多重微滴式数字PCR定量检测市售核桃乳中核桃、大豆源性成分

目的:为市售核桃乳中核桃源及主要掺杂物种大豆两种源性成分建立准确、快速定量检测方法。方法:从植物组织(核桃、大豆)或是植物蛋白饮料(核桃乳饮料)提取核酸后,主要采用多重微滴式数字聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,测算单位质量核桃和大豆的目的基因拷贝数比值,建立基因拷贝数与质量之间的关系,进而利用该比例关系换算出植物蛋白饮料中核桃和大豆的投料量,以实现对植物蛋白饮料中植物源性成分的定量检测。结果:基于多重微滴式数字PCR定量检测市售产品中大豆和核桃源性组分的方法,引物探针特异性好,目标物种间无交叉反应;灵敏度高,核桃中掺杂大豆的质量检测限为0.5%,相对误差为5.6%。将单一源性5种不同质量下靶基因拷贝数之比与5种不同比例混合源性靶基因拷贝数之比通过重复3次检测,综合比较并拟合后得到单位质量下拷贝数(C_(大豆)/C_(核桃)=1.771 1)的换算比例值。在从商品超市中抽取的11份不同品牌的核桃乳中(仅含核桃一种植物源成分),多重微滴式数字PCR方法检测显示:11份样品均检出核桃源性成分,6份样品检出大豆源性成分,其中4份样品中大豆与核桃质量之比高于10%,判断存在掺杂使假;2份样品大豆与核桃质量之比低于0.2%,极低的检出量推断为工艺沾染。结论:采用多重微滴式数字PCR准确、快速的定量方法可作为鉴别核桃乳中掺杂使假问题的有效手段。     

肉制品中羊源性成分微滴数字PCR法定量检测方法的研究

为准确定量肉及肉制品中羊源性成分的含量,建立了微滴数字PCR定量检测系统。结果显示在一定范围内羊肉质量与DNA含量、DNA含量与DNA拷贝数之间均呈现明显的线性关系,选择DNA含量作为中间换算值,计算出羊肉的质量与拷贝数之间的关系为M_羊=0.03C+0.69。应用建立的微滴数字PCR定量检测方法对已知质量分数的羊肉模拟混合样品进行检测,发现无论在两两混合还是多肉样混合的情况下,其含量偏差最大为1.52%,具有较强的抗干扰能力。通过对市售样品的检测,显示该方法能够准确检测出不同样品中羊肉的含量,并发现可能存在掺假现象,说明该检测方法具有良好的市场应用前景。本实验建立的微滴数字PCR定量方法在肉及肉制品中羊源性成分检测方面具有较大的应用潜力,为肉制品日常检测及是否掺假提供有力的科学依据。      

肉制品中羊源性成分微滴数字PCR法定量检测方法的研究

为准确定量肉及肉制品中羊源性成分的含量,建立了微滴数字PCR定量检测系统。结果显示在一定范围内羊肉质量与DNA含量、DNA含量与DNA拷贝数之间均呈现明显的线性关系,选择DNA含量作为中间换算值,计算出羊肉的质量与拷贝数之间的关系为M_羊=0.03C+0.69。应用建立的微滴数字PCR定量检测方法对已知质量分数的羊肉模拟混合样品进行检测,发现无论在两两混合还是多肉样混合的情况下,其含量偏差最大为1.52%,具有较强的抗干扰能力。通过对市售样品的检测,显示该方法能够准确检测出不同样品中羊肉的含量,并发现可能存在掺假现象,说明该检测方法具有良好的市场应用前景。本实验建立的微滴数字PCR定量方法在肉及肉制品中羊源性成分检测方面具有较大的应用潜力,为肉制品日常检测及是否掺假提供有力的科学依据。     

微滴式数字PCR定量检测欧洲甜樱桃中掺假苹果成分的研究

目的:基于微滴式数字PCR技术（Droplet Digital PCR,ddPCR）建立欧洲甜樱桃中掺假苹果成分定量检测的方法。方法:通过筛选欧洲甜樱桃、苹果成分特异性引物探针,建立ddPCR定量检测方法,构建质量和DNA含量的拟合曲线及DNA含量与拷贝数之间的拟合曲线,以DNA含量作为中间值,获得质量和扩增拷贝数的计算公式。其中线性拟合曲线R2均在0.99以上,且建立了相应的掺假模型以验证方法的准确性。结果:欧洲甜樱桃和苹果的质量和扩增DNA拷贝数的计算公式:M_樱=0.0833C?3.8420、M_苹=0.4084C?1.5747。在欧洲甜樱桃与苹果的掺假模型中相对误差最大为?19.17%,符合统计学要求。结论:建立欧洲甜樱桃制品快速检测方法为打击欧洲甜樱桃掺杂使假提供了强有力手段,保障了消费者的权益,对促进小浆果及其制品行业健康发展具有重要意义。     

