基于分子对接和药效团的磷脂酶PLA2G1B抑制剂的虚拟筛选

磷脂酶PLA2G1B 与饮食诱导肥胖及相关代谢紊乱密切联系,研究表明一些天然类黄酮化合物对磷脂酶有抑制作用. 采用整合分子对接和药效团策略筛选PLA2G1B靶向小分子抑制剂. 对5种类黄酮化合物与PLA2G1B靶标进行分子模拟对接,分析其相互作用,建立基于配体分子共同特征（HipHop）的药效团模型,应用该模型对ZINC数据库中小分子化合物进行筛选,并对匹配评分良好的化合物进行类药性和药代动力学性质（ADME）预测分析. 结果表明,山柰酚、木犀草素、槲皮素、杨梅素和表没食子儿茶素没食子酸酯与PLA2G1B均能较好结合,结合能为?7.17~?6.17 kJ/mol;所构建的药效团模型含有3个氢键供体和1个氢键受体4个特征元素;通过对ZINC数据库中10 897个小分子的筛选,共得到722个分子,命中率为6.6%. 其中匹配评分>2.5的29个化合物均满足Lipinski规则,大部分化合物的ADME参数良好. 研究结果为PLA2G1B抑制剂设计及先导化合物发现提供了参考数据.     

促分裂原活化蛋白激酶激活的蛋白激酶-2全新抑制剂的3D-QSAR研究

促分裂原活化蛋白激酶激活的蛋白激酶-2(MK-2)可以作为治疗类风湿性关节炎(RA)的靶标,并显示出巨大的潜力,此类酶的抑制剂用于治疗RA具有相当好的疗效,一系列β咔啉衍生物对于MK-2具有高的活性和选择性。通过自组织分子场(SoMFA)分析方法建立了MK-2抑制剂———β咔啉衍生物的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型。SoMFA模型的相关系数r2=0.731,交叉验证相关系数q2=0.686,标准偏差s=0.388,Fisher检验值F=63.538。该模型具有很好的稳定性和较为满意的预测能力。     

基于改进的CoMFA方法研究新生霉素抑制剂的定量构效关系

为了改善药物开发过程中由于候选分子类药性差而导致药物开发失败的现状,通过克服比较分子场分析(CoMFA)自身描述符的局限性,对70个新生霉素小分子进行大量的描述符计算,每个小分子得到6 122个描述符,并对所得描述符进行筛选,将最终获得的4个关键描述符引入标准CoMFA模型中,以获得有助于判断目标小分子是否具有类药性的改进的CoMFA模型.结果显示,所得最优模型是同时添加了POS_05_-O-和极性可及面积(polar surface area,PSA)两个描述符的.通过对该改进的CoMFA模型进行统计分析,发现该模型的Q~2、R_(ncv)~2和R_(pre)~2均比标准CoMFA模型提高.所得模型的等高线图为分子改造提供了建议,并验证了模型的可靠性.分析POS_05_-O-和PSA描述符在70个小分子中的分布,发现有20个小分子既含有POS_05_-O-描述符,且PSA在90~110,占高活性分子的91%,表明这2个描述符的确有利于提高小分子活性,同时也有利于分子的口服生物利用度.     

促分裂原活化蛋白激酶激活的蛋白激酶-2全新抑制剂的3D-QSAR研究

促分裂原活化蛋白激酶激活的蛋白激酶-2(MK-2)可以作为治疗类风湿性关节炎(RA)的靶标,并显示出巨大的潜力,此类酶的抑制剂用于治疗RA具有相当好的疗效,一系列β咔啉衍生物对于MK-2具有高的活性和选择性。通过自组织分子场(SoMFA)分析方法建立了MK-2抑制剂———β咔啉衍生物的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型。SoMFA模型的相关系数r2=0.731,交叉验证相关系数q2=0.686,标准偏差s=0.388,Fisher检验值F=63.538。该模型具有很好的稳定性和较为满意的预测能力。     

基于虚拟技术的数据库I/O解决方案研究

探讨了数据库系统的主要性能瓶颈——I/O问题和虚拟技术及其应用,将虚拟技术引入数据库I/O解决方案中,建立了基于虚拟技术的数据库I/O解决方案模型,通过实验和对实验结果进行测试、对比、分析,证实了虚拟技术解决数据库I/O问题的可行性.研究表明,虚拟技术是解决数据库I/O问题的一种较好的方法.     

持久性有机污染物4, 4'-DDE和CB-153的反向虚拟筛选

分子对接是一个预测蛋白质与配体的结合模式和结合自由能的强有力的计算工具.该方法起源并主要应用于药物设计与研发领域,而其设计思想却可以服务于很多其他领域的研究.详细叙述了分子对接的基本原理和方法,并进一步介绍了应用广泛的基于分子对接的虚拟筛选技术.然后,结合已发表的文献,具体介绍了分子对接方法在蛋白质工程、生物修复、生物传感器及纳米科学等领域的应用.这将有助于分子对接方法及相关技术更好地服务于非药物发现领域的研究工作.

