八宝豆豉制曲过程中微生物多样性与蛋白酶活性的动态变化及其潜在相关性

该研究采用高通量测序技术研究八宝豆豉制曲过程中微生物的演替规律,并对3种蛋白酶活性进行动态监测,进而利用皮尔森相关性分析建立优势菌属与蛋白酶活性的潜在关系。高通量测序结果表明,八宝豆豉制曲过程中,细菌菌群多样性高于真菌菌群多样性,且发酵使得微生物群落结构产生了较大的差异,从中共确定出9种优势微生物属（相对丰度＞1%）,包括6种优势细菌属和3种优势真菌属,且以芽孢杆菌属（Bacillus）和曲霉属（Aspergillus）为主。蛋白酶活性分析结果表明,碱性和中性蛋白酶为制曲阶段的主要蛋白酶。皮尔森相关性分析结果表明,Bacillus、Aspergillus、葡萄球菌属（Staphylococcus）以及假单胞菌属（Pseudomonas）这4种优势菌属与蛋白酶活性表现出正相关关系,而其他优势微生物属均与蛋白酶活性呈负相关关系。     

传统大豆酱不同发酵阶段微生物多样性变化

传统大豆酱发酵过程中不同发酵阶段微生物群落的差异比较大,该研究使用Illumina MiSeq方法对细菌和真菌基因序列进行分析,比较不同发酵阶段微生物群落结构组成及其多样性变化。结果表明,在细菌的群落结构上,前发酵阶段,发酵的第1、30和50天,优势菌门主要是厚壁菌门(Firmicutes),优势菌属主要为芽胞杆菌属(Bacillus);在低盐固态发酵阶段的第75和165天时,四联球菌属(Tetragenococcus)为主要优势细菌属。在真菌的群落结构上,发酵1 d时毛霉菌门(Mucoromycota)为优势菌门,毛霉属(Mucor)为主要优势菌属,其他发酵阶段均以子囊菌门(Ascomycota)为优势菌门,曲霉属(Aspergillus)为主要优势菌属。     

四川传统腊肉中微生物群落结构研究

为了揭示四川腊肉的微生物多样性和群落结构,基于Illumina Mesiq高通量平台,对腊肉样品中细菌16S rRNA的V3-V4区和真菌的ITS区进行测序。结果表明:不同腊肉样品的Shannon指数、Chao1指数和ACE指数存在差异,并且细菌的多样性指数高于真菌;在腊肉样品中共检测出5个细菌门,共有优势门为厚壁菌门(Firmicutes),62个细菌属,共有优势属为葡萄球菌属(Staphylococcus);4个真菌门,共有优势门为子囊菌门(Ascomycota),70个真菌属,共有优势属为曲霉属(Aspergillus)。主成分分析结果表明,不同来源的样品间微生物组成有一定差异,为四川传统腊肉的品质控制提供参考依据。     

镇巴腊肉生产过程中微生物组成及多样性变化

基于高通量测序技术,对镇巴腊肉加工过程不同阶段的微生物种群组成进行鉴定和分析,同时对细菌表型及相关功能进行预测。结果表明：镇巴腊肉生产加工过程中,真菌丰度大于细菌丰度,并随着发酵时间及加工工艺变化,微生物群落存在明显的演替;镇巴腊肉中丰度最高的细菌为厚壁菌门（Firmcutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属随着加工步骤推进由原料肉样品中的大肠-志贺氏菌属演替为腌制时期和熏制时期的葡萄球菌属（Staphylococcus）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和乳杆菌属（Latilactobacillus）;丰度最高的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属由镰刀菌属（Fusarium）和被孢霉属演替为镰刀菌属（Mortierella）和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）;基于菌落演替变化及细菌表型和功能预测,发现镇巴腊肉在加工过程中有害微生物不断减少,利于发酵的微生物逐渐增加,促进镇巴腊肉风味物质形成。     

