一个与烟草TMV抗性基因N紧密连锁的共显性SSR标记

烟草普通花叶病（Tobacco Mosaic Virus,TMV）是烟叶生产的主要病害,为建立烟草抗TMV分子标记辅助选择体系,本研究以高抗TMV烤烟品种Coker176和易感TMV烤烟品种Y3以及它们的BC1F1群体为试材,采用分离集团分组分析法（Bulked Segregation Analysis,BSA）和简单序列重复（Simple Sequence Repeat,SSR）标记技术,筛选与TMV抗性基因N紧密连锁的共显性SSR标记。通过对18764对SSR引物的分析表明,有396对SSR引物在两亲本间有多态,选出1对SSR引物TM508-007扩增出的标记与TMV抗性的N基因紧密连锁,遗传连锁距离为0.41 cM,证实获得的与TMV抗性基因N紧密连锁的共显性SSR标记稳定可靠,可用于烟草抗TMV分子标记辅助选择。      

花生矮化病毒病抗性SSR标记

利用抗、感矮化病毒病的花生品种ICGV86699和远杂9102为亲本配制杂交组合,构建重组近交系群体（RIL）,采用SSR技术和BSA分析方法,结合F6各个家系接种病毒后ELISA的鉴定结果,得到1个与花生矮化病毒病抗性连锁的分子标记XY38。此标记与抗性基因间的遗传距离为7.5cM,具有作为抗性育种辅助选择技术的潜力。     

Beinhart1000-1抗赤星病基因的QTL定位

为了研究赤星病抗性的遗传规律,筛选与抗性基因紧密连锁的SSR标记,并将抗性基因进行QTL定位,用抗赤星病品种Beinhart1000-1作母本,感病品种G140作父本,构建了F1及F2代群体,并对其进行了抗性鉴定和遗传分析。结果表明,Beinhart1000-1的赤星病抗病性是由显性多基因控制的。利用混合群体分组分析法,从2653对SSR引物中,得到83对在抗感池间表现多态且扩增条带稳定清晰的SSR标记。以F2代群体115个单株为作图群体,将该83对引物进行扩增,并用WinQTLCart2.5分析数据。这83个标记分别连锁到18个连锁群上,同时定位到两个抗赤星病的QTL位点,分别位于7号和15号连锁群上。      

青海大黄油菜粒色性状AFLP标记的筛选和SCAR标记转化

大黄油菜是青藏高原特有的一个白菜型油菜地方品种,种皮颜色鲜黄.已知大黄油菜的黄籽性状受到1对隐性基因（Brsc1）控制,且该基因被定位于白菜型油菜的第9连锁群上.为获得更多与种皮色泽紧密连锁的分子标记以及共显性标记,本研究利用大黄油菜和褐籽白菜型油菜09A-126为亲本构建BC1分离群体和F2群体,利用AFLP与BSA相结合的方法,通过筛选256对引物结合,共获得5个与种皮色泽连锁的AFLP标记.5个特异AFLP片段分别被回收、克隆、测序,并与白菜型油菜基因组序列进行同源比对,均与A09染色体表现同源.将5个AFLP标记成功转化成5个SCAR标记,用F2群体对SCAR标记进行检测,筛选到1个共显性标记.     

一个与净叶黄抗赤星病基因紧密连锁的SSR标记

为了在分子水平上弄清烟草赤星病抗性的遗传规律,并进行遗传定位,以抗赤星病品种净叶黄和感赤星病品种NC82为亲本,构建了F₁、F₂、BC₁ 代群体。通过对该群体进行赤星病接种鉴定和抗性遗传分析,发现净叶黄对赤星病的抗性由显性多基因控制。通过分子标记群体扩增,在第M号连锁群上,筛选到一个与净叶黄的赤星病抗性基因紧密连锁的SSR标记,它与抗性基因间的遗传距离为4 cM。该标记可用于抗赤星病育种的辅助选择。     

白菜SSR分子标记的研究进展

简述了SSR分子标记的基本原理和特点,从白菜种质资源遗传多样性分析、SRR指纹图谱的构建、杂交种纯度的鉴定、遗传图谱构建和分子标记在辅助育种上的应用等几个方面介绍了近年来白菜研究中SSR分子标记的研究进展及应用前景。     

SSR标记在甘蔗遗传育种中的应用

SSR(Simple sequence repeat)标记是建立在PCR基础上的一种新型DNA分子标记.SSR数量丰富,信息含量高,呈共显性遗传,易于分析,所以它是进行甘蔗遗传研究的理想工具.本文就SSR标记在甘蔗遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、鉴定品种和分子标记辅助育种等方面的应用进行了综述.     

