60Co γ射线照射人肝细胞传40代后的差异表达基因谱的变化

利用基因芯片技术比较经4 Gy和8 Gy 60Co γ 射线照射后传40代的人正常肝细胞子代克隆的基因表达图谱,探讨辐射对人肝细胞基因表达的影响;利用实时荧光定量RT PCR技术对受照细胞子代两个共有的差异表达基因VTN 、INS IG1进行验证.结果显示,4 Gy照射后子代细胞差异表达显著的基因有58条;8 Gy照射后子代细胞差异表达显著的基因有882条;4 Gy和8 Gy共同差异表达的基因有16条;差异表达的基因与照射剂量有相关性.这些差异基因的功能涉及到免疫、信号转导、细胞周期调控、代谢等.RT PCR检测结果与基因芯片结果一致.结果表明不同剂量的照射可导致人肝细胞基因组的差异表达,该结果为从分子水平上探讨辐射诱发的基因组不稳定性提供基础资料.     

电离辐射诱导BALB/c小鼠骨髓细胞基因表达谱的研究

利用基因芯片技术研究了辐射后小鼠骨髓细胞基因表达谱的变化。结果发现在芯片上8079个基因中，有660个基因的表达有明显差异，其中354个基因的表达量增高，306个基因的表达量下降。在差异基因中功能或部分功能已知基因有222个，对其中差异2．5倍以上基因进行分析，发现表达差异基因涉及细胞凋亡、细胞周期、信号转导、免疫与应激、核酸合成、转运蛋白与通道蛋白等多个方面，其中以信号转导和免疫应激相关基因所占比例较多，反映出辐射对细胞损伤的多靶点、多层次及多通路的特点，深入研究这些辐射相关基因在造血辐射损伤中的作用，可为放射病治疗、肿瘤放疗提供新的靶点和方法。     

大肠癌细胞辐射敏感相关基因的筛选

应用基因芯片技术初步筛选人大肠癌细胞辐射敏感相关基因.培养2种不同辐射敏感性的人大肠癌细胞LOVO和SW480,收集细胞至少达到107数量级,提取细胞总RNA,采用人全基因组表达谱芯片获得该两株细胞的基因表达谱,分析比较两者之间基因表达的差异.1、LOVO细胞组检出基因16882个,SW480细胞组检出基因17114个.2、在2倍以上差异表达基因中筛选出上调基因908个,下调基因1312个.上调基因中包括Fas基因、NFkB基因等,下调基因中包括Caspas6基因、RAD21基因等,已有研究证明与辐射敏感相关.3、LOVO细胞中高表达的基因主要有CEACAM5、THBS1、SERPINE2、ARL7、HPGD,提示与辐射敏感相关;SW480细胞中高表达的基因主要有SCD、NQ01、LYZ、KRT20、ATP1B1,提示与辐射抵抗有关.1、大肠癌辐射敏感性的预测可以从基因水平来体现.2、表达谱基因芯片技术能快速、灵敏地预测大肠癌辐射敏感性,筛选大肠癌辐射敏感性相关基因.     

5 cGyγ射线照射正常人淋巴母细胞基因表达转录谱的变化

应用基因芯片技术分析5cGγ低剂量60^Coγ射线照射正常人淋巴母细胞（AHH-1）后基因转录产物水平变化,探讨低剂量辐射对基因表达的影响规律。5eGy印Co7射线照射AHH-1细胞后4h,提取总RNA,用包含有14112个基因探针的人类cDNA芯片分析基因转录谱,照射组与对照组细胞的基因表达量差异比值大于2或小于0．5,两次检测结果一致的基因点为有效差异表达基因;用RT-PCR进一步验证部分差异表达基因;Western blot分析蛋白表达变化。结果筛选出了11个表达上调基因,9个表达下降基因：RT-PCR检测结果与芯片结果相一致,包括Connexin43、BMPR2、NOL6、IDC51760、LYK5等基因;Western blot证实Connexin43基因在翻译水平表达亦增加。实验结果表明所筛选出的差异表达基因有助于阐述低剂量辐射生物效应机理,部分基因有可能成为低剂量辐射暴露的生物标志物。     

