基于网络药理学探讨山楂叶抗高脂血症的作用机制及初步验证

目的:利用网络药理学预测山楂叶中治疗高脂血症的潜在化合物、靶点及作用通路,采用靶酶和细胞实验对网络药理学的预测结果进行初步验证,为深入探讨山楂叶抗高脂血症的物质基础及其作用机制提供了依据。方法:通过中药系统药理学数据库分析平台和文献挖掘获得山楂叶的化学成分,利用相关数据库获得潜在靶点,对其进行GO和KEGG分析,构建“成分-靶点-通路”网络。通过ERK2激酶、油红O染色以及甘油三酯实验,对网络药理学预测的有效成分及潜在靶点进行了验证。结果:基于网络药理学方法,得到山楂叶的活性成分93个,相互作用的靶点蛋白40个,山楂叶化学成分对高脂血症的治疗作用主要是通过如下信号通路:代谢通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路、胰岛素抵抗、甲状腺激素信号通路;根据网络药理学预测结果,结合课题组分离得到的山楂叶代表性化合物,对牡荆素等6个化合物进行ERK2激酶活性测试,结果显示牡荆素对ERK2激酶的抑制率最高达到84%;通过构建高脂HepG2细胞模型,进行了油红O染色及定量实验,测定了TG含量,发现经牡荆素干预后,细胞内脂滴数量随牡荆素浓度增加而逐渐减少,且TG含量有所下降,说明牡荆素能降低细胞中的脂质积累及TG含量,进而验证了网络药理学预测山楂叶中化合物牡荆素抗高脂血症的结果。结论:本文运用网络药理学预测了山楂叶中化合物抗高血脂症的物质基础和作用机制,靶酶、油红O染色和TG定量实验初步证实了网络药理学的预测结果,同时提示牡荆素有望作为一种降低细胞内血脂含量的潜在治疗化合物。     

基于网络药理学探讨杜仲叶的营养价值与作用机制

目的：基于网络药理学分析方法,对杜仲叶的营养价值与作用机制进行初步的探讨预测分析。方法：通过TCMSP数据库,收集杜仲叶化合物和对应的潜在靶点。基于STRING数据库、DAVID数据库和KEGG Pathway数据库分别进行蛋白相互作用关系分析、基因功能富集分析及信号通路分析,利用Cytoscape软件,构建“化合物-靶点-通路”网络,找出潜在的重要化合物,并对其作用机制进行探讨。结果：筛选得到槲皮素、山奈酚、芦丁、桃叶珊瑚苷、牻牛儿醇等5个重要的活性营养成分,10个潜在关键靶点;KEGG通路富集分析显示,杜仲叶可能是通过肿瘤通路、脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、膀胱癌信号通路等多个代谢途径发挥其营养功能。结论：运用网络药理学的研究方法,有助于杜仲叶潜在关键靶点及信号通路的筛选确认,为系统阐述其作用机制提供了数据支持和科学依据。     

基于网络药理学探讨新疆罗勒治疗阿尔兹海默症的作用机制

本文通过网络药理学探究新疆罗勒（Ocimum basilicum L.）活性成分其作用靶点,并构建成分-靶点-通路网络探讨其治疗阿尔茨海默病（alzheimer''s disease,AD）的作用机制。按照前期研究报道共筛选出罗勒中活性成分15个,作用靶点528个,与 575个AD疾病靶点重合靶点 118个,通过String数据库分析各蛋白之间相互作用分析,得到31个潜在靶点;再通过DAVID数据库筛选得到257条GO生物过程与100条信号通路。通过以Aβ25-35诱导海马神经元细胞HT22建立阿尔兹海默病体外模型,对罗勒活性成分进行实验验证。网络药理学研究表明,新疆罗勒通过槲皮素和杨梅苷等活性成分作用于PI3K-Akt信号通路、阿尔茨海默病信号通路和TNF信号通路等,改善细胞损伤、细胞膜的通透性以及抑制细胞凋亡,从而达到治疗AD的目的,体现了新疆罗勒多成分、多靶点、多通路的作用特点,为阐述其治疗AD的作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨辣木叶抗肥胖的作用机制

