基于传统培养和高通量测序方法分析羊肉加工过程中的菌群多样性

通过传统培养和高通量测序分析了羊肉加工过程中的菌群多样性及其变化,确定了羊肉加工过程主要的污染菌群组成。传统培养结果表明在羊肉加工过程中,初始胴体表面菌数在10³~10⁴ CFU/cm²之间,而在后续的分割过程中其菌数增长到10⁵~10⁶ CFU/cm²,说明加工过程可能会造成羊肉二次污染。从不同选择性培养基中分离得到43株菌,通过16S rDNA序列分析鉴定为嗜水气单胞菌、肠杆菌、变形杆菌、葡萄球菌和大肠杆菌,结晶紫染色测定成膜能力结果发现上述肠杆菌的成膜能力最强。高通量测序发现,胴体和台面表面的腐败菌均有莫拉菌科、嗜水气单胞菌科、嗜冷杆菌科、希瓦氏菌科、普雷沃氏菌科、假单胞菌科、李斯特菌科、葡萄球菌科、肠杆菌科等,说明胴体和加工环境间存在交叉污染。本研究发现羊肉加工过程中的优势菌群复杂,并且污染菌株也具有较强的成膜能力,为冷鲜羊肉的保鲜技术开发提供了理论基础。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

基于高通量测序分析老面中菌群多样性及其对馒头品质的影响

以河北(HB)、山西(SX)、山东(SD)和云南(YN)的老面为研究对象,采用高通量测序技术分析4个不同地区老面的菌群组成,并探究菌群对馒头品质的影响。结果表明,4种老面样品中细菌多样性优于真菌多样性,真菌菌门中相对丰度较大的是担子菌门(Basidiomycota),细菌菌门中相对丰度较大的是厚壁菌门(Firmicutes)。在属水平上,HB、SX和SD样品中以片球菌属(Pediococcus)为主;而YN样品中以乳杆菌属(Lactobacillus)为主;老面中丰富的菌群可改善馒头的质构特性,使馒头内部结构更细腻柔软。     

基于高通量测序解析不同品种蓝莓表面菌群结构的多样性

为了解蓝莓果实表面真菌菌群多样性,明确不同品种蓝莓表面的优势菌群,采用高通量测序技术分析北陆、蓝金、莱克西、奥尼尔蓝莓中ITS1区基因序列,比较不同品种蓝莓表面微生物群落结构组成及多样性差异。结果发现:蓝莓主要的优势属为枝孢属、链格孢属;优势种为枝孢菌、链格孢、枝孢霉。由Simpson指数可知微生物群落丰度及群落多样性由高至低为莱克西、北陆、奥尼尔、蓝金。不同品种蓝莓表面的菌群结构与品种存在一定的聚类关系:北陆和莱克西群落结构相似度较高,而其它样品间微生物群落差异较大,各品种蓝莓表面的主要菌落相对丰度差异较大,枝孢菌、链格孢、枝孢霉为主要差异菌种。研究初步明确了蓝莓表面菌群结构的多样性,为保证蓝莓贮藏期间的品质安全提供一定的理论支持。     

基于高通量测序技术分析蒙古族传统奶酪微生物菌群多样性

以内蒙古牧区蒙古族传统木桶自然发酵生产奶酪为研究对象,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析发酵凝乳及不同成熟阶段奶酪样品的微生物菌群多样性。结果表明,发酵凝乳中细菌菌群多样性最高,奶酪成熟10 d时细菌菌群丰富度及真菌菌群多样性最高,成熟30 d时真菌菌群丰富度最高。发酵凝乳及奶酪成熟过程中优势细菌属（平均相对丰度>1%）为乳球菌属（Lactococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、拉乌尔菌属（Raoultella）、葡萄糖杆菌属（Gluconobacter）、链球菌属（Streptococcus）;优势真菌属为地霉属（Geotrichum）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、克鲁维酵母属（Kluyveromyces）、未分类双足囊菌科（unclassified＿f＿Dipodascaceae）、毕赤酵母属（Pichia）、孢圆酵母属（Torulaspora）、德克酵母属（Dekkera）。主坐标分析（PCoA）结果表明,发酵凝乳和奶酪成熟0 d时细菌群落结构差异较大,真菌群落结构较为相似;奶酪成熟10 ...     

