鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立鸡主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)BF1和BF2基因实时荧光定量PCR[Real-time fluorescent quantitative(FQ)-PCR]检测方法。方法从鸡外周血淋巴白细胞(Peripheral blood leuk-ocytes,PBLs)中提取细胞总RNA,以其为模板,根据BF1、BF2和GAPDH基因相对保守序列各设计一对引物,应用RT-PCR法扩增目的基因,分别克隆至pGM-T载体上,制备重组质粒标准品,经PCR、EcoRⅠ酶切及测序鉴定;优化反应体系及反应条件,绘制标准曲线,建立Real-time FQ-PCR检测方法,并验证其敏感性、特异性及重复性。结果重组质粒标准品经PCR、酶切及测序鉴定构建正确;建立的定量标准曲线临界循环数(Threshold cycle,Ct)与BF1、BF2和GAPDH起始质粒DNA拷贝数的对数之间线性关系良好,相关系数分别为1.00、0.98、0.99,扩增效率分别为0.8、1.1、1.1;该方法的敏感性可达101copies/μl;融解曲线分析表明扩增效率一致,特异性较好;质粒DNA标准品3次检测的CV值误差不超过0.5,均小于5%。结论已成功建立了鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法,为下一步应用该法检测BF1和BF2基因的转录水平奠定了基础。     

人干扰素诱导跨膜蛋白基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立人干扰素诱导跨膜蛋白(Interferon induced transmembrane protein,IFITM)1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法。方法根据GenBank中登录的人IFITM1、2、3及β-actin基因序列,分别设计4对特异性引物,以质粒pVAX1-IFITM1、2、3和pMD18-T-β-actin为模板,分别进行PCR及实时荧光定量PCR扩增,优化实时荧光定量PCR反应体系及反应条件,绘制标准曲线及扩增曲线,建立实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的重复性、灵敏度及特异性。结果各质粒的PCR及实时荧光定量PCR产物经琼脂糖凝胶电泳分析,均可见大小与理论值相符的特异性条带。IFITM1、2、3和β-actin的最佳荧光定量PCR引物浓度分别为0.2、0.5、0.4和0.5μl,最佳退火温度为55℃。各质粒标准曲线的循环数与起始模板拷贝数的相关性均较好(R2分别为0.998、0.990、0.990和0.995),扩增效率分别为106.284%、101.030%、104.929%和101.962%。IFITM1、2、3基因不同拷贝数的试验内CV为0.14%-0.72%,试验间CV为0.77%-1.58%;灵敏度分别为2.52×100、1.3×100和3.7×101copies;该方法未扩增出鸡肝脏及禽流感病毒H3N2 cDNA,可特异性扩增B型流感病毒cDNA,各标准质粒的溶解曲线约在同一温度出现1个单峰。结论已成功建立了IFITM1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法,该方法具有较高的重复性、灵敏度及特异性,为进一步研究IFITM1、2、3的功能及其基因表达与肿瘤发生发展的相关性奠定了基础。     

实时荧光定量PCR检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数

目的建立实时荧光定量PCR检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数的方法。方法采用双标准曲线法,分别利用含有GAP基因和绿色荧光蛋白(GFP)基因的质粒,进行实时荧光定量PCR反应,建立标准曲线。将含有外源GFP基因的毕赤酵母基因组进行实时荧光定量PCR,通过标准曲线计算出外源GFP基因在毕赤酵母基因组中的拷贝数。结果毕赤酵母GAP基因Ct值与起始拷贝数对数的回归方程为:y=-3.612x+39.28,GFP基因Ct值与起始拷贝数对数的回归方程为:y=-3.544x+37.99,GAP基因和GFP基因的反应效率分别为0.89和0.90,两条标准曲线的相关系数均为0.999,且均有良好的重复性。检测10个转入GFP基因的毕赤酵母菌株,筛选到9个单拷贝整合GFP基因的菌株和1个多拷贝整合GFP基因的菌株。结论已建立了检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数的实时荧光定量PCR法,该方法能够筛选出不同外源基因拷贝数的毕赤酵母菌株。     

