、离散事件驱动的网络环境模拟软件，主要用于解决网络研究方面的问题。它由几个软件包组成．例如Tcl、Tk、otcl和TclcL等软件。NS2在Windows环境下安装比较复杂，给很多Windows平台的用户使用NS2软件带来不便，本文针对这个问题，介绍了在Windows环境下安装NS2的过程和要点，并且实现了NS2版本2．28在Windows下的安装。为Windows用户简化NS2网络模拟软件安装操作带来了方便。     

基于NS2的通用P2P网络模拟器的设计

模拟在Peer—to—Peer（P2P）系统的性能评估发挥着重要作用。现有的P2P模拟器大多是基于特定的协议开发,并且大部分不能对底层网络的基本特性和Peer节点行为的动态变化进行模拟。上述缺陷导致使用现有模拟器无法对新的P2P协议进行测试、也无法测试P2P协议对底层网络资源的使用情况。提出一种基于NS2的通用P2P模拟器的设计方案,该方案设计P2P模拟中的一些通用的结构和功能,可以支持新的P2P文件共享协议的模拟扩展,同时能够完成底层网络资源占用和P2P服务质量方面的参数获取和模拟测试。     

WSS:一个基于NS2的蠕虫模拟系统

网络蠕虫严重威胁着互联网的安全，然而由于其爆发所具有的突然性和大规模性，使得蠕虫研究面临巨大挑战,本文介绍了一个基于NS2的蠕虫模拟系统-WSS,该系统的建立主要分为三部分：首先通过处理BGP路由表信息来获取模拟中用到的Internet抽象网络，然后以传染病学模型为基础对蠕虫传播进行建模，最后将两者在NS2中相结合实现对蠕虫传播的模拟．实验证明，WSS能够在实验室环境中获取同实际蠕虫爆发时类似的统计数据，在理解蠕虫的宏观行为、预测蠕虫的流量、传播速度及危害等方面有着广泛的应用前景．     

基于NS2的DV算法仿真及结果分析

利用NS2网络仿真器对路由协议进行仿真是一种既有效又经济的办法.介绍单播动态路由体系结构,对距离向量路由协议(DV)进行了仿真.仿真实验表明DV算法下丢包和"跳数"最短等现象客观存在.     

基于Windows环境下NS2网络模拟软件的安装

NS2是在Unix平台下开发的网络模拟软件,是一种面向对象、离散事件驱动的网络环境模拟软件,主要用于解决网络研究方面的问题。它由几个软件包组成,例如Tcl、Tk、otcl和TclcL等软件。NS2在Windows环境下安装比较复杂,给很多Windows平台的用户使用NS2软件带来不便,本文针对这个问题,介绍了在Windows环境下安装NS2的过程和要点,并且实现了NS2版本2.28在Windows下的安装。为Windows用户简化NS2网络模拟软件安装操作带来了方便。     

基于NS2仿真Ad Hoc多跳网络性能

NS2是一种免费的功能强大的网络仿真器。无线Ad Hoc网络作为一种典型的自组织网络,其网络性能一直是应用研究的重点问题。本文以仿真常见路由协议为例介绍基于Window＋Cygwin平台的NS2仿真详细步骤,给出仿真中使用的tcl脚本程序、gawk性能分析程序、仿真结果图和一些性能分析。结果表明,随着节点跳数的增加,分组投递率、归一化路由开销等性能都有大幅度下降。     

基于NS2的计算机网络教学研究

NS2是一个面向对象的网络模拟工具,它支持众多的协议。本文介绍一种基于Fedora6.0系统中的NS2.31的安装方法,通过一个AODV路由协议的简单实例,利用NS2进行仿真与数据分析,以此来增强对计算机网络的教学研究。     

基于NS2的P2P流媒体系统仿真平台的设计

传统网络仿真器一般仅支持特定协议或提供通用仿真环境,所提供的接口并不完全适合于P2P流媒体系统的特点.为克服上述缺陷提出了一个基于NS2的P2P流媒体专用仿真平台--NovaP2PSim.该平台提供了流媒体仿真的框架和通用接口,用户只需实现框架中的相关接口就可以对仿真对象进行仿真.