烟草基因组知识篇:1.基因组与烟草基因组计划

为配合国家烟草专卖局烟草基因组计划重大专项的实施,全面开展烟草基因组学研究,深入挖掘烟草功能基因,培育具有中国特色的烟草超级品种,本刊自本期起开辟烟草基因组专栏,着重介绍烟草基因组知识、基因组学研究方法、烟草重要性状基因及烟草基因组计划的重大进展等,欢迎广大作者踊跃投稿。     

烟草基因组知识篇：2．基因组测序

基因组计划的最终目标是获取所研究生物体的全部DNA序列,一般包括三个图谱,即遗传图谱、物理图谱和基因组全序列图谱,并将基因以及其他有意义的特征定位于DNA序列中.人以及模式生物的染色体都不能直接进行DNA测序,因此首先必须将它们随机地"敲碎"(通过限制性内切酶酶切或超声波处理或DNA酶Ⅰ降解)变成成千上万的小片段,构建成不同水平和类型的基因组文库,例如YAC(yeast artificial chromosome,酵母人工染色体)文库、BAC(bacterial artificial chromosome,细菌人工染色体)文库和cDNA文库等.然后对文库中的每个克隆片段进行DNA测序,再对所有测定的每条序列经过计算机程序处理装配成染色体上完整的DNA序列.     

烟草基因组辅助育种研究进展

优质的烟草品种是促进烟草经济发展的基础。2010年以来,烟草基因组学迅速发展,推动了烟草遗传进化、功能遗传学等多个研究领域的进步,为烟草育种提供了新的工具和途径。本文总结了烟草基因组测序组装和功能研究的最新成果,从烟草遗传连锁图谱构建、数量性状基因座（QTL）定位、全基因组关联分析（GWAS）以及QTL定位和GWAS联合分析4个方面阐述了烟草分子标记辅助选择育种（MAS）的发展现状,并综述了全基因组选择（GS）和基因编辑（GE）的技术理论以及它们在烟草育种中的应用进展。针对目前烟草基因组辅助育种（GAB）存在的问题和不足,指出要充分利用烟草基因组信息,加快分子标记的开发,推进基因芯片的应用和加强高通量表型监测平台的建设,进而推进GAB在烟草育种上的应用。     

烟草基因组知识篇:3.基因组注释

<正>在完成序列的拼接后,得到的是很长的DNA序列、甚至可能是整个基因组的序列。这些序列中包含许多未知的基因,将基因从这些序列中找出来是基因组注释的主要内容。基因组DNA序列可分为两大部分:基因及其相关序列、基因间序列。以起始密码子开始、终止密码子结束、称之为开放阅读框(open readingframe,ORF)的序列为基因序列,它们可编码蛋白质和RNA(非编码RNA),所以又称为编码序列;基因相关序列包括拟(假)基因(pseudogene)、基因片段、内含子、非翻译区(untranslated region,UTR)等[1]。基因间序列主要是一些重复序列,它们是所有基因组尤其是真核生物基因组共同的重要特征。     

烟草基因组知识篇:4.结构基因组学

基因组学的研究可分为两方面：以基因组测序为目标的结构基因组学和以功能鉴定为目标的功能基因组。结构基因组学是在基因组学研究的早期阶段,着重进行基因作图、序列分析以研究基因组成、定位的科学。染色体不能直接用来测序,必须将基因组分解成容易操作的较小的结构,     

烟草甲线粒体基因组序列测定与分析

为进一步获取烟草甲线粒体基因组信息,以期为烟草甲分类鉴定、系统发育和种群遗传等方面的深入研究奠定基础,采用二代测序技术测定了烟草甲线粒体基因组序列。结果表明:烟草甲线粒体基因组全长15 009 bp,包含13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因、22个转运RNA基因和1个控制区,基因组排列的顺序和组成与鞘翅目储粮害虫线粒体基因组相似。烟草甲线粒体基因组的A+T含量为78.7%,13个蛋白质编码基因除cox2基因的起始密码子是TTG外,其余蛋白质编码基因的起始密码子均为通用密码子ATN;典型的TAA或TAG为9个基因的终止密码子,而cox3、nad5、nad4以不完全的T作为终止密码。烟草甲的22个tRNA均能折叠成三叶草结构,但tRNA^Asp、tRNA^Leu和tRNA^His的二级结构中缺少TψC环,tRNA⁽ser(AGN))的DHU(Dihydorouridine,二氢尿嘧啶)臂缺失,因而不能形成典型的三叶草式二级结构。     

