基于Meta分析桥接网络药理学小青龙汤治疗AECOPD疗效及作用机制

基于Meta分析和网络药理学,综合评价小青龙汤联合常规西医治疗慢阻肺急性加重期（AECOPD）的疗效,初步探讨其潜在作用机制。通过检索中国知网（CNKI）、万方（Wangfang）、维普（VIP）、PubMed、Cochrane Library、Web of Science等数据库,收集小青龙汤联合常规西医治疗AECOPD的随机对照试验,根据纳入和排除标准对所有文献进行筛选,采用RevMan 5.4 软件进行Meta分析;随后通过TCMSP数据库检索筛选小青龙汤活性成分及其对应靶点,绘制小青龙汤–化合物–靶基因网络,筛选关键化合物,在TTD数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库检索与COPD有关的靶点基因,然后利用Excel筛选化学成分靶点与疾病靶点的交集靶点,绘制韦恩图,将交集靶点导入String数据库构建PPI网络,将小青龙汤活性成分靶点与COPD共同靶点导入David 6.8数据库进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,取前20条KEGG通路绘制潜在靶点–通路网络图。利用生物信息学技术进行分析,初步探讨其作用机制。Meta分析共纳入文献 34 篇,2 948例患者,结果显示小青龙汤联合常规西医治疗在总有效率、肺功能、动脉血气分析、中医症候总积分与中医症状体征评分、主要症状缓解时间、炎症因子水平等指标上均优于单用常规西医治疗。网络药理学共得到157种成分、150个共有靶点与130条相关通路,主要涉及HIF-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路等,涉及到氧化反应、炎症反应等主要生物过程。得出小青龙汤联合常规西医治疗在临床疗效上优于单用常规西医治疗方案,其潜在作用机制可能是通过抗炎、抗氧化应激过程来达到治疗AECOPD的目的。     

小檗碱抗真菌活性研究进展

小檗碱是一异喹啉类生物碱,具有多种生物活性,尤其是抗微生物活性是其临床用药的主要方面。近年来小檗碱在抗真菌方面研究较多,文章从小檗碱单药、多药联用综述小檗碱的抗真菌作用及与其他抗真菌药物的相互作用,同时综述了小檗碱的药物输送体系,为小檗碱的进一步开发提供参考。     

基于网络药理学研究核桃粕的降脂机理（网络首发、推荐阅读）

基于网络药理学方法探究核桃粕降脂的作用机理。通过TCMSP数据库和文献挖掘获得核桃粕的活性成分及相应潜在靶点;使用GeneCards等数据库进行高脂血症（HLP）相关基因预测和筛选;采用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物–活性成分–疾病–靶点”网络以形成核桃粕防治HLP的成分及靶点相互作用关系,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果表明,筛选获得14种核桃粕活性成分,其中7种成分具有HLP相关靶点59个,HAS2、NCOA2、ESR1、CAT、AR、VEGFA和POR可能是HLP的关键靶点,主要信号通路为HIF-1信号通路、TNF信号通路、南美锥虫病、疟疾信号通路。核桃粕通过多成分、多靶点、多途径防治HLP,其中作用靶点最多的成分为槲皮素、芦丁、儿茶素、芥子酸和鞣花酸;受最多化合物作用的靶点为透明质酸合酶2、核受体辅活化因子2、雌激素受体、过氧化氢酶、雄激素受体、血管内皮生长因子A和NHLPPH-细胞色素P450还原酶。     

基于网络药理学分析红芪免疫调节的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨红芪药理作用的物质基础和作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索红芪的化学成分和相关作用靶点。进而采用Cytoscape3.6.1、STRING11.0软件构建化合物-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络、运用DAVID6.7在线数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析,研究红芪的作用机制。结果:通过筛选得出20 个化合物和225 个相关靶点。PPI网络包含36 个靶点,关键靶点有NOS3、ESR1、HSP90AA1等。基因本体条目27 个,其中生物过程相关条目22 个,分子功能相关条目3 个,细胞组成相关条目2 个。京都基因与基因组百科全书通路8 条,涉及钙离子信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路、癌症信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、前列腺癌信号通路、卵母细胞减数分裂信号通路、血管平滑肌收缩信号通路和细胞周期信号通路。结论:本研究初步阐明了红芪药理作用的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供参考。     

