基于高通量测序与培养基鉴定法分析不同省份不同养殖模式下小龙虾菌群的多样性

本研究以安徽霍邱、江苏盱眙、湖北荆州三地的小龙虾作为研究对象,在荆州另取稻虾互作和养殖塘两种模式的环境样本。利用高通量技术做菌相分析,利用培养基鉴定法进行分离纯化鉴定,验证优势菌种类和数量。结果表明:荆州两组小龙虾初始菌数略低于盱眙和霍邱小龙虾,选择培养基上差别较小。高通量测序结果表明,科水平上三地小龙虾的优势菌主要为气单胞菌科和肠杆菌科;稻虾塘土壤菌群丰度远高于养殖塘,水体菌群较相似。属水平上,荆州稻虾塘、养殖塘、盱眙和霍邱四组小龙虾样本菌群丰度存在差异,但气单胞菌属和不动杆菌属都占较高比例,依次为41.8%、1.8%,12.4%、11.4%,24.5%、27.5%,40.1%,13.0%。荆州稻虾塘小龙虾优势菌还包括乳球菌属和柠檬酸杆菌属,养殖塘样本存在哈夫尼亚菌属和乳球菌属,盱眙与霍邱小龙虾样本优势菌均有微小杆菌属和柠檬酸杆菌属。培养基结果表明三地小龙虾优势菌均主要为气单胞菌属、哈夫尼亚菌属和柠檬酸杆菌属,与高通量结果相符。     

不同贮藏温度下稻花鸡肉的品质及细菌组成多样性变化

本文研究了25℃常温、4℃冷藏、0℃冰温贮藏下稻花鸡肉p H值、水分含量、菌落总数、挥发性盐基氮(Total Volatile Basic Nitrogen,TVB-N)及感官评价;基于16S rRNA,研究货架期前后鸡肉细菌群落结构、演替规律及相对丰度。结果表明：结果表明：25℃常温12 h菌落总数和TVB-N均超过国家标准规定,水分含量和p H第12 h后变化趋势极大;4℃冷藏4 d菌落总数超过国家标准规定,TVB-N为13.64 mg/100 g,水分含量和p H第4天后均呈显著性差异;0℃冰温8 d菌落总数为8.90×10⁵ CFU/g,未超过国家标准规定,但TVB-N为15.25 mg/100 g,超过国标限值,水分含量和p H第8天后变化趋势极大。综合各品质指标,三种贮藏温度下货架期分别为12 h、4 d、8 d,感官评分均在可接受范围内。25℃贮藏末期以不动杆菌属、沙雷氏菌属、多源菌属、泛菌属、肠杆菌科未分类属细菌为主。4℃与0℃贮藏末期优势腐败菌均以假单胞菌属、不动杆菌属、沙雷氏菌属、肠杆菌科未分类属为主,但丰度占比有较大差异。不同贮藏温度下稻花鸡...     

不同复合包装材料对即食小龙虾品质的影响

为有效延长即食小龙虾的货架期,探讨了4种不同复合包装袋(PA/CPP、PA/PE/RCP、PET/AL/NY/CPP、PET/AL/PA/CPP)对30℃贮藏温度下即食小龙虾(110℃反压杀菌20min)品质的影响。将即食小龙虾进行真空包装后,以感官特性、理化性能、微生物等作为评价指标,比较1个月内不同复合包装袋对即食小龙虾品质的影响。结果表明:在贮藏期间,PET/AL/NY/CPP复合袋的感官评分最优且始终大于5分;4种复合袋包装的即食小龙虾的硬度和咀嚼性值均随储存时间的延长而显著降低(p<0.05),但是弹性和回复性差异不显著(p>0.05);PET/AL/PA/CPP复合袋包装的即食小龙虾具有较低的TBA值,即脂肪氧化程度低于其他3种复合包装袋的;PA/CPP复合袋包装的即食小龙虾在贮藏后期感官评分低于不可接受值5分,其保鲜效果在4种复合包装袋中最差。     

