基于高通量测序技术对6种黄酒酒曲中微生物多样性的研究

本研究以6种黄酒酒曲为原料,利用高通量测序技术,研究酒曲中细菌和真菌的微生物群落结构及其多样性。结果显示,大米红曲（JQ1）、小米红曲（JQ2）的细菌群落结构及真菌群落结构都相似;麦曲（JQ3）、中药曲（JQ4）、酒药（JQ6）的细菌群落结构接近;JQ3、JQ4、黄酒曲（JQ5）的真菌群落结构接近。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）是JQ2、JQ3、JQ4、JQ6优势细菌门;JQ1、JQ5优势细菌门为变形杆菌门（Proteobacteria）。6种酒曲的优势真菌门是子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,乳酸杆菌属（Lactobacillus）是JQ1优势细菌属;双歧杆菌属（Bifidobacterium）是JQ2优势细菌属;JQ3、JQ5优势细菌属为未培养叶绿体细菌属（uncultured_bacterium_o_Chloroplast）;枝芽孢菌属（Virgibacillus）仅为JQ4优势细菌属;葡萄球菌属（Staphylococcus）是JQ6优势细菌属。JQ1优势真菌属为塞伯林德纳氏酵母属（Cyberlindnera）,JQ2优势真菌属为红曲霉属（Monascus）,JQ3、JQ5优势真菌属为曲霉菌属（Aspergillus）;JQ4优势真菌属是耐干霉菌属（Xeromyces）,米根霉属（Rhizopus）是JQ6优势真菌属。综上,6种酒曲的微生物群落结构在门和属水平上都有较大差异,本文为后续红谷黄酒酒曲的筛选提供了理论参考。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析来凤地区腌制大头菜叶中微生物多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门（Firmicutes,52.28%）和变形菌门（Proteobacteria,38.40%）为主要优势细菌门;子囊菌门（Ascomycota,88.19%）和担子菌门（Basidiomycota,11.15%）为优势真菌门。在属分类水平上,注释到明确分类地位的细菌属和真菌属分别有382个和31个,其中平均相对含量＞1%的分别有12个和8个。在操作分类单元（OTU）水平上,共发现17个核心细菌OTUs和11个核心真菌OTUs。综上,腌制大头菜叶具有较高的微生物多样性,且细菌群落物种数高于真菌。     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

【目的】为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。【方法】以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。【结果】发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%～98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）...     

新疆吐鲁番坎儿井饮用水中微生物多样性分析

目的：了解新疆坎儿井微生物菌群特征。方法：采集新疆吐鲁番4种不同坎儿井饮用水，利用Illlumina-Hiseq高通量测序技术对其进行测序，Majiorbio生信云平台进行微生物群落结构多样性分析。结果：质控后细菌有效序列为446 700条、真菌有效序列为407 376条，基于97%一致性共得到2 586个OTUs。门水平上，变形菌门（Proteobacteria）为4个样品共同优势的细菌门；在属水平上，阿木尔坎儿井（样品A）、奥吾提坎儿井（样品T）共同优势菌属为嗜氢菌属（Hydrogenophaga），占比分别为34.31%，57.66%；沙依坎儿井（样品S）优势菌属为曲杆菌属（Curvibacter），占比36.33%；米依木阿吉坎儿井（样品M）优势菌属为不可鉴定的丝毛单胞菌属（unclassified_f_Comamonadaceae），占比34.84%。真菌的子囊菌门（Ascomycota）为4个样品中共同优势菌门；样品S、M、T优势菌属为油壶菌属（Olpidium），分别占比15.77%，31.84%，16.38%。样品A优势菌属为不可鉴定的真菌属（Unclassified_k_fungi），占比27.68%。结论：4种样品在细菌和真菌门、属、种水平上有共同点的同时也有差异；虽然真菌多样性比细菌高，但物种所占丰富度较小。     

河南传统面食发酵剂中微生物菌群结构分析

以河南省不同地区传统面食发酵剂作为研究对象,采用Illumina MiSeq 高通量测序技术分析其真菌和细菌菌群结构。测序真菌共检出7 个属,涉及234 个OTU;细菌共检出8 个属,涉及423 个OTU。结果表明：优势真菌属主要是酵母属（Saccharomyces）和威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）;细菌绝大部分是乳酸菌,优势细菌属主要有乳酸杆菌属（Lactobacillus）、明串球菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和片球菌属（Pediococcus）等。6 个样品的真菌菌群多样性分析结果表明郑州样本的Shannon 指数最大,Simpson 指数最小,证明其真菌物种多样性最高。细菌群落多样性分析结果表明商丘样本的Shannon 指数最大,Simpson 指数最小,说明其细菌物种多样性最高。在不同地区的样品中优势真菌和细菌菌属的种类和含量差异较大。     

