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1.
为揭示烟草靶斑病叶际真菌与细菌群落结构与多样性,利用Illumina高通量测序技术对感病与健康烟叶叶际真菌与细菌菌群组成进行测序分析。感病烟叶与健康烟叶叶际真菌主要为担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota)两个菌门;感病与健康烟叶叶际细菌主要为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等。在属水平上,感病烟叶的优势真菌属为亡革菌属(Thanatephorus)、Stagonosporopsis、链格孢属(Alternaria)、亚隔孢壳属(Didymella);优势细菌属为泛菌属(Pantoea)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)。健康烟叶的优势真菌属为链格孢属(Alternaria)、异壳二孢属(Neoascochyta)、亚隔孢壳属(Didymella)、Stagonosporopsis和枝孢属(Cladosporium);优势细菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)、泛菌属(Pantoea)、肠杆菌属(Enterobacter)。... 相似文献
2.
目的:分析包装方式及贮藏温度对白切鸡中微生物菌群结构的影响。方法:采用托盘包装(AP)、100%N2(MN)包装和30%CO2+70%N2(MC)3种包装方式对白切鸡进行包装,4℃和12℃下贮藏,于贮藏中期及末期取样,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对16S rDNA的V3~V4区域测序。结果:在97%的相似水平下共获得2 216类可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),且这些OTU都属于细菌域,包括5个门、40个属;所有处理组中丰度最高的菌门均为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),两种丰度之和平均占96.93%;12℃及4℃下AP组贮藏末期样品优势菌群均为假单胞菌属(Pseudomonas),而MN和MC组优势菌群与AP组明显不同,4℃下MC与MN组优势菌群为环丝菌属(Brochothrix)和沙雷氏菌属(Serratia),12℃下还观察到肠杆菌属(Enterobacteriaceae)和克吕沃尔菌属(Kluyvera)。... 相似文献
3.
目的:为湘派卤牛肉保鲜保味,延长货架期。方法:对不同贮藏时间(0,4,8,12,16 d)的湘派卤牛肉样品中细菌进行多样性测序。结果:高通量测序共获得有效基因序列1 116 813条,平均每个样品74 454条。Alpha多样性分析表明,LNR8d中细菌丰度最高,LNR4d中细菌丰度最低;细菌门水平结果表明,在贮藏期间,15个卤牛肉样品中的优势菌门主要有:厚壁菌门、变形菌门和蓝细菌门。细菌属水平结果表明,LNR0d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;LNR4d的样品中优势菌属为巨大球菌属;LNR8d的样品中优势菌属为肠杆菌属;在LNR12d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;在LNR16d的样品中优势菌属为unidentified_Chloroplast。PCoA分析显示15个样品的组内样本之间距离较大,表明其菌群差异性较大。LEfSe分析表明,LNR4d~LNR16d样品中属水平下贡献最大的细菌菌群分别为巨大球菌属、微小杆菌属、乳杆菌属。结论:研究揭示了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌多样性,探索了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌变化情况及其优势菌属。 相似文献
4.
以新鲜和4℃条件下贮藏4 d腐败后的凡纳滨对虾为研究对象,分别采用高通量测序和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱技术研究对虾微生物菌群组成。结果显示:微生物在门、纲、目、科和属的分类水平上,高通量测序技术检测出新鲜对虾和腐败对虾分别有18和19门、33和46纲、60和89目、93和150科、191和304属;而DGGE法对新鲜对虾和腐败对虾均仅检测到1门、1纲,分别检测到4和5目,3和4科,6和7属。高通量测序检测到新鲜和腐败凡纳滨对虾微生物的4个优势门类群分别为变形菌门(87.54%和91.17%)、拟杆菌门(8.93%和1.05%)、厚壁菌门(1.01%和4.54%)和梭杆菌门(1.01%和0.2%),而DGGE法检测到的门水平优势类群仅变形菌门,表明高通量测序法与DGGE法在反映样本微生物群落规模上具有较大差异。通过DGGE法和高通量测序法发现贮藏期间腐败凡纳滨对虾中弧菌属微生物的相对丰度较新鲜对虾明显降低,而以腐败希瓦氏菌和波罗的海希瓦氏菌为主的希瓦氏菌属微生物相对丰度上升,说明这两种方法在反映优势菌群演替变化规律上结果一致,其中,高通量测序法检测灵敏度和精度更高。 相似文献
5.