基于高通量测序技术分析蒙古族传统奶酪微生物菌群多样性

以内蒙古牧区蒙古族传统木桶自然发酵生产奶酪为研究对象,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析发酵凝乳及不同成熟阶段奶酪样品的微生物菌群多样性。结果表明,发酵凝乳中细菌菌群多样性最高,奶酪成熟10 d时细菌菌群丰富度及真菌菌群多样性最高,成熟30 d时真菌菌群丰富度最高。发酵凝乳及奶酪成熟过程中优势细菌属（平均相对丰度>1%）为乳球菌属（Lactococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、拉乌尔菌属（Raoultella）、葡萄糖杆菌属（Gluconobacter）、链球菌属（Streptococcus）;优势真菌属为地霉属（Geotrichum）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、克鲁维酵母属（Kluyveromyces）、未分类双足囊菌科（unclassified＿f＿Dipodascaceae）、毕赤酵母属（Pichia）、孢圆酵母属（Torulaspora）、德克酵母属（Dekkera）。主坐标分析（PCoA）结果表明,发酵凝乳和奶酪成熟0 d时细菌群落结构差异较大,真菌群落结构较为相似;奶酪成熟10 ...     

温度对白菜废弃物青贮发酵品质的影响及微生物多样性分析

为探索废弃白菜在不同季节温度时的青贮可行性,模拟兰州地区气候条件,探讨了不同温度下废弃白菜的青贮品质,并结合MiSeq高通量测序对青贮过程的微生物菌群进行分析。设置OA(低)、RA(中)和HA(高)3个温度处理组,青贮发酵30 d后从感官质量、干物质及有机组分含量、发酵品质等角度分析发酵品质,并通过Illumina MiSeq平台解析温度对微生物菌群的影响差异。结果表明,青贮发酵30 d时3个处理组均未发霉或腐烂,感官质量尚好或优等。中温青贮发酵能产生乳酸和乙酸等有机酸,使pH下降至3.95,氨氮含量仅为3.45 g/100 g(总氮),中性洗涤纤维和酸性洗涤纤维分别降至21.51 g/100 g DM和18.36 g/100 g DM,粗蛋白含量能够达到18.04 g/100 g DM。微生物多样性分析表明,中温青贮发酵时的OTUs数量最高为87,微生物丰富度和多样性较好,厚壁菌(相对丰度87.27%)、乳酸杆菌(相对丰度80.07%)分别为门、属水平优势菌,中温时乳酸细菌总相对丰度高达87%以上,保持了良好的乳酸发酵强度。总之,白菜废弃物在中温(18±1)℃条件青贮能获得良好品质,有机组分的变化有助于提高饲用价值。     

清香型白酒酿酒大曲微生物菌群多样性解析

采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元（OTU）数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门（相对丰度＞1%）主要有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等,优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有泛菌属（Pantoea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、雀麦属（Bromus tectorum）等。绝对优势真菌门（相对丰度＞90%）为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属（相对丰度＞50%）为孢圆酵母属（Torulaspora）。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。     

不同高阻隔包装材料对烤鸭微生物及菌群多样性的影响

为研究不同阻隔性包装材料对烤鸭品质影响的差异性,本研究采用3种不同类型高阻隔包装材料(镀氧化硅类、乙烯醇聚合物、聚偏二氯乙烯)对烤鸭进行真空包装,以聚乙烯/尼龙包装为对照,然后在4℃下分别贮藏21 d,检测此期间烤鸭的挥发性盐基氮(total volatile basic nitrogen,TVB-N)含量、肉色、微生物(菌落总数、乳酸菌和肠杆菌数),并用高通量测序技术观察了不同样品的微生物多样性变化。结果表明:镀氧化硅包装可以有效抑制TVB-N的产生,在贮藏第21天时其含量最低,且低于20 mg/kg,并可抑制微生物的生长;通过高通量测序技术观察了不同样品的微生物多样性变化,贮藏时间和包装材料对烤鸭的微生物菌落结构有明显影响,在贮藏过程中,乳酸菌菌属与魏斯氏菌属是镀氧化硅材料包装烤鸭样品的优势菌群;乳酸菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属、类香味菌属、肉食杆菌属是乙烯醇聚合物材料包装烤鸭的优势菌群;乳酸菌属、魏斯氏菌属、热杀索丝菌属、弧菌属是聚偏二氯乙烯材料包装烤鸭的优势菌群。对比发现,镀氧化硅类材料对假单胞菌、类香味菌属、热杀索丝菌等的抑制是其有效保持烤鸭的品质、延长其货架期的主要原因。综...     