低剂量γ射线辐照对人淋巴母细胞基因表达转录谱的影响

为探讨低剂量电离辐射生物效应作用机制,本文研究了不同剂量单次辐照后,人淋巴母细胞基因表达转录谱的变化。采用0．1Gy、0．5Gy和1．0Gy剂量的γ射线照射人淋巴母细胞,未照射细胞为对照组。照射后4h提取细胞总RNA,用含有45033个基因的人类全基因组表达谱芯片检测分析。对差异表达基因进行层次聚类分析、基因本体论分析和通路分析,并用实时荧光定量PCR验证。结果表明,3个剂量组均上调表达的基因1330个,下调表达的基因1002个。基因表达量与吸收剂量相关的基因共18个,其中与剂量正相关的基因16个,负相关的基因2个。层次聚类分析结果表明,4个实验组中,0．1Gy和1．0Gy照射组差异表达基因相似程度最高。这些差异表达的基因涉及到多条通路,如细胞周期、p53信号通路、碱基切除修复、RNA转运和内质网蛋白加工等。实时荧光定量PCR检测结果表明,CASP9（caspase9）mRNA在照射后4h随吸收剂量表达变化与基因芯片检测结果一致。基因芯片筛选出的差异表达基因有助于阐明低剂量辐射生物效应作用机理,与辐射剂量相关的差异表达基因有可能成为低剂量辐射暴露的生物剂量计。     

0.2 Gy γ射线照射人外周血淋巴细胞不同时间点差异基因表达谱研究

利用全基因组基因芯片技术对0.2Gyγ射线照后2、12、24小时点的人淋巴细胞和未照射的人淋巴细胞基因差异表达谱进行了研究和分析。结果表明,照后2小时的差异表达基因有44条,其中明显上调的差异表达基因有38条,明显下调的差异表达基因6条;照后12小时的差异表达基因有247条,其中明显上调的差异表达基因有151条,明显下调的差异表达基因96条;照后24小时的差异表达基因有704条差异基因表达谱,其中明显上调的差异表达基因有392条,明显下调的差异表达基因312条;共同差异表达基因只有6条。主要涉及到以下几类型基因:干扰素调节有关基因;生长抑制、DNA损伤有关基因;与P53调控有关的基因;与肿瘤坏死因子有关的基因;与细胞周期调控及凋亡有关的基因等等。RT-PCR结果表明,MERTK及TAIAP12个差异表达基因,其相对定量结果与基因芯片检验结果相一致。     

辐照后非小细胞肺癌差异表达基因的生物信息学分析

为了探讨辐射对非小细胞肺癌(NSCLC)lncRNA基因表达的影响,我们从GEO数据库中检索获得非小细胞肺癌辐照反应后Y染色体lncRNA基因表达谱数据芯片"GSE147708",并进行多个在线数据库分析.利用GEO2R筛选差异表达基因;DAVID在线工具进行GO和KEGG富集分析;String在线网站构建蛋白互作网络...     