应用高通量测序技术分析成品甜芽菜微生物多样性

利用高通量测序技术分析成品甜芽菜中微生物组成和多样性。结果显示:从3个样品中共得到65797条高质量的细菌序列代表,OTU聚类609个,分属7个菌门、114个细菌菌属;共得到54750条高质量的真菌序列代表,OTU聚类109个,分属7个菌门、28个真菌菌属。细菌群落中,Proteobacteria(49.1%)和Firmicute(40.9%)菌门具有较大优势;盐单胞菌属(Halomonas,27.2%)的丰度最高,芽孢杆菌属(Bacillus,11.9%)次之。真菌群落中,Ascomycota(63.7%),Basidiomycota(36.1%)菌门具有绝对优势;Saccharomycetales_unclassified (28.5%)、德巴利酵母属(Debaryomyces,15.8%)、Filobasidiaceae_norank(14.1%)3个菌属较为优势。研究结果加深了对成品甜芽菜中微生物群落结构和多样性的认识,对于成品芽菜的保藏提供了一定的参考意义。     

烟草角斑病叶际微生物群落结构与多样性分析

为揭示烟草角斑病叶际微生物群落结构和多样性，采用高通量测序技术研究感角斑病与健康烟叶叶际细菌和真菌群落结构和多样性间的差异。结果表明，感病和健康烟叶叶际细菌主要分布于厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和变形菌门（Proteobacteria）；真菌主要分布于子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上，感病烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）、黄杆菌属（Xanthomonas）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、泛菌属（Pantoea）和属水平未分类的根瘤科（unidentified＿Rhizobiaceae）；优势真菌属为小不整球壳属（Plectosphaerella）、亚格孢壳属（Didymella）、赤霉菌属（Gibberella）和链格孢属（Alternaria）。健康烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属、泛菌属和甲基杆菌属；优势真菌属为小不整球壳属、亚格孢壳属、枝孢霉属（Cladosporium）和B...     

高通量测序方法研究传统四川泡菜母水中微生物群落的动态变化

为探明传统四川泡菜母水中的微生物群落及其变化规律,构建传统四川泡菜发酵模型,运用高通量测序方法对不同发酵阶段（20?代发酵）泡菜母水微生物群落组成和多样性进行分析。泡菜母水中的细菌群落主要包括7?个门,其中厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）分别占94.64%和2.73%,为优势菌门;真菌群落主要包括3?个门和1?个未分类种群,其中子囊菌门（Ascomycota）占99.93%,为优势菌门。泡菜母水中含量在0.1%以上的细菌属有7?个,主要包括乳杆菌属（Lactobacillus）、拉乌尔菌属（Raoultella）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter）、乳球菌属（Lactococcus）等;泡菜母水中的真菌属主要是Kazachstania,含量超过99%。通过分析不同发酵阶段泡菜母水中的微生物群落组成和多样性,结果表明随着发酵代数的增加,泡菜母水中的细菌与真菌多样性呈下降趋势,微生物群落构成趋于稳定：Lactobacillus是达到稳态的泡菜母水中的主要细菌属,Kazachstania是达到稳态的泡菜母水中的主要真菌属。     

原料预处理对柿子酒发酵过程中微生物群落演替的影响

为获得不同预处理的柿子在发酵过程中的单宁含量和微生物群落的动态变化以及它们之间的相关性，本实验在相同条件下分别以柿子果肉（S）、冻柿子果肉（D）、柿子皮（P）、经单宁酶处理的柿子果肉（M）酿造柿子酒，并对其发酵过程中的单宁含量和微生物菌群结构及多样性进行分析，为后期调控柿子酒中的单宁含量提供理论基础。结果表明：四种预处理在发酵过程中单宁含量均呈现先增加后逐渐下降的变化趋势，但经单宁酶处理的柿子果肉（M）酿造的柿子酒中的单宁含量与其它预处理相比一直处于最低；在细菌微生物群落结构的门水平上，发酵第1 d的优势菌门均为蓝藻菌门（Cyanobacteria），而第3～9 d主要的优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）；在属水平上，优势菌属差异较大，分别为片球菌属（Pediococcus）(S)、明串珠菌属（Leuconostoc）(D)、不动杆菌属（Acinetobacter）(P)、葡糖杆菌属（Gluconobacter）和片球菌属（Pediococcus）(M)。在真菌微生物群落的门水平上，子囊菌门一直处于绝对优势菌门；在属水平上，优势菌属均为...     

高通量测序解析烟草苗床期基质细菌和真菌群落结构与多样性变化

【背景和目的】烟苗的生长发育状况与育苗基质微生物密切相关,为了解烟苗育苗阶段基质细菌和真菌群落结构与多样性特征。【方法】采用IlluminaMiSeq高通量测序对育苗基质中细菌和真菌群落进行测序与分析。【结果】不同育苗阶段基质（播种后第10～66 d）真菌和细菌在菌群结构及相对丰度均存在差异。基质中优势细菌门均为变形菌门Proteobacteria(65.60%～72.80%)、拟杆菌门Bacteroidetes(16.75%～21.35%)和酸杆菌门Acidobacteria(1.38%～4.67%);优势细菌属均为德沃斯氏菌属Devosia(4.81%～14.20%)、罗河杆菌属Rhodanobacter(1.60%～6.19%)、戴氏菌属Dyella(0.38%～8.92%)等,其中,德沃斯氏菌属和罗河杆菌属在播种第66 d的相对丰度较第10 d分别降低8.6%和3.31%。播种第38 d基质细菌Shannon多样性指数和ACE丰富度指数最低,分别为7.25和1161.10;播种第24 d和66 d基质细菌Shannon多样性指数最高,分别为8.15和8.01。基质中优势真菌门均...     