目的：本研究基于网络药理学和分子对接技术预测和验证辣木叶活性成分抗肥胖的分子靶点和途径,探索辣木叶活性成分的抗肥胖作用及潜在机制。方法：利用PubChem、DisGeNET数据库和SwissADME、Swiss Target Prediction在线预测平台获取辣木叶活性成分靶点和肥胖相关靶点;利用Venny 2.0.1平台对活性成分靶点和肥胖相关靶点取交集,筛选出关键靶点,并利用STRING 11.0数据库进行PPI网络的核心靶点分析;采用Cytoscape3.8.2软件,构建“成分-靶点”相互作用网络,筛选出核心活性成分;基于David数据库进行GO功能富集和KEGG通路分析;最后,运用Auto Dock 4.2软件对通路富集靶点与核心成分进行分子对接。结果：筛选出辣木叶活性成分50个,共确定了126个辣木叶抗肥胖的核心靶点,其中主要活性成分为鼠李黄素、胆甾-5烯-3醇、杨梅素、木犀草素等。GO及KEGG分析结果显示,辣木叶活性成分通过RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、信号传导、基因表达的正调控、蛋白质磷酸化及凋亡表达的负调控等生物过程,通过HIF-1、胰岛素抵抗、二型糖尿病、胰岛...     

基于网络药理学探讨鱼油抗抑郁作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨鱼油抗抑郁的作用机制。方法:通过PharmMapper、SwissTargetPrediction、DrugBank、GeneCards以及Disgenet等数据库获得鱼油治疗抑郁症的作用靶点；利用String网站与Cytoscape软件获得蛋白互作网络分析；通过DAVID 6.8数据库对潜在作用靶点进行富集分析；使用Cytoscape软件绘制成分靶点通路可视化网络图。结果:鱼油主要通过EPA与DHA发挥抗抑郁作用，其治疗抑郁症的相关靶点共115个，主要为MAPK3、MAPK1、CASP3、PPARG、PPARA、PTGS2、DRD2等。这些核心靶点作用于5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、花生四烯酸代谢通路等信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路，调节对药物的反应、类固醇激素介导的信号通路、氧化-还原过程等生物过程，发挥抗抑郁作用。结论:鱼油有助于治疗抑郁症具有多靶点、多通路的特点，可能通过5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、花生四烯酸代谢通路等发挥抗抑郁作用。     

基于网络药理学探究绿豆养生酒功能成分影响高脂血症的作用机制

研究旨在通过分析绿豆大曲养生酒中的功能成分，研究网络药理学研究养生酒中多功效成分的协同作用，阐明其在高脂血症中的作用机制。利用LC-MS对绿豆大曲养生酒中成分进行检测，并使用TCMSP平台对其成分进一步筛选，确定功能成分组合；通过获取活性成分与高脂血症的交叉靶点，即为绿豆大曲养生酒影响高脂血症的潜在靶点基因。利用Cytoscape3.7.1绘制绿豆大曲活性成分-靶点-疾病网络图，构建蛋白互作（PPI）网络，并对共有靶点进行GO注释和KEGG富集分析获得通路-作用靶点网络图。结果显示：通过成分鉴定及筛选，确定17种绿豆大曲养生酒的关键活性成分及52个潜在作用靶点；富集分析获取20条与高脂血症有关的信号通路，发现支链氨基酸和不饱和脂肪酸在脂质代谢上发挥着主要的作用，其主要通过影响甲状腺通路，发挥降低胆固醇、改善血脂的作用。绿豆大曲养生酒中的微量功能活性成分通过多成分-多靶点-多信号通路协同调控高脂血症。     

基于高分辨质谱和网络药理学的可可茶多酚降血糖活性研究

目的:探究可可茶茶多酚的组成特性及功能活性。方法:以可可茶多酚粗提物为研究材料，采用高分辨质谱分析并鉴定其组分；基于网络药理学预测其潜在功能。结果:经酶抑制试验证实可可茶具有显著抑制α-葡萄糖苷酶和α-淀粉酶活性的体外降血糖活性；通过GO功能分析和KEGG通路富集预测其作用机制，涉及GAPDH、AKT等6个关键靶点和PI3K-AKT等多条通路，通过构建“组分—靶点—通路”网络，结合各组分与淀粉水解酶结合的分子对接筛选出杨梅素、花青素等10种核心降血糖活性组分。结论:可可茶多酚粗提物通过多组分、多靶点、多通路可以共同发挥降血糖功效。     