目的:基于高通量测序分析不同自然发酵周期的岭南桑葚果酒的细菌分布特征。方法:采集广州永和镇创鲜果桑采摘园的6个月短时发酵桑葚新酒(STF)和18个月长时发酵桑葚陈酒(LTF),提取其发酵全液总的生物DNA,进行16S rRNA细菌保守区域扩增、纯化和测序。下机后通过专业的生物学分析软件对测序数据进一步加工,包括物种注释、聚类分析、潜在生物功能预测分析、多样性分析等。结果:高通量测序获得新酒和陈酒的平均细菌Tag 数目分别为126 126个和127 401个,平均OTUs 数目分别为746个和789个,经物种注释,主要为变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、放线菌门、Epsilonbacteraeota、酸杆菌门、浮霉菌门、芽单胞菌门和绿弯菌门10个菌门,以拟杆菌门分枝杆菌属、变形菌门雷拉内拉菌属、变形菌门弯曲菌属、厚壁菌门链球菌属、变形菌门不动杆菌属、变形菌门慢生根瘤菌、变形菌门拉尔斯顿尼亚菌属、变形菌门帕拉伯克霍尔德菌属、拟杆菌门拟杆菌属和放线菌门的分枝杆菌属为主,其中新酒中的拟杆菌门分枝杆菌属显著高于陈酒(P<0.05),变形菌门不动杆菌属显著低于陈酒(P<0.05)。结论: 不同发酵周期的桑葚果酒细菌具有不同丰富度的微生物群落多样性和差异化的菌群组成结构,功能预测分析显示LTF样本菌群中与免疫疾病、心血管疾病、发育、信号分子及相互作用等相关基因功能序列增加,提示桑葚果酒发酵时间过长,增加了产品的食用安全风险。 相似文献
6.
研究菜心冷藏期间的腐败微生物,使用高通量测序技术,对冷藏菜心切口处微生物的多样性进行分析,探究冷藏期间微生物菌群相对丰度的动态变化。以4 ℃冷藏菜心为研究对象,分析贮藏早期0 d、中期7 d、后期14 d的菜心切口处细菌的16S rRNA和真菌的ITS序列,比较各组菌群组成和丰度。通过物种注释评估和物种组成分析,明确菜心贮藏过程中切口处的优势菌群。在贮藏早、中、后期,真菌优势菌群均为担子菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)和unclassified Fungi。在贮藏早期,细菌优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),而在贮藏中、后期,细菌优势菌群转变为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。微生物多样性结果显示,真菌的多样性要高于细菌。本研究明确了菜心冷藏期间的微生物多样性发生规律,为后续菜心保鲜剂和保鲜技术的研究提供了理论支撑。 相似文献
7.
