RNA假结结构分析

根据RNA二级结构的5个基本组成部分———自由单链、发夹环、凸环、内环、多分支环,补充提出了14种类型的假结结构,并使用一种改进的RNA平面结构表示法———弧图。依据弧图,不仅给出了假结的形式化定义,而且将这14种结构分为三类:单交叉、自交叉与双交叉。上述三类交叉是假结的基本交叉类型,所有的假结结构或属于这三种交叉中的一种或属于其组合,研究结果可有助于提高包括假结的二级结构预测的可靠性和准确性。     

基于禁忌遗传算法的RNA二级结构预测

生物RNA二级结构预测是生物信息学领域的一个重要研究问题.近来,研究人员提出应用元启发式算法来预测RNA二级结构.该文提出基于禁忌遗传算法的RNA二级结构预测方法(TGARNA),给出茎区相容性检测改进方法,保留最长茎区构造茎区相容个体,以改善种群性能;同时将禁忌搜索融入遗传操作以防止近亲繁殖,保持种群多样性.仿真实验...     

一种新的RNA二级结构的三维图形表示

用图形法表示生物分子序列是生物信息学的一个重要研究课题,其中RNA二级结构以廖波提出的三维图形表示法应用比较广泛。在该算法的基础上,对二级结构中的自由基进行进一步划分,划分为假结内自由基和假结外自由基,并以此为基础提出了一种新的RNA二级结构三维图形表示法。将此表示法应用在随机抽取的5种含有假结的RNA分子上,可以有效地计算出它们之间的相似度。     

基于局部结构交互的RNA假结预测

基于RNA局部结构间的交互作用,提出一种含假结的RNA二级结构预测新方法LIFold。对给定的RNA序列,首先通过能量计算得到不含假结的能量最优结构,然后应用局部结构交互配对生成假结茎区,在已得到的最优结构基础上构建含假结的能量计算模型,最后通过优化算法得到含假结的RNA二级结构。应用该方法基于HotKnots测试数据的敏感性和阳性预测值(PPV)分别达到84%和80%,基于PseudoBase数据库测试数据的敏感性和阳性预测值分别达到78%和73%,与HotKnots、ILM、PknotsRG、IPknot及FlexStem等知名软件相比较,准确率均有所提高。     

基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法

针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法，提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法，利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进行RNA二级结构相似度比对.通过对Yeast tRNA phe、PSTV、poliovirus mutant 3种RNA分子二级结构构象的实验分析，表明了该方法的可行性和高效性.并将这种方法推广至任意两个RNA分子之间二级结构的相似度衡量，同样取得了不错的效果.     

基于动态规划RNA二级结构的比较

从RNA的二级结构描述着手,建立基于向量的RNA二级结构树的描述方法,并以该种描述方法为基础,应用动态规划算法,以高致病性的H5N1病毒的NA片段为例,对RNA二级结构进行树状比较。比较结果发现,在时间复杂性上,该方法优于利用最小自由能的方法,并且致病性越强,该结构的相似性越高,对生物实验具有指导意义。     

包括假结的RNA二级结构茎区组合预测新算法

提出了RNA茎区组合最优能的概念,给出了RNA茎区相容定义,利用相容矩阵与迭代矩阵以求出具有全局最大最优能的RNA茎区组合,建立了一种能够预测带假结的RNA二级结构的新方法。通过选取PseudoBase中的RNA序列,将预测得到的RNA二级结构与数据库上提供的RNA二级结构进行比较,同时用pknotsRG软件运行同样的数据与本方法得到的RNA二级结构进行比较,NGF-L2和NGF-H1的最好的敏感性、特异性均达到100%。试验结果与分析数据表明,本方法可靠、有效,具有较高的准确率,可以预测假结结构,尤其是tRNA类型的序列执行起来速度较快。     

基于众筹融资效率的影响因素分析

选取中国最具有代表性且发展较为成熟的第三方网站——"众筹家"为研究对象,基于"众筹家"项目实际数据,采用多元回归分析等方法进行研究,删除异常点和强影响点,利用加权最小二乘回归修正异方差,得到更加合理的估计参数,找出对众筹融资绩效影响显著的因素,从而得出有利于众筹融资绩效提高的针对性建议.实证结果显示:众筹筹资效果受到包括目标融资金额、实际融资、回报方式、项目要素数量以及评论数等多方面因素的影响.     

