唐菖蒲伯克霍尔德菌椰毒致病变种食物中毒分离株的遗传特性研究

目的 对1株引起聚集性米酵菌酸中毒的生吊面浆食品样品分离株唐菖蒲伯克霍尔德菌椰毒致病变种(Burkholderia gladioli pv. cocovenenans)DBJ进行全基因组测序并分析,解析菌株产毒及致病的基因特征。方法 提取唐菖蒲伯克霍尔德菌椰毒致病变种DBJ基因组DNA,对菌株进行测序获得全基因组完成图,利用生物信息学分析手段对序列进行挖掘分析。结果 菌株DBJ基因组由两个染色体(G1和G2)和一个质粒(P)组成,其中两个染色体大小均为4 Mb左右,质粒大小约为300 kb。两个染色体的GC含量也相仿,约为68.0%,质粒则稍低为63.0%。进一步分析发现,G2染色体上存在产米酵菌酸的bon基因簇。遗传进化分析后发现,菌株DBJ在亲缘关系上与加拿大玉米分离株UCD-UG_CHAPALOTE最为接近,两株菌处在同一进化分支。且255株菌种中有31株携带bon基因簇的菌株,较不携带该基因的唐菖蒲伯克霍尔德菌有明显遗传进化倾向。结论 唐菖蒲伯克霍尔德菌椰毒致病变种DBJ分离株基因组中携带产米酵菌酸的bon基因簇,是引起食物中毒的主要原因。     

产CTX-M-55型超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌全基因组序列耐药和毒力特征研究

目的基于全基因组序列,对2株食源性产CTX-M-55型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌的耐药和毒力分子机制进行研究。方法采用微量肉汤稀释法对大肠埃希菌食品分离株进行药敏试验,设计产ESBLs基因引物并通过聚合酶链式反应(PCR)扩增筛选出2株产CTX-M-55型ESBLs大肠埃希菌(编号为EC001和EC002)进行全基因组测序,并进行序列型(ST)、质粒复制子类型、血清型、耐药基因和毒力因子识别。结果 2株大肠埃希菌均为头孢类和喹诺酮类抗生素双重耐药ESBLs菌株;全基因组序列分析结果显示,2株菌的血清型均为肠道致病性大肠埃希菌(EPEC)O119∶H8,ST型分别为ST21(EC001)和ST342(EC002),EC001菌株含有Inc FII、IncX1、IncY、Col156和IncI2 5个不相容群质粒,EC002菌株含有IncFII和IncX1 2个不相容群质粒,2株菌株染色体中均携带bla_(CTX-M-55)和bla_(TEM-141)2种ESBLs基因。此外,EC001菌株还携带sul2/3、tet(A)/(B)、dfrA12、strA/B、aph(3')-IIa、cml/cmlA1、floR和oqxA/B耐药相关基因,其染色体喹诺酮耐药决定区gyr A基因存在2个突变位点(S83L,D87H)、parC基因存在1个突变位点(S80I),多粘菌素耐药相关基因pmr E基因存在3个突变位点(D73Y,M185T,S225T);而EC002菌株携带fosA和qnrS1耐药相关基因。2株菌均携带致黏附与脱落(A/E)损伤的肠细胞脱落位点(LEE)毒力岛基因esc、esp、eae A和tir,且EC001菌株还携带增强菌株在血清中存活能力的iss基因。结论对2株食源性产CTX-M-55型ESBLs大肠埃希菌进行全基因组测序以及耐药和毒力的分子机制的研究,其结果可为后续开展大肠埃希菌耐药和毒力表型预测、指导食用畜禽养殖过程中抗生素合理使用及耐药菌株防控提供依据。     