雪茄烟发酵过程微生物群落结构及物种均衡性变化特征

为明确雪茄烟叶发酵过程中微生物群落组成、结构及物种均衡性的变化特征,基于高通量测序技术,采用细菌、真菌多样性指数比值分析方法,对不同发酵阶段雪茄烟叶表面细菌、真菌进行分析。结果表明,随发酵进行,细菌α多样性先升高后降低,在PEF3（中期）达到最高值;真菌α多样性基本稳定,仅在发酵PEF4（后期）显著降低;物种均衡性在前中期小幅度升高,但在PEF4后显著降低。PCoA分析显示,未发酵与发酵前中期细菌群落结构相似,与发酵后期明显分离。在发酵过程中,细菌葡萄球菌属（Staphylococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和真菌明梭孢属（Monographella）、曲霉菌属（Aspergillus）、青霉菌属（Penicillium）为主要优势菌属。影响物种均衡性的关键微生物群落变化规律是:由发酵初期的泛生菌属（Pantoea）、甲基杆菌属（Methylobacterium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）,变为发酵中期马赛菌属（Massilia）、壤霉菌属（Agromyces）、根瘤菌科（Rhizobiaceae）,最后稳定为Staphylococcus、Pseud...     

基于高通量测序技术对6种黄酒酒曲中微生物多样性的研究

本研究以6种黄酒酒曲为原料,利用高通量测序技术,研究酒曲中细菌和真菌的微生物群落结构及其多样性。结果显示,大米红曲（JQ1）、小米红曲（JQ2）的细菌群落结构及真菌群落结构都相似;麦曲（JQ3）、中药曲（JQ4）、酒药（JQ6）的细菌群落结构接近;JQ3、JQ4、黄酒曲（JQ5）的真菌群落结构接近。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）是JQ2、JQ3、JQ4、JQ6优势细菌门;JQ1、JQ5优势细菌门为变形杆菌门（Proteobacteria）。6种酒曲的优势真菌门是子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,乳酸杆菌属（Lactobacillus）是JQ1优势细菌属;双歧杆菌属（Bifidobacterium）是JQ2优势细菌属;JQ3、JQ5优势细菌属为未培养叶绿体细菌属（uncultured_bacterium_o_Chloroplast）;枝芽孢菌属（Virgibacillus）仅为JQ4优势细菌属;葡萄球菌属（Staphylococcus）是JQ6优势细菌属。JQ1优势真菌属为塞伯林德纳氏酵母属（Cyberlindnera）,JQ2优势真菌属为红曲霉属（Monascus）,JQ3、JQ5优势真菌属为曲霉菌属（Aspergillus）;JQ4优势真菌属是耐干霉菌属（Xeromyces）,米根霉属（Rhizopus）是JQ6优势真菌属。综上,6种酒曲的微生物群落结构在门和属水平上都有较大差异,本文为后续红谷黄酒酒曲的筛选提供了理论参考。     

浓香型白酒发酵过程中酒醅微生物群落结构解析及其与风味物质的相关性

以浓香型白酒连续发酵的酒醅样品为研究对象,基于高通量测序技术分析白酒发酵过程微生物群落组成及动态变化,采用气相色谱-质谱联用（gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS）法测定酒醅样品中的挥发性风味物质,并分析微生物群落与风味物质的相关性。结果表明,发酵过程中酒醅样品细菌的丰富度和多样性高于真菌,厚壁菌门（Firmicutes）和子囊菌门（Ascomycota）分别是丰度最高的优势细菌门和真菌门。平均相对丰度大于1%的优势细菌属有乳杆菌属（Lactobacillus）、蚤蝇属（Levilinea）和普雷沃菌属（Prevotella）等;优势真菌属有酵母菌目的未分类属（unclassified Saccharomycetales）、嗜热真菌属（Thermomyces）和曲霉属（Aspergillus）等。微生物与主要风味物质的相关性研究发现,在浓香型白酒发酵过程中,与主要风味物质相关的微生物包括8 个菌属,分别为Thermomyces、Naumovozyma、酵母属（Saccharomyces）、Lactobacillus、醋酸杆菌（Acetobacte）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium）、假丝酵母属（Candida）和Aspergillus。     

Illumina MiSeq高通量测序分析红谷黄酒酒曲微生物菌群多样性

采用南阳红谷黄酒酒曲为研究对象,利用高通量测序方法对红曲、大曲、小曲的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,大曲的微生物菌群多样性最高,红曲的最低,且两者间的微生物群落结构差异最大。红曲中优势细菌属为伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌种为紫红曲霉（Monascus purpureus）、黑曲霉（Aspergillus niger）等;大曲中优势细菌属为克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）等,优势真菌种为嗜热子囊菌（Thermoascus aurantiacus）、黄曲霉（Aspergillus flavus）、疏绵状嗜热丝孢菌（Thermomyces lanuginosus）等;小曲中优势细菌属为魏斯氏菌属、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）等,优势真菌种为少根根霉菌（Rhizopus arhizus）、热带假丝酵母（Candida tropicalis）、异常威克汉姆酵母（Wickerhamomyces anomalus）等。     