高通量测序结合传统方法分析4℃下鲜切菠菜的菌群变化

采用Illumina Miseq~(TM)高通量测序技术结合传统检测方法,对4℃下贮藏的鲜切菠菜在贮藏过程中存在的腐败菌进行研究。结果表明:在科的分类标准下,在贮存初期,假单胞菌科和肠杆菌科为优势菌科,丰度分别占比48. 99%、48. 62%,从菌群变化的角度来看,随着贮藏时间的推移,假单胞菌科的丰度从初始丰度的48. 99%到贮藏末期的70. 27%;而肠杆菌科则从初始丰度的48. 62%不断递减至21. 75%。此时,假单胞菌科为贮藏末期的优势菌科;在属的分类标准下,假单胞菌属、泛菌属为贮存初期的优势菌属,丰度分别占比47. 84%、30. 7%,欧文氏菌属、布丘氏菌为次优势菌,丰度为8. 09%和4. 64%;贮存中期,假单胞菌属为优势菌属,其丰度上升至58. 25%,而泛菌属丰度下降至13. 94%,欧文氏菌属丰度基本保持不变达8. 69%、布丘氏菌属丰度小幅上升至9. 73%;在贮存末期,假单胞菌属占绝对优势,丰度占比68. 97%,而泛菌属丰度仅占5. 4%,欧文氏菌属占比10. 7%,布丘氏菌属占比4%,假单胞菌属成为优势腐败菌属。高通量检测技术和传统检测方法相比,在鉴定样品DNA组成成分时可精确定量,提高了精度,节约了时间。     

高通量测序技术分析鸭皮中耐热菌群

鸭皮作为肉制品中常用的添加原料,其在不同热杀菌处理状态下的微生物多样性研究非常重要。将鸭皮分别在60、70、80、90、100、110、120℃条件下热处理后25℃恒温放置1周,通过高通量测序分析鸭皮的微生物多样性。结果表明:60℃热处理的鸭皮中主要菌属为假单胞菌属(33.52%)和不动杆菌属(18.55%),70℃热处理的鸭皮中主要菌属为不动杆菌属(18.46%)、狭义厌氧梭菌属18(12.41%)、变形杆菌属(11.04%)、假单胞菌属(10.17%)、狭义厌氧梭菌属7(8.62%),80、90℃热处理的鸭皮中优势菌属为狭义厌氧梭菌属18,相对丰度分别为63.04%和84.11%,100℃热处理组优势菌属为芽孢杆菌属(49.50%)、狭义厌氧梭菌属18(29.19%)和厌氧杆菌属(17.20%),110℃热处理组优势菌属为芽孢杆菌属(99.23%),120℃热处理组优势菌属为狭义厌氧梭菌属18(52.41%)、芽孢杆菌属(33.07%)和狭义厌氧梭菌属7(12.23%);样品聚类和β-多样性分析表明,温度对鸭皮中的细菌群落组成和丰度差异影响较大。     

高通量测序解析契达奶酪在加工过程中菌群结构多样性变化

为明确契达奶酪加工过程中的菌群结构,本研究采用高通量测序技术分析契达奶酪在加工过程中（巴氏杀菌后、凝乳和成熟0、30、60和90 d）三个阶段的菌群结构。结果表明,契达奶酪加工过程中各阶段微生物群落结构差异较大。巴氏杀菌后,微生物群落多样性和丰度均为最高（Chao1和Shannon指数平均值分别为6.09和1415.78）;在属水平上,巴氏杀菌后的优势菌群为寡养单胞菌属（Stenotrophomonas,21.04%）,在凝乳和成熟阶段菌群结构比较相似,乳球菌属（Lactococcus）为两阶段的绝对优势菌群,丰度平均值达85%以上;在成熟期内,乳球菌属的相对丰度呈先上升后下降的趋势;巴氏杀菌后的奶酪体系中菌群结构与其他组相比差异较大,并且随着成熟期的延长,各组菌群结构变化较小。该研究为明确契达奶酪菌群结构提供依据,对契达奶酪的微生物组信息扩充具有参考价值。     