基于高通量测序分析年糕菌群结构和优势菌属

结合宏基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜年糕菌群结构和优势菌属。使用Usearch等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTU)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性,获得了用于分析的有效序列25 896条,OTU数为81。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。年糕样品的Chao1指数为90.23,Shannon多样性指数为1.80。基于OTU的物种分类分析,年糕内生细菌种类覆盖29个属8个纲5个门,其中年糕内生细菌优势菌属为玫瑰色半光合菌属(Roseateles,36.75%)、芽胞杆菌属(Bacillus,24.38%)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.36%)。     

冰鲜鸡预冷过程中微生物菌群多样性动态分析

为了对肉鸡屠宰预冷过程中预冷水、鸡胴体的微生物群落结构进行动态分析,研究二者优势菌群的消长规律。本文对第一批屠宰鸡通过预冷水0、2、4、6、8 h时预冷池中一阶、二阶预冷水以及鸡胴体进行菌落总数(TVC)检测,然后采用高通量测序的方法对二者的群落结构进行动态分析。菌落总数测定结果表明:在预冷过程中,一阶预冷水菌落总数由103 CFU/mL增长到105 CFU/mL,二阶预冷水菌落总数由102 CFU/mL增长到104 CFU/mL,在预冷前,鸡胴体的菌落总数为4.53 lg CFU/g,经预冷后在6~8 h内,鸡胴体表面菌落总数高于预冷前,说明预冷水已经失去了清洗减菌的作用,还可能会对鸡胴体造成交叉污染。高通量测序发现:在预冷过程中,一阶预冷水中气单胞菌属减少,假单胞菌属、链球菌属增加;二阶预冷水的不动杆菌属减少,假单胞菌属增加;与预冷前相比,预冷过程中鸡胴体的魏斯氏菌和漫球菌属减少,金黄杆菌属和假单胞菌属增加。本研究表明预冷后期预冷水失去减菌作用,对鸡胴体造成污染,预冷工艺主要对气单胞菌属、魏斯氏菌和漫球菌属有较好的减菌效果,对金黄杆菌和假单胞菌属减菌效果不佳。这为宰后胴体预冷工艺的优化提供参考依据,同时为冰鲜鸡产品的质量安全提供保障。     

基于高通量测序分析老面中菌群多样性及其对馒头品质的影响

以河北(HB)、山西(SX)、山东(SD)和云南(YN)的老面为研究对象,采用高通量测序技术分析4个不同地区老面的菌群组成,并探究菌群对馒头品质的影响。结果表明,4种老面样品中细菌多样性优于真菌多样性,真菌菌门中相对丰度较大的是担子菌门(Basidiomycota),细菌菌门中相对丰度较大的是厚壁菌门(Firmicutes)。在属水平上,HB、SX和SD样品中以片球菌属(Pediococcus)为主;而YN样品中以乳杆菌属(Lactobacillus)为主;老面中丰富的菌群可改善馒头的质构特性,使馒头内部结构更细腻柔软。     

高通量测序分析比较不同保存温度下牦牛酸奶细菌多样性

为了比较甘南牧区不同保存温度下牦牛酸奶细菌群落结构和多样性,采用Illumina NovaSeq高通量测序技术,对4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌的16S rRNA V3-V4区基因序列进行测序,并对测序结果进行操作分类单元（OTU）聚类、α多样性和β多样性等分析。结果表明,4种不同保存温度下甘南牧区牦牛酸奶细菌多样性无显著差异（P＞0.05）,各分类水平细菌群落组成基本相同,仅组成比例存在一定差异。优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,其平均相对丰度分别＞75.87%、7.20%和3.52%,优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）,其平均相对丰度分别＞61.82%和11.88%。     