盘县火腿微生物多样性及主体挥发性风味解析

为了解不同地区盘县火腿微生物多样性及挥发性风味成分的差异,并挖掘盘县火腿潜在功能微生物。采用Illumina高通量测序方法和固相微萃取-气相色谱-质谱联用(solid phase microextraction-gas chromatography-mass spectrometry,SPME-GC-MS)技术对盘县火腿样品进行分析。结果表明:盘县火腿的细菌多样性和丰富度高于真菌,红果(HG)和普古(PG)的细菌群落结构相似,最优势菌都是Staphylococcus (葡萄球菌属),而乌蒙(WM)的最优势菌为Nocardiopsis (拟诺卡氏菌属);HG和WM的真菌群落相似,Aspergillus (曲霉菌属)和Penicillium (青霉菌属)在HG和WM中是优势菌,但在PG中青霉菌属不是优势菌。SPEM-GC-MS共检出51种挥发性风味化合物,根据气味活度值(odor activity value,OAV)分析得到10种关键挥发性风味物质,分别为2-甲基丁醛、3-甲基丁醛、己醛、辛醛、壬醛、1-辛烯-3-醇、2-庚酮、2-壬酮、己酸乙酯和辛酸乙酯。基于皮尔逊相关系数的关联分析发现,葡萄球菌属、曲霉菌属、Halomonas (盐单胞菌属)、Nesterenkonia (涅斯捷连科氏菌属)和Brevibacterium (短杆菌属)可能是盘县火腿的潜在功能微生物。     

工业化生产大豆酱微生物群落发酵演替规律及功能变化特征

目的:解析工业化生产大豆酱发酵周期阶段微生物群落的多样性、演替及差异转录基因功能性,探讨不同发酵阶段影响大豆酱风味品质的核心功能微生物,为合理地监测其发酵品质和生产稳定性,缩短发酵时间提供理论基础。方法:利用宏基因组测序技术分析大豆酱发酵过程中的微生物群落结构和演替规律,跟踪发酵过程中理化特性和挥发性风味物质变化,分析微生物群落和风味物质的相关性,对微生物的功能性进行预测。结果:发酵前期细菌和真菌微生物群落变化显著,后期变化逐渐趋于稳定。优势细菌主要为葡萄球菌属、四联球菌属、阪崎肠杆菌、乳杆菌属、魏斯氏菌属、肠杆菌属;优势真菌为接合酵母菌属和曲霉属。其中,葡萄球菌属和接合酵母菌属序列丰度随发酵时间延长不断增加;其余菌属的基因序列数量在发酵过程中更替变化。相关性分析表明,总酸、氨基酸态氮等理化因素对不同发酵时期的大豆酱具有一定影响,同时,优势微生物对大豆酱理化性质和风味发挥着不同的作用。结论:葡萄球菌属和接合酵母菌属与挥发性物质呈正相关,对挥发性醇酯类风味物质的形成起重要作用;曲霉属与总酸、蛋白酶和淀粉酶具有正相关性,葡萄球菌属促进氨基酸、醛酮类物质的合成。     

晴隆酸菜发酵过程中微生物菌群多样性动态分析

利用高通量测序的方法,对晴隆酸菜四个发酵时期（T1、T2、T3、T4）微生物多样性、群落结构进行动态分析。结果表明,参与发酵的细菌有24门262属,真菌有7门131属;微生物群落多样性随着发酵的进行呈下降趋势,发酵末期的微生物群落多样性最低、微生物种属数量最少;发酵前中期微生物群落结构不稳定相似性较低,而发酵末期微生物群落结构稳定相似性较高;四个发酵时期的酸菜中存在着优势菌属的消长变化,总发酵过程中微生物优势菌属为5个细菌属：魏斯氏菌（Weissella）、乳酸杆菌（Lactobacillus）、明串珠菌（Leuconostoc）、鞘脂单胞菌（Sphingomonas）、根瘤菌（Rhizobium）,9个真菌属：Sampaiozyma、枝孢菌（Cladosporium）、掷孢酵母（Sporobolomyces）、Vishniacozyma、附球菌（Epicoccum）、Plectosphaerella、Filobasidium、红酵母（Rhodotorula）、枝顶孢（Acremonium）。     

诺邓火腿加工过程中细菌群落的动态变化

为研究诺邓火腿内部细菌的群落组成及动态变化,本文利用高通量测序技术对诺邓火腿腌制期、风干期、发酵期和成熟期4个加工阶段的细菌16S rRNA V3-V4区进行扩增和测序,并对其群落结构多样性及其与火腿理化性质的关联性进行分析.结果表明,腌制期诺邓火腿细菌多样性最高;厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门等细菌为发酵过程...     

