蛋白质序列的图形表示及其应用

基于DNA序列的chaos game representation(CGR)图形表示,文中给出了一种新的蛋白质序列的3D空间表示,其空间曲线的x、y轴坐标由Randic文章中的方法得到,z轴坐标由蛋白质序列中氨基酸的累积个数得到。蛋白质序列的3D空间表示得到的曲线比Randic的2D图形表示具有更好的可视性。利用不同的数学方法,对所得到的曲线进行了数值刻画;基于得到的数值刻画,比较了9个不同物种的线粒体NADH脱氢酶的相似性。     

一种新的基于3D图形的进化树构造方法

生物信息资源更新越来越快，使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点，用图形表示DNA序列的方法越来越成熟。基于DNA序列的3D图形表示法，提出一种新的进化树构造方法：将DNA基本序列表示成空间3D图形，并计算与序列相对应的非负实对称矩阵；计算新的特征参数C表征序列特性，并获得相对进化距离；基于可凝聚的层次聚类算法构造不同基因序列的进化树。采用中国不同地区的12组禽流感基因HA（H5N1）序列进行试验，最后获得了相应的进化关系。     

一个对简单度序列可图性的充要条件

对于一个图G,记点v_i的度为d_i(i=1,2,...,n),那么图G的所有点的度就构成了一个度序列D=(d_1,d_2,...,d_n)。给一个正整数序列D=(d_1,d_2,...,d_n)nd_1≥d_2≥...≥d_n≥0,如果序列D是某个图G的度序列,那我们就说序列D=(d_1,d_2,...,d_n)是可图的。本文主要给出一个简单度序列可图的充要条件。     

混合图的埃尔米特-ABC能量

设M为一个混合图,在M的每一条边和弧上加上ABC权,可得到一个加权埃尔米特邻接矩阵ABCH(M),称此矩阵特征值的绝对值之和为M的埃尔米特-ABC能量.给出了混合图的埃尔米特-ABC能量的一些界,并刻画了两个有向图D1和D2的埃尔米特-ABC能量与混合图D1∨D2的埃尔米特-ABC能量之间的关系.     

一些 DNA 图的标号

为了读取DNA序列,Blazewicz等人提出了(α,k)-可标号的有向图的概念,称有向图D是DNA图若D是(4,k)-可标号的.基于此,证明了(α,k)-可标号的有向路和有向圈的充要条件.设T是一棵只有一个入(出)度为0的点的定向树,还证明了T是(α,k)-可标号的有向图的必要条件和T是DNA图的充要条件.     

给定度序列的双圈图的极值图

设G是一个简单连通图,Rf(G)表示图G的某个基于相邻顶点的度定义的分子拓扑指数.为得出一个给定度序列的双圈图最大或最小的Rf(G),利用反证法,获得了使双圈图最大化及最小化的Rf的极值图,并给出一个算法构造其极值图,进而得出结论.     

两个双向圈的双色有向图的本原指数

一个双色有向图D是本原的,如果存在非负整数h和k,且h k＞0,使得D中的每一对顶点(i,j)都存在从i到j的(h,k)-途径,则称h k的最小值为D的本原指数.本文考虑了一类特殊的双色有向图,它的未着色图有(2n-1)个顶点,包含4个n-圈和2n个2-圈,给出了本原条件和指数上界,没有给出一个紧上界.     

一类含有三个圈的双色有向图本原指数上界

一个双色有向图D是本原的,如果存在非负整数h和k,且h+k>0,使得D中的每一对顶点(i,j)都存在从i到j的(h,k)-途径,则称h+k的最小值为D的本原指数.考虑了一类含有三个圈的双色有向图,它的未着色图有n个顶点,包含一个n-圈和两个(n-2)-圈.给出了本原条件和指数上界,并对极图进行了刻划.     

图度序列平方和的不等式

图的度序列是图论研究中的一个基本课题,给出并证明了有关图度序列平方和几个不等式的两个定理.     

一类双色有向图的指数上界

一个双色有向图D是本原的,如果存在非负整数h和k,且h+k＞0,使得D中的每一对顶点(i,j)都存在从i到j的(h,k)-途径,则称h+k的最小值为D的本原指数.考虑了一类特殊的双色有向图,它的未着色图有(2n-t-2)个顶点,包含一个n-圈和一个(n-t)-圈,给出了本原条件和指数上界,并对极图进行了刻划.     