基于高通量测序分析虾夷扇贝柱菌群结构及腐败优势菌

为揭示虾夷扇贝柱的菌群结构及腐败优势菌,通过对宏基因组DNA进行高通量测序,分析虾夷扇贝柱新鲜和腐败样品的菌群结构,同时对可培养细菌菌群基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜和腐败样品可培养细菌菌群的结构特征。结果表明,对宏基因组测序后获得的新鲜虾夷扇贝柱中细菌菌群多样性丰富,其中相对丰度较高的有Candidatus kuenenia（10.73%）、弧菌属（Vibrio,8.15%）、别弧菌属（Aliivibrio,7.38%）、芽孢杆菌属（Bacillus,7.20%）和未分类菌（unclassified,16.08%）;4?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（Photobacterium,46.91%）、别弧菌属（36.82%）和假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas,11.01%）,15?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（46.97%）和别弧菌属（43.33%）,25?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（41.94%）、别弧菌属（23.10%）、梭杆菌属（Fusobacterium,18.61%）和乳酸菌属（Lactobacillus,10.60%）。对可培养细菌菌群基因组测序后发现,新鲜样品可培养细菌菌群多样性大大降低,大部分为假交替单胞菌属（89.46%）,在25?℃腐败后,可培养的腐败优势菌为弧菌属（50.98%）、希瓦氏菌属（Shewanella,17.43%）和乳酸菌属（10.68%）。本研究揭示了虾夷扇贝柱新鲜及腐败样品的菌群结构特征及腐败优势菌,为进一步研究微生物对虾夷扇贝柱品质劣化的作用机制提供一定参考。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

基于高通量测序与培养方法分析新鲜佛手与老香黄中的细菌多样性

老香黄为植物佛手的腌制品。为了解其加工前后微生物组成及其与老香黄品质之间的联系,采用高通量测序技术分析加工前后的样品中的细菌菌群组成,并结合纯培养和16S rRNA基因测序方法对菌株进行分离鉴定。结果显示,在门水平上,佛手鲜果的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria);老香黄的为变形菌门、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。属水平上,鲜果的优势菌群为unidentified Cyanobacteria、泛菌属(Pantoea)、肠杆菌属(Enterobacter);老香黄的为Ignatzschineria、漫游球菌属(Vagococcus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)。采用纯培养方法从鲜果中分离出枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、产气克雷伯氏菌(Klebsiella aerogenes)和粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)等,但未从老香黄中分离出有害细菌。结果显示,佛手经加工制成老香黄后,其中的有益菌双歧杆菌属、乳杆菌属的丰度增加,但其生产和食用的微生物安全需加以重视。     

基于高通量测序分析不同年份闽南腌制萝卜干中细菌多样性

为了解闽南地区不同腌制发酵年份萝卜干中微生物结构组成变化,采用Illumina MiSeq高通量测序分析比较不同腌制发酵年份（3年,5年,10年,15年,20年）萝卜干中细菌的群落结构组成及多样性差异。结果表明,5个样本分别获得69 716、38 952、40 412、57 292、39 406条有效序列,9 762、12 657、6 269、11 251、13 051个OTUs数目;在门分类水平上,腌制发酵3年的萝卜干变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）所占比率均高于40%。发酵5年、10年、15年、20年的萝卜干中只有变形菌门（Proteobacteria）所占比率高于40%;在属分类水平上,腌制发酵3年的萝卜干主要优势菌属为鞘氨醇杆菌（Sphingobacterium）、藤黄单胞菌（Luteimonas）;发酵5年、10年、15年、20年的萝卜干主要优势菌属为不动菌属（Acinetobacter）。聚类分析（CA）和主成分分析（PCA）结果表明,发酵3年与5年以上萝卜干细菌菌群差异显著。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

