北京地区肉类中沙门氏菌全基因组分型及耐药分析

目的对我国北京地区肉类产品中沙门氏菌进行分离鉴定,基于全基因组测序结果,分析其耐药基因分布情况及亲缘关系。方法以38株沙门氏菌为研究对象,对不同来源的沙门氏菌进行全基因组分析,然后通过测定菌株对15种抗生素的最小抑菌浓度,结合全基因组测序结果分析不同来源的沙门氏菌的耐药特性及多重耐药状况。结果对38株沙门氏菌进行15种抗生素耐药性检测,其中34.2%为多重耐药株,68.4%的沙门氏菌对喹诺酮萘啶酸耐药,42.1%分离株对氨苄西林耐药。基于全基因组测序结果,对38株沙门氏菌进行分型为12种型别,其中88.2%的肠炎沙门氏菌与标准菌株ATCC9184亲缘关系较近。结论全基因组耐药基因和毒力基因与耐药表型有一定的关联,为监控北京地区的沙门氏菌耐药基因和毒力基因的传播方式提供理论基础。     

沙门氏菌耐药谱及质粒耐药基因的筛查

目的:分析不同来源沙门氏菌耐药性及其质粒耐药基因携带情况,从而揭示质粒耐药基因与菌株耐药性的对应关系。方法:对226株食源性及医源性的沙门氏菌分离株用试卡法测试其耐药性,按2012年美国实验室标准委员会(CLSI)指导原则的标准计算细菌对抗菌药物的耐药率(R),中介率(I),和敏感率(S),并对具有耐药表型和中介表型的非敏感菌株进行质粒耐药基因的筛查。结果:针对青霉素类抗生素进行筛查,耐氨苄青霉素的菌株达到15.9%(36/226),耐舒巴坦/氨苄青霉素达到12.8%(29/226);针对氨基糖苷类抗生素,耐妥布霉素的菌株达到6.2%(14/226),耐庆大霉素5.8%(13/226);针对喹诺酮类抗生素,耐环丙沙星的菌株达到4.0%(9/226),耐左氧氟沙星1.8%(4/226);针对头孢菌素类抗生素,耐头孢唑啉4.4%(10/226),耐头孢他啶和头孢曲松分别为2.2%(5/226),耐头孢替坦0.9%(2/226)。针对碳青霉烯类和除青霉素类、头孢菌素类以外的β-内酰胺类的筛查结果均为敏感。β-内酰胺类抗生素非敏感菌株中,质粒上β-内酰胺类耐药基因携带率为59.5%(50/84),其中CMY基因携带率为10.7%(9/84),OXA基因携带率为27.3%(23/84),TEM基因携带率为39.2%(33/84),PSE基因携带率为1.2%(1/84)。喹诺酮类抗生素非敏感菌株中,质粒上喹诺酮类耐药基因携带率为14.7%(5/34),其中qnrA基因携带率为11.8%(4/34);qnrS基因携带率为2.9%(1/34)。对喹诺酮类和氨基糖苷类抗生素非敏感菌株中,质粒上acc(6’)-Ib-cr基因的携带率为17.1%(7/41)。仅CMY基因在食源性和医源性分离株中的分布具有统计学差异(χ2=5.480,P0.05)。结论:本研究涉及的沙门氏菌分离株中,对青霉素类抗生素耐药性较强,其次是氨基糖苷类、头孢菌素类和喹诺酮类。大多数耐β-内酰胺类抗生素的沙门氏菌菌株都携带相对应的质粒耐药基因,而耐喹诺酮类以及氨基糖苷类抗生素的沙门氏菌携带相对应的质粒耐药基因较少。     

食源性沙门氏菌耐药表型与耐药基因的研究

为了解食源性沙门氏菌（Salmonella）的耐药状况以及耐药基因与耐药表型的关系,从基因水平上探究Salmonella的耐药机制。本研究对215 株分离自1 093 份市售新鲜肉类中的Salmonella进行了耐药状况检测,设计了16 种引物对耐药基因进行聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增,并对扩增产物进行克隆测序。结果显示,分离株对磺胺异恶唑耐药率最高（71.7%）,其次为四环素（69.8%）、甲氧嘧啶（67.9%）和复方新诺明（52.8%）,分离株对环丙沙星、呋喃妥因和头孢类比较敏感。三重及以上耐药的菌株占60.5%,最多可以耐受13 种抗生素;PCR共扩增到10 种耐药基因,测序结果表明扩增到的序列与GenBank上相应参考序列的相似性均在99%以上;β-酰胺类以及四环素类的耐药基因检出情况与耐药表型具有很高的一致性,符合率均在90%以上,其次为磺胺类（81.6%）。说明本研究中的食源性Salmonella分离株的耐药率高,多重耐药情况较为严重,耐药表型与耐药基因检测结果基本一致。     

