不同来源酿酒酵母菌株的随机扩增多态DNA分析

研究中试用了20个随机引物对16株不同来源的酿酒酵母菌株全基因组进行了随机扩增多态DNA分析,其中OPG06,OPG11和OPG20三条适宜引物具有鉴别作用,每一引物均可扩增1～10条DNA片段,大多数片段分子量大小在100～2000bp之间,共扩增出34条RAPD谱带,多态性为85.3%,获得了稳定清晰的菌株RAPD指纹图谱。RAPD分析结果表明,不同来源的酿酒酵母菌株之间的遗传相似系数在37.5%～94.1%之间,反映出较高的遗传差异性,并可通过聚类分析将16株不同来源的酿酒酵母菌株按亲缘关系的远近分为6个类群。结果表明,利用RAPD标记技术在基因水平上对酿酒酵母菌株进行分子鉴定和分型是可行的。     

多点位分型技术在婴幼儿配方乳粉中克罗诺杆菌的鉴定与溯源中的应用

克罗诺杆菌属是肠杆菌的独立新属,即阪崎肠杆菌属。传统的分子分型方法如随机扩增多态性DNA标记(RAPD)不能将克罗诺杆菌鉴定到种,且辨识度较低、重复性不高、容易混淆,而近几年发展较快且更高效快捷的分型方法多位点序列分型(MLST),能清晰地分辨出克罗诺杆菌每个基因的差别。对婴儿配方乳粉工厂的克罗诺杆菌属进行分子分型研究,并对克罗诺杆菌属的鉴定和溯源,在婴幼儿配方乳粉企业在克罗诺杆菌属在监控、预警、控制方面具有重要意义。选取具有代表性的婴儿配方乳粉中分离菌株24株,经API20E试剂条鉴定为克罗诺杆菌属,再经过MLST分型找出其中有22株有克罗诺杆菌ST分型,其中19株属于C.sakazakii,2株属于C.turicensis,1株属于C.dublinensis。通过构建进化树能清楚地识别进化关系和亲缘关系,能够很好地定种和追根溯源。     

PFGE与16S rDNA对阪崎克罗诺杆菌分型的研究

研究脉冲场凝胶电泳(PFGE)与16S rDNA序列分析在阪崎克罗诺杆菌分型中的应用。对分离自不同来源的10株阪崎克罗诺杆菌进行16S rDNA序列扩增及测序,并构建系统发育树进行聚类分析。再利用限制性内切酶Xba I对这10株菌酶切后,进行PFGE电泳分型。16S rDNA序列分析显示,所有分离菌株与ATCC标准菌株在同一系统发育分支下,其序列相似性达到98.37%,并且不能进一步分型。而PFGE分型结果显示,10株分离菌株和2株标准菌株共分成11种PFGE基因型,说明PFGE的分型能力明显优于16S rDNA序列分析,部分菌株的基因型与分离来源具有一定的相关性,所以PFGE分型方法可用于阪崎克罗诺杆菌分子分型及溯源的研究。     

一株酿酒酵母的特征区域序列扩增标记

以23株不同来源的酿酒酵母为研究对象,分别提取基因组DNA,试用50条随机引物对其进行随机扩增多态性DNA分析,筛选到两条具有菌株鉴别能力的随机引物。P09可以从2.412,ST—01,SK—26,ZD—01四株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为433bp的Sc—433片断Sc—433;P46可以从2.1882,ST—01,NJ—02三株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为665bp的Sc—665片断,其中仅有目的菌株ST—01能稳定的扩增出这2个标记。把这2个片断分别克隆到pUCmT质粒载体中,经过酶切鉴定后测序,根据序列设计特异性引物,把RAPD标记转化为特征区域序列扩增标记,为酿酒酵母菌株的分子鉴别提供了新的借鉴。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术对阪崎克罗诺杆菌的鉴定及溯源