基于网络药理学和分子对接技术研究乌梅改善消化不良的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接法,研究乌梅改善消化不良的分子作用机制。方法 利用TCMSP数据库挖掘乌梅潜在活性成分,通过Sea和STP数据库预测相关作用靶点;通过DisGeNET、OMIM和GeneCards 数据库筛选消化不良的相关疾病靶点;通过Venny在线平台映射筛选成分与疾病的交集靶点,使用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作分析,通过cytoscape分析连通度、节点紧密度和介数筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库分析靶点类型;使用Auto dock相关软件对关键靶点与对应成分进行分子对接;采用DAVID数据库对乌梅改善消化不良的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 筛选出乌梅11个潜在活性成分及其182个作用靶点,与消化不良相关的789个疾病靶点取交集,得到50个潜在作用靶点,包含SRC, EGFR, AKT1, PIK3R1等关键靶点;GO富集分析显示与生物过程相关的条目145个,与分子功能有关的条目51个,与细胞组分相关的条目有22个;KEGG通路分析显示与75条通路相关,涉及癌症中的蛋白多糖、催乳素信号通路、癌症通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt 信号通路、Rap1 信号通路等信号通路;分子对接结果显示活性成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 乌梅改善消化不良作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,可为其应用研究提供科学依据和参考。     

基于网络药理学分析红芪免疫调节的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨红芪药理作用的物质基础和作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索红芪的化学成分和相关作用靶点。进而采用Cytoscape3.6.1、STRING11.0软件构建化合物-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络、运用DAVID6.7在线数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析,研究红芪的作用机制。结果:通过筛选得出20 个化合物和225 个相关靶点。PPI网络包含36 个靶点,关键靶点有NOS3、ESR1、HSP90AA1等。基因本体条目27 个,其中生物过程相关条目22 个,分子功能相关条目3 个,细胞组成相关条目2 个。京都基因与基因组百科全书通路8 条,涉及钙离子信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路、癌症信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、前列腺癌信号通路、卵母细胞减数分裂信号通路、血管平滑肌收缩信号通路和细胞周期信号通路。结论:本研究初步阐明了红芪药理作用的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨毛建茶干预高脂血症的作用机制

本研究旨在运用网络药理学方法和分子对接技术综合解释毛建茶干预高脂血症的核心成分和作用机制。利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选得到毛建茶中8 个活性成分和160 个干预高脂血症作用的靶点，构建“毛建茶-活性成分-交集靶点-高脂血症”网络。基因本体通路分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析结果显示，毛建茶干预高脂血症主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、胰岛素抵抗和过氧化物酶体增殖物激活受体等信号通路；分子对接及可视化分析结果表明，毛建茶核心成分与关键靶点间均能稳定结合。综上，毛建茶通过多成分-多靶点-多通路协同作用干预高脂血症，研究结果可为代用茶植物资源的开发与利用提供理论依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝防治肥胖的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术揭示绞股蓝防治肥胖的物质基础及潜在作用机制.方法:使用TCMSP数据库结合文献补充筛选绞股蓝活性成分;使用Pubchem、Swiss target prediction数据库收集绞股蓝活性成分作用靶点;使用GeneCards、OMIM、DurgBank数据库荻取肥胖疾病靶点.取绞股蓝作...     

Meta-Review of Protein Network Regulating Obesity Between Validated Obesity Candidate Genes in the White Adipose Tissue of High-Fat Diet-Induced Obese C57BL/6J Mice

Worldwide obesity and related comorbidities are increasing, but identifying new therapeutic targets remains a challenge. A plethora of microarray studies in diet-induced obesity models has provided large datasets of obesity associated genes. In this review, we describe an approach to examine the underlying molecular network regulating obesity, and we discuss interactions between obesity candidate genes. We conducted network analysis on functional protein–protein interactions associated with 25 obesity candidate genes identified in a literature-driven approach based on published microarray studies of diet-induced obesity. The obesity candidate genes were closely associated with lipid metabolism and inflammation. Peroxisome proliferator activated receptor gamma (Pparg) appeared to be a core obesity gene, and obesity candidate genes were highly interconnected, suggesting a coordinately regulated molecular network in adipose tissue. In conclusion, the current network analysis approach may help elucidate the underlying molecular network regulating obesity and identify anti-obesity targets for therapeutic intervention.     