天津地区鸡源沙门氏菌的基因分型研究

目的 研究并评估几种分子分型方法对亲缘关系相近沙门氏菌的分辨能力。方法 针对2015-2016年从天津市大型市场和超市中分离的106株沙门氏菌及其全基因组测序结果,分析了沙门氏菌的血清型、STs,并通过PFGE、cgMLST以及一种基于59个基因的分型方法对沙门氏菌进行分子分型研究。结果 106株沙门氏菌共分为8种血清型(肠炎沙门氏菌(n=94)、印第安纳沙门氏菌(n=4)、肯塔基沙门氏菌(n=2)、哈达尔沙门氏菌(n=2)、汤普森沙门氏菌(n=1)、鼠伤寒沙门氏菌(n=1)、田纳西沙门氏菌(n=1)和阿哥纳沙门氏菌(n=1))和8个ST型;PFGE分型方法将沙门氏菌分为7个集群,cgMLST分为8个集群,59个基因的分型方法将亲缘关系相近的分离株分为9个集群。结论 血清型分析表明肠炎沙门氏菌为这些沙门氏菌中的优势亚型,并与ST型结果一致;PFGE显示7个集群中包含一个优势集群,多为肠炎亚型;cgMLST具有最高的分辨率,将106株沙门氏菌分为8个集群;建立的基于59个基因的分子分型方法将沙门氏菌分为9个集群,分型结果表明此方法可以满足对亲缘关系相近沙门氏菌的分型研究。     

肠炎沙门氏菌和哈瓦那沙门氏菌的耐药性及耐药基因分析

为了保障食品安全,更好的了解耐药性的产生及传播的途径,研究了新疆乌鲁木齐市部分农贸市场内检出的17株肠炎沙门氏菌和11株哈瓦那沙门氏菌的药敏性及相关耐药基因。用琼脂稀释法测定沙门氏菌的药敏性,用聚合酶链式反应和测定基因序列的方法确定耐药沙门氏菌中与喹诺酮类药物相关的抗性决定区突变基因以及质粒携带的耐药基因。17株肠炎沙门氏菌对环丙沙星和头孢西丁表现为100%敏感,对萘定酮酸的耐药率为94.1%,头孢曲松的耐药率为17.6%,qnr B检出率为64.7%,17株肠炎沙门氏菌发生Gyr A基因突变,主要突变类型为Asp87Tyr;11株哈瓦那沙门氏菌对甲氧芐啶、氯霉素、磺胺二甲异唑、磺胺甲基异恶唑/甲氧苄啶、萘啶酮酸、头孢西丁的耐药率为100%、63.6%、36.4%、18.2%、9.1%和9.1%,氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸敏感率为100%,qnr B,qnr S的检出率均为9.1%,11株哈瓦那沙门氏菌Par C基因突变类型为Thr57ser。新疆乌鲁木齐肠炎沙门氏菌和哈瓦那沙门氏菌耐药情况比较严重,对抗生素的耐药状况应当予以关注,其喹诺酮类药物耐药决定区突变基因及质粒携带的耐药基因在一定程度上会影响肠炎沙门氏菌和哈瓦那沙门氏菌的耐药机制。     

肉鸡屠宰生产链中沙门氏菌耐药基因检测与耐药相关性分析

目的:了解肉鸡屠宰生产链沙门氏菌耐药性与耐药基因的相关性。方法:采用纸片扩散法对肉鸡屠宰生产链分离鉴定的72株沙门氏菌进行10种抗生素敏感性实验;采用PCR方法检测耐药沙门氏菌相应的耐药基因。结果:72株肉鸡屠宰生产链中沙门氏菌对萘啶酸（100%）的耐药率最高;对氨苄西林、甲氧苄啶/磺胺甲恶唑、环丙沙星、四环素、庆大霉素耐药率分别为69.44%、54.17%、38.89%、34.72%、13.89%。72株沙门氏菌中有67株至少含有一种耐药基因,bla TEM、bla CMY-2、sul2、sul3、tet B和tet C耐药基因较为普遍,其耐药菌bla TEM、bla CMY-2、sul2、sul3、tet B和tet C基因检出率分别为96.08%、100%、94.87%、71.79%、78.38%和100%。结论:沙门氏菌对常见抗生素具有不同程度的耐药性,且耐药基因普遍存在于耐药菌株中,药敏实验结果与耐药基因检测结果有很高的一致性（≥75%）。      