一种基于VP6基因的A组轮状病毒拷贝数实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种基于VP6基因的A组轮状病毒(rotavirus,RV)拷贝数的实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测方法。方法提取病毒液中RV基因组RNA,经RT-PCR扩增VP6基因片段,回收PCR产物克隆至pMD-19T载体,将鉴定正确的阳性菌株常规培养制备标准品质粒,建立RT-qPCR病毒拷贝数检测方法,以标准品质粒Ct值为横坐标,拷贝数的对数为纵坐标绘制标准曲线,依据标准曲线方程检测样品中RV拷贝数。结果标准品质粒经酶切及测序鉴定证明构建正确;获得RV标准品质粒的标准曲线方程为y=-0. 246 3 x+10. 957,R~2=0. 995 5;原倍及稀释度为1×10~(-3)的样品溶液的RV病毒拷贝数分别为265 319. 903 5、1 682. 228 735 copies/μL。结论建立的RT-qPCR拷贝数检测方法,能在早期快速准确的检测RV,该方法稳定性较好,可据此标准曲线方程对样品中的RV进行绝对定量,为RV研究及临床检查提供了检测工具。     

应用实时荧光定量PCR检测机采献血者HCV

<正>《中国输血技术操作规程》规定，献血者必须进行酶联免疫（ELA）方法HBsAg、抗- HCV、抗- HIV检测。而抗- HCV检测的窗口期为70天，就目前的检测方法不可避免地要出现漏检。采用PCR方法检测病毒核酸，可将窗口期缩短到13天。常用PCR方法操作复杂，且不能进行定量检测。我们采用实时荧光定量PCR（FQ-PCR）检测，省去了电泳照相分析等一系列过程，同时采用先进的分析软件进行分析，提高了检测结果的准确性。     

细胞株逆转录酶活性SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测方法的建立及验证

目的建立生物制品生产用细胞株逆转录酶活性SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测方法,并进行优化及初步验证。方法以MS2噬菌体RNA模板及相应引物,建立一步检测逆转录酶扩增产物的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,以梯度稀释的重组莫洛尼鼠白血病病毒(Moloney murine leukemia virus,MMLV)逆转录酶活性参考品绘制标准曲线,进行逆转录酶活性的定量。对反应的引物和2×RT-PCR Mix进行优化,并对建立的方法进行线性关系、灵敏度、精密度和准确度验证。结果 1组引物(上游:5′-CATAGGTCAAACCTCGTAGGAATG-3′,下游:5′-TCCTGCTCAACTTCCTGTCGAG-3′)更适合本方法;Promega公司生产的2×RT-PCR Mix具有更高的反应效率。逆转录酶活性在5.40×108~5.40×104pU/μl范围内定量标准曲线的线性关系良好,相关系数为0.999 7;该方法判断样品阴阳性的标准cut-off值为1.31×104 pU/μl;检测CHO-1细胞株样品逆转录酶活性的试验内变异系数(CV)为0.80%,试验间CV值为16.4%;检测5株细胞样品逆转录酶活性的平均加标回收率为122.8%。结论建立了生物制品生产用细胞株逆转录酶活性SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测方法,该方法能够准确地定量检测细胞株的逆转录酶活性。     

黑曲霉实时荧光PCR检测方法的建立

目的建立黑曲霉实时荧光PCR检测方法。方法对6种主要病原曲霉(黑曲霉、烟曲霉、杂色曲霉、构巢曲霉、土曲霉及黄曲霉)的GAPDH基因序列进行比对分析,选择黑曲霉特异位点设计引物和探针,对黑曲霉进行实时荧光PCR扩增,并检测该方法的灵敏度及特异性。结果该方法可检出2.78×10-10μg/ml的黑曲霉基因组DNA;对亲源关系较近的11株不同种曲霉及4株其他属临床常见的病原真菌进行实时荧光PCR检测,未发现有交叉反应。结论已建立了灵敏度高、特异性好的快速检测黑曲霉的实时荧光PCR方法。     

实时荧光定量PCR产品质量标准要点分析

<正>自1985年问世以来,PCR技术以其灵敏性、特异性和快速性在医学和分子生物学等领域得到了广泛的应用。近年来出现的核酸定量PCR技术,尤其是实时荧光定量PCR(Real-time fluorescence quanti-     