基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖症的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病的作用机制。方法首先利用(中药系统药理学数据库与分析平台)TCMSP数据库,对黄芪、黄连的活性成分进行挖掘。利用UniProt数据库对靶点进行校正。再以儿童肥胖病(childhood obesity)为查找条件,通过Gene Cards、OMIO数据库筛选儿童肥胖病的相关靶点,并与“黄芪-黄连”药对的作用靶点进行选取交集处理,得到该药对治疗儿童肥胖病的有效靶点。利用String数据库对上述靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络预测,之后利用Bioconductor数据库进行GO和KEGG富集分析,最后利用AutoDock软件对度值较高的药物成分和核心靶点进行分子对接验证。结果共筛选出“黄芪-黄连”药对67个药物活性成分及95个治疗儿童肥胖病的靶点。通过PPI网络分析,“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病可能与MAPK8、EGFR、IL6、ESR1、VEGFA、CCND1、AR、MYC、CASP3、PPARG等蛋白靶点有关。GO功能富集分析显示“黄芪-黄连”药对的主要功能为蛋白质异源二聚化、近端启动子序列特异性DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合、染色质结合、泛素样蛋白连接酶结合等;KEGG通路分析涉及的主要通路为PI3K/Akt、MAPK信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒、人巨细胞病毒感染等。分子对接表明“黄芪-黄连”药对的主要活性成分与疾病的核心靶点有较稳定的结合活性。结论“黄芪-黄连”药对可直接或间接作用于PI3K/Akt通路,主要通过调节细胞分裂、抑制炎症等治疗儿童肥胖症。     

基于Meta分析桥接网络药理学小青龙汤治疗AECOPD疗效及作用机制

基于Meta分析和网络药理学,综合评价小青龙汤联合常规西医治疗慢阻肺急性加重期（AECOPD）的疗效,初步探讨其潜在作用机制。通过检索中国知网（CNKI）、万方（Wangfang）、维普（VIP）、PubMed、Cochrane Library、Web of Science等数据库,收集小青龙汤联合常规西医治疗AECOPD的随机对照试验,根据纳入和排除标准对所有文献进行筛选,采用RevMan 5.4 软件进行Meta分析;随后通过TCMSP数据库检索筛选小青龙汤活性成分及其对应靶点,绘制小青龙汤–化合物–靶基因网络,筛选关键化合物,在TTD数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库检索与COPD有关的靶点基因,然后利用Excel筛选化学成分靶点与疾病靶点的交集靶点,绘制韦恩图,将交集靶点导入String数据库构建PPI网络,将小青龙汤活性成分靶点与COPD共同靶点导入David 6.8数据库进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,取前20条KEGG通路绘制潜在靶点–通路网络图。利用生物信息学技术进行分析,初步探讨其作用机制。Meta分析共纳入文献 34 篇,2 948例患者,结果显示小青龙汤联合常规西医治疗在总有效率、肺功能、动脉血气分析、中医症候总积分与中医症状体征评分、主要症状缓解时间、炎症因子水平等指标上均优于单用常规西医治疗。网络药理学共得到157种成分、150个共有靶点与130条相关通路,主要涉及HIF-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路等,涉及到氧化反应、炎症反应等主要生物过程。得出小青龙汤联合常规西医治疗在临床疗效上优于单用常规西医治疗方案,其潜在作用机制可能是通过抗炎、抗氧化应激过程来达到治疗AECOPD的目的。     