电离辐射后肿瘤相关成纤维细胞中差异表达基因的生物信息学分析

为了探讨电离辐射对肿瘤相关成纤维细胞中基因表达的影响,我们从GEO数据库中检索获得电离辐射处理后的肿瘤相关成纤维细胞基因表达谱数据芯片GSE37318,利用GEO2R软件筛选差异表达基因;利用DAVID工具进行GO和KEGG途径富集分析;利用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络并获取核心基因;利用GEPIA进行预后价值分析。结果共筛选获得上调表达基因144个,下调表达基因54个,主要富集在细胞应激、DNA损伤、细胞周期、衰老、细胞凋亡、氧化应激和p53信号通路等功能途径。构建了包含103个节点, 376条边的蛋白质相互作用网络,获得了前20个枢纽基因。预后分析表明:MCM10、DLGAP5、FANCI、CENPA、CDC6、FBXO5、NCAPG和DTL等辐照后表达下调的枢纽基因,其表达水平均与肺癌患者的总生存时间呈负相关(p0.05);PCNA等辐照后表达上调的枢纽基因,其表达水平也与肺癌患者的预后呈负相关(p0.05)。结果提示,电离辐射处理能导致肿瘤相关成纤维细胞中部分基因表达上调,部分基因表达下调,这些差异表达基因为评估肿瘤放疗效果、病人预后以及复发转移风险提供了潜在的分子标记。     

50 cGy γ射线照射人肝细胞基因差异表达谱研究

本研究利用基因芯片技术对50 cGy γ射线照射的人肝细胞和未照射的人肝细胞基因差异表达谱进行了研究和分析.研究结果表明:在所分析的14 000多条基因中,共有614条差异基因表达谱,其中明显上调的差异表达基因有521条,明显下调的差异表达基因93条.主要涉及到以下几种类型基因:与线粒体调控有关的基因;与甲型肝炎病毒受体有关的基因;与肿瘤坏死因子有关的基因;与细胞周期调控有关的基因;与激酶有关的基因;以及与锌指蛋白有关的基因等等.用RT-PCR进一步验证了部分差异表达基因:四个表达上调基因HAVcr-1、HAVcr-2、MFTC、MOAP1和2个表达下调基因TRIP12、DCN,检测结果与基因芯片结果相一致.     

辐射诱导人肝细胞子代基因差异表达及生物信息学分析

利用基因芯片技术和实时荧光定量RT-PCR技术,采用不同剂量60Coγ射线照射人正常肝细胞系HL-7702细胞,观察比较受照细胞克隆子代基因表达图谱的变化,筛选出差异表达基因,利用生物信息学方法分析构建基因相互作用网络图,对部分差异表达基因进行验证。结果表明,与对照组相比,共同的差异表达基因有71个,其中上调的35个,...     

不同剂量γ射线照射人肝细胞差异基因表达谱的研究

利用基因芯片技术,对受不同剂量(0.5Gy、2Gy、4Gy)γ射线照射的人肝细胞和未受照射的人肝细胞基因差异表达谱进行了研究和分析。结果表明,在所分析的14000多条基因中,三个不同照射剂量共同差异表达的基因表达谱有284条,其中明显上调的差异表达基因有261条,明显下调的差异表达基因23条。主要涉及到以下几类型基因:与干扰素受体有关的基因;与线粒体调控有关的基因;与甲型肝炎病毒受体有关的基因;与细胞周期调控有关的基因;与激酶有关的基因;以及与锌指蛋白有关的基因等等。对4个表达上调基因HAVcr-1、HAVcr-2、MFTC、MOAP1和2个表达下调基因TRIP12和DCN进行了荧光定量RT-PCR验证,实验结果与基因芯片检验结果相一致。     

辐射敏感基因Pig-a、Gadd45α和Hprt作为潜在生物剂量计的实验研究

为了提高对辐射遗传损伤效应的检测能力,同时建立一种快速简便的生物剂量估算方法,选择Piga、Gadd45α及Hprt 3个基因,运用其m RNA表达水平的变化,筛选可能作为电离辐射生物剂量计的辐射敏感基因。采用RT-qPCR检验非放射从业健康人群(对照组)和放射从业人员(暴露组)外周血中目的基因的相对表达量,分析辐射敏感基因本底表达量的平均值、波动范围和变异系数;应用不同剂量(0 Gy、0.10 Gy、0.25 Gy、0.50 Gy、1.00 Gy、2.00 Gy、5.00 Gy)的X射线照射健康成年人外周血,6 h后用RTqPCR检验目的基因的相对表达量,二项式曲线回归分析存在的剂量–效应关系。结果表明:Pig-a、Gadd45α基因在对照组中本底水平差异较小;Hprt基因本底水平差异较大,变异系数大于20%;Hprt基因在对照组中表达量高于暴露组;Gadd45α基因与Pig-a基因在对照组中的表达量低于暴露组,两组比较有统计学意义(p0.05)。Gadd45α、Pig-a基因表达量的本底水平与照射剂量存在剂量–效应关系,提示Pig-a基因与Gadd45α基因表达量的变化可能作为电离辐射生物剂量计应用。     