进出口食品中不同血清型沙门氏菌PFGE和MLST分型比较研究

目的通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究。方法采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分型研究。结果两种血清型共30株沙门氏菌经PFGE分型可得到23种型别,DI值为0.9563;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经PFGE分型,DI值分别为1.000和0.9048。MLST对30株沙门氏菌分型得到4种ST型,DI值为0.5793;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经MLST分型,DI值分别为0.2571和0.1333。结论 在分辨力方面,PFGE更适合于同一沙门氏菌血清型的分型,MLST则适合于不同沙门氏菌血清型间的分型。MLST在替代、补充血清型分型方面有潜在的优势,PFGE在溯源研究方面更胜一筹。     

生猪屠宰环节沙门氏菌携带状况、耐药性及其耐药基因分析

目的 调查河南省生猪屠宰环节沙门氏菌污染情况,并分析其耐药性及耐药基因.方法 本研究从河南省不同规模的生猪屠宰企业共采集825份样品,通过常规检测方法和分子生物学技术对样品进行沙门氏菌分离鉴定,然后通过药敏实验检测沙门氏菌分离株对17种抗菌药的敏感性;对部分沙门氏菌分离株进行了12种耐药基因检测.结果 样品中共分离出沙...     

副溶血弧菌耐药诱导株的生物特性与多药外排泵表达

本研究将初始菌株副溶血弧菌F7经过环丙沙星连续体外诱导得到的实验室诱导株H128、H256、H512作为研究对象,研究了菌株F7、H128、H256、H512的药敏性、泳动能力、生长曲线、生物膜形成能力等生物学特性,分析了多药外排泵基因vme B、vme D、vpo C、vmr A的相对表达量。结果表明,诱导菌株不仅对诱导抗生素环丙沙星的耐药性明显提高,还对多种非诱导抗生素呈现交叉耐药。与初始菌株F7相比,诱导菌株H128、H256、H512泳动能力下降,泳动圈直径分别为4.83 mm、4.57 mm、5.13 mm,生物膜形成能力增强,吸光值分别为4.35 nm、4.35 nm、4.29 nm。诱导菌株H128、H256、H512均检测到外排泵基因vme D的相对表达量均高于F7,分别上调了1.20、3.55、2.02倍,仅在H256中检测到vme B、vpo C、vmr A基因表达量上调,分别上调了1.47、2.90、1.71倍,说明RND型外排系统Vme CD-Vpo C是与副溶血弧菌对环丙沙星的耐药性以及交叉耐药相关的主要外排系统。本研究为耐药性副溶血弧菌的风险评估提供参考依据,为解决副溶血弧菌耐药问题提供新的思路。     

基于全基因组测序的阪崎克罗诺杆菌婴幼儿食品分离株分子特征研究

目的 研究婴幼儿食品中分离的阪崎克罗诺杆菌(C.sakazakii)分子生物学特征。方法 对婴幼儿食品中C.sakazakii进行分离鉴定、药物敏感性试验和全基因组测序,利用BioNumerics软件对全基因组数据进行拼接组装,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、毒力基因和耐药基因分析,并与PubMLST数据库中ST型进行比较分析。结果 本研究中分离的9株C.sakazakii共分为5个ST型,ST1和ST64型为主要型别,同时也是PubMLST数据库中C.sakazakii的主要型别。3株C.sakazakii携带mcr-9耐药基因,但药敏结果显示所有菌株对包括多粘菌素B和多粘菌素E在内的12种抗生素均敏感。除携带共同毒力基因谱外,ST1、ST64和ST458型携带脂多糖基因gtrB。cgMLST聚类分析显示,9株C.sakazakii呈高度多样性。结论 与临床分离株相关的ST1和ST64型是本研究食品分离株中的主要型别,提示C.sakazakii具有潜在的致病性,有必要对婴幼儿食品中C.sakazakii开展连续监测,为预防控制由其引起的食源性疾病提供依据。     