基于SRAP分子标记的栽培种花生遗传连锁图谱构建

采用新型分子标记SRAP（sequence-related amplified polymorphism）技术,以杂交组合（豫花4号×郑8903）的F2群体为材料构建花生栽培种的分子遗传连锁图谱。采用238对SRAP引物对豫花4号和郑8903进行多态性筛选,结果表明用SRAP引物能充分反映两亲本之间的多态性,每个引物组合可产生10~30个左右清晰可辨的条带。筛选多态性较好的78对引物对其F2群体进行分析,共得到287条多态性条带,每对引物组合产生的多态性条带从1~9条不等,平均产生3.68个多态性条带。采用Mapmaker/EXP3.0软件对产生的287个标记位点构建连锁群（LOD≥3.0）,共223个标记位点进入到22个连锁群中,总长2 129.4cM,标记间平均间距为9.55cM。标记在整个连锁群中分布相对比较均匀,这是目前首张基于SRAP分子标记建立的花生栽培种遗传连锁图谱。     

烟草青枯病抗性与分子标记的关联分析

为了找到与烟草青枯病抗性相关的分子标记、加快抗病品种的选育,以78份烟草种质为自然群体材料,选用20对简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)和37对微卫星锚定片段长度多态性(Microsatellite-anchored Fragment Length Polymorphism,MFLP)引物组合对烟草种质材料进行基因分型,并利用等位变异数据进行主成分分析和群体结构分析,同时采用TASSEL3.0软件对烟草青枯病抗性与等位变异进行连锁不平衡关联分析。结果显示:SSR和MFLP标记在78份烟草种质中共检测到252个等位变异,主成分分析和群体结构分析均将烟草种质分为5个组群;关联分析发现6个MFLP标记位点与烟草青枯病抗性显著相关,对青枯病抗性的解释率在8.33%~19.49%之间。这些分子标记可为评价具有青枯病抗性潜力的烟草种质材料提供依据。      

烤烟SSR标记遗传连锁图构建成功

<正>烟草分子标记遗传连锁图构建和重要性状基因定位克隆是中国烟草基因组计划重大专项的重要组成部分。开发高效、可靠的分子标记,构建高密度烟草分子标记遗传图,是抗性、品质等重要性状基因定位和分子标记辅     

欧洲野生甘蓝的核质遗传多样性和群体遗传结构分析

为了解欧洲野生甘蓝遗传背景,以栽培甘蓝、甘蓝型油菜和白菜型油菜作对比,对引进的7个生态地理群体共80份野生甘蓝材料进行了核质遗传多样性和群体遗传结构分析。利用10对特异性SSR引物分析叶绿体基因组多样性,获得8个差异性标记,将参试94份材料划分为3类,即甘蓝（含栽培和野生甘蓝）、甘蓝型油菜和白菜型油菜;包括6种单倍型,其中野生甘蓝2个,甘蓝型油菜3个,白菜型油菜1个。利用6对SRAP引物对核基因组多样性进行分析,获得75个多态性标记;聚类及遗传结构分析表明7个野生甘蓝群体中,F、D、G三个群体聚为独立的亚类,E群体大部分单株归于G亚类。其它3个群体A、B、C则相互混杂在一起。野生甘蓝群体Nei＇s基因多样性指数（H）和Shannon’s指数（I）分别为0.301 3和0.461 1。分子方差分析（AMOVA）表明野生甘蓝以群体内变异为主,占80%;群体间变异仅占20%。结果显示引进的野生甘蓝群体核质遗传多样性丰富。     

大豆对SMV1号株系的抗性遗传分析及抗病基因的SSR标记

利用杂交组合合丰25（S）×东农93-046（R）的F1、F2和F2∶3群体进行了抗病性鉴定,结果表明：F1在接种后表现抗病,F2群体分离比例为3（抗）∶1（感）,对F2衍生的F2∶3家系接种鉴定,纯合抗病家系、抗感分离家系和纯合感病家系的比率符合1∶2∶1,表明东农93-046对SMV1号株系的抗性由一对显性基因（RSMV1）控制。并利用东农93-046（R）×Conrad（S）的正反交组合F2进行抗性鉴定,结果正反交后代均表现为3∶1的分离比例,无细胞质效应,进一步证明了东农93-046是受一对基因控制的抗性种质。经改良的分离群体组群分析法研究发现,东农93-046抗SMV1的位点（RSMV1）位于F连锁群上,与SSR标记的连锁顺序为HSP176、Satt114、RSMV1、Satt510、Sct_033、Satt334、Satt362,标记与RSMV1之间的遗传距离分别为10.9cM、4.3cM、6.6cM、11.7cM、18.0cM和35.3cM。根据标记HSP176选择基因型纯合和杂合的抗病植株,其符合率分别达到100.0%和94.5%。     