应用高通量测序分析常温贮藏吴山贡鹅的细菌多样性

运用传统培养技术结合高通量测序技术对常温贮藏吴山贡鹅的菌群结构进行分析,研究吴山贡鹅微生物群落的变化以及导致吴山贡鹅腐败的微生物分布.结果表明:吴山贡鹅贮藏期间pH值呈现先上升后下降的趋势,菌落总数则呈现上升的趋势,贮藏末期吴山贡鹅中菌落总数、乳酸菌、大肠杆菌和假单胞菌的数量分别达到5.76、5.21、2.13、2.9...     

基于高通量测序分析年糕菌群结构和优势菌属

结合宏基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜年糕菌群结构和优势菌属。使用Usearch等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTU)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性,获得了用于分析的有效序列25 896条,OTU数为81。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。年糕样品的Chao1指数为90.23,Shannon多样性指数为1.80。基于OTU的物种分类分析,年糕内生细菌种类覆盖29个属8个纲5个门,其中年糕内生细菌优势菌属为玫瑰色半光合菌属(Roseateles,36.75%)、芽胞杆菌属(Bacillus,24.38%)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.36%)。     

基于高通量测序技术分析北京清香型大曲微生物多样性

利用高通量测序方法对北京某清香型酒厂大曲细菌16S rDNA V4区和真菌ITS1区进行测序分析其微生物多样性,并对大曲微生物在不同分类水平相对丰度进行统计。结果表明：大曲中在细菌操作分类单元(OTU)为47、真菌OTU为11,细菌种类较真菌种类丰富;细菌中优势菌是乳酸菌,包括乳杆菌属、片球菌属、乳球菌属、明串珠菌属四个属。同时也检测到醋杆菌属、芽孢杆菌属等;真菌中优势菌是假丝酵母属,此外还有曲霉属、毛霉属、威克汉姆酵母属等;对大曲物种Alpha多样性分析表明测序深度基本覆盖该酒曲中微生物种类;最后分析讨论了大曲优势微生物在白酒酿造中的功能。该研究对于指导白酒生产具有重要意义。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

基于高通量测序技术分析牛栏山大曲微生物多样性

为了探究牛栏山大曲的微生物菌群结构,为制曲工艺及成品曲质量评估提供理论依据,该研究采用高通量测序方法对牛栏山低温大曲原核16S rDNA V3/V4区和真核ITS1区进行微生物多样性分析。研究结果表明,从牛栏山大曲中共获得358种原核操作分类单元（OTU）,乳酸菌类群是大曲中主体原核生物,维斯氏菌（Weissella confuse）、耐酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）和戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceus）分别占大曲总OTU的22.68%、16.54%和9.84%,同时大曲中高温放线菌（Kroppenstedtia eburnea）可占14.78%;而真核多样性较低,仅获得69种OTU,扣囊覆膜酵母（Saccharomycopsis fibuligera）和库氏毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）是主体真核微生物,其余真核微生物含量较低;综上得出,牛栏山大曲中原核微生物多样性要远高于真核微生物,且大曲主体微生物较为明显。     

基于高通量测序技术分析腐乳自然发酵过程微生物多样性

采用高通量测序技术对腐乳自然发酵过程中的微生物多样性进行分析。结果表明,发酵第一阶段,占比较大的细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,细菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第二阶段,占比较大的细菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）,细菌属为类香味菌属（Myroides）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第三阶段,占比较大的细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、果胶杆菌属（Pectobacterium）,真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,真菌属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）。整个发酵过程中微生物群落结构分布变化明显,不同阶段主要存在的菌属不同,既有利于发酵的有益菌属,也有影响食品安全的有害菌属。     