基于高通量测序的烟草粉螟基因组初步研究

为研究烟草粉螟基因组信息,基于低深度高通量测序,利用Illumina测序平台对烟草粉螟基因组进行了分析,采用K-mer法预测烟草粉螟基因组大小、杂合度和重复序列等基因组特征,并使用SOAP de novo软件对烟草粉螟基因组进行了初步组装.研究表明:①烟草粉螟预估基因组大小为546.4 Mb,杂合度为1.93％,重复序...     

烟草青枯菌FQY_4基因组中原噬菌体生物信息学分析

为了解青枯菌(ralstonia solanacearum)基因组中原噬菌体和噬菌体元件的信息,在烟草青枯菌FQY_4全基因组序列的基础上,分析了FQY_4染色体上的原噬菌体,结果显示FQY_4染色体上有1个具有完整噬菌体特征的原噬菌体,3个噬菌体元件。比较青枯菌GMI1000和FQY_4中的原噬菌体的序列信息,结果显示它们具有一定的相似性,其中青枯菌FQY_4的原噬菌体-2与噬菌体φRSA1的相似度为82%,它们有40个编码基因高度同源,相似度为99%以上。这些信息可为青枯菌原噬菌体的多样性分析,噬菌体和青枯菌的协同进化研究奠定基础。     

烟草青枯病抗性的全基因组关联分析

为发掘并定位烟草青枯病抗性遗传位点,利用RAD简化基因组重测序技术（RAD-seq）,以219份遗传多样性较高的国内外烟草品种作为供试自然群体,利用田间病圃鉴定供试材料的青枯病抗性,通过全基因组关联分析（GWAS）,发掘抗病基因组区段,并进行抗病候选基因预测。结果表明,筛选鉴定到8个高抗青枯病的烟草品种,获得了384 904个高质量的SNP位点,对烤烟群体的基因组连锁不平衡衰减（LD）距离进行了估算,平均为256 kb。在烟草基因组内发掘到1个与烟草青枯病抗性变异显著关联的区段,峰值SNP在17号染色体的23 977 382 bp处,p=6.196×10^-7,能解释14.29%的表型变异,在该区段内预测到4个抗病候选基因。本研究为烟草青枯病抗病基因克隆及分子育种提供了较为明确的基因组定位信息。     

烟草基因组计划进展篇：6．烟草全基因组过量表达和RNA干涉体系的建立与应用

随着烟草基因组测序计划的逐步完成,烟草重要基因的克隆及其功能鉴定已成为研究的热点。RNA干涉和基因过量表达是研究基因功能必不可少的方法。利用RNA干涉和过量表达从正反两方面对烟草重要性状基因进行功能研究是克隆和阐明烟草重要功能基因的主要方法和必经之路,将为烟草分子育种奠定基础。在中国烟草总公司科技重大专项资助下,中国农业科学院烟草研究所和生物技术研究所联合运用生物信息学方法,通过RNA干涉技术和过量表达技术对与烟碱、有害成分、主要抗性、香气物质、主要矿物质吸收利用效率、烟叶成熟和烘烤特性等重要性状相关基因进行了发掘和功能研究。     

迈向新世纪的花粉研究与开发

0前言 　　20世纪末人类社会开始迈向知识经济时代，新世纪可以预见科技将更迅猛地改变人们的生活、工作和思维方式。以技术为核心的人类如何发展，怎样把握人类文明的发展，成为人类进入新世纪的重要任务，而生命科学将是 21世纪科学发展最重要部分，如何更好地开发利用生物资源为人们的健康服务是其中的重要课题之一。花粉在众多保健资源中历来受到重视，被认为是 21世纪有前景的食物资源，在新世纪开始之际，为迎接我国加入 WTO后的新形势和新要求，如何更好地开展花粉研究和开发是我们面临的最重要的课题。 1花粉研究是花粉资源开发利…     