基于色度学空间的多元图表示

针对传统的多元图表示可以表示信息在空间中的几何分布,但无法表示类别概率的缺点,本文提出基于色度学空间的彩色多元图表示。在保留传统多元图表示优点的基础上,集成了色度学维度,利用色度混合原理表示不同类别数据在空间点所占的比例,有利于通过直观的视觉认识类别分布信息以及引入图像处理方法。比传统的多元图表示更适合可视化模式识别的应用。     

基于卷积神经网络的链接表示及预测方法

针对节点全局表示和链接局部拓扑关系,提出链接序列化表示及卷积神经网络（CNN）提取序列特征的链接预测方法.研究节点间的局部拓扑及共邻关系,基于共邻紧密度构建链接局部拓扑的有序节点序列,并用node2vec节点向量表达生成潜在链接的矩阵表示;基于CNN建立链接预测的分类模型,采用CNN可变滤波器窗口卷积运算提取序列中共邻与节点对的多层隐含关系,分类训练实现链接的有效预测.在4种大规模网络数据集上的实验结果表明,相比已有方法,该方法的AUC值有显著提高,最高达12.4%,稳定性及普适性较强,解决了传统方法对大规模稀疏网络的预测准确率下降问题.     

一种新的RNA二级结构的三维图形表示

用图形法表示生物分子序列是生物信息学的一个重要研究课题,其中RNA二级结构以廖波提出的三维图形表示法应用比较广泛。在该算法的基础上,对二级结构中的自由基进行进一步划分,划分为假结内自由基和假结外自由基,并以此为基础提出了一种新的RNA二级结构三维图形表示法。将此表示法应用在随机抽取的5种含有假结的RNA分子上,可以有效地计算出它们之间的相似度。     

融合多通道信息的二维人脸识别

为充分提取人脸图像信息,进一步提高人脸识别效率,提出了一种融合图像多通道信息的二维人脸识别方法.该方法利用Haar小波变换将人脸图像变换到频率域,并获得图像4个频率域的信息;对每个频率域的图像,通过局部二值模式(LBP)进行统计编码,并提出基于HaarLBP直方图序列的人脸图像表征方法;提出2种直方图序列的匹配算法,并通过分析各个频域图像信息对识别的贡献率,进一步融合4通道图像信息进行人脸识别.在ORL和Yale人脸库上的实验结果证明,提出的识别方法对于人脸姿态、表情和光照变化有一定的鲁棒性.     

“文革”时期版画图式探析

＂文革＂时期的版画受特殊政治因素的影响,同时也因着其自身的特质因素,形成特定的图示语言。对＂文革＂版画的红海洋、漫画化、高大全、文字标题四个方面的图示特征进行了研究与探讨。     

画法几何在机构分析中的应用

画法几何学是在平面上图示与图解空间几何问题的一种简单明了、形象直观、并易于掌握的方法.首先根据所需解决的问题进行几何分析,然后进行图示和图解,最后在所建立的画法几何模型基础上建立数学关系式,为借助计算机进行动态分析提供条件.本文作者运用画法几何的方法,分析了两轴的运动学联系的问题.     

由已知Bent序列构造新的Bent序列

从Bent函数的序列表示出发,通过对Walsh-Hadamard矩阵性质的研究,得到了n阶Walsh-Hadamard矩阵Hn的每一行取反向及隔位取负仍为该矩阵的某行,任一行的奇数位项及偶数位项为n-1阶Walsh-Hadamard矩阵Hn-1的某行,由此给出了由两个已知Bent序列,通过不同的级联构造Bent序列的三种方法,并得到了由4个Bent序列级联而成的序列为Bent序列的充要条件为:该级联序列中的前两个序列及后两个序列的插位构成的序列为Bent序列.     

广义高斯分布在数据可视化中的应用

广义高斯分布是一类以高斯分布为特例的对称分布,在科学和工程上都有广泛的应用.利用广义高斯分布对Gabor相位进行建模,所得参数通过PCA降维到2维或3维空间,数据集的信息结构得到直观的展示,实现了数据的可视化.在COIL—100中目标可视化的实验进一步证实了广义高斯分布这一概率模型对没有直接欧几里德表示的数据集建模的可行性.     

协同装配建模关键技术的研究

装配接口表达方案和协同装配模型修改实时传播机制是协同装配建模研究的重点.本文研究了协同装配建模过程中产品各组件之间的关联关系,提出了新的装配接口表达方案,该方案信息全面,有利于实现协同装配建模;XML语言具有局部更新能力,可采用基于语义传输的方法,能解决三维实体模型传输数据量大、系统不能及时响应的问题,利用XML对装配接口表达进行定义,通过对XML解析实现了装配模型修改的实时传播控制;最后,在协同装配建模环境下给出了修改信息的实时传播系统体系框架.