青砖茶渥堆过程中理化特性及细菌多样性分析

目的 基于青砖茶渥堆过程中茶样理化特性及其中细菌种群的变化,揭示青砖茶品质形成与细菌菌群间的关联。方法 利用高通量测序技术对青砖茶从原料到陈化一个月过程中的9个时间节点的细菌多样性进行研究,同时检测其理化因子的动态变化,并进行冗余分析(redundancy analysis, RDA)。结果 通过细菌种群结构主成分分析可将整个青砖茶渥堆过程分为渥堆前期(W-0)、渥堆中期(W-1~W-7)、渥堆后期(陈化期)(C-1)。青砖茶渥堆过程中细菌多样性丰富,在门水平上,优势菌为proteobacteria,相对丰度为16.9%~91.0%,actinobacteria,其相对丰度为1.04%~49.5%,属水平上,klebsiella为渥堆起始点的优势菌,Burkholderia是渥堆过程的优势属,贯穿渥堆过程的始终,Weissella为W-3中出现特异性增加的细菌菌属,渥堆后期时出现优势菌属Pediococcus。RDA显示Saccharopolyspora与pH显著正相关,Chloroplast与水浸出物显著正相关,Microbacterium和色差指标、Bradyrhizobium与含水量、Streptomyces与可溶糖、Saccharopolyspora与黄酮、蛋白质、儿茶素、茶多酚等、Caballeronia与茶多糖和咖啡碱有正相关性。结论 细菌多样性与青砖茶渥堆过程理化特征指标及理化成分的变化表现出较强的相关性,细菌群落结构的变化是造成青砖茶渥堆过程中理化特性发生改变主要原因。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析5种不同臭豆腐生坯细菌多样性

该实验研究了长沙臭豆腐生坯中微生物结构,以期为臭豆腐低温保存储运过程品质保障提供依据。以5种不同厂家低温保存臭豆腐生坯（编号为YYD1、HSJD2、CGL3、PJX4、JXF5）为研究对象,利用Illumina MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行分析。结果表明,5种臭豆腐生坯样品中共得到342 560个有效的序列数（Tags）,共注释到30个门和31个属。在门分类水平上,拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）在5种不同样品中占绝对优势;在属分类水平上,普雷沃氏菌属（Prevotellaceae）在所有样品中占绝对优势。根据主成分分析（PCA）可知,样品HSJD2、PJX4和YYD1的菌群结构相似,而样品JXF5和CGL3的菌群结构具有较大的差异。     

基于高通量测序分析干条斑紫菜及原味海苔的细菌多样性与优势菌

为探究干条斑紫菜与其加工产品——海苔的细菌多样性与优势菌,采用平板计数法对干条斑紫菜及原味海苔产品的菌落总数进行测定,同时通过高通量测序对总细菌菌群及可培养细菌菌群进行分析。结果显示,干条斑紫菜加工成海苔后,菌落总数略有下降,高温烘烤的杀菌效果不明显。干条斑紫菜与海苔样本中总细菌菌群均以蓝细菌（Cyanobacteria_Chloroplast）为主,加工前后总细菌菌群结构变化不大;不同来源的干条斑紫菜样品可培养细菌菌群结构有所差异,主要有巨型球菌（Macrococcus）、水栖菌（Enhydrobacter）、异常球菌（Deinococcus）、不动杆菌（Acinetobacter）、金黄杆菌（Chryseobacterium）等,经过加工后,可培养细菌菌群多样性下降,海苔样本均以巨型球菌为优势菌。本研究揭示了干条斑紫菜及原味海苔的细菌多样性及优势菌属,为进一步探究烤紫菜产品菌落总数的控制技术奠定基础。     

基于高通量测序不同生产工艺晴隆酸菜细菌多样性分析

该研究通过高通量测序技术分析工厂化和家庭作坊式两种工艺生产的晴隆酸菜中细菌的多样性,并采用热图分析和主成分分析（PCA）对不同晴隆酸菜样品间细菌群落结构的相似性进行研究,最后分析其优势细菌属。结果表明,5个晴隆酸菜样品中共鉴定出19门、416属。家庭作坊式生产的晴隆酸菜细菌多样性高于工厂化生产;工厂化生产的晴隆酸菜细菌群落结构较相近且优势细菌属相同,分别为乳酸球菌属（Lactococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）、大洋杆菌属（Oceanobacillus）。3种家庭作坊生产的酸菜样品中优势细菌属各有差异,但均含有乳酸杆菌（Lactobacillus）。