微滴式数字PCR与实时荧光PCR检测羊肉制品中羊源和猪源性成分方法的比较

参考外文文献中羊肉和猪肉的特异性引物及TaqMan探针,分别建立一种定量检测羊肉制品中羊源和猪源性成分的微滴式数字PCR方法,并将该方法与标准SN／T 2051－2008中实时荧光PCR方法做对比来检测3份羊肉制品中的羊源和猪源性成分。结果表明,实时荧光PCR方法检测5号、9号、23号样品中的羊源性成分的Ct值分别是14?424／19?214、18?345／20?147、17?321／20?542;猪源性成分的 Ct 值分别是18?923／34?483、20?121／28?963、20?352／33?851;微滴式数字PCR方法检测5号、9号、23号样品中的羊源和猪源性成分的DNA拷贝数分别为236／0 copies／μL、421／0?3copies／μL、402／0?11copies／μL。表明两种方法均能检出3份样品中均含有羊源和猪源性成分,而微滴式数字PCR方法能够对DNA模板定量分析。结论：在肉种成分真伪鉴定上,微滴式数字PCR方法较实时荧光PCR方法更科学、准确。     

利用微滴式数字PCR技术检测大豆毛油中的转基因成分

我国是转基因大豆的进口大国,由转基因大豆加工而成的大豆油成为进入消费者生活的食用油,判定食用的大豆油是否含有转基因成分,是国家监管部门和公众消费者密切关心、关注的问题。大豆油在制备精炼过程中破坏了大豆的DNA,造成检验时DNA富集难度增加,严重影响了大豆油转基因成分检测的准确度。到目前为止,国家已经颁布的标准中没有涉及转基因大豆油的检测标准。本研究利用高灵敏度、精确度的数字PCR技术,并通过优化大豆毛油DNA提取方法和PCR反应体系,对大豆毛油样品进行外源转基因成分检测。检测结果显示,大豆毛油外源转基因成分被成功检测到。实验结果表明,本研究建立的大豆毛油转基因成分检测方法准确可靠,可进行推广应用。     

猪链球菌微滴数字PCR定量检测方法的建立

根据猪链球菌(Streptococcus suis,SS)gdh基因的保守序列设计特异性引物和Taq Man探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法进行比较分析。结果表明,该方法特异性良好,与猪传染性胸膜肺炎放线杆菌、副猪嗜血杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、猪圆环病毒2型和伪狂犬病毒无交叉反应;灵敏度优于qPCR,线性相关系数(R2)为0.991,呈良好线性关系,最低可检测到2.692 copies/μL的阳性质粒;稳定性好,变异系数为1.66%。临床样品定量检测结果表明,dd PCR具有敏感性高、特异性好等优点,能对qPCR检测的可疑样品进行精确定量。本研究建立的dd PCR能够准确定量检测SS,将为SS相关研究提供有益参考。     

四种基因定量方法对实时荧光PCR与微滴式数字PCR检测霍乱弧菌基因表达量的分析

基因表达量测定对基因功能解析和探索生命机理具有重大意义,目前实时荧光PCR和微滴式数字PCR技术是进行基因表达量测定的有效方法。本文以低温处理的霍乱弧菌sfs、vcc、Rec A、hly及16S r RNA基因为研究对象,分别用实时荧光PCR和微滴式数字PCR技术对低温处理前后霍乱弧菌的上述基因表达量进行测定,实时荧光PCR实验数据分别采用??CT和ge Norm法进行分析,微滴式数字PCR实验数据分别采用相对定量和绝对定量法进行分析,获得处理组基因表达量相对于对照组的变化倍数;使用多维尺度法来分析四种基因定量方法的数据。结果表明,在本实验条件下,四种基因定量方法的分析结果存在差异;16S r RNA基因表达量发生了变化,不适合作为内参基因;微滴式数字PCR能更直观的给出基因表达量变化的结果,并且基因表达差异相对定量分析的准确度更高。     