基于高通量测序的江西特色发酵豆豉中微生物群落多样性及其特征分析

目的:采用高通量测序技术,研究江西特色发酵豆豉中细菌和真菌等微生物的群落多样性及特征,以了解和提高产品质量和食用安全性。方法:采集江西南昌稻香园调味食品有限公司豆豉样品,经gDNA提取,分别对细菌16S rDNA和真菌ITS区域进行PCR扩增及MiSeq测序,根据统计的测序数据进行物种注释、丰富度聚类及α-多样性分析。结果:高通量测序获得细菌Tag数目36633个,OTU数目114个,经物种注释,主要为蓝细菌门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),以蓝细菌门未分类属(Cyanobacteria Chloroplast Unclassified)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)为主;真菌Tag数目47117个,OTU数目8个,经物种注释,几乎全为接合菌门横梗霉属(Lichtheimia)。结论:江西豆豉细菌具有丰富的微生物群落多样性和特色的菌群组成结构。     

武宣地区红曲米对红曲柿酒品质影响及其细菌组成分析

使用武宣地区3种红曲米作为发酵剂酿造红曲柿酒,分析其理化指标和挥发性风味成分差异,并采用Illumina MiSeq高通量测序技术检测3种红曲米的细菌多样性,以解析不同细菌群落在红曲柿酒发酵过程中的作用。结果表明,不同红曲柿酒总酸和挥发酸含量差异显著（P＜0.05）;挥发性酸类物质组成存在较大差异,其中红曲米样品WX-2制成的红曲柿酒挥发性酸类物质含量最高（10.0%）。从3种红曲米样品共检测出19个细菌门,239个细菌属,共有优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）;共有优势菌属为伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）,WX-2样品中优势菌属还有醋菌属（Acetobacter）、小球菌属（Pediococcus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）,均为产酸菌株。表明红曲米细菌群落结构与红曲柿酒酸类物质的形成紧密相关。     

藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

孝感凤窝酒曲真菌多样性评价

采集了3个孝感凤窝米酒曲样品,使用Miseq高通量测序技术对其真菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,相对含量＞0.5%的属分别为隶属于毛霉亚门（Mucoromycotina）的淀粉霉（Amylomyces）、小克银汉霉属（Cunninghamella）和毛霉属（Mucor）及隶属于子囊菌门（Ascomycota）的复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、曲霉属（Aspergillus）、念珠菌（Candida）、拟威尔酵母（Cyberlindnera）和接合酵母（Zygosaccharomyces）。在分类操作单元（OUT）水平上,发现26个核心OTU,包含的序列数占所有质控后合格序列数的94.32%。由此可见,孝感凤窝酒曲中的真菌微生物主要由隶属于毛霉亚门和子囊菌门的若干个真菌属构成,且米酒曲样品共有大量的核心真菌菌群。     

大竹米酒真菌群落研究及酵母菌分离鉴定

以四川省达州市大竹地区的7份米酒样品为研究对象,采用MiSeq高通量测序技术对米酒样品中真菌菌群多样性进行分析,并通过传统微生物培养技术与分子生物学手段分离鉴定米酒样品中的酵母菌。米酒中真菌群落α多样性分析结果表明,该研究的测序条件可以有效反映样品中生物信息。真菌群落结构分析表明,子囊菌门（Ascomycota）(50.11%)和毛霉亚门（Mucoromycota）(49.81%)为米酒中的优势真菌门（平均相对含量≥1%）,根霉属（Rhizopus）(49.64%)、复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）(19.93%)、酿酒酵母属（Saccharomyces）(16.58%)和威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）(11.53%)为米酒中的优势真菌属（平均相对含量≥1%）。操作分类单元（OTU）结果显示,米酒样品中含有13个核心OTU,占总序列数的86.35%,主要隶属于根霉属（49.48%）、复膜孢酵母属（19.61%）和酿酒酵母属（16.21%）。大竹米酒中可分离菌株以酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）为主,相对含量达87.5%。     

基于高通量测序分析不同品种柠檬NFC果汁的微生物多样性

目的:探索柠檬非浓缩还原汁(Not From Concentrate,NFC)中微生物多样性,为柠檬NFC灭菌工艺优化提供理论数据.方法:采集不同品种柠檬NFC,利用HiSeq高通量测序技术,比较不同柠檬NFC样品中细菌和真菌多样性差异.结果:通过高通量测序共获得147231条有效16S rDNA序列和113238条有...