目的研究不同样品前处理方法对VITEK~?基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(VITEK~?MALDI-TOF MS,以下简称VITEK MS)鉴定阪崎克罗诺杆菌的影响及该方法对阪崎克罗诺杆菌的分型溯源能力,研究VITEK MS与MALDI 7090~(TM)MALDI-TOF/TOF MS(以下简称MALDI 7090)所得图谱的异同。方法选取3种不同样品前处理方法处理18株阪崎克罗诺杆菌野生菌株、2株阪崎克罗诺杆菌标准菌株和2株非阪崎克罗诺杆菌标准菌株,比较VITEK MS鉴定结果与传统鉴定结果的一致性;通过VITEK MS的鉴定结果和图谱的比对,研究不同样品前处理方法对阪崎克罗诺杆菌鉴定的影响;利用VITEK MS质谱图特征峰的聚类分析,对20株阪崎克罗诺杆菌进行溯源研究;同时比较VITEK MS与MALDI 7090所得图谱,研究两者的异同。结果 20株试验菌株的VITEK MS鉴定结果均为阪崎克罗诺杆菌,与传统的鉴定结果一致,并与2株非阪崎克罗诺杆菌标准菌株能明显地区分;3种不同样品前处理方法得到的鉴定谱图与标准谱图比对获得的鉴定结果可信度之间差异无统计学意义(P0.05),但质谱图中质谱峰数量和相对峰强度有明显差异,其中甲酸提取法在2 000~15 000 m/z范围内,相对峰强度5 m V的质谱峰数量达15个以上。在相似水平为80%的条件下,VITEK MS的聚类分析将甲酸提取法的20株阪崎克罗诺杆菌分为5个群,通过聚类分析及菌株来源能够推测阪崎克罗诺杆菌传播途径。VITEK MS和MALDI 7090得到的谱图,两者特征峰的出峰位置与相对峰强度无明显差异。结论 MALDI-TOF MS技术可以准确鉴定阪崎克罗诺杆菌;甲酸提取法更适用于阪崎克罗诺杆菌的MALDI-TOF MS鉴定;MALDI-TOF MS技术对阪崎克罗诺杆菌的溯源研究具有重要价值;VITEK MS与MALDI 7090所得谱图无明显差异。     

粮食加工品和肉制品中克罗诺杆菌的污染状况及致病性阪崎克罗诺杆菌生物膜形成能力研究

目的 了解我国粮食加工品和肉制品中克罗诺杆菌(Cronobacter spp.)的污染情况及致病性。方法对我国8个省份的226份粮食加工品和肉制品的克罗诺杆菌污染情况进行检测,对分离菌株进行种间鉴定,并针对阪崎克罗诺杆菌进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)分型及生物膜形成能力研究。结果 粮食加工品和肉制品中克罗诺杆菌的检出率分别为21.92%和12.50%。种间鉴定显示,115株分离菌株中有94株阪崎克罗诺杆菌。PFGE和结晶紫染色结果表明,94株阪崎克罗诺杆菌可被分为49个型别,均在36～60 h内达到最大菌膜生产量。结论 上述8个省份粮食加工品和肉制品中存在克罗诺杆菌污染,其中阪崎克罗诺杆菌有多种PFGE带型,且均具有生物膜形成能力,本研究可为食品安全风险评估及标准制定提供基础数据。     

人源性嗜酸乳杆菌的分离及分子鉴定

从健康婴儿的新鲜粪便中分离纯化的10株乳杆菌,用嗜酸乳杆菌l6S rDNA的特异性引物和建立的PCR方法对乳杆菌分离株进行分子水平上的鉴定。结果表明,有3株菌和嗜酸乳杆菌参考菌株扩增出大小一致的目的片段,证明此3株菌为嗜酸乳杆菌。测序结果显示,3株分离菌株与标准菌株的同源性达到95%以上,进一步说明了3株菌为嗜酸乳杆菌。     