双内参实时荧光定量PCR法检测肝癌中易洛魁族同源盒2基因信使RNA的水平

目的采用双内参实时荧光定量PCR法检测肝癌中易洛魁族同源盒2(Iroquois homebox 2,IRX2)基因信使RNA(mRNA)的水平,探讨其对肝癌诊断及治疗的潜在意义。方法采用荧光定量PCR法检测21份肝癌组织和21份癌旁组织中IRX2基因的表达水平,并以双内参β-actin和GAPDH为标准对照,计算每个样本IRX2基因的相对表达量,经Pfaffl法进行相对定量,分析基因表达差异。结果 42份肝组织中均存在IRX2基因的表达,85.71%(18/21)的肝癌组织中IRX2基因表达水平较癌旁组织明显降低(P<0.01)。结论肝癌组织中IRX2基因表达水平较低,表明IRX2基因在肝癌中出现异常表达,为从基因水平诊断及治疗肝癌提供了一个潜在靶点。     

牛乳中蜡样芽孢杆菌荧光定量PCR检测方法的建立及验证

目的建立一种快速检测牛乳中蜡样芽孢杆菌的荧光定量PCR方法,并进行验证。方法根据GenBank中登录的蜡样芽孢杆菌gyrB基因序列及荧光定量PCR要求,设计合适的特异性引物,提取菌体DNA,对目的基因进行扩增及克隆;以重组质粒为模板进行荧光定量PCR扩增,绘制标准曲线;以蜡样芽孢杆菌DNA为模板进行荧光定量PCR扩增,确定其扩增条件。对建立的方法进行特异性及灵敏性验证。结果建立的方法检测其他3种牛乳中常见致病菌(大肠埃希菌、志贺菌、沙门菌)未见特异性扩增,即无交叉反应;最低检出限为1×10~(-7) ng/μL。以掺入蜡样芽孢杆菌的牛乳为样品,可检测到牛乳中10. 4 CFU/mL的蜡样芽孢杆菌,优于国标方法(GB 4789. 14-2014)检测含有相同菌落数的蜡样芽孢杆菌(仅能检测到1. 04×10~2 CFU/mL)。结论建立的方法特异性强,灵敏性高,适用于快速、准确检测牛乳中的蜡样芽孢杆菌,为实验室快速检测致病菌提供了参考。     

实时荧光PCR法快速检测乙型肝炎病毒基因YMDD突变株

目的建立一种敏感、特异、快速的实时荧光PCR定量检测乙型肝炎病毒基因YMDD突变株的方法,为临床治疗提供指导。方法设计引物和TaqMan-MGB探针,利用TaqMan-MGB探针技术,建立实时荧光定量PCR法。检测临床HBV-YMDD变异标本36份和野生型HBV标本20份,并将其YMDD变异结果与DNA测序结果进行比较。结果该方法检测灵敏度为101拷贝/μl;特异性为100%;最低检测限度为101DNA拷贝/30μl反应体系;实时荧光PCR方法测得YMDD野生株20份,变异株36份,与DNA测序结果完全一致,符合率为100%。结论应用TaqMan-MGB探针的实时荧光定量PCR方法检测YMDD变异株基因,具有灵敏、特异和精确等优点,对临床监测拉米夫定耐药具有重要意义。     

人Makorin环指蛋白1基因shRNA真核表达质粒的构建及鉴定

目的构建人Makorin环指蛋白1(MKRN1)基因shRNA真核表达质粒,并检测其对HEK293细胞MKRN1基因表达的影响。方法设计并合成特异性针对人MKRN1基因的小干扰片段,定向克隆至带有卡那霉素抗性基因和绿色荧光蛋白基因的真核表达载体pGenesil-1中,对重组质粒进行酶切鉴定及DNA序列分析,并用脂质体将其转染到HEK293细胞中,观察其对细胞MKRN1基因mRNA转录和蛋白表达水平的影响。结果经酶切鉴定和序列分析证明,3个人MKRN1基因shRNA真核表达质粒及其阴性对照质粒构建正确,转染HEK293细胞后,3个shRNA真核表达质粒在mRNA水平对细胞MKRN1基因的抑制率分别为52.4%、26.2%和42.9%,在蛋白水平对细胞MKRN1基因的抑制率分别为69.1%、27.9%和50.0%。结论已成功构建了人MKRN1基因的shRNA真核表达质粒,为进一步研究MKRN1基因的功能及其与人端粒酶逆转录酶的关系奠定了基础。     