为探究浓香型白酒窖池中细菌群落结构和多样性变化,采用HiSeq高通量测序技术,对6个窖池样品中的细菌16S rRNA基因V3~V4区进行测序分析,比较了窖泥和酒醅中的细菌物种组成和丰度,解析了窖泥和酒醅中共有的细菌物种和关键差异物种,探究了浓香型白酒窖池中潜在的关键细菌菌种。研究结果表明,3个窖泥样品共注释到1 009个OTUs,主要分布于厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidete),其中厚壁菌门菌株的丰度超过了60%;3个酒醅样品共注释518个OTUs,主要分布于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。窖泥样品中的细菌物种总数和多样性均高于酒醅样品,窖泥样品中关键的细菌菌种主要来自梭菌属(Clostridium IV)、岩石单胞菌属(Petrimonas)、沉积物棒菌属(Sedimentibacter)、嗜蛋白菌属(Proteiniphilum)和喜热菌属(Caloramator);酒醅样品中关键的细菌菌种主要来自乳杆菌属(Lactobacillus)、丙酸杆菌属(Propioni... 相似文献
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高通量测序分析不同增菌温度下冷鲜鸡肉细菌的群落多样性 总被引:1,自引:0,他引:1
采用Ion Torrent个人化操作基因组测序仪高通量测序技术,对冷鲜鸡肉贮藏过程中的细菌在4?℃与37?℃两种增菌温度下群落结构、相对丰度及演替规律进行深入研究。结果表明:在门水平上,变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门为3?大菌门。在属水平,4?℃条件下,贮藏前期(0~4?d)以假单胞菌属、希瓦氏菌属、不动杆菌属为主要的优势菌属,其中假单胞菌占最大的比例,最高达44.03%;在贮藏中后期(6~12?d),类香味菌属迅速增加,含量大于假单胞菌属,成为冷鲜鸡肉贮藏中后期的优势腐败菌。在37?℃条件下,柠檬酸杆菌属、变形杆菌属、乳球菌属及未知其他菌属在贮藏前期占主要优势;到贮藏中后期,以类香味菌属、污蝇杆菌属为主,对冷鲜鸡肉腐败变质有着重要的影响。两种增菌温度下细菌群落多样性及菌群结构变化,反映了冷鲜鸡肉潜在的卫生质量风险,为后期冷鲜鸡肉冷藏过程或贮藏中温度失控情况下有效实施冷鲜鸡肉质量安全监测提供技术参考。 相似文献
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目的 分析蓝莓中细菌和真菌菌群的组成及其多样性,探究不同蓝莓样品中微生物的暴露水平。方法 构建了蓝莓中微生物菌群的基因组文库,利用高通量测序技术分析了5种蓝莓中细菌和真菌菌群的组成及其多样性,借助微生物属水平和种水平分析比较了蓝莓中细菌和真菌菌群组成和丰度信息。结果 5种蓝莓中微生物菌群的多样性较高,但其细菌和真菌菌群组成仍存在共有特征,细菌和真菌中共有的操作分类单元数量分别为76和42。蓝莓中优势细菌主要归属于放线菌门、拟杆菌门、蓝藻菌门、厚壁菌门和变形菌门,优势真菌主要归属于子囊菌门、担子菌门和被孢霉门。结论 不同蓝莓样品中微生物菌群的组成变化较大,真菌菌群的多样性比细菌更丰富,这对蓝莓的腐烂变质、贮藏保鲜和生物防控研究具有重要意义。 相似文献
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采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
目的:比较涂抹法和冲洗法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响。方法:将4只冷鲜鸡对半分开,分别采用涂抹法和冲洗法采集其表面微生物,提取基因组DNA,对细菌16S rRNA基因V3~V4区进行聚合酶链式反应扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。结果:两种方法采集的样品在细菌基因组DNA提取、菌群丰富度、多样性及菌群结构等方面均无显著差异(P0.05)。高通量测序结果表明,冷鲜鸡表面细菌菌群主要分布于7个门,10个属。变形菌门为优势菌门,占70%以上;希瓦氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属和环丝菌属为优势菌属,分别占10%~20%。结论:两种采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序没有明显影响,但冲洗法比涂抹法简单易行,且不易发生二次污染,因此更具有实用性。本实验同时也为冷鲜鸡表面细菌的研究提供了数据资料。 相似文献
11.
