3种KRAS基因突变检测试剂盒的质量评价

为了解市场上KRAS基因突变检测试剂盒的质量,指导试剂盒的选择和使用,选择了常见的3种试剂盒(随机编号A、B和C)对其进行质量评价。使用标准物质分别对试剂盒的准确度、特异性、检出限和重复性指标进行了评价。评价结果分别为：3种试剂盒的准确度均较好,对7个突变型的阳性符合率验证结果均为100%;3家实验室的特异性验证结果中,每种试剂盒都有假阳性结果检出,3种试剂盒中均不能满足7个突变型的阴性符合率为100%,阴性符合率为100%的突变型结果中,试剂盒A有6个,试剂盒B有6个,试剂盒C有3个;检出限评价结果表明,3种试剂盒对7个突变型的实际检出限与所标识的检出限(1%)不完全一致,其中3家实验室验证一致且与标识检出限相符的突变型,试剂盒A有0个,试剂盒B有3个,试剂盒C有5个;试剂盒的低水平重复性均较好(<5%)。     

PIK3CA基因突变数字PCR参考测量方法研究

PIK3CA突变检测是实现肿瘤个体化治疗的重要预测因子。以PIK3CA为目的基因,选择E542K、E545K、H1047R三个热点突变,建立对其准确定量检测的微滴式数字聚合酶链式反应(ddPCR)方法。优化退火温度、引物探针浓度等条件,对方法特异性、线性范围、重复性等方面进行考察。结果表明,建立的ddPCR检测方法精密度好,在突变丰度(0.05～82.75)%范围内相对标准偏差值介于(0.392～14.031)%,准确性高,与重量法的相关系数达到99.91%、99.98%、99.94%;在突变丰度0.2%以上,方法的重复性可达5%以内;在突变丰度0.2%以下,重复性保持在15%以下。在20μL反应体系中3个热点突变的空白限分别为0.03%、 0.04%、0.04%,检测下限和定量下限均为0.05%。因此,所建立的PIK3CA基因E542K、E545K及H1047R位点突变的ddPCR参考测量灵敏度高,重复性好,在癌症诊断、个体化用药指导和预后方面具有良好的应用。     

食品中金黄色葡萄球菌PCR检测方法的建立

目的:建立食品中金黄色葡萄球菌的PCR检测方法。方法:采用PCR技术特异性扩增金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶编码基因(nuc基因),检测模拟样品中金黄色葡萄球菌。结果:所建立的模拟食品中金黄色葡萄球菌的PCR检测方法,特异性良好,敏感性可达61.76pg/μl。结论:该方法简便、快捷、准确,为食源性金黄色葡萄球菌的检验提供了快速检测的手段,并为今后相关技术的研究积累了资料。     

2019新型冠状病毒的核酸检测

2019冠状病毒病(COVID-19)疫情已成为国际关注的突发公共卫生事件。为应对突发病毒疫情事件,加快病毒检测并提高检测准确性变得非常重要。中华人民共和国国家卫生健康委员会《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》规定了核酸检测和基因测序作为确诊病例的方法,检测结果是对潜伏期人群、疑似病例人群和隔离期人群的新型冠状病毒(2019-nCoV/SARS-CoV-2)进行确诊的重要依据。对实时荧光RT-PCR检测、数字PCR检测及基因测序方法进行了综述,并对后续监控和生物安全测量(生物计量)标准体系的建立进行了展望。     

实时荧光定量PCR检测系统的研究

实时荧光定量PCR仪是当前临床核酸检测、分子诊断以及生命科学研究的关键设备,目前广泛应用于生物学及医学研究的各个领域。通过对实时荧光PCR检测系统的新结构革新,采用底部快速扫描技术及先进的半导体制冷器控制的升降温系统,使实时荧光PCR检测系统性能得到飞跃,达到国际先进的水平。     

数字PCR法在食品检测标准物质研制中的应用

食品检测标准物质是保证食品检测量值溯源性、互认性和准确性的测量标准,其研制需要精准的定值方法。数字PCR法是灵敏、准确和抗基质干扰强的核酸绝对定量方法,已在医疗诊断、转基因检测和动物疫病检测等众多领域广泛应用。对数字PCR法进行介绍,综述其在转基因食品检测、动植物源性分析和食源性致病菌检测标准物质研制中的研究进展,以期为食品检测核酸标准物质的研制提供参考。     

近红外快速检测中的独立分量和遗传神经网络建模方法

采用独立分量分析方法提取近红外光谱的独立分量和影响矩阵,再用GA-BP神经网络对影响矩阵和浓度矩阵进行建模,提出了基于独立分量-遗传算法-人工神经网络回归的近红外光谱建模方法.分析了独立分量数和网络中间隐层的神经元数对模型性能的影响.采用该方法对小麦样品中的水分、蛋白质、淀粉3种主要成分含量进行测定,水分、蛋白质和淀粉的预测值和参考值之间的相关系数R分别为0.9670、 0.9804、0.9674.     