实时荧光定量PCR方法检测人癌组织中RFP蛋白的表达

目的检测RFP(Ret finger protein)蛋白在人正常组织及人癌组织中的分布。方法采用实时荧光定量PCR方法,以18 S rRNA为内对照,检测RFP在人正常组织及人癌组织中的表达水平。结果RFP表达水平子宫颈鳞状细胞癌组织高于正常子宫颈组织,子宫内膜腺癌组织高于正常子宫内膜组织,胃腺癌组织高于正常胃组织,食管鳞状细胞癌组织高于正常食管组织,而子宫内膜腺癌组织高于子宫颈鳞状细胞癌组织,胃腺癌组织高于食管鳞状细胞癌组织,脑癌组织高于正常脑组织。结论RFP可能成为治疗恶性肿瘤的一个潜在的分子靶点。     

实时定量PCR分析外周血白细胞的端粒长度

目的采用一种新的简便的测定端粒DNA相对长度的方法-实时荧光定量PCR法,研究其可行性。方法分别取40～49岁和60～69岁的健康男性外周静脉血各12例,提取DNA后,采用实时荧光定量PCR对两组受试者外周血白细胞的端粒长度进行检测。结果40～49岁组的受检者外周血白细胞端粒(1.5±0.87)长于60～69岁组(0.8±0.16)(t=11.37,P<0.05)。结论随着年龄增加健康人外周血白细胞的端粒长度缩短,实时荧光定量PCR测定端粒长度的方法可行。     

实时荧光定量PCR方法检测人、鼠正常组织及脑癌组织中CD109蛋白的表达

目的分析CD109基因在正常组织及脑癌组织中的分布。方法采用实时荧光定量PCR方法,分析CD109在人、鼠正常组织及脑癌中的表达,以18SrRNA作为内标。结果CD109蛋白的mRNA丰度在睾丸组织中最高,在其它组织中较低,在12份脑癌标本中,检测到9份CD109表达上调。结论CD109基因在多数正常组织中表达很少,有可能是治疗恶性肿瘤的一个潜在的分子靶点。     

人Makorin环指蛋白1基因沉默对HEK293细胞的影响

目的探讨特异性抑制人Makorin环指蛋白1(MKRN1)基因的表达对HEK293细胞的影响。方法用脂质体将前期筛选出的含最有效干扰序列的人MKRN1基因shRNA真核表达质粒,转染至HEK293细胞中,观察其对人端粒酶逆转录酶(hTERT)基因mRNA转录水平、蛋白表达水平及细胞增殖的影响。结果人MKRN1基因shRNA真核表达质粒转染HEK293细胞后,在mRNA和蛋白水平均能明显上调细胞hTERT基因的表达,且细胞明显增殖。结论抑制HEK293细胞中人MKRN1基因的表达,可导致hTERT基因mRNA转录水平和蛋白表达水平上调,并促进细胞增殖。     

hTERT核心启动子调控HSV-TK自杀基因系统诱导肿瘤细胞的凋亡

目的观察人端粒酶催化亚单位(hTERT)启动子调控逆转录病毒介导的单纯疱疹病毒-胸苷激酶基因/丙氧鸟苷(HSV-TK/GCV)自杀基因系统诱导肿瘤细胞凋亡的效果。方法采用PCR方法扩增胸苷激酶(TK)基因,并构建由hTERT核心启动子调控的胸苷激酶重组逆转录病毒载体pLNC-hTERTp-TK,转染包装细胞PT67,G418筛选阳性细胞克隆,检测病毒滴度,PCR法检测转染细胞中的TK基因。将获得的重组逆转录病毒感染人肺癌细胞株A549、肝癌细胞株SMMC-7721、宫颈癌细胞株HeLa和正常人成纤维细胞系WI-38,G418筛选阳性克隆,MTT法检测重组逆转录病毒对肿瘤细胞的生长抑制作用,流式细胞仪检测肿瘤细胞的凋亡。结果重组逆转录病毒载体pLNC-hTERTp-TK经双酶切,可见1402bp的目的基因片段,表明质粒构建正确。从转染的PT67细胞中扩增出1131bp的基因片段,与TK基因大小一致。在成功转染重组逆转录病毒的PT67细胞中,病毒滴度最高者可达7.8×105CFU/ml。重组逆转录病毒感染的3种肿瘤细胞的增殖均受到抑制,且生长抑制率随着GCV浓度的增加而升高,经较低浓度GCV(10μg/ml)处理的3种肿瘤细胞,凋亡率分别可达37.06%、34.88%和33.59%。结论由hTERT启动子调控的逆转录病毒介导的HSV-TK/GCV自杀基因系统可诱导肿瘤细胞凋亡,且具有较强的特异性和高效性。