高通量测序分析沙棘酵素自然发酵过程中细菌多样性

为探寻沙棘酵素在自然发酵过程中细菌群落结构及多样性的变化,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对不同发酵时期的沙棘酵素液进行细菌多样性研究。结果表明：经可操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）分析共得到25 个门,57 个纲,149 个目,239 个科,422 个属,601 个种;在门水平上进行群落组成分析,共得到5 种优势菌门,分别为蓝藻细菌门（Cyanobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、未知细菌菌门（unclassified_k__norank_d__Bacteria）、酸杆菌门（Acidobacteriota）、厚壁菌门（Firmicutes）,其中,Cyanobacteria为绝对优势菌门,在前期（F22_Q）、中期（F22_Z）和后期（F22_H）3 个发酵阶段的相对丰度分别为93.28%、66.59%和35.40%;在属水平上共有5 种优势菌,分别为norank_f__norank_o__Chloroplast、雷尔氏菌（Ralstonia）、unclassified_k__norank_d__Bacteria、norank_f__Mitochondria、Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia,其中,norank_f__norank_o__Chloroplast为绝对优势菌属,相对丰度范围为35.39%～93.28%;通过样本层级聚类分析和主成分分析,3 个发酵阶段可聚为两类,前期（F22_Q）和中期（F22_Z）聚为一类,后期（F22_H）为一类。本研究揭示了沙棘酵素自然发酵过程中细菌群落演替,为沙棘酵素发酵奠定了一定的理论基础。     

山西陈醋发酵过程微生物群落动态分析及差异菌属筛选

本研究利用高通量测序对山西陈醋发酵过程中的微生物群落组成进行了探讨,并分析了酒精发酵和醋酸发酵这两大发酵阶段的菌群变化。结果表明,对于细菌群落结构,醋曲（R1）、酒精发酵阶段（R2）和醋酸发酵阶段（R3）中的主要菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,R1中的主要优势菌属为魏斯氏菌属（Weissella）,R2中主要优势菌属起初为魏斯氏菌属（Weissella）,发酵后期逐渐乳杆菌属（Lactobacillus）占优势,R3中占绝对优势的菌属由最初的乳杆菌属（Lactobacillus）转变为醋杆菌属（Acetobacter）,对于真菌群落结构,R1、R2和R3中的主要菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,R1中的主要优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,曲霉属（Aspergilus）和米勒酵母属（Millerozyma）,R2中处于绝对优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,且在此阶段呈上升趋势,R3中伊萨酵母属（Issatchenkia）仍然是主要菌属,在此阶段呈现出先上升后下降的趋势,相对丰度最高达到81.3%。R2与R3有6个显著差异菌属,分别为葡萄球菌属（Staphylococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、土芽孢杆菌属（Geobacillus）和曲霉属（Aspergillus）。综上,山西陈醋不同发酵阶段的微生物群落结构具有差异性,并随着发酵进行不断变化。     

西式发酵火腿低钠加工过程中细菌群落结构分析

为探索西式发酵火腿低钠加工过程中细菌群落结构变化差异，采用Illumina MiSeq测序技术对细菌16S rRNA V3～V4高变区进行测序。分类学分析结果表明，所有样品中细菌群落可分为31?门664?属，厚壁菌门（Firmicutes）是低钠组第一优势菌门，葡萄球菌属（Staphylococcus）是低钠组第一优势菌属。结合理化性质分析结果表明，食盐含量、水分含量以及pH值均对西式发酵火腿细菌群落结构具有显著影响。根据京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）对低钠组与对照组加工290?d样品16S rRNA标记基因序列的代谢途径进行预测，低钠组与对照组主要在氨基酸代谢、脂质代谢、人类疾病代谢途径存在差异。研究结果将为开发改善低钠肉制品品质、提高发酵效率的微生物发酵剂提供参考。     