春性与半冬性甘蓝型油菜的SSR标记多样性分析比较

通过42个单位点SSR标记分析59个甘蓝型油菜品种,比较春性和半冬性甘蓝型油菜品种间的遗传差异。结果表明,不同位点上存在2～6个等位基因,平均每位点检测到4.29个等位基因。不同位点的遗传多样性指数在0.40～0.70之间,所有供试位点平均遗传多样性指数为0.50,表明甘蓝型油菜品种资源中存在丰富的遗传变异。春性和半冬性油菜品种间的等位基因总数相差不大,主要等位基因的类型和频率存在明显的差异,而且春性和半冬性品种中分别存在相当数量的特异稀有等位基因。春性和半冬性油菜品种在27个位点上的遗传分化水平很小,仅在2个位点上存在明显的遗传分化,这些分化主要是由品种的春化特性差异造成。聚类分析表明春性和半冬性品种之间存在广泛的亲缘关系。     

不同地域和寄主来源的核盘菌遗传多样性分析

为了解核盘菌[Sclerotinia sclerotiorum（Lib.）de Bary]遗传多样性和进化关系,利用SSR分子标记对采自不同地区和寄主来源的32个核盘菌分离物进行分析,17对SSR引物共检测到69个多态性位点,平均每对引物检测到4.06个位点。其中,引物AF377908-1/AF377908-2和AF377922-1/AF377922-2的等位变异数目最多,高达8个,而引物AF377903-1/AF377903-2和AF377925-1/AF377925-2的等位变异数目最少,为2个。17个SSR引物的多态性信息量（PIC）的平均值为0.56,引物AF377922-1/AF377922-2的PIC最高,为0.78。聚类分析显示,32个核盘菌分离物可划分为5个组群,来自同一地区的大部分核盘菌分离物聚在相同或相近的组内,表明核盘菌群体内的SSR遗传背景基本一致,而群体间的遗传变异较大。     

花生SSR分子标记的开发与利用

主要介绍了基因组SSR、EST—SSR分子标记的开发及其在花生遗传图谱的构建、花生性状及相关基因的定位、遗传多样性研究及种质资源的鉴定等方面的应用,同时对SSR标记在花生中的应用前景进行了展望,以期为花生分子育种提供参考。     

中国花生小核心种质SSR遗传多样性

从206对SSR引物中筛选26对引物对我国花生全套小核心种质298份资源进行了遗传多样性分析,相似系数为0.51～0.99,其中种质zhh1497与zhh1398遗传差异最大。检测到3个在不同植物学类型中特异表达的标记带型,包括普通型1个（2A06/440）,龙生型1个（2A06/440）,珍珠豆型1个（PM443/270）,多粒型2个（PM443/270,9E08/500）。分析结果表明,多粒型花生的多态性信息量和遗传多样性指数均最大,平均相似系数最小,其次是普通型花生,龙生型和中间型花生的多态性信息量和遗传多样性指数均较小,平均相似系数较大。在我国花生小核心种质中,国外引入资源的多态性信息量和多样性指数均高于我国本土资源的对应值。在我国本土花生资源中,长江流域和南方地区资源的多态性信息量和遗传多样性指数均高于其他地区。     

不同含油量甘蓝型油菜品种（系）的遗传差异分析

用SSR、SRAP和EST标记对40份含油量在43%以上和6份含油量在40%以下的甘蓝型油菜品种（系）进行含油量的遗传多样性分析。81对引物共扩增出192条多态性带,引物扩增位点多态性信息（PIC）值的变化范围为0.122～0.943,平均值为0.512。供试材料的平均遗传距离为0.409,变化范围为0.016～0.662,国外材料比国内材料显示出更远的亲缘关系,其中Hektor与7份材料间的遗传距离超过0.6,Sollux与15份材料间的遗传距离超过0.5。聚类分析显示：在相似系数为0.66处,供试材料被划分为5类;在相似系数为0.70处,供试材料被划分为9类;在相似系数为0.73处,46份材料被划分为18类。研究结果表明,高含油量供试品种间存在着较大的遗传差异,暗示它们可能含有增加含油量的不同位点;通过聚合这些可能的非等位位点,有望获得高含油量的油菜品种。     

利用微卫星标记分析核盘菌遗传多样性

利用微卫星（SSR）标记,分析来自欧洲和中国的30个核盘菌菌株的遗传多样性和群体结构。结果表明,3对微卫星引物共扩增出21条清晰的谱带,平均每对引物扩增7条谱带,片段长度为158bp～358bp。根据SSR分析结果,30个核盘菌分离物具有较高的遗传相似性。物种水平的Nei遗传多样性指数为0.139 3,Shannon多样性指数为0.248 8。不同菌株群体的Nei遗传距离都较小,为0.009 6～0.049 6。其中俄罗斯群体和奥地利及英国群体之间的遗传距离最大。从30个菌株的UPGMA聚类分析结果看,核盘菌群体结构与地理来源没有明显的直接关系。许多地理来源相同的菌株分散在不同的组里。仅第三组组内的菌株地理来源一致,均来自于中国,且遗传距离比其他菌株的远。群体遗传分析显示,总群体的基因流比较高（2.111 6）,基因分化系数比较低（0.191 5）。