复合酵母在赤霞珠发酵过程中酵母菌相互作用研究

利用WL营养琼脂培养基对发酵过程不同阶段分离的菌株进行初步分类,结果表明,这些菌株分为5属8种:酿酒酵母(Saccharomyces serevisiae)、有孢汉逊酵母(Hanseniaspora uvarum)、克鲁维毕赤氏酵母(Pichia kluyveri)、东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis),假丝酵母(Candida)。对初步分类菌株进行26S r DNA D1/D2区扩增和测序,测序结果经Blast比对后证实,研究了这几种酵母在不同阶段的构成比,揭示了整个过程中酵母菌的生物多样性和不同菌种的动态变化。在此基础上选用interdelta分析对161株酿酒酵母进行菌株区分,结果显示,这些酿酒酵母可归为9个基因型。研究了这9个基因型在复合发酵过程中的菌株组成及变化,为利用降酸酵母降酸研究提供依据。     

酵母核酸常用的鉴定方法及其应用

随着酵母全基因组测序的完成,针对酵母的染色体、基因组DNA、核糖体RNA(r RNA)和线粒体DNA(mt DNA)采用分子生物学技术手段进行已知酵母菌的鉴定,并用于未知菌株多样性分析的方法得到了越来越多的应用。综述并对比了酵母菌的分子生物学分类鉴定方法及其实际应用,其中包括PFGE、r RNA基因的18S、26S,5.8S-ITS区域的PCR、PCR-RFLP、PCR-单链构象多态性分析、DNA的RAPD分析、线粒体DNA的酶切分析等。     

接种不同嗜杀特性的酿酒酵母对赤霞珠发酵中酵母多样性的影响

以赤霞珠葡萄为原料,分别接种不同嗜杀特性的酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)菌株NXU17-26(中性)、UCD522(敏感菌株)和UCD2610(嗜杀菌株),并以自然发酵为对照,研究各菌株对赤霞珠葡萄酒的发酵特征及发酵中酵母菌多样性的影响。结果表明,接种发酵在启酵和发酵速度上显著快于自然发酵。WLN培养基将分离到的480株酵母菌鉴定为7种类型,26S rDNA D1/D2序列分析进一步将其鉴定为4属5种:葡萄汁有孢汉逊酵母(Hanseniaspora uvarum)、克鲁维毕赤酵母(Pichia kluyveri)、伯顿丝孢毕赤酵母(Hyphopichia burtonii)、S.cerevisiae、库徳毕赤酵母(Pichia kudriavzevii)。这4属5种的酵母均存在于自然发酵中,而接种发酵中仅有H.uvarum和S.cerevisiae两种酵母,接种发酵中酵母菌多样性较低。Interdelta指纹图谱分析表明,所接种的酿酒酵母菌株是相应发酵中的优势菌株:接种中性酵母NXU17-26的发酵中,NXU17-26的基因型占比为63.46%;接种敏感菌株UCD522中,UCD522的基因型占比为44.68%,野生酿酒酵母NXU18-15表现出较强的竞争力,基因型占比为34.04%;接种嗜杀酵母UCD2610的发酵中,UCD2610的基因型占比为62.74%。非加权算术平均数法聚类分析表明,分离自同一发酵中的不同酿酒酵母菌株间的遗传差异性较小;分离自不同发酵中的酿酒酵母菌株间遗传差异性较大。     

沙门菌属特异性检测靶点碱基差异位点的识别及其血清型决定力

以美国国家生物技术信息中心(NCBI)已公布的28株沙门菌(14个血清型)全基因组序列为研究对象,对前期研究获得的7个沙门菌属特异性检测靶点在不同血清型间的单核苷酸多态性进行比较分析,结果表明,S9和S69为碱基差异位点最多的两个靶点,具有沙门菌分子血清分型的潜在能力。随后,通过分析S9和S69在沙门菌不同血清型菌株中的差异位点,分别绘制两个血清分型靶点的差异位点表,从而获得了这两个靶点同时用于14个沙门菌血清型的快速分子血清分型的差异位点组合。在这些组合中,同一血清型具有相同的差异位点,不同血清型可以通过差异位点得以区分。最后,采集食品样品192份,用国标方法获得疑似沙门菌21株;利用血清分子分型靶点S9和S69进行快速分型,并同时用传统玻片凝集反应鉴定方法进行验证,两种方法鉴定结果的符合率为100%。鉴定结果为:21株沙门菌共包括4个不同血清型,其中肠炎沙门菌10株、鼠伤寒沙门菌7株、鸡沙门菌2株、纽波特沙门菌2株。基因组序列分析结果和分离株分型结果均表明,沙门菌特异分子检测靶点S9和S69相结合具备沙门菌的分子血清分型能力,以差异位点表为基础建立的血清分型方法有望替代传统的玻片凝集血清分型这一繁杂步骤,从而降低沙门菌血清鉴定的时间与成本,为聚合酶链式反应技术应用于沙门菌分子血清分型提供新思路。     