pEgr-ssEndostatin的构建及其在体外的辐射诱导表达

为探讨pEgr-ssEndostatin重组质粒转染B16细胞后接受不同辐射剂量以及接受同一剂量不同时程endostatin表达的规律。采用RT-PCR方法从鼠肝脏中扩增出Endostatin cDNA,连入信号肽,构建了pEgr-ssEndostatin重组质粒,用脂质体介导的转染法转染小鼠B16细胞,用ELISA方法检测B16细胞上清中endostatin的表达水平。结果表明的分泌型Endostatin序列与报道完全一致,Egr-1启动子和Endostatin cDNA正确插入表达载体pcDNA3．1;pEfr-ssEndostatin具有辐射诱导表达特性。提示小鼠Endostatin基因成功地被克隆和表达,Egr-1启动子具有辐射激活和诱导下游基因表达增强的功能。     

用基因芯片技术分析不同剂量60Coγ射线照射后淋巴细胞株的差异基因表达谱

用基因芯片来筛选不同剂量辐射诱导的差异表达基因,为快速生物剂量指标的筛选提供科学依据。用0．5、3和8Gy60Coγ射线照射指数增长期的淋巴细胞永生化细胞株,24h后提取细胞总RNA、反转录成cDNA、标记后用基因芯片筛选各剂量点的差异表达基因;并用实时荧光PCR对某些基因表达水平进行定量分析。结果发现,0．5、3和8Gy剂量组分别有16、240和462个差异表达基因,其中在三个剂量组均上调或下调的基因分别为4个和3个。对TP5313基因进行实时荧光PCR定量分析,结果与芯片结果一致。电离辐射诱导的TP5313、GDF15、CDC43EP5、S100A4、IGJ和KLF2等基因的mRNA表达水平变化有可能与照射剂量有关。     

P53基因、Bcl-XL基因表达对淋巴性肿瘤细胞株辐射敏感性的影响

本文运用PCR－SSCP银染法检测人淋巴细胞恶性肿瘤株8226、U266、Raji、Jurkat、Daudi p53基因状态,RT－PCR半定量检测了Bcx-xL的mRNA的相对表达,DNA片段释放法检测细胞受照后24h的细胞DNA链断裂量,探讨了p53基因功能状态及Bcl-xL基因表达对细胞株8226、U266、Raji、Jurkat、Dsaudi辐射敏感性的影响。结果表明,淋巴细胞恶性肿瘤株8226、U266、Raji、Jurkat、Daudi均存在p53基因突变,高表达Bcl-xL基因的细胞株较低表达细胞株有较强的辐射耐性。     

用基因芯片技术分析不同剂量60 C0γ射线照射后淋巴细胞株的差异基因表达谱

用基因芯片来筛选不同剂量辐射诱导的差异表达基因,为快速生物剂量指标的筛选提供科学依据.用0.5、3和8Gy60Coγ射线照射指数增长期的淋巴细胞永生化细胞株,24h后提取细胞总RNA、反转录成cDNA、标记后用基因芯片筛选各剂量点的差异表达基因;并用实时荧光PCR对某些基因表达水平进行定量分析.结果发现,0.5、3和8 Gy剂量组分别有16、240和462个差异表达基因,其中在三个剂量组均上调或下调的基因分别为4个和3个.对TP5313基因进行实时荧光PcR定量分析,结果与芯片结果一致.电离辐射诱导的TP5313、GDFl5、CDC43EP5、S100A4、IGJ和KLF2等基因的mRNA表达水平变化有可能与照射剂量有关.     