     

吲唑类PI3Kδ选择性抑制剂活性 理论模型的构建

吲唑类PI3Kδ选择性抑制剂是一类新的靶向抗癌药物,有的已开始应用于临床.为了研究PI3Kδ抑制剂的活性pIC50与结构之间的定量结构-活性关系,在分子拓扑理论的基础上,计算了47个PI3Kδ抑制剂分子的分子形状指数和电性拓扑状态指数,筛选了分子形状指数的K_1,K_3,K_4和电性拓扑状态指数的E_7,E_(16),E_(19)共6种结构参数,建立了这些PI3Kδ抑制剂分子的活性与K_1,K_3,K_4,E_7,E_(16),E_(19)这6种结构参数的定量结构-活性相关性多元回归模型,并将这6种参数作为神经网络输入层变量,47个PI3Kδ抑制剂分子的活性为输出层变量,采用6∶4∶1的网络结构方式,建立了预测能力强的神经网络模型,其总相关系数r为0.979 4,利用该神经网络模型计算得到的预测活性值与实验值的平均相对误差为1.92%.结果表明,PI3Kδ选择性抑制剂的活性与6种分子结构参数之间有良好的非线性关系,基团的类型、基团的连接位置以及相互之间的作用均能影响PI3Kδ选择性抑制剂的活性.     

高效降解OTA的发酵工业用菌株筛选及鉴定

赭曲霉毒素A(OTA)是粮食类食品中常见的一种真菌毒素,生物方式降解OTA是目前最具前景的研究方向,而高效降解OTA的菌种筛选仍是生物降解的重要研究内容.研究用缺陷型培养基从土壤中采用TLC法、HPLC法经初筛和复筛获得高效降解OTA的菌株.最终得到4株菌M00120、M30011、M10012及M40011,其降解率分别为99%、81%、76%及71%.随后对其进行鉴定,并根据降解效率及应用安全性,发掘得到具有较大应用价值的黑曲霉M00120及米曲霉M30011,为其进一步在发酵上的应用提供研究依据.     

新烟碱类结构与活性的COMFA及CoMSIA研究

采用比较分子场分析(comparative molecular field analysis,CoMFA)和比较分子相似性指数分析(comparative similarity indices analysis,CoMSIA)方法,分别对一系列新烟碱类杀虫剂及相关化合物烟碱乙酰胆碱受体激动剂进行了结构与活性关系的研究,构建了CoMFA及CoMSIA模型;该模型具有较好的预报能力和拟合能力,CoMFA:q2=0.563,r2=O.950;CoMSIA:q2=0.657,r2=0.973.通过三维等势图分析得出了对新烟碱类活性影响较大的基团或原子,为新烟碱类化合物的进一步研究提供了依据.     

虚拟现实及应用的研究

介绍了虚拟现实及其发展过程、系统组成、关键技术及其应用,提出了开展虚拟现实研究的原则。     

离心泵叶轮虚拟样机的三维建模与网络可视化

采用传统木模线法设计叶轮需要根据物理样机的试验结果反复修改,费时费力且精度不高。基于Pro/E建立了虚拟样机,并创建了网络虚拟现实展示环境。在提高设计质量、缩短研发周期的同时,为三维协同设计构建了可视化环境,提出了CAD与虚拟现实技术集成化的未来设计模式。     

企业集群与虚拟企业的对比及其发展研究

分析了企业集群和虚拟企业两种不同组织模式的概念、共性、差异性,指出虚拟企业集群是能有效结合二者优势的全新组织模式,并且分析了其基本特征。     

电子商务中的虚拟现实技术研究

介绍楼盘信息网中如何利用VRML技术实现复杂动画的制作,从而对电子商务的虚拟现实技术及其在电子商务的应用加以研究。     

基于骨骼蒙皮动画的三维虚拟士兵研究

虚拟士兵在战场仿真中被广泛运用,是三维虚拟战场中重要的仿真实体,其逼真的战术动作以及其智能的决策行为可有效地增加战场的沉浸感。介绍了虚拟士兵的运动控制方式和骨骼蒙皮动画的技术原理,利用Poser、3DS MAX建模软件进行虚拟士兵模型创建,并在XNA环境下实现模型的绘制和走、跑、卧倒、匍匐、持枪冲锋、射击等基本战术动作的运动控制,可广泛应用于下一步的军事对抗模拟系统中。     

虚拟企业经营的研究

论述了虚拟企业的基本概念、经营管理的基本形式、基本特征,以及管理模式,指出了虚拟企业保持技术领先的唯一办法就是促使员工不断学习,鼓励员工在企业经营管理的各个层面上的创新.     

虚拟专用网的研究与实现

分析了虚拟专用网的现状和Internet现存的安全问题,提出用虚拟专用网来解决Internet存在的安全问题,从根本上解决了Internet面临的不安全因素的威胁,并对这一解决途径进行了设计与实现,对虚拟专用网的关键技术作了进一步探讨.