基于全基因组测序的蜡样芽孢杆菌食品分离株分子特征及耐药性研究

目的 研究上海市食品中分离的蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)的基因组特征及其耐药性。方法 本研究对上海市食品中分离的蜡样芽孢杆菌进行鉴定、药物敏感性实验和全基因组测序,利用BioNumerics软件对测序数据进行拼接组装,利用拼接数据进行多位点序列分型(MLST)、毒力基因和耐药基因分析,并与PubMLST数据库中的ST型进行比较;对耐药基因和耐药表型进行比较分析。结果 本研究中37株蜡样芽孢杆菌均可分型,其中7株为ST新型。37株蜡样芽孢杆菌分为34个ST型,其中3株菌为ST26型,其余ST型各占1株,呈高度多样性。37株蜡样芽孢杆菌均携带nheA、nheB、nheC基因,hblACD基因簇的携带率为37.8%,而完整ces呕吐基因簇的携带率只有16.2%,其中2株为分离自即食食品的ST26型。药敏实验显示37株蜡样芽孢杆菌对氨苄西林、青霉素和苯唑西林耐药性较高,与其携带耐药基因种类并不完全一致。结论 上海市食品中分离的蜡样芽孢杆菌菌株分子分型呈现高度多样性,应加强食品中蜡样芽孢杆菌分子生物学监测,为预防控制由其引起的食源性疾病提供科学依据。     

北京市顺义区零售鸡胴体中弯曲菌分布与分子特征研究

目的研究北京市顺义区鸡胴体中弯曲菌分布和分子特征,为顺义区弯曲菌防控提供科学依据。方法采集批发市场和零售店鸡胴体60份,采用滤膜法分离培养弯曲菌,对分离菌株进行多位点序列分型分析并构建最小生成树。结果鸡胴体中弯曲菌检出率为75.0%(45/60),空肠弯曲菌与结肠弯曲菌占比分别为38.0%(19/50)和62.0%(31/50)。批发市场和零售店弯曲菌检出率分别为86.0%(37/43)和47.1%(8/17),差异有统计学意义(χ~2=9.877,P0.05);5～7月空肠弯曲菌检出率分别为10.0%(2/20)、40.0%(8/20)和45.0%(9/20),差异有统计学意义(χ~2=6.624,P0.05)。19株空肠弯曲菌共分为13个ST型;28株结肠弯曲菌共分为16个ST型。空肠弯曲菌耐药率前五位由高至低依次为四环素(100.0%,19/19)、萘啶酸(100.0%,19/19)、环丙沙星(94.7%,18/19)、氟苯尼考(57.9%,11/19)、庆大霉素(36.8%,7/19);结肠弯曲菌耐药率前五位由高至低依次为萘啶酸(100.0%,31/31)、环丙沙星(100.0%,31/31)、四环素(93.5%, 29/31)、链霉素(93.5%, 29/31)、庆大霉素(83.9%,26/31)。空肠弯曲菌和结肠弯曲菌多重耐药率分别为68.4%(13/19)和93.5%(29/31)。结论北京市顺义区市场零售鸡胴体中弯曲菌污染水平较高,结肠弯曲菌为污染的优势菌种。批发市场鸡胴体污染弯曲菌的情况比零售店严重。     

北京市顺义区腹泻病例分离沙门氏菌耐药特征分析

目的 对北京市顺义区腹泻病例分离的沙门氏菌进行耐药特征分析.方法 2个收集2013-2018年北京市顺义区腹泻病例粪便标本,对标本进行沙门氏菌分离培养、生化鉴定和血清分型,使用微量肉汤法对分离的沙门氏菌菌株进行26种抗菌药物的敏感性检测,开展耐药率、非敏感率、多重耐药率和耐药谱分析.结果 腹泻病例沙门氏菌检出率为5.4...     

辽宁省不同来源沙门氏菌耐药性分析

目的 比较辽宁地区食品来源与临床样本来源沙门氏菌的耐药性,了解不同来源沙门氏菌对14种用抗生素的耐药情况,分析产生差异的原因及其耐药机制。方法 用96孔药敏板,对54份食品来源和55份临床样本来源的沙门氏菌进行14种抗生素的耐药性检测,通过SPSS统计学软件计算,P<0.05说明二者具有显著差异。同时通过PCR方法,对携带耐药基因的整合子目的片段进行扩增,检测两种来源沙门氏菌Ⅰ类整合子携带情况,分析其对多重耐药产生的意义。结果 两种来源沙门氏菌对喹诺酮类抗生素—环丙沙星的耐药率有显著差异(食品耐药率高于临床样本：χ_²=13.615,P=0.001<0.05)。两种来源沙门氏菌对β内酰胺类抗生素-头孢噻肟和氨苄西林耐药率有显著差异(临床样本耐药率高于食品样本：头孢噻肟χ_²=4.813,P=0.028<0.05;氨苄西林χ_²=9.653,P=0.002<0.05,)。二者多重耐药率有显著差异(临床样本多重耐药率高于食品样本:χ_²=4.012,P=0.045<0.05)。二者整合子携带率分别为食品样本22.22%临床样本29.09%。结论 耐药性的产生与不同环境压力诱导、自身滥用抗生素的习惯有关,也与Ⅰ类整合子的介导有关,研究结果对环境以及临床抗生素的应用具有指导意义,为进一步探索整合子所携带的耐药基因以及它传递的影响因素提供实验依据。     