肠出血性大肠杆菌变种的RAPD分型研究

对4株肠出血性大肠杆菌(EHEC)进行随机扩增多态性(RAPD)分析,并结合主要毒力基因如eae和hly,以及志贺毒素滴度,探讨RAPD实验对大肠杆菌致病菌进行基因分型结果的可靠性。实验菌株中有两株变种携带stx基因但不能正常表达志贺毒素,其中一株变种EC169与另两株正常表达志贺毒素的O157菌株具有相似的扩增图谱,而另一株非O157变种EC130与其他菌株聚类明显不同。从20条随机引物中筛选出了重复性强且具有多态性的随机引物G2、G7、G8、G11、G12,可用于大肠杆菌致病菌快速鉴别和食物中毒溯源。     

双孢蘑菇RAPD标记的遗传多样性分析

随机抽取108个随机引物对40个双孢蘑菇栽培菌株的DNA进行RAPD-PCR扩增实验,发现有71个随机引物能够扩增出清晰的、稳定的、具有多态性的RAPD条带。结果表明,71个随机引物共扩增出567条DNA带,平均每个引物扩增出7.99条DNA带,其中434条DNA带具有多态性,占总数的76.5%。基于RAPD-PCR扩增资料,采用欧氏距离平方系数和组间连接法,应用SPSS 11.0软件进行聚类分析,探讨40个品种间的亲缘关系与类群划分。当取欧氏距离平方系数阈值为20.5时,所有品种分为三大类;当取欧氏距离平方系数阈值取8.5时,40种双孢蘑菇菌株可被分为6个类群,此结果与双孢蘑菇菌株群的同工酶分类研究结果相当吻合。     

我国婴儿配方粉来源的克罗诺杆菌脉冲场凝胶电泳分子分型和多位点序列分型研究

目的探讨我国婴儿配方粉污染克罗诺杆菌的主要分子分型特征,分析不同地区间菌株亲缘相关性,为我国克罗诺杆菌引起的疾病溯源提供技术支撑。方法采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法,对全国19个省/自治区/直辖市婴儿配方粉来源的49株克罗诺杆菌进行分型研究。结果 49株克罗诺杆菌PFGE分型得到38个带型,未发现有明显的优势分型和聚集现象。MLST共获得15个已知序列型(ST型)和2个新ST型,ST4、ST1和ST64为优势型别,分别占菌株总数的20.4%(10/49)、18.4%(9/49)、10.2%(5/49)。PFGE型和MLST型结果分析表明,具有相同PFGE型的菌株也有相同的MLST型,而相同MLST型却不一定具有较高的亲缘关系。结论我国婴儿配方粉来源的克罗诺杆菌图谱具有高多态性和离散性,据此预测我国婴儿配方粉污染克罗诺杆菌导致婴儿患病以散发为主,出现多人患病的暴发事件几率较低。     

学生宿舍和食堂环境中克罗诺杆菌污染状况及分子分型和耐药特征分析

目的 了解徐州市某学校学生宿舍和食堂环境中克罗诺杆菌污染状况、分子分型及耐药特征,为预警食源性克罗诺杆菌病暴发提供参考.方法 采集徐州市某学校学生宿舍和食堂环境样品156份,分离并鉴定克罗诺杆菌,并利用基于O-抗原的血清分型和多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术对分离株进...     