基于网络药理学的葡萄籽油抗癌和抗肿瘤功能成分及机制研究

通过文献检索和TCMSP 数据库获取葡萄籽油主要活性成分信息及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM 数据库筛选出癌症和肿瘤相关靶点,借助Venn 在线平台获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-疾病靶点”网络图。使用String 数据库绘制蛋白互作 （PPI）网络,利用David 数据库对关键靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集及KEGG信号通路分析。研究基于网络药理学方法探讨葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的功能成分及作用机制。结果显示,共筛选出葡萄籽油活性成分15种,获得靶点236个,从疾病数据库获得癌症和肿瘤相关靶点686个,通过Venn图获得药物与疾病共同靶点93个,PPI网络分析表明葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的关键靶点依次为信号转导子、转录激活子3、丝裂原激活的蛋白激酶1、丝裂原激活的蛋白激酶3、细胞肿瘤抗原p53等。GO功能分析获得P < 0.05的生物学过程477条,主要参与调控酶结合、蛋白质结合、转录因子结合、蛋白质异二聚活性、转录调控区DNA结合等生物学功能。KEGG通路富集分析获得P < 0.05的通路113条,涉及NOD样受体信号通路、MAPK信号通路、p53信号通路、ErbB信号通路、mTOR信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路等经典信号通路。研究预测葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的功能成分及作用靶点、生物学过程与富集通路,揭示其作用机制,为葡萄籽油抗癌作用的进一步研究提供参考。     

小檗碱及其衍生物抑菌作用研究进展

小檗碱是从中草药黄连等植物中提取分离的一类异喹啉类生物碱,具有多种生物活性和药效,早已广泛应用于临床。但小檗碱生物利用度低、功能特性研究局限于医学应用。通过化学方法修饰或改造可制备一系列抑菌活性得到增强的衍生物。本文主要综述小檗碱及其衍生物的制备、抑菌作用和机理进展,并对小檗碱作为防腐剂或与壳聚糖等混合涂膜应用于蔬果防病、保鲜进行展望,以期为小檗碱尤其是小檗碱衍生物在食品中的保鲜作用研究提供一定的参考。     

基于网络药理学预测人参皂苷F2 减肥作用的靶标及通路

人参皂苷F2具有抗癌、护肝、抗炎、降脂等多种生理功能,但是其关于减肥的作用机制尚不明确。本研究利用网络药理学方法预测人参皂苷F2减肥作用的潜在靶点和作用通路,借助PubChem、GeneCards数据库收集人参皂苷F2、肥胖靶点信息,通过共享靶点,利用Cytoscape等平台构建并分析人参皂苷F2-靶点-肥胖网络。结果表明,人参皂苷F2减肥作用共涉及35个潜在靶点,其中关键靶点包括MAPK1、VEGFA、CASP3等,GO富集提示潜在靶点主要参与代谢、结合、组成细胞组分等生物学过程,通过EGFR抗酪氨酸激酶抑制剂信号通路、P13K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等方式发挥减肥作用。网络药理学成功预测了人参皂苷F2减肥作用的多靶点、多通路模式,为后续深入探讨其作用机制提供理论依据和研究方向。     

