氨基酸序列特征提取方法研究

组成蛋白质的基本单位是氨基酸,对于蛋白质分类预测问题,氨基酸序列特征提取方法是一个非常重要的因素。对基于氨基酸组成、位置的特征提取算法如熵密度、n阶耦联组成和基于氨基酸性质的特征提取方法如自相关函数、伪氨基酸组成等方法进行了阐述,并进行了简单评价。基于氨基酸组成的方法实现简单、计算量小,且对所有的氨基酸序列都适用,但丢失了氨基酸的顺序信息以及其问的相互作用,基于氨基酸位置信息或理化特性等方法计算量非常大,科研工作者可以根据对蛋白质的不同要求选择相应的特征提取方法。     

氨基酸序列的特征描述

氨基酸序列的特征描述是指从一条氨基酸序列选取相关的特征信息并用数学方法描述这些信息,使之能正确反映序列与结构或功能之间的关系。在根据氨基酸序列预测蛋白质的结构类或亚细胞位置等问题中,氨基酸序列的特征描述直接影响预测质量;同时比较不同描述方法对预测结果的影响可以帮助我们理解序列与结构或序列与功能之间的关系。本文介绍了几种氨基酸序列的特征描述方法,以FDOD方程作为判别函数,比较了其中几种描述方法对蛋白质结构类预测结果的影响,发现二级结构单纯的全α类和全β类蛋白质对于氨基酸组成比较敏感,而对于混合型蛋白质,即α+β类和α/β类蛋白质,考虑氨基酸残基排列顺序可以显著提高预测结果。     

氨基酸序列的特征描述

氨基酸序列的特征描述是指从一条氨基酸序列选取相关的特征信息并用数学方法描述这些信息，使之能正确反映序列与结构或功能之间的关系。在根据氨基酸序列预测蛋白质的结构类或亚细胞位置等问题中，氨基酸序列的特征描述直接影响预测质量；同时比较不同描述方法对预测结果的影响可以帮助我们理解序列与结构或序列与功能之间的关系。本文介绍了几种氨基酸序列的特征描述方法，以FDOD方程作为判别函数，比较了其中几种描述方法对蛋白质结构类预测结果的影响，发现二级结构单纯的全α类和全β类蛋白质对于氨基酸组成比较敏感，而对于混合型蛋白质，即α β类和α/β类蛋白质，考虑氨基酸残基排列顺序可以显著提高预测结果。     

基于位置信息的非比对序列聚类方法

非比对序列相似性模型直接采用序列自身的统计信息来计算序列之间的相似度,具有运算速度快、聚类结果准确等优点。提出一种基于位置信息的非比对序列相似性模型,通过提取K词模型中每个词的Local Frequency(LF),计算对应K词的LF熵,并结合K词频率进行序列的特征提取,应用于蛋白质聚类。实验结果表明该方法能够有效地提取序列的信息,提高聚类的准确率。     

一种基于压缩感知和动态时间规整的信号肽特征提取新算法

准确识别出信号肽对蛋白质的研究和定位有着非常重要的意义。压缩感知技术能够在保留生物序列主要信息的同时降低冗余信息,将高维信息投影到低维空间上进行特征提取。因此本文基于压缩感知技术再结合动态时间规整算法提取出新的特征向量,提出一种高鉴别性的信号肽特征提取新方法。该算法所提取的特征不但体现了信号肽中的氨基酸组成、排列顺序、结构等重要信息,还能把信号肽的不同区域在时间维度中非线性地弯曲对整,为机器学习算法提供有效的信号肽特征表达。实验结果显示,新方法提取的特征向量在3个数据集Eukaryotes, Gram+ bacteria, Gram-bacteria上的识别率分别达到99.65%, 98.05%和98.56%,并且这种方法能简单地运用到其他生物序列的识别过程中。     

基于柔性神经树的蛋白质结构预测

提出一种基于柔性神经树的蛋白质结构预测方法,将近似熵和蛋白质序列的疏水特性作为伪氨基酸组成的特征。对数据集中的每一条蛋白质进行特征提取。对于一个蛋白质样本,用一个27-D伪氨基酸组成作为其特征,伪氨基酸组成特征作为输入数据,柔性神经树作为预测工具,分类方法采用M-ary方法,数据集选用640数据集。仿真结果表明,该方法具有较好的优化性能,提高了预测的准确率。     

基于自相关系数和PseAAC的蛋白质结构类预测

传统的预测方法在构造特征向量时只考虑了氨基酸的组成,而自相关系数不仅能够很好地反映序列中氨基酸的位置信息,而且考虑了序列内部不同位置的氨基酸间的相互影响。设计了一种将氨基酸组成和自相关系数相结合的方法来构造特征向量;在Chou提出的伪氨基酸组成模型（pseudo．aminoacidcomposition,PseAAC）的基础上,通过扩展信息重新构造了伪氨基酸组成模型,并将其与自相关系数组合在一起来构造特征向量。分别使用两种方法编码,选用支持向量机作为预测工具,在数据集Z277、Z498以及独立测试集D138上进行了若干实验,对比结果显示,新方法比传统的氨基酸组成方法的准确率分别平均提高了7．43％和8．53％,证明了新方法是有效的。     