基于传统培养法和高通量测序技术分析新疆红枣中真菌多样性

目的 揭示新疆红枣中真菌多样性, 有效防控红枣病害的发生。方法 采用高通量测序技术与传统微生物培养法对红枣进行真菌群落结构分析, 利用Huang模型比较分离的有害真菌的生长。结果 高通量测序结果表明, 优势菌属为链格孢属（Alternaria）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢属（Cladosporium）和青霉属（Penicillium）, 传统微生物分离测序鉴定的真菌群落为曲霉属（Aspergillus）、链格孢属（Alternaria）、青霉属（Penicillium）、枝孢属（Cladosporium）和踝节菌属（Talaromyces）。在马铃薯葡萄糖琼脂培养基和红枣琼脂培养基上, 产黄青霉的生长速率最小, 赭曲霉的迟滞时间最长, 链格孢霉和黄曲霉在这两种培养基上的生长速率相关性较好。结论 红枣的主要致病菌是曲霉属和链格孢属。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析来凤地区腌制大头菜叶中微生物多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门（Firmicutes,52.28%）和变形菌门（Proteobacteria,38.40%）为主要优势细菌门;子囊菌门（Ascomycota,88.19%）和担子菌门（Basidiomycota,11.15%）为优势真菌门。在属分类水平上,注释到明确分类地位的细菌属和真菌属分别有382个和31个,其中平均相对含量＞1%的分别有12个和8个。在操作分类单元（OTU）水平上,共发现17个核心细菌OTUs和11个核心真菌OTUs。综上,腌制大头菜叶具有较高的微生物多样性,且细菌群落物种数高于真菌。     

高通量测序技术对西藏林芝传统发酵酸奶及酪乳细菌多样性研究

随着我国各方面重大活动的日益增多,重大活动中餐饮安全日益得到重视,食品相关产品是食品安全非常重要的一环。其中密胺类食品相关产品风险、肉制品及加工设备风险、餐具洗消风险和油烟风险等四方面应该着重注意。重大活动中,监管部门应加大对密胺餐具的管控,加强密胺类餐饮厨具管理。重大活动中肉制品生产加工过程中应关注加工设备清洁,避免食源性食品中毒事件发生。重大活动餐饮具洗消过程中,除常规消毒外,还应注意水资源检测与洗涤剂残留。重大活动的厨房油烟机应规范清洗标准、使用寿命标准,规范操作人员着装,油烟无法有效吸收时应立即更换或停止使用。     

西藏青稞酒酿造小曲微生物多样性分析

该研究利用高通量测序技术分别对西藏自治区五个地区的青稞酒酒曲样品的微生物组成和差异性进行分析。 结果表明, 21种酒曲样品中共检测出真菌140种、69个属,细菌967种、309个属,其中,昌都、山南、拉萨曲水县和林芝地区青稞酒酒曲微生物种 类相对丰富,日喀则地区青稞酒酒曲微生物种类相对较少。 西藏五个地区青稞酒酒曲样品的共有优势真菌菌属为覆膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、根霉属（Rhizopus）和毛霉属（Mucor）,优势细菌菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和明串珠菌属（Leuconostoc）。 西藏不同地区青稞酒酒曲样品微生物均存在一定差异。     

第二代高通量测序技术分析倒笃菜菌群

目的检测収酵食品倒笃菜中细菌和真菌菌群结构。方法利用第二代高通量测序对倒笃菜中的真菌和细菌菌群结构迚行测定分析。结果检测出倒笃菜产品中,细菌群落中占主要地位为假单胞菌属(Pseudomonas)、拟杆菌属(Bacteroides)和Faecalibacterium属,分别占比例为11.4%、9.3%和8.9%,而对収酵起至兲重要的芽孢乳杆菌属(Lactobacillus)仅占比例为1.1%。倒笃菜中真菌群落中占主要地位的真菌菌属为曲霉属(Aspergillus),占比为88.8%,而其余真菌占比仅为11.2%。其中,曲霉真菌属中存在可以产生真菌毒素的黄曲霉菌(A.flavus)、寄生曲霉菌(A.parasiticus)等。结论结果表明传统腌制倒笃菜产品中可能会存在一定的致病细菌与可产真菌毒素的真菌,从而有引起食品安全问题的风险,因此,应迚一步对倒笃菜微生物的安全性迚行深入检测分析。