细胞表面疏水性、电荷和酵母外源凝集素密度对啤酒酵母凝聚的影响

本文报告了酵母菌株 LCC1209(Flol 表观型)、LCC125(Newflo 表观型)和 LCC1240(LCC1209的非凝聚变异株)的细胞表面研究。检查了这些菌株的凝聚程度、表面疏水性和表面电荷,用荧光的抗生素蛋白荧光素异硫氰酸盐电极和放射性标记的甘露糖电极定量分析细胞表面酵母外源凝集素密度。另外,运用荧光显微镜检术检查两种凝聚酵母菌株的细胞壁,菌株显示出不同的疏水性、表面电荷和外观的酵母外源凝集素密度。细胞表面疏水性与凝聚性明显相关(r=0.684,P<0.001),发现 Flol 和 Newflo 菌株分别有82%和75%的凝聚性变化(n=48)可以通过酵母外源凝集素密度水平及其亲合力来解释。     

从酿造酵母Saccharomyces cerevisiae菌落中分离出的小菌落突变株的特性及其影响

在啤酒发酵过程中，将酵母重复使用或者说“连续接种”，会使酵母处于长期的生理、化学和物理压力的环境下。酵母重复使用的方法通常是可以接受的，但这导致了小菌落突变株增加的风险一旦小菌落突变株的比例达到一定的程度，会导致异常发酵和影响产品质量，传统的理论认为，在低温回收酵母的状况下，小菌落突变株出现的几率为酵母代数的函数在芩文中，证实了常温回收会降低小菌落突变株出现的几率，其并不随着代数的增加而增加．另外，对从酵母泥中分离的小菌落突变株进行1、3、9和10次发酵后单独进行染色体组和mtDNA的RFLP分析，结果表明其保存的染色体带型与野生酵母菌株是不同的从回收酵母泥中分离的Rho0小菌落突变菌株也首次说明该型小菌落突变株的存在是自发的     

仰韶陶融型白酒大曲可培养微生物多样性研究

研究陶融型白酒大曲可培养微生物的多样性。采用组织培养方法分离陶融型白酒大曲的微生物,提取分离菌株DNA,用酵母通用引物NL1/NL4、细菌通用引物799F/1492R和真菌通用引物ITS1/ITS4对酵母26S rRNA、细菌16S rRNA、霉菌28S rRNA序列扩增,提交测序分析,构建系统发育树。仰韶陶融型白酒大曲酒曲中共分离到酵母213株、细菌386株、霉菌73株,酵母归分为72株形态种,细菌归分为77株形态种,霉菌归分为7株形态种,根据测序结果不同,陶融型白酒大曲微生物被分为21个分类单元。仰韶陶融型白酒大曲可培养微生物具有多样性特征,为其发酵及开发利用提供理论参考。     

沙城龙眼葡萄自然发酵过程相关酵母生物多样性研究

本实验从沙城产区龙眼葡萄自然发酵过程中分离得到120 株酵母菌株,利用WL 培养基进行形态聚类分析,得到5 种类型,再通过5.8S rDNA-ITS 区域RFLP 的方法得到5 种不同的酶切图谱,最后经5.8S rDNA-ITS 区域序列分析,将4 种类型的酵母鉴定到种的水平,另外一个类型的酵母需要进一步的鉴定。