商品化低盐虾酱发酵过程中的微生物群落演替和品质变化

为改进新兴的商品化低盐虾酱的发酵工艺,本研究系统地测定了商品化低盐虾酱发酵过程中的主要品质指标变化;运用高通量测序技术,对微生物多样性和群落组成进行动态分析。结果显示,虾酱发酵期间,pH值、丙二醛含量、挥发性盐基氮含量、氨基酸态氮含量、水分质量分数、含盐量和生物胺含量变化范围分别为7.19～6.90、3.09～5.56 mg/kg、44.81～175.05 mg/100 g、1.42～1.63 g/100 g、59.19%～62.40%、11.02%～12.04%和0～113.29 mg/kg;其中,丙二醛含量呈先上升后下降趋势,氨基酸态氮含量、挥发性盐基氮含量和生物胺总量均呈上升趋势。虾酱发酵中后期细菌的多样性指标明显降低,真菌多样性指标下降缓慢。在发酵前期（0～7 d）,链球菌属、乳杆菌属是主要优势菌属,在发酵中后期（34～145 d）,四联球菌属是主要优势菌属,且四联球菌属是发酵前期和发酵中后期的差异菌属。在真菌属水平上,发酵前期以丝孢酵母属为优势菌属,到发酵中期,假丝酵母菌属和链格孢菌成为优势菌属,发酵后期阶段,假丝酵母菌属成为优势菌属,且3 个发酵阶段并无显著差异菌属。Spearman相关性热图表明,与真菌属相比,细菌属与理化指标的相关性更高,表明细菌群落在虾酱发酵过程中占主导地位。其中,四联球菌与挥发性盐基氮、氨基酸态氮、丙二醛均呈正相关,链球菌与生物胺呈显著负相关。发酵至64 d,虾酱品质指标和微生物群落基本保持稳定,提示发酵工艺改进可以考虑缩短发酵时间。本研究结果为改进低盐虾酱的发酵工艺提供了理论基础。     

KCl部分替代NaCl对宣威火腿细菌多样性的影响

为探究KCl部分替代NaCl腌制的宣威火腿中细菌多样性和群落结构，以100% NaCl腌制的宣威火腿为对照组，分别以KCl替代30%、40%、50%和60% NaCl进行腌制作为实验组，基于Illumina MiSeq高通量测序技术对火腿表面和内部细菌16S rRNA的V3～V4区进行扩增和测序，进而比较不同KCl替代比例宣威火腿微生物的群落结构组成及多样性差异。结果表明：不同KCl替代组火腿表面共得到257 777 条序列和6 153 个操作分类单元，在火腿内部共得到248 102 条序列和5 704 个操作分类单元；尽管不同KCl替代组的火腿在微生物丰度上存在一定差异，但各KCl替代组火腿表面和内部样本在门水平上的优势菌群均为变形菌门和厚壁菌门，KCl部分替代NaCl使火腿表面和内部变形菌门的相对丰度增加，均在40% KCl替代组中最高，且显著高于对照组（P＜0.05）；不同KCl替代比例腌制的宣威火腿细菌群落结构存在较大相似性，但在一定程度上降低了火腿表面菌群丰度和群落多样性，内部菌群丰度和群落多样性则无显著差异。     

北京地区酱香型白酒第六轮次堆积发酵中细菌群落多样性分析

利用高通量测序方法研究了北京地区酱香型白酒第六轮次堆积发酵过程中细菌群落结构及动态变化。实验结果表明:在门水平上,堆积发酵过程中的优势菌门包括Firmicutes、Actinobacteria和Proteobacteria;在属水平上,堆积发酵过程中优势菌属包括Lactobacillus、Lentibacillus等14个;优势菌属Lentibacillus的相对丰度先升高后降低,Lactobacillus的相对丰度逐步上升;Lentibacillus作为正相关性关键节点与7个菌属存在正相关关系,Lactobacillus作为负相关性关键节点与10个菌属存在负相关关系。相较于贵州省等其他产区,北京地区酱香型白酒堆积发酵过程中的细菌群落在种类数量、优势门类排序、群属丰度等方面存在明显差异。研究结果旨在揭示北京地区酱香型白酒第六轮次堆积发酵过程中的细菌群落结构变化,希望为研究北京地区酱香型白酒的酿造特点提供基础数据。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。