基于序列特征融合的蛋白质可溶性预测

蛋白质可溶性在药物设计的研究中起着重要的作用,传统生物实验测试蛋白质可溶性费时费力,因此基于计算方法对可溶性进行预测成为一个重要的研究方向.针对传统可溶性预测模型不能充分表示蛋白质特征的问题,文中设计了一种基于多种蛋白质序列信息的神经网络模型PSPNet,并应用到蛋白质可溶性预测中.该模型首先使用氨基酸残基序列嵌入信息...     

结合中心氨基酸组成成分预测固有不规则蛋白质

在固有不规则蛋白质结构预测过程中,针对短的不规则结构区域特征提取困难,提出一种结合中心氨基酸组成成分进行预测的方法。利用滑窗技术,计算20种氨基酸在窗口内出现的频率,构建一个子预测器;计算窗口中心氨基酸形成不规则结构的统计概率,以此作为新的特征参数;对子预测器的结果与新的特征参数分别赋予一个系数,进行加权组合,建立基于组合模型的固有不规则蛋白质结构预测器。实验结果表明,该预测器在保持对长的不规则结构区域预测精度较高的前提下,能够显著提高短的不规则结构区域的预测精度。     

基于SVM-RFE算法的凋亡蛋白亚细胞定位预测

获取凋亡蛋白亚细胞定位的信息对揭示细胞程序性死亡的机制和注解蛋白质功能都具有非常重要的意义。鉴于实验方法确定亚细胞定位不仅费时费力而且代价过高,开发快速有效的计算方法预测亚细胞定位已成为生物信息学领域的重要研究内容之一。首先基于位置特异性得分矩阵提取氨基酸组分、二肽组分和自协方差变量等特征构建蛋白质序列的特征表示模型,然后采用递归特征消除法进行特征选择,最后选用支持向量机分类器在两个常用数据集上进行夹克刀检验。实验结果表明,该方法优于大多数已报道的预测方法,从而证明了其有效性。     

Effective solution of certain problems of theory of schedulings of nets

Cybernetics and Systems Analysis -     

机车空调逆变电源设计

本文讨论的是机车空调逆变电源系统的设计与研究。该电源系统主要是由DC/DC的BOOST升压部分和DC/AC三相逆变部分两部分组成。DC/DC部分所得直流电压通过DC/AC部分逆变成三相交流电,供给空调机组工作。同时,为使电源系统能更可靠的运行,也设计了相应的故障检测、保护等辅助电路。     

制造型企业仓储物流管理的RFID应用——卷烟厂按垛出库及到货扫描系统初探

针对国家烟草管理的现状,有关主管部门在全国推行“行业卷烟生产经营决策管理系统工程”,利用条码等自动识别技术手段实时掌握全国的生产经营信息。但某卷烟厂此前的物流环节已经是“件烟成垛”运输,如何在尽可能保持原有企业管理体系的前提下,达到有关部门的数据统计要求,解决成垛卷烟的物流和信息流的交互与统一问题成为技改的核心。该项目成功的将条码识别与射频识别有机结合起来,为烟草行业信息化提供了生动的应用案例。     

煤矿多功能物联网读写器的设计

介绍了物联网的概念和结构组成,分析了物联网在煤矿中的具体应用,详细介绍了一种具有煤矿特色的多功能物联网读写器的设计与实现。该读写器应用在物联网的感知层,能够进行物体识别和各类物理信号与环境参数的传送,为煤矿应用物联网提供了一个很好的感知层解决方案。     

机械臂绝对定位精度测量

提出了用激光跟踪仪标定机械臂的D-H参数、测量机械臂绝对位姿以及对机械臂的绝对定位精度进行分析的方法;用激光跟踪仪测量机械臂各个关节单独运动时得到的一系列离散点,就可确定机械臂各个关节的轴线,由此建立机械臂的D-H坐标系,并对D-H参数进行标定;然后,给出了由6D激光头位姿确定机械臂末端位姿的方法;最后,推出了由测量位姿值与命令位姿值相比较,得到机械臂绝对定位的位置和姿态偏差的方法;这些方法可以有效、迅速地完成对机械臂绝对定位精度的测量.     

变电站一次设备喷涂PRTV用量的分析

对国网宁夏电力检修公司宁安运维站近2年来一次设备喷涂PRTV用量的统计数据进行分析整理,得出各类一次设备按照标准要求喷涂PRTV时的用量估算值,并针对现存作业中存在的问题,提出相应解决方案。