分析采后库车小白杏果实内生细菌多样性,挖掘潜在的微生物资源及功能。利用高通量测序法对采后库车小白杏内生细菌结构组成进行分析,同时,采用传统分离培养法对内生细菌进行分离筛选,并对所获得的菌株进行16S rRNA基因序列分子鉴定,进而对相关菌株的产酶特性进行分析。高通量测序结果显示,采后库车小白杏内生细菌共包括406个操作分类单元,涉及9个门,94个属。其中,拟杆菌属(Bacteroidetes)、芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)和未分类菌群等物种多样性最为丰富。通过分离筛选共获得99株菌,分别归属于放线菌门(Actinobacteria)、变形杆菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)4个菌门的28个属。同时,获得7个未在高通量测序结果中检出的属类群,发现潜在新种5个。实验获得了一批蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、纤维素酶和果胶酶产生菌。本研究的开展为深度挖掘库车小白杏果实中的潜在微生物资源及相关酶制剂的筛选和研制提供丰富的材料,同时,也为从微生物角度揭示小白杏腐败变质等研究提供新思路... 相似文献
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为探究酱香型白酒大曲曲皮和曲心细菌群落结构的差异,采用Illumina Hiseq高通量测序技术对某酱香型白酒大曲曲皮和曲心两个部位的细菌群落多样性及菌群结构进行研究。结果表明,曲皮样品中细菌群落的多样性高于曲心样品,但其物种丰富度低于曲心样品。曲皮和曲心样品中的细菌菌群归属于7个门、13个纲、19个目、29个科和55个属,共有优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria),曲皮样品的特有优势细菌门为变形菌门(Proteobacteria);共有优势细菌属为枝芽孢杆菌属(Virgibacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、芽孢链菌属(Desmospora)、乳杆菌属(Lactobacillus)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora),除Desmospora外,其他优势细菌属在曲皮和曲心中的含量差异较大。曲皮样品的特有优势细菌属为链霉菌属(Streptomyces)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingo- monas)、片球菌属(Pediococcus);曲心样品的特有优势细菌属为火山渣芽孢杆菌属(Scopulibacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)。 相似文献
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为揭示烟草角斑病叶际微生物群落结构和多样性,采用高通量测序技术研究感角斑病与健康烟叶叶际细菌和真菌群落结构和多样性间的差异。结果表明,感病和健康烟叶叶际细菌主要分布于厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria);真菌主要分布于子囊菌门(Ascomycota)。在属水平上,感病烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、黄杆菌属(Xanthomonas)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、泛菌属(Pantoea)和属水平未分类的根瘤科(unidentified_Rhizobiaceae);优势真菌属为小不整球壳属(Plectosphaerella)、亚格孢壳属(Didymella)、赤霉菌属(Gibberella)和链格孢属(Alternaria)。健康烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属、泛菌属和甲基杆菌属;优势真菌属为小不整球壳属、亚格孢壳属、枝孢霉属(Cladosporium)和B... 相似文献
14.
采用Ion Torrent PGM高通量测序技术,从分子水平上对冰鲜鸽肉贮藏过程中的细菌在4 ℃与37 ℃ 2 种增菌温度下的细菌群落结构、丰度及演替规律进行深入研究。结果表明:在整个贮藏过程中,4 ℃与37 ℃增菌处理的结果表明:在门水平上,冰鲜鸽肉中的微生物菌群均以变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门为优势菌门,其中变形菌门占比达78%;在科水平上,4 ℃增菌条件下,假单胞菌科、莫拉氏菌科、假诺卡氏科及肠杆菌科为优势菌科,37℃增菌条件下,气单胞菌科、动球菌科、肠杆菌科及假单胞菌科为优势菌科,占比最多的为假单胞菌科。2 种增菌温度下细菌群落的多样性及菌群结构变化反映了冰鲜鸽肉潜在的安全风险,可用于冰鲜鸽肉冷藏过程或贮藏过程中温度失控情况下的质量管理。 相似文献