1.0 Gy ~（60）Coγ射线诱导人淋巴细胞基因表达的改变

利用Human-6全基因组表达谱微珠芯片技术和实时荧光定量RT-PCR技术,采用60Coγ射线1.0 Gy剂量照射人离体外周血淋巴细胞,观察比较照后不同时间基因表达水平的改变,并对部分差异表达基因进行验证。结果表明：与对照组相比,照后6 h,差异表达基因有2 615条,其中上调的1 267条,下调的1 348条;照后1...     

RNAi抑制人宫颈癌细胞HSF1基因表达增强细胞辐射敏感性的实验研究

通过RNA(Ribonucleic acid)干扰技术下调人宫颈癌细胞中热休克转录因子HSFI(Heat shock tran-scriprion factor1,HSF1)基因的表达,探讨沉默HSF1基因后,对宫颈癌细胞辐射敏感性的影响.将表达siRNA的HSF1-pSilencer2.1-U6 neo质粒表达载体,采用脂质体转染法转入宫颈癌细胞,用实时荧光定量PCR(Realtime polymerase chain reaction,RT-PCR)检测HSF1mRNA表达水平,流式细胞仪检测蛋白质量,克隆法检测细胞的辐射敏感性.结果发现,与空白组细胞及阴性对照组细胞相比转染HSF1A-pSilencer2.1-U6neo质粒表达载体的细胞HSF1mRNA表达明显下降,同时Hela细胞的辐射敏感性也随着HSF1基因表达的下调而增高.表明siRNA质粒表达载体HSF1A-pSilencer2.1-U6neo转染细胞后可以降低HSF1的表达,可以增强宫颈癌细胞的辐射敏感性,具有良好的临床应用前景.     

增加UHRF1的表达降低乳癌细胞的放射敏感性

为了了解基因UHRF1(ubiquitin-like,containing PHD and RING finger domains,1)基因对乳癌细胞的生长、增殖和辐射敏感性的影响,将全长UHRF1基因的cDNA克隆至真核表达载体pcDNA3中,通过脂质体介导转染入乳癌细胞MDA-MB-231,筛选出UHRF1高表达的细胞株.借助生长曲线、集落形成实验,研究基因转染细胞的生长、增殖能力;通过γ射线辐照后的集落形成实验,观察基因转染对细胞辐射敏感性的影响.实验结果显示,与MDA-MB-231母细胞和转染了pcDNA3"空"质粒的MDA-MB-231/pcDNA3细胞相比,转染有UHRF1基因的MDA-MB-231/UHRF1细胞的生长率和克隆形成率都未有明显改变,但细胞的辐射敏感性明显降低,这些结果首次揭示人类UHRF1基因的表达水平并不影响乳癌细胞MDA-MB-231的生长和增殖能力,但可以调节其辐射敏感性,具体机制有待进一步深入研究.     

辐照后A549细胞中差异表达lncRNAs的生物信息学筛选及预后价值分析

利用生物信息学方法筛选辐照处理后肺腺癌A549细胞中的差异表达lncRNAs,从Gene Expression Omnibus(GEO)公共数据库获得辐照后肺腺癌A549细胞的基因表达芯片GSE24876,利用GEO2R软件分析差异表达基因,利用DAVID在线数据库对差异基因进行重注释获取差异表达的lncRNAs。结果共筛选出相关的差异表达lncRNAs 33个,与未辐照处理的A549细胞相比,有4个表达上调,29个表达下调,差异均具有统计学意义。利用Gene-E软件进一步分析和验证lncRNAs的表达情况,结果与GEO2R的分析基本一致,但需进一步实验验证。预后分析的结果表明,高表达LINC00319(HR 1.21[1.02~1.42],p=0.026)和LINC01095(HR1.18[1.01~1.40],p=0.042)的肺癌患者拥有较差的总生存期。