基于文献计量学的烟草基因组研究知识图谱分析

  目的  明确烟草基因组领域研究现状、发展历程、重点前沿及未来研究的方向。  方法  运用文献计量学,结合CiteSpace文献可视化软件,对中国知网（CNKI）和Web of Science两个数据库中的烟草基因组研究文献进行数据挖掘。  结果  （1）近年来关于烟草基因组研究的文献发文量增加速度快,总体呈上升趋势。（2）中国与美国的文献在发文量和影响力方面占据优势地位。（3）国内研究学者以童治军、肖炳光和龚达平及其团队在基因组方面研究较为突出,作者之间合作关系密切,国外作者Sierro等人的文献在该领域有很高的影响力。（4）得益于测序技术的发展,烟草基因组研究在基因标记技术、基因的鉴定与分析、基因组测序和基因组图谱绘制等方面取得了丰硕的成果,同时在烟草抗性研究、烟叶病毒和农艺性状改良等方面应用广泛。  结论  我国烟草基因组研究已跻身世界前列,有力推动了现代烟叶的发展以及优质烟草品种的培育。      

Integrating tobacco control into health and development agendas

Tobacco use is one of the major risk factors for non-communicable diseases, with a profound impact on resource-poor low-income and middle-income countries such as India, where tobacco use is high and where socioeconomic as well as health inequalities are rampant. Effective implementation of the Framework Convention on Tobacco Control requires multisectoral efforts that can fructify through integration of tobacco control into broader health and development agendas such as food and water security, environment, the right to education and human rights. The global tobacco control community will need to explore innovative partnerships beyond its traditional confines and build a global coalition that supports tobacco control by partnering with others having convergent concerns on common determinants. A firm political commitment and intersectoral coordination between government and non-government agencies is paramount in order to implement effective tobacco control programmes. Integration of tobacco control into other health and development agendas as described in this paper has the potential to contribute to the achievement of all the eight United Nations Millennium Development Goals. This paper explores why the whole of government should accord a high priority to tobacco control, and how this integration could be achieved.     

把握机遇促进入世后我国花粉研究与开发

我国加入WTO,意味着我国经济融入世界经济的主流中,对我国的花粉事业而言,既是机遇也是挑战,面对新的形势,我们必需:加强基础理论研究,为超前的花粉开发提供坚实基础;不断扩大花粉应用范围,产品推陈出新;提高产品科技含量,全面开发花粉产品。     

乳业危机：机遇与挑战

"三鹿奶粉事件"已有最初的一家企业单一的奶粉事件转化成全乳品行业的一场危机.通过对此次危机事件产生的原因、乳业发展所面临的机遇与挑战进行分析,最后提出乳品企业如何抓住机遇,重建消费信心,使乳业步入健康、可持续发展快车道的对策和建议.     

加快推进烟草市场化进程 迎接经济全球化的挑战

２０００年,烟草行业以实现利税１０５０亿元的辉煌业绩名列全国诸行业之首,为国家做出了应有的贡献,为过去的２０世纪划上了一个圆满的句号。２１世纪,随着我国入世进程的加快,经济全球化问题越来越突出地摆在我们面前,这既是改革开放后我国经济建设发展的唯一选择,也是我国社会主义建设的必然之路。江总书记曾讲过两个重要的观点：第一是经济全球化是客观趋势,大势所趋,谁也回避不了;第二是经济全球化有利有害,要趋利避害。这两句话,可谓是一语中的,一针见血,切中要害。我们如何面对加入WTO和日益迫近的经济全球化形势,…     

香料烟细菌性斑点病的调查研究

对香料烟细菌性斑点病的症状观察发现,香料烟细菌性斑点病主要为害叶片,初为黑褐色水浸状圆形或多角形小斑点,以后病斑扩大、连片,形成不规则的较大坏死斑,新发的病斑夹杂其间,病斑大小不一。2001、2002年普查结果表明,在保山香料烟栽培区的隆阳区芒宽乡和昌宁县柯街镇普遍发病,发病田块达60%,平均病株率在25%以上;其他烟区仅见零星发病,病株率均在1%以下。在调查中也发现品种、温湿度、烟叶的成熟度、栽培条件等对病害的发生与流行影响较大。病原属于假单胞菌属(Pseudomonas)细菌。