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采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门(相对丰度≥1.0%)为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes),优势细菌属为根瘤菌属(Rhizobium)、拉乌尔菌属(Raoultella)、谷氨酸杆菌属(Glutamicibacter)、红球菌属(Rhodococcus)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单孢菌属(Pseudomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、Devosia、嗜盐单胞菌属(Halomonas)、未分类-鼠杆菌属(unclassified-Muribaculaceae)、乳杆菌属(Lactobacillus);优势真菌门为子囊菌门(Ascomycota)、毛霉门(Mucoromycota)及担子菌门(Basidiomycota),优势真菌属为孢圆酵母属(Torulaspora)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、横梗霉属(Lichtheimia)、根霉属(Rhizopus)、曲霉属(Aspergillus)、酵母属(Saccharomyces)。 相似文献
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为揭示冷鲜鸡在微冻贮藏过程中的微生物变化规律,为微冻保鲜提供理论依据,本实验采用16S rRNA高通量测序技术解析冷鲜鸡在微冻贮藏条件下不同储藏时间菌群结构的变化规律。结果显示:冷鲜鸡在-3 ℃微冻贮藏过程中Shannon指数下降、Simpson指数升高,微生物多样性降低;丰富度指数(Ace指数和Chao1指数)随着贮藏时间先下降后上升,在贮藏第4 d时达到峰值,而后又逐渐降低;在门水平,冷鲜鸡在微冻贮藏过程中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteriota)和绿弯菌门(Chloroflexi),变形菌门相对丰度随着贮藏时间的延长而增加,其他菌门则降低;在属水平,冷鲜鸡优势菌属为假单胞杆菌属、不动杆菌属、希瓦氏菌属和嗜冷杆菌属,随着贮藏时间的延长,假单胞杆菌属相对丰度增加,不动杆菌、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属等微生物的丰度降低,贮藏第28天时,主要为假单胞杆菌属,其余菌属各自占比不足1%。由此可知,假单胞杆菌属是冷鲜鸡在微冻贮藏环境下的优势腐败菌。 相似文献
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为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。 相似文献
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《食品与发酵工业》2019,(18):15-21
为了提高发酵香肠微生物资源利用率和对发酵香肠的安全性进行评估。应用高通量测序技术,对收集自四川成都(SC)、广东深圳(GD)、湖南长沙(HN)、黑龙江哈尔滨(HB)地区的传统发酵香肠进行测序,采用生物信息学方法进行细菌多样性分析。四川和哈尔滨地区的细菌多样性>其他地区;厚壁菌门,蓝藻菌门和变形菌门是4个地区的优势菌门;乳杆菌属和葡萄球菌属是四川地区的优势菌属;乳球菌属,不动杆菌属和巨型球菌属是广东地区的优势菌属;乳球菌属,四联叠球菌属,乳杆菌属是湖南地区的优势菌属;未成功测定的细菌菌属是哈尔滨地区的优势菌属。巨型球菌属是广泛存在于除哈尔滨地区之外的特殊菌属,该菌对脂肪和蛋白质分解有促进作用。乳酸菌是除哈尔滨地区之外的优势菌群,Macrococcus caseolyticus可以作为香肠发酵剂的候选优良菌株,但其安全性还需进一步研究。 相似文献
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利用Illumina MiSeq高通量测序技术,对传统清香型白酒大楂和二楂发酵过程中的细菌群落结构、丰度及演替规律进行研究,测序获得有效序列数分别为319 872条和269 087条,归类为15个门(厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、浮霉菌门、绿弯菌门、疣微菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门、衣原体门、硝化螺旋菌门、广古菌门、产金菌门、梭杆菌门、蓝细菌门,分别包含39 567,22 717个OTUs。研究表明:大楂和二楂细菌群落组成丰富,在发酵过程中细菌的种类和数量随着发酵和环境的变化而变化,主要优势菌群包括葡萄球菌属、片球菌属、乳杆菌属。它们动态变化,此消彼长,影响大楂和二楂酒的质量与风味物质的产生。 相似文献
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采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元(OTU)数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门(相对丰度>1%)主要有变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等,优势细菌属(相对丰度>1%)主要有泛菌属(Pantoea)、乳杆菌属(Lactobacillus)、雀麦属(Bromus tectorum)等。绝对优势真菌门(相对丰度>90%)为子囊菌门(Ascomycota),第一优势真菌属(相对丰度>50%)为孢圆酵母属(Torulaspora)。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。 相似文献