基于网络药理学与分子对接技术探究逍遥丸治疗乳腺增生的作用机制（网络首发、推荐阅读）

用网络药理学方法进行逍遥丸治疗乳腺增生过程的机制研究.通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)进行逍遥丸活性成分的搜集和筛选,将纳入的化合物成分通过TCMSP数据库进行成分的靶点预测;在GeneCards数据库,NCBI基因数据库以及OMIM数据库进行乳腺增生疾病靶点筛选;取药物靶点和疾病靶点作韦恩图,并利用共有靶点在String数据库中作PPI网络图,利用拓扑分析和MCODE聚类分析筛选核心靶点和核心基因;在cytoscape 3.8.0软件中进行关键活性成分的筛选;关键靶点使用String数据库进行GO分析和KEGG分析,将相关结果导入Cytoscape3.8.0绘制成分—疾病—通路—靶点网络图.结果表明,筛选得到逍遥丸各药活性成分及靶点,其中与乳腺增生相关的有169个靶点.STAT3、AKT1、MAPK1、JUN、MAPK3等20个靶点为该药治疗乳腺增生的关键靶点,HTR2A、IL2、TOP2A、PCNA、MMP1为该药治疗乳腺增生的核心基因.槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、叶黄素(luteolin)、柚皮素(naringenin)、甘草酮a(licochalcone a)、7-甲氧基-2-甲基异黄酮(7-Methoxy-2-methyl isoflavone)、芒柄花素(formononetin)、醋栗素(acacetin)等可能是逍遥丸治疗乳腺增生发挥作用的主要活性成分.GO富集分析总共富集到2328条生物过程,160项分子功能相关,47项细胞组成相关.通路富集分析显示与166条通路相关,涉及AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、TH17细胞分化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路.分子对接验证结果说明关键活性成分与核心靶点均对接良好.     

基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS和网络药理学分析五味子治疗非酒精性脂肪肝的物质基础及作用机制

目的:基于超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)、网络药理学方法及分子对接技术探索五味子治疗非酒精脂肪肝的物质基础与作用机制.方法:利用UPLC-Q-Orbitrap HRMS技术鉴定五味子中的化学成分.利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和SwissT...     

核桃仁预防动脉硬化性心血管疾病的网络药理学分析

采用网络药理学与分子对接方法探讨核桃仁中活性成分预防动脉硬化性心血管疾病（ASCVD）的作用机制。通过TCMSP筛选得到34种核桃仁主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测其潜在靶点,用Genecards、OMIM及DRUGBANK数据库筛选ASCVD相关靶点。利用STRING数据库以及Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络图提取核心靶点。运用Metascape数据库对潜在靶点进行GO富集及KEGG通路分析。富集分析发现,核桃仁可调节PPAR信号通路、粘附连接、血小板活化、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥作用。通过分子对接技术验证了关键成分（槲皮素、杨梅素、鞣花酸、山萘酚）与核心靶标（AKT1、EGFR、SRC、CCND1、ERBB2）具有较好的结合活性。结果表明,核桃仁可能通过调控细胞增殖与炎症反应参与发挥延缓ASCVD的作用。     

基于代谢组学及网络药理学分析天麻熟制过程中生物学活性变化

目的:通过代谢组学、网络药理学及分子对接技术阐述天麻在熟制过程中成分及其药理活性变化。方法:使用LC-QTOF-MS及R语言对天麻成分进行检测和分析;通过PubChem数据库及文献查找筛选出具有生物活性的成分;使用Swiss target prediction数据库及SEA数据库对成分靶点进行预测,GeneCards数据库和OMIM数据库获取疾病靶点;通过STRING 11.5数据库及Cytoscape3.8.2软件绘制药物-化合物-靶点网络及靶点蛋白互作网络,筛选关键成分及靶点;通过DAVID数据库和OmicShare Tools对交集靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析。结果:在熟制天麻和新鲜天麻中找出89种在含量方面具有差异的成分;分别筛选出11种具有治疗惊厥作用的成分以及410个潜在靶点,5种具有治疗糖尿病及其并发症作用的成分及698个潜在靶点;GO和KEGG富集分析发现天麻通过IL-17信号通路、cAMP信号通路、神经活性物质受体信号通路、阿尔茨海默病信号通路以及多巴胺能神经突触信号通路治疗惊厥,通过AGE-RAGE信号通路、HIF-1、VEGF以及TNF信号通路治疗糖尿病...