克罗诺杆菌属食品分离株种水平鉴定方法比较研究

目的研究食品中分离克罗诺杆菌属种的鉴定方法,旨在建立稳定、可靠的种的鉴定方法。方法本研究选择三种鉴定方法,包括生化鉴定(VITEK 2 Compact)法、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、全基因组测序,通过比较分析三种方法对19株克罗诺杆菌属的鉴定结果,阐述三种鉴定方法的优缺点及其适用性。结果本研究中19株克罗诺杆菌属的鉴定结果显示,VITEK 2 Compact对阪崎克罗诺杆菌和丙二酸盐克罗诺杆菌的鉴定准确率只有67%和66%,而MALDI-TOF MS和全基因组测序的鉴定结果一致,因此可以判定MALDI-TOF MS能够快速、准确、高通量对克罗诺杆菌属进行种的鉴定。但是MALDI-TOF MS受限于数据库,不能鉴定到亚种的水平。结论本研究结果提示VITEK 2 Compact法不适用于克罗诺杆菌属种的鉴定;全基因组测序鉴定结果准确可靠;MALDI-TOF MS可以实现快速、高通量、准确的鉴定,仍需要进一步研究克罗诺杆菌属3个亚种的蛋白指纹图谱特点,丰富蛋白指纹图谱数据库,使其能够准确鉴定克罗诺杆菌属的7个种和3个亚种。     

克罗诺杆菌MALDI-TOF-MS数据库的建立及应用

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption ionisation time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS）技术建立了克罗诺杆菌MALDI-TOF-MS数据库,用于该菌属内种和亚种的高通 量鉴定及菌株分型。在优化培养条件、样品处理方法及确定MALDI-TOF-MS蛋白质指纹图谱采集参数的基础上, 将采集的8 种参考菌株蛋白质质谱数据通过Biotyper软件构建克罗诺杆菌的MALDI-TOF-MS数据库,再用相近肠杆 菌及该属分离株验证数据库的准确性。结果表明：应用建立的克罗诺杆菌的MALDI-TOF-MS数据库对135 株克罗 诺杆菌分离株进行分析,鉴定分值均不小于2.0,达到了种水平鉴定要求,通过聚类分析,可进一步分型。构建的 MALDI-TOF-MS数据库为克罗诺杆菌高通量鉴定与分型提供了一种新的手段。     

聚合酶链式反应和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法鉴定克罗诺杆菌

目的 采用聚合酶链式反应(PCR)和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术快速鉴定克罗诺杆菌的方法,实现对该菌显色培养基上生长的可疑菌落高通量、低成本初筛。方法 通过内转录间隔区(its)基因设计针对克罗诺杆菌的属特异性引物,以7株参考菌株为对照,对2013年国家食品安全污染物监测网上报、初步鉴定为克罗诺杆菌的214株菌株进行复核鉴定。同时随机挑选其中84株菌,采用MALDI-TOF-MS技术和VITEK革兰阴性细菌鉴定卡鉴定。结果 7株参考菌株的PCR结果与对应大小一致,214株待测菌株PCR结果均为阳性。84株菌MALDI-TOF-MS和VITEK鉴定的结果均为克罗诺杆菌,符合率为100%。结论 PCR和MALDI-TOF-MS技术具有高通量、低成本、耗时短等优势,可以实现大量可疑菌落的初筛,为我国克罗诺杆菌的监测和防控提供技术支持。     

广西市售婴儿食品中克罗诺菌分离株基因特征及进化分类鉴定

目的分析广西市售婴儿食品中的克罗诺菌分离株的种类、表型和基因特性。方法将保存的试验菌株进行复苏,通过API 20E生化条和omp A基因扩增检测进行初步鉴定,扩增16S r RNA基因后进行测序,将获得的全16S r RNA基因序列在Gene Bank数据库上比对,构建进化树,确认是否为克罗诺菌。将试验菌接种于显色平板观察其表型和黄色素的产生情况,通过手工生化进行分型,确定其种属。结果 9株分离菌确定为克罗诺菌,有5种生化型,属于4个克罗诺种。检出Cronobacter sakazakii 6株菌,C.malonaticus、C.muytjensii和C.dublinensis各有1株;7株菌符合API 20E鉴定结果,9株分离菌均可检测到omp A基因。结论广西市售婴儿食品中克罗诺菌的污染以C.sakazakii为主,生化表型、种属及基因型具有多样性;鉴定时仅以单一的生化或其他表型作为判别依据存在很大的局限,需辅以分子生物学手段加以鉴别。     