温州市食品中沙门菌污染状况及特征分析

目的了解温州市食品中沙门菌的污染状况,分析分离的沙门菌血清型分布、耐药性及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特征。方法依据GB 4789.4—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》进行菌株分离鉴定及血清学分型,采用微量肉汤稀释法进行药敏试验,PFGE法进行分子分型。结果 6类食品2 039份样品中,37份样品检出沙门菌,检出率为1.8%,其中生禽肉和生畜肉检出率较高,分别为6.9%(20/290)和3.4%(10/290)。37株沙门菌分属16种血清型,居前三位分别为鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌和肠炎沙门菌。81.1%(30/37)的菌株对17种抗生素产生不同程度的耐药,呈现24种耐药谱,多重耐药率为56.8%(21/37)。PFGE图谱分为31种PFGE带型,呈多态性。结论沙门菌在温州市食品中存在一定的污染率,耐药情况形式严峻,PFGE图谱的聚集性与沙门菌的血清型有一定的联系,与耐药谱之间的关联性并不明确。     

南京地区猪肉源中沙门氏菌分子分型及耐药性分析

沙门氏菌是造成我国食源性疾病的常见细菌之一,也是肉类消费过程中密切监测的重点对象。在2018年~2021年期间,共计采集了南京市545份猪肉源食品样本,利用选择性培养法分离得到44株沙门氏菌,采用血清学方法和分子生物学方法（MLST）对其进行分型鉴定,并分析其耐药性。结果表明,市售样本中共计检出44株沙门氏菌,平均检出率为8.07%,其中内脏样本检出率相对最高（检出率为30.49%）;血清型分析表明,检出的菌株中以鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella typhimurium）、罗森氏沙门氏菌（Salmonella rissen）、德尔卑沙门氏菌（Salmonella derby）和伦敦沙门氏菌（Salmonella london）4种血清型沙门氏菌最为常见;基因分型表明,ST19型为猪肉源中优势沙门氏菌株,占比为20.45%;检出的沙门氏菌中,38株菌株对四环素具有明显耐药性,占全部检出菌株的86.36%,而对头孢他啶、头孢噻肟和头孢西丁的耐药不超过10%。此外,对检出的1株多重耐药性沙门氏菌耐药基因分析发现,共筛查出了包括7大类抗生素及与耐药相关的基因。该实验详细分析了南京市场猪肉源食品中沙门氏菌污染状况,也为后期沙门氏菌的综合防治提供了理论依据。     

2015—2020年安徽省腹泻病人沙门菌血清型分布及耐药性研究

目的 了解安徽省近年来沙门菌(Salmonella)的血清型分布及耐药特性,为本省沙门菌引起腹泻病的诊断和治疗提供科学依据。方法 对2015—2020年来自安徽省16个地市食源性疾病主动监测腹泻病例中分离出的980株沙门菌进行血清分型,采用微量肉汤稀释法进行药物敏感性实验。结果 980株沙门菌分为82种血清型,优势血清型为肠炎沙门菌[31.43%(308/980)]、鼠伤寒沙门菌[26.22%(257/980)]、阿贡纳沙门菌[7.35%(72/980)]、汤卜逊沙门菌[6.63%(65/980)]和伦敦沙门菌[3.37%(33/980)]。沙门菌对氨苄西林(AMP)、萘啶酸(NAL)、四环素(TET)、氨苄西林/舒巴坦(AMS)耐药率较高,分别为62.35%、47.96%、47.86%、43.16%;对AMP、AMS、NAL、头孢西丁(CFX)、阿奇霉素(AZM)耐药率呈现明显上升趋势(P＜0.05)。沙门菌耐药性呈现区域性特点,皖北地区耐药情况较皖中、皖南更加严重。多重耐药率达40.41%,鼠伤寒沙门菌、伦敦沙门菌多重耐药严重。结论 2015—2020年安徽省腹泻病人沙门菌血清型主要为肠炎沙门菌、鼠伤寒沙门菌、阿贡纳沙门菌、汤卜逊沙门菌和伦敦沙门菌。菌株耐药情况较严重,且对多数抗生素耐药率呈上升趋势,多重耐药水平较高。需密切关注并持续对本地区沙门菌的耐药情况进行监测。