基于PLS的纺织业上市公司资本结构影响因素分析

资本结构决策决定了企业融资方式的选择及各种融资方式所占的比重,研究资本结构的决定因素,是优化资本结构的必要步骤。论文基于资本结构理论及实证研究的最新成果,构建了一个综合反映影响纺织业上市公司资本结构决策的各种因素的偏最小二乘回归模型。实证分析表明,与资产结构最密切相关的是公司的短期偿债能力,其次是资产担保价值。     

基于最小自由能的DNA编码设计算法

为了提高DNA计算的有效性和可靠性,提出了一种启发式的全局搜索DNA编码算法.算法生成一组等长的DNA序列,这组DNA序列满足统一的解链温度约束和最小自由能约束.通过枚举所有可能的DNA杂交的二级结构,根据Nearest-Neighbors热力学模型计算出这些组合结构的最小自由能,可极大地提高DNA序列自由能的计算精度.该算法比传统基于汉明距离的DNA编码算法设计的DNA序列具有更好的稳定性和可靠性.     

随机结构地震反应的反应谱分析法

本文将结构弹性模量、构件截面面积、截面惯性矩、质量分布及地震反应谱参数等视为随机变量,建立随机结构动力分析模型,并使用现行抗震规范反应谱进行结构地震反应计算。以此研究上述参数的不确定性(随机性)对结构地震反应计算结果的影响。     

预测RNA二级结构离散粒子群优化算法

根据RNA二级结构预测问题实质和基本粒子群优化算法特性,提出一种离散粒子群优化算法模型.定义该模型中一个可变集合搜索空间,设计了基于此空间粒子群速度与位置更新公式及运算规则.采用局部精英粒子优化策略解决了粒子群算法易陷入局部最优的问题.实验结果表明,该算法在收敛速度和精度上都具有较好的性能.     

基于肿瘤基因表达谱的基因功能模块识别

为了揭示肿瘤发生发展的分子机制,结合基因功能分类体系数据库(gene ontology,简称GO),采用网络分解算法对结肠癌基因表达谱数据进行了研究.研究结果表明,与结肠正常组织基因模块相比,结肠癌基因模块与细胞周期调节、抗细胞程序性死亡、信号转导、细胞增殖等功能类相关,由此推论结肠癌基因功能模块结构的改变导致了结肠癌的发生.     

基于磁性纳米颗粒微阵列技术的MT-2A基因 启动子单核苷酸多态性分析

根据高通量检测手段对冶炼作业人群中金属硫蛋白MT-2A基因启动子核心区域进行单核苷酸多态性(SNP)分析.通过磁性纳米颗粒微阵列技术对冶炼作业工人(288例)的MT-2A基因启动子位点进行高通量SNP检测,并进行测序验证.结果表明:该冶炼作业人群中MT-2A基因启动子核心区域的3种基因型(AA,AG和GG)频率分别为87.4％,11.8％和0.8％,等位基因(A和G)频率分别为93.2％和6.8％.该人群MT-2A基因型与等位基因频率均符合Hardy-Weinberg遗传平衡检测(p＞0.05).最后,利用直接测序法对PCR产物进行测序,所得结果与SNP分析结果一致.     

RNA二级结构预测SVMs模型研究

扩展NSSEL标签,对RNA分子中的stem-loop结构和伪结结构进行标记.将RNA分子序列中的碱基编码输入,经过支持向量机(support vector machines,SVMs)模型计算输出相应的结构标记.该模型经过训练后,待预测的RNA分子序列可得到对应的结构标识序列,这些标识序列可通过特定算法,唯一构建包括伪结在内的二级结构.实验结果表明,该算法在可接受的预测精度范围内具有较低的计算复杂度,克服了传统算法计算时间过长,无法在有限时间内得到有效结果的缺点.     

微型机在机床结构模态分析方面的应用

本文在APPLEⅡ微型机上开发了机床结构模态分析系统。该系统包括机械阻抗测试、数据处理、图形绘制、模态参数识别和振动型显示等功能,并以CA6140普通车床主轴系统为例给出了模态分析的结果。