基于数据挖掘分析牛蒡子功能因子及其潜在机制

目的基于生物信息数据挖掘技术探讨药食同源牛蒡子的功能因子及其潜在作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditionalChinesemedicinesystemspharmacologydatabaseandanalysis platform, TCMSP)和STRING数据库平台过滤牛蒡子的有效功能因子及对应作用靶点;运用Cytoscape 3.7.0软件建立并分析牛蒡子有效功能因子-作用靶点网络;利用STRING数据库平台和Cytoscape 3.7.0软件建立并分析牛蒡子有效功能因子作用靶点蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络;利用Bioconductor对作用靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。结果牛蒡子8个有效功能因子通过128条通路作用于80个靶点发挥其保健功能。牛蒡子中的新牛蒡素甲、牛蒡子苷、β-谷甾醇、山奈酚、角鲨烯、β-胡萝卜素、β-二氢紫罗兰酮、洋蓟素等有效功能因子可能通过晚期糖基化终末产物(advancedglycosylationendproducts,AGE)-糖基化终末产物受体(receptorofAGEs,RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)信号通路、甲状腺激素信号通路、C型凝集素受体信号通路等通路作用于前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、半胱天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、转录因子AP-1(JUN)、B淋巴细胞瘤-2基因(BCL2)、α1-B肾上腺素受体(ADRA1B)、核受体辅激活因子2(NCOA2)等作用靶点发挥其抗氧化、清咽、降糖、降脂等保健功能和抗肿瘤、抗炎、舒张血管平滑肌等药理作用。结论牛蒡子发挥保健功能与药理作用具有多组分、多靶点、多途径的特点,研究结果可为牛蒡子食用及药用价值的进一步研究与开发提供理论基础与科学依据。     

荟萃分析核桃仁抗2型糖尿病机制

本研究基于荟萃法探讨了核桃仁干预2型糖尿病的作用机制。采用TCMSP数据库筛选核桃仁的主要活性成分及其潜在靶点,通过OMIM、TTD、Genecards等数据库获得2型糖尿病相关靶点,运用R3.6.2软件对活性成分靶点和疾病靶点交集,并用Cystoscope 3.7.2软件构建网络图,通过STRING等平台对交集靶点进行蛋白互作、GO功能和KEGG通路富集分析。结果获得没食子酸、没食子单宁、五没食子酰葡萄糖等11个活性成分的83个靶点,进一步与2型糖尿病相关的3015个靶点交集得到核桃成分干预2型糖尿病靶标28个,主要有双氧化酶2、凝血因子2、过氧化氢酶、IL-5和G6PD等。这些靶标涉及激素代谢过程、细胞脂质代谢过程、脂肪酸生物合成过程及胆固醇代谢、对体内体外有机物和无机物的应答反应等GO功能过程,主要参与糖尿病、癌症、循环系统、炎症等四大类17条相关通路及其它内分泌、信号传导、甲状腺和神经递质等相关KEGG通路。结果表明核桃仁可能通过PRKD1、PRKCA、PRKCB、PRKCE、PRKCZ、IL5、F2、CAT、G6PD等多靶点参与MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗和PI3K-Akt信号通路等信号通路调节脂质代谢,从而实现抗2型糖尿病的作用。     

基于网络药理学探讨鱼油抗抑郁作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨鱼油抗抑郁的作用机制。方法:通过PharmMapper、SwissTargetPrediction、DrugBank、GeneCards以及Disgenet等数据库获得鱼油治疗抑郁症的作用靶点；利用String网站与Cytoscape软件获得蛋白互作网络分析；通过DAVID 6.8数据库对潜在作用靶点进行富集分析；使用Cytoscape软件绘制成分靶点通路可视化网络图。结果:鱼油主要通过EPA与DHA发挥抗抑郁作用，其治疗抑郁症的相关靶点共115个，主要为MAPK3、MAPK1、CASP3、PPARG、PPARA、PTGS2、DRD2等。这些核心靶点作用于5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、花生四烯酸代谢通路等信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路，调节对药物的反应、类固醇激素介导的信号通路、氧化-还原过程等生物过程，发挥抗抑郁作用。结论:鱼油有助于治疗抑郁症具有多靶点、多通路的特点，可能通过5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、花生四烯酸代谢通路等发挥抗抑郁作用。     

基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS和网络药理学分析五味子治疗非酒精性脂肪肝的物质基础及作用机制

目的:基于超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)、网络药理学方法及分子对接技术探索五味子治疗非酒精脂肪肝的物质基础与作用机制.方法:利用UPLC-Q-Orbitrap HRMS技术鉴定五味子中的化学成分.利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和SwissT...     