微滴式数字PCR和实时荧光PCR在豆奶饮料转基因成分检测中的应用

为探索数字PCR在转基因成分筛选检测中的应用,解决现行转基因食品标准实施中的问题,完善我国转基因食品的检测监管体系。本文选取转基因启动子Ca MV35s和终止子NOS基因为靶标,大豆内源基因Lectin为内标,以转基因大豆标准品分别测定数字PCR和实时荧光PCR的浓度和含量检测低限,并应用于30批次豆奶饮料转基因成分实测。结果表明,数字PCR在转基因筛查的浓度检测低限达到0.04ng/反应,含量检测低限达到0.05%,均优于实时荧光PCR(0.2ng/反应,1%),且能够满足最严欧盟转基因标识阈值0.9%的检测要求。在豆奶饮料实际应用中发现,26批次样品两个平台检测结果一致为阴性,1批次一致为阳性,3批次Ct值在34.59～38.28之间的样品经数字PCR检测得到确切结果,说明数字PCR可辅助确认RT-PCR可疑结果,解决现行标准判定难题。     

微滴数字PCR方法检测畜肉食品中鸭源性成分

目的利用微滴数字PCR技术,建立鸭源性成分的快速、特异、灵敏检测方法。方法根据鸭线粒体基因全序列设计的引物及探针,利用微滴数字PCR进行扩增,建立鸭源性成分检测方法;以市场中常见畜禽肉为参考物种作微滴数字PCR特异性检测;以羊肉为干扰物观察微滴数字PCR的抗干扰性;将鸭肉DNA进行梯度稀释,对方法灵敏度进行检测。结果该方法能够有效对鸭源性成分进行检测,特异性强,灵敏度高,并且其他物种成分的存在对方法灵敏度检测没有影响。结论该方法特异性强,灵敏度高,可以实现畜肉食品中的鸭源性成分检测。     

红薯源性成分微滴式数字PCR的检测与定量分析

本文根据红薯单拷贝物种基因β-淀粉酶基因(Ipomoea batatas beta-amylase gene,β-AMY)特异性片段设计引物组和探针,建立了红薯成分特异性定量检测的微滴数字PCR检测方法及β-AMY基因拷贝数浓度(copy number/μL)与红薯质量(mg)的线性关系,并对方法的特异性、灵敏度和适应性均进行了测试。结果显示建立的红薯成分数字PCR检测方法特异于红薯成分检测,在20μL反应体系中定量下限(limit of quantitation,LOQ)和检测下限(limit of detection,LOD)分别为2.53 copies/μL和0.67 copies/μL。根据建立的拷贝数浓度(copy number/μL)与红薯质量(mg)的线性关系,对红薯质量百分比为5%和25%的样本进行定量检测,检测结果经换算得到的红薯含量分别为4.15%和21.33%,回收率分别为83.06%和85.31%,RSD值在6.33%～6.95%之间,表明本方法可对质量百分比为5%及以上的红薯成分进行准确定量,在定量检测方面具有较大应用潜力,可为市场监管提供了技术支持。     

微滴式数字PCR技术定量检测发酵乳中金黄色葡萄球菌

基于微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,dd PCR)技术,建立发酵乳中金黄色葡萄球菌定量检测方法。以金黄色葡萄球菌nuc基因为目的片段设计特异性的引物和探针,优化反应体系,通过活菌提取和ddPCR方法对靶标基因的检测特异性和灵敏度进行实验,并对定量结果进行分析。本研究建立了发酵乳中ddPCR技术定量检测金黄色葡萄球菌的方法,检测特异性良好,检测灵敏度为3.3×10~1 CFU/g,定量的偏差率为+10.18%,证明了ddPCR用于绝对定量检测的可行性,为其他食品污染菌和致病菌标准化控制体系提供有益的示范作用。     

猪胸膜肺炎放线杆菌微滴数字PCR定量检测方法的建立

为实现对猪胸膜肺炎的致病菌猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)的量化研究,本实验根据猪胸膜肺炎放线杆菌特异性基因ApxⅣ的保守序列,设计引物探针,通过优化反应条件,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并对该方法的特异性、灵敏度、稳定性以及适用性进行验证,与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法进行比较分析。结果表明:ddPCR最佳退火温度为52℃;线性相关系数(R~2)为0.9957,线性关系良好;灵敏度达153.8copies/μL,是qPCR的两倍;特异性良好,与其它常见猪病原无交叉反应。在实际样品检测中,110份样品的ddPCR与qPCR检测结果的Kappa系数为0.9529,说明两种检测方法结果高度一致,并且ddPCR可对qPCR无法判断阴阳性的可疑样本进行定量分析。本实验建立的ddPCR方法敏感性高、特异性强、可用于猪胸膜肺炎放线杆菌的定量检测。     