克洛诺菌属(原阪崎肠杆菌)溯源数据库的建立

目的建立克洛诺菌属溯源分析数据库。方法应用BioNumerics软件,建立包括克洛诺菌属生物分型、抗生素敏感性、脉冲场凝胶电泳分型、核糖体分型、16SrDNA全序列分析等方法的溯源分析数据库。结果应用BioNumerics软件可以建立比较完整的克洛诺菌属溯源数据库,并可对所研究菌株进行系统分析,以及对各种分型方法进行比对分析。结论利用该数据库的技术基础和不断完善的数据信息,可以及时有效地比较不同地域克洛诺菌属分离株的相似性,并估计种群内部变异程度等,为克洛诺菌属食源性疾病的散发、暴发事件及常规监测中的追踪和溯源等提供有效的科学研究资料。     

克罗诺杆菌分子分型及毒力机制研究进展

克罗诺杆菌是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病（脑膜炎、坏死性小肠结肠炎）相关而受到人们广泛关注。近年来,关于该菌属的多样性已经有了清晰的认识,并且已经开发了多种检测和分型方法。常用的分型方法包括生化分型、脉冲场凝胶电泳分型及基于DNA序列的分型（单基因分型、O-血清分型、多位点序列分型、单核苷酸多态性分型和规律成簇的间隔短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR）-cas。克罗诺杆菌属的7 个种之间毒力作用存在差异,外膜蛋白和外膜囊泡在侵染引发细胞病变过程中发挥了重要作用,唾液酸的利用可能具有临床意义。目前该属菌株毒力机制研究结论尚未统一,基因测序所揭示的大量毒力因子仍需进一步验证。克罗诺杆菌分型方法在促进该菌分类学发展的同时也为其毒力机制研究奠定了基础。     

克罗诺杆菌属快速检测体系的建立

以克罗诺杆菌属具有代表性的2?株模式菌株（丙二酸盐阳性克罗诺杆菌和阪崎肠杆菌）为实验对象,建立了一套集一步法DNA提取和快速实时聚合酶链式反应（real-time polymerase chain reaction,real-time PCR）法检测为一体的速测技术体系。通过优化,建立的快速real-time PCR程序可将扩增时间由普通程序的82?min缩短至27?min?18?s。建立的一步快速DNA提取流程,取样后仅需12?min热循环反应即可直接获取DNA,简便快捷。与传统方法的对比结果显示,快提法与传统煮沸法对纯菌液和人工污染培养前6?h的样品灵敏度一致;对人工污染样品培养7、8?h时,快检法的灵敏度比传统方法低1 个数量级。本研究建立的微生物速测技术快速、简便且具有较高灵敏度,在口岸食源性病源微生物现场快速检测方面具有较好的应用前景。     

分子生物学技术在一起食物中毒检测中的应用

应用分子生物学技术对一起食物中毒样品进行检测,提高实验室应对食物中毒快速检测和溯源分析能力。方法 应用实时荧光PCR技术对一起食物中毒10份患者粪便和6份可疑食品进行快速检测,并对39份粪便和8份食品进行病原培养分离鉴定,应用PCR技术对分离菌株进行invA毒力基因检测,PFGE及MLST基因分型技术对分离菌株进行同源性分析,并与其他地区菌株进行遗传学差异对比。结果 10份患者粪便和6份可疑食物经实时荧光PCR检测均为沙门菌阳性,从39份粪便和8份食品中共分离到31株肠炎沙门菌。PFGE及MLST分析显示31株菌具同源性,表明食物和患者分离菌株基因型别一致,MLST分型显示本次分离株与其他地区优势克隆有同源性,31株肠炎沙门菌均具有invA毒力基因。结论 实时荧光PCR技术应用于食物中毒病原检测,缩短了病原检测周期,提高了检测的准确性,PFGE及MLST两种基因分型技术可对病原菌进行溯源分析,对于掌握病原菌流行规律具有重要意义。