基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制.方法:通过色谱-质谱联用得到刺老苞药材的化学成分信息,然后利用Stitch数据库预测其作用的靶点.应用GeneCards等数据库获取与骨质疏松症相关的疾病靶点.通过去异存同得出两者之间的交集靶点,对交集靶点进行基因本体注释(GO)及通路富集分析(KEGG...     

玛咖生物碱对人肝癌细胞Bel-7402和H22荷瘤小鼠的抑制作用

探究玛咖生物碱对Bel-7402细胞体外抗肝癌活性及体内抗H22肝癌活性的影响。通过0.5%的盐酸95%乙醇溶液提取获得玛咖生物碱粗提物,并通过进一步的酸溶碱沉方法纯化获得玛咖生物碱,通过MTT法测定不同剂量玛咖生物碱对Bel-7402细胞抑制率的影响,并进一步通过体内抗肝癌H22荷瘤小鼠试验,考察不同剂量玛咖生物碱体内抗肝癌活性影响。细胞实验表明,不同剂量组玛咖生物碱对Bel-7402细胞有一定的抗肝癌活性,其抗癌活性高低顺序为:玛咖生物碱高剂量组玛咖生物碱中剂量组玛咖生物碱低剂量组。体内抗肝癌试验表明,玛咖生物碱高、中剂量组具有显著的抗肝癌活性。可见,玛咖生物碱具有一定的抗肝癌活性,这为玛咖生物碱活性的研究提供新的方向。     

穿心莲内酯对人神经胶质瘤U251细胞的抑制作用及机制研究

目的：应用网络药理学、生物信息学方法,结合体外实验,研究穿心莲内酯（Andrographolide,AND）对人神经胶质瘤U251细胞的抑制作用及机制。方法：通过网络药理学手段,根据AND的结构预测其神经胶质瘤相关靶点。应用生物信息学方法,筛选出枢纽基因进行基因本体（Gene Ontology,GO）分子功能及基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析以确定与其相关的信号通路,再进行分子对接,研究AND与上述靶点的结合活性,最后进行基因富集分析（Gene Set Enrichment Analysis,GSEA）,通过神经胶质瘤样本和正常样本的比较,分析枢纽基因的表达差异并获得其Kaplan-Meier生存曲线。在上述基础上,在人源神经胶质瘤细胞U251观察AND对其生长的影响及形态变化,并检测AND在蛋白质水平对PI3K/AKT通路的影响。结果：通过网络药理学手段获得AND的40个神经胶质瘤相关靶点,并应用生物信息学方法筛选出10个枢纽基因,AND与其有较强的结合活性。GO、KEGG富集分析结果显示,上述枢纽基因...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨益肝草凉茶解酒保肝的作用机制

目的:通过网络药理学方法和分子对接技术,探讨益肝草凉茶解酒保肝的作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、中医药综合数据库（Traditional Chinese Medicines Integrated Database,TCMID）、中药分子机制生物信息学分析工具(A Bioinformatics Analysis Tool for Molecular MechANism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM）、SwissTargetPrediction和TargetNet等数据库,检索益肝草凉茶中9味中药的活性成分及相关靶点;通过比较毒理基因组学数据库（The Comparative Toxicogenomics Database,CTD）、功能关联蛋白网络数据库（Functional Protein Association Networks,STRING）以及蛋白数据库（Universal Protein,Uniprot）数据库获取肝病相关的靶点;通过药物作用靶点及肝病靶点互作筛选益肝草凉茶解酒保肝的靶点,进一步构建解酒保肝靶点的蛋白相互作用网络;通过生物学信息注释数据库（Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis,DAVID）数据库进行靶点蛋白的基因功能与通路分析;采用Cytoscape软件进行网络构建与分析;借助AutoDock软件,将关键成分与重要靶点进行分子对接验证。结果:本研究共收集到益肝草凉茶的活性成分186个,可作用于298个靶点,其中涉及到肝脏疾病的靶点有78个。预测靶点主要作用于癌症的途径、钙信号通路、神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触、cGMP-PKG信号通路等通路发挥保肝护肝作用。结论:本研究揭示了益肝草凉茶可通过多成分、多靶点、多通路的作用特点调控网络发挥解酒保肝的功效,为其治疗酒精性肝病的研究和临床应用提供科学依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝防治肥胖的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术揭示绞股蓝防治肥胖的物质基础及潜在作用机制.方法:使用TCMSP数据库结合文献补充筛选绞股蓝活性成分;使用Pubchem、Swiss target prediction数据库收集绞股蓝活性成分作用靶点;使用GeneCards、OMIM、DurgBank数据库荻取肥胖疾病靶点.取绞股蓝作...     