铝合金对接焊缝几何云纹干涉测量法和数字相关方法应变测试研究

从计算机图像处理技术中的数字相关方法出发,结合几何云纹干涉的测试方法与实际工程背景,通过对铝合金对接焊缝拉伸几何云纹干涉试件进行力学性能试验,测定铝合金材料对接焊缝的力学性能,得到了理想的结果,为大应变的高精度、非接触、全场测量提供了一种良好的方法。     

高通量测序DNA文库定量质控技术研究

DNA文库定量的准确与否直接影响测序数据质量的好坏,因此,开展文库定量质控技术研究非常重要。针对Illumina高通量测序平台的DNA文库定量,建立了基于SYBR Green荧光染料嵌合的高特异性数字PCR绝对定量方法,用于DNA文库定量标准物质的定值;并对制备的文库定量标准物质的适用性进行了验证。结果表明制备的5个水平的文库定量标准物质线性良好,可以作为Illumina平台DNA文库定量的标准曲线。     

Developing a New qPCR‐Based System for Screening Mutation

An accurate genotyping analysis is one of the critical prerequisites for lung cancer targeted therapy. Here, a quantitative polymerase chain reaction (qPCR)‐based mutation detection system, mutation‐selected amplification‐specific system PCR (MASS‐PCR), is developed. The specific primers and probes used in MASS‐PCR exactly match with the mutant sequence that only allows mutant gene to emit the fluorescence peak. To determine the sensitivity of MASS‐PCR, 717 lung cancer specimens, 61 formalin‐fixed paraffin‐embedded (FFPE) tissues, and 656 fresh reaction tissues are collected and undergo mutation detection of lung cancer driver genes (EGFR, KRAS, BRAF, HER2, MET, ALK, and ROS1). These samples are divided into two groups. Mutations in Group I, which has 631 fresh reaction tissues, are analyzed by MASS‐PCR and the amplification refractory mutation system PCR (ARMS‐PCR). While group II samples, 25 fresh reaction tissues and 61 FFPE tissues, are screened through MASS‐PCR and next‐generation sequencing (NGS). All results are verified by direct sequencing. MASS‐PCR shows high consistency with ARMS‐PCR (kappa value > 0.733) and NGS (kappa value = 0.79) (P < 0.001). For the samples with inconsistent MASS‐PCR and ARMS‐PCR results, DS results more likely support the MASS‐PCR results. These data suggest that MASS‐PCR is a convenient, accurate, and economical method for the detection of lung cancer driver gene mutations in clinical practice.     

Whole Genome Sequencing of Single Circulating Tumor Cells Isolated by Applying a Pulsed Laser to Cell‐Capturing Microstructures

Single cell analysis of heterogeneous circulating tumor cells (CTCs), by which the genomic profiles of rare single CTCs are connected to the clinical status of cancer patients, is crucial for understanding cancer metastasis and the clinical impact on patients. However, the heterogeneity in genotypes and phenotypes and rarity of CTCs have limited extensive single CTC genome research, further hindering clinical investigation. Despite recent efforts to build platforms that separate CTCs, the investigation on CTCs is difficult due to the lack of a retrieval process at the single cell level. In this study, laser‐induced isolation of microstructures on an optomechanically‐transferrable‐chip and sequencing (LIMO‐seq) is applied for whole genome sequencing of single CTCs. Also, the whole genome sequences and the molecular profiles of the isolated single cells from the whole blood of a breast cancer patient are analyzed.     

基于数字PCR的质粒核酸标准物质合作定值研究

为研制猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)质粒核酸标准物质,建立数字PCR方法,并联合多家实验室利用数字PCR方法对标准物质进行合作定值,探讨了合作定值过程中影响质粒定值准确性的因素,并评定了标准物质不确定度。研制的两种质粒核酸标准物质已获得国家二级标准物质证书(编号GBW(E)091038及GBW(E)091039),可为检测方法提供定量标准,用于方法评价、产品质量控制等诸多方面。     

PCR及其改进技术在食品安全检测中的应用研究

介绍PCR及其改进技术在食品安全检查中的应用,分析了各种PCR技术的优缺点以及在未来食品安全检测应用中的发展趋势。     

高通量基因测序综合标准体系的构建研究与效益分析

据《广东省质监局关于下达2013年综合标准化建设试点项目的通知》(粤质监标函[2014]43号),深圳华大基因科技有限公司与广东省标准化研究院联合开展了广东省基因产业综合标准化试点工作,历时3年,经过综合标准体梳理、选择与确认,以高通量基因测序全流程为试点主体,构建了高通量基因测序综合标准体系,经过体系的实施运行与改进,规范了高通量基因测序的全流程,形成了科学、技术、标准、产业相互促进的发展模式,取得了显著的试点效益.     

EVM可控的数字调制信号的产生方法研究

针对数字信号发生器检定装置和信号分析仪期间核查缺乏产生EVM值可控的数字信号标准装置的情况,在理论推导加性高斯白噪声环境下的EVM与SNR之间的解析关系基础上,提出了基于噪声发生器和数字信号发生器的EVM值可设置的数字调制信号产生系统方案。对系统输出的BPSK信号和64QAM信号展开重复性和稳定性测试,测试结果表明,尽管理论设置值与实际值之间存在一定的差距,但并不影响任意EVM值数字调制信号产生系统的稳定输出,其重复性和稳定完全可满足数字信号发生器校准装置或者矢量信号分析仪的期间核查的需要。