微滴式数字PCR定量检测转基因玉米品系VCO-01981-5

建立基于QX100微滴式数字聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)平台的我国未批准转基因玉米品系VCO-01981-5的二重微滴式数字PCR定量检测方法。该方法选择基因组中单拷贝的玉米内源基因hmg和VCO-01981-5品系边界序列为定量靶序列,分别设计不同的PCR扩增引物和TaqMan探针,并对两种探针用不同的荧光进行标记,然后将上述探针和引物置于同一个PCR反应体系中以同时定量两个靶标序列。特异性实验结果显示该法只有VCO-01981-5品系的两个靶序列才都有扩增信号。灵敏度、线性和准确性实验结果显示在定量结果相对标准偏差不大于25%时,最低可稳定定量5个拷贝的VCO-01981-5品系特异性序列分子和4个拷贝的内源基因hmg分子;而在高达50 ng模板DNA以下范围内,PCR反应模板量与测定样品拷贝数之间呈高度正相关,相关系数达0.99以上;平均误差小于10%。结果表明本研究建立的该玉米品系定量方法特异性强,稳定性好,精确性、准确性以及灵敏度高,定量范围广,可用于进、出口农产品和食品中该转基因玉米品系成分的定量检测。此外,该法还可为其他转基因玉米品系及其他转基因作物品系建立类似定量检测方法提供参考。     

微滴式数字聚合酶链式反应精准定量检测羊肉中掺杂猪肉

以羊和猪的单拷贝持家基因DNA复制蛋白A1为靶基因设计合成了适用于微滴式数字聚合酶链式反应的特异性引物和探针,通过理论推导获得了单位质量两种肉基因拷贝数之比的固定值,并进行了验证,据此将样品中羊肉和猪肉的拷贝数转换为相对质量分数,从而建立了羊肉中掺杂猪肉的精准定量检测方法。该方法可以很好地应用于羊肉中掺杂猪肉的含量检测,猪肉的最低定量限为1%,在5%~80%范围内绝对误差小于±1.30%,相对误差小于±10%,定量结果准确、重复性高,可以为肉类掺假的监管工作提供有力的技术参考。     

水产品中创伤弧菌ddPCR定量方法的建立

选取创伤弧菌单拷贝基因met为靶基因,设计引物探针,建立对创伤弧菌准确定量的微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)方法,并进行特异性、灵敏度和重复性实验,同时与实时PCR(real-time PCR)方法进行比较。结果显示,所建立的ddPCR方法可以快速、高效地检测出创伤弧菌,细菌纯培养物中其定量限可达323拷贝数/mL,检测限可达61拷贝数/mL,人工污染牡蛎样品中能最低能检测到1.13×102拷贝数/g的目标菌。对人工污染样品中目标菌的检测,ddPCR的定量结果约为平板计数结果的1.4倍,比real-time PCR方法的检测更加稳定准确。本研究建立的ddPCR检测方法能快速准确、特异、灵敏地定量检测创伤弧菌。     

基于微滴数字PCR阿胶定量检测方法的建立

为对阿胶及相关产品进行精确定量和纯度鉴定,本研究建立了一种基于微滴数字PCR(ddPCR)的阿胶定量检测方法。结果显示,在一定范围内阿胶质量与DNA含量以及DNA含量与DNA绝对拷贝数间均呈线性关系。以DNA含量作为换算值,确定出阿胶质量M_阿胶(mg)与DNA绝对拷贝数C(copies/μL)的线性关系为M_阿胶=0.13C+3.05。最终利用ddPCR检测样品中目的基因的绝对拷贝数来确定样品中的阿胶含量。准确性验证实验显示实测值与真实值基本保持一致,实测偏差最大仅为4.0%,这表明所建立的方法准确可靠。利用该方法对市场上不同品牌的8个阿胶和2个阿胶速溶粉进行检测,结果显示8个阿胶中,3款阿胶较纯,2款阿胶的阿胶含量较低,最低的仅为23.3%。而2款阿胶速溶粉的阿胶含量分别为44.8%和39.8%。以上表明该方法能有效对市售的阿胶产品进行定量检测和纯度鉴定。本实验建立的基于ddPCR的阿胶定量检测方法准确、高效、稳定,有较大的应用价值和应用前景,可有效预防阿胶掺假现象的发生。