药食资源山楂果防治2型糖尿病成分与作用靶点分析研究

目的 探究山楂果降血糖作用靶点及潜在的分子机制。方法 利用中药综合数据库(traditional Chinese medicines integrated database, TCMID)及中医药百科全书数据库(the encyclopedia of traditional Chinese medicine, ETCM)并结合文献报道获得山楂果活性成分, 通过Swiss Target Prediction数据库预测其作用靶点。使用GeneCards及在线孟德尔人类遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)获取2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus, T2DM)相关靶点, 与山楂果预测靶点取交集即为山楂果防治T2DM的治疗靶点。将交集靶点导入STRING数据库及Cytoscape 3.7.2进行蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)、药物-靶点-疾病网络可视化, 并通过DAVID数据库平台进行基因本体(gene ontology, GO)功能分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析。结果 山楂果有效活性成分为12种, 其中槲皮素、熊果酸等作用较为重要, 对应157个靶基因与T2DM相关。PPI及文献检索结果显示磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1 (phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, PIK3R1)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (RAC-alpha serine/threonine-protein kinase, AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3、8、14 (mitogen-activated protein kinase 3、8、14, MAPK3、MAPK8、MAPK14)等可能是山楂果防治T2DM的重要作用靶点。KEGG通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B (PI3K/Akt)信号通路、叉头状转录因子O亚家族蛋白(FoxO)信号通路、催乳素(prolactin)信号通路等。结论 山楂果能多成分、多靶点、多途径的防治T2DM, 对其引起的胰岛素水平失调、炎症反应、免疫功能及糖脂代谢紊乱发挥关键的调节作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探究逍遥丸治疗乳腺增生的作用机制（网络首发、推荐阅读）

用网络药理学方法进行逍遥丸治疗乳腺增生过程的机制研究.通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)进行逍遥丸活性成分的搜集和筛选,将纳入的化合物成分通过TCMSP数据库进行成分的靶点预测;在GeneCards数据库,NCBI基因数据库以及OMIM数据库进行乳腺增生疾病靶点筛选;取药物靶点和疾病靶点作韦恩图,并利用共有靶点在String数据库中作PPI网络图,利用拓扑分析和MCODE聚类分析筛选核心靶点和核心基因;在cytoscape 3.8.0软件中进行关键活性成分的筛选;关键靶点使用String数据库进行GO分析和KEGG分析,将相关结果导入Cytoscape3.8.0绘制成分—疾病—通路—靶点网络图.结果表明,筛选得到逍遥丸各药活性成分及靶点,其中与乳腺增生相关的有169个靶点.STAT3、AKT1、MAPK1、JUN、MAPK3等20个靶点为该药治疗乳腺增生的关键靶点,HTR2A、IL2、TOP2A、PCNA、MMP1为该药治疗乳腺增生的核心基因.槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、叶黄素(luteolin)、柚皮素(naringenin)、甘草酮a(licochalcone a)、7-甲氧基-2-甲基异黄酮(7-Methoxy-2-methyl isoflavone)、芒柄花素(formononetin)、醋栗素(acacetin)等可能是逍遥丸治疗乳腺增生发挥作用的主要活性成分.GO富集分析总共富集到2328条生物过程,160项分子功能相关,47项细胞组成相关.通路富集分析显示与166条通路相关,涉及AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、TH17细胞分化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路.分子对接验证结果说明关键活性成分与核心靶点均对接良好.