北京地区肉类中沙门氏菌全基因组分型及耐药分析

目的对我国北京地区肉类产品中沙门氏菌进行分离鉴定,基于全基因组测序结果,分析其耐药基因分布情况及亲缘关系。方法以38株沙门氏菌为研究对象,对不同来源的沙门氏菌进行全基因组分析,然后通过测定菌株对15种抗生素的最小抑菌浓度,结合全基因组测序结果分析不同来源的沙门氏菌的耐药特性及多重耐药状况。结果对38株沙门氏菌进行15种抗生素耐药性检测,其中34.2%为多重耐药株,68.4%的沙门氏菌对喹诺酮萘啶酸耐药,42.1%分离株对氨苄西林耐药。基于全基因组测序结果,对38株沙门氏菌进行分型为12种型别,其中88.2%的肠炎沙门氏菌与标准菌株ATCC9184亲缘关系较近。结论全基因组耐药基因和毒力基因与耐药表型有一定的关联,为监控北京地区的沙门氏菌耐药基因和毒力基因的传播方式提供理论基础。     

沙门氏菌耐药谱及质粒耐药基因的筛查

目的:分析不同来源沙门氏菌耐药性及其质粒耐药基因携带情况,从而揭示质粒耐药基因与菌株耐药性的对应关系。方法:对226株食源性及医源性的沙门氏菌分离株用试卡法测试其耐药性,按2012年美国实验室标准委员会(CLSI)指导原则的标准计算细菌对抗菌药物的耐药率(R),中介率(I),和敏感率(S),并对具有耐药表型和中介表型的非敏感菌株进行质粒耐药基因的筛查。结果:针对青霉素类抗生素进行筛查,耐氨苄青霉素的菌株达到15.9%(36/226),耐舒巴坦/氨苄青霉素达到12.8%(29/226);针对氨基糖苷类抗生素,耐妥布霉素的菌株达到6.2%(14/226),耐庆大霉素5.8%(13/226);针对喹诺酮类抗生素,耐环丙沙星的菌株达到4.0%(9/226),耐左氧氟沙星1.8%(4/226);针对头孢菌素类抗生素,耐头孢唑啉4.4%(10/226),耐头孢他啶和头孢曲松分别为2.2%(5/226),耐头孢替坦0.9%(2/226)。针对碳青霉烯类和除青霉素类、头孢菌素类以外的β-内酰胺类的筛查结果均为敏感。β-内酰胺类抗生素非敏感菌株中,质粒上β-内酰胺类耐药基因携带率为59.5%(50/84),其中CMY基因携带率为10.7%(9/84),OXA基因携带率为27.3%(23/84),TEM基因携带率为39.2%(33/84),PSE基因携带率为1.2%(1/84)。喹诺酮类抗生素非敏感菌株中,质粒上喹诺酮类耐药基因携带率为14.7%(5/34),其中qnrA基因携带率为11.8%(4/34);qnrS基因携带率为2.9%(1/34)。对喹诺酮类和氨基糖苷类抗生素非敏感菌株中,质粒上acc(6’)-Ib-cr基因的携带率为17.1%(7/41)。仅CMY基因在食源性和医源性分离株中的分布具有统计学差异(χ2=5.480,P0.05)。结论:本研究涉及的沙门氏菌分离株中,对青霉素类抗生素耐药性较强,其次是氨基糖苷类、头孢菌素类和喹诺酮类。大多数耐β-内酰胺类抗生素的沙门氏菌菌株都携带相对应的质粒耐药基因,而耐喹诺酮类以及氨基糖苷类抗生素的沙门氏菌携带相对应的质粒耐药基因较少。     

食源性沙门氏菌耐药表型与耐药基因的研究

为了解食源性沙门氏菌（Salmonella）的耐药状况以及耐药基因与耐药表型的关系,从基因水平上探究Salmonella的耐药机制。本研究对215 株分离自1 093 份市售新鲜肉类中的Salmonella进行了耐药状况检测,设计了16 种引物对耐药基因进行聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增,并对扩增产物进行克隆测序。结果显示,分离株对磺胺异恶唑耐药率最高（71.7%）,其次为四环素（69.8%）、甲氧嘧啶（67.9%）和复方新诺明（52.8%）,分离株对环丙沙星、呋喃妥因和头孢类比较敏感。三重及以上耐药的菌株占60.5%,最多可以耐受13 种抗生素;PCR共扩增到10 种耐药基因,测序结果表明扩增到的序列与GenBank上相应参考序列的相似性均在99%以上;β-酰胺类以及四环素类的耐药基因检出情况与耐药表型具有很高的一致性,符合率均在90%以上,其次为磺胺类（81.6%）。说明本研究中的食源性Salmonella分离株的耐药率高,多重耐药情况较为严重,耐药表型与耐药基因检测结果基本一致。     

天津地区鸡源沙门氏菌的基因分型研究

目的 研究并评估几种分子分型方法对亲缘关系相近沙门氏菌的分辨能力。方法 针对2015-2016年从天津市大型市场和超市中分离的106株沙门氏菌及其全基因组测序结果,分析了沙门氏菌的血清型、STs,并通过PFGE、cgMLST以及一种基于59个基因的分型方法对沙门氏菌进行分子分型研究。结果 106株沙门氏菌共分为8种血清型(肠炎沙门氏菌(n=94)、印第安纳沙门氏菌(n=4)、肯塔基沙门氏菌(n=2)、哈达尔沙门氏菌(n=2)、汤普森沙门氏菌(n=1)、鼠伤寒沙门氏菌(n=1)、田纳西沙门氏菌(n=1)和阿哥纳沙门氏菌(n=1))和8个ST型;PFGE分型方法将沙门氏菌分为7个集群,cgMLST分为8个集群,59个基因的分型方法将亲缘关系相近的分离株分为9个集群。结论 血清型分析表明肠炎沙门氏菌为这些沙门氏菌中的优势亚型,并与ST型结果一致;PFGE显示7个集群中包含一个优势集群,多为肠炎亚型;cgMLST具有最高的分辨率,将106株沙门氏菌分为8个集群;建立的基于59个基因的分子分型方法将沙门氏菌分为9个集群,分型结果表明此方法可以满足对亲缘关系相近沙门氏菌的分型研究。     

肠炎沙门氏菌和哈瓦那沙门氏菌的耐药性及耐药基因分析

为了保障食品安全,更好的了解耐药性的产生及传播的途径,研究了新疆乌鲁木齐市部分农贸市场内检出的17株肠炎沙门氏菌和11株哈瓦那沙门氏菌的药敏性及相关耐药基因。用琼脂稀释法测定沙门氏菌的药敏性,用聚合酶链式反应和测定基因序列的方法确定耐药沙门氏菌中与喹诺酮类药物相关的抗性决定区突变基因以及质粒携带的耐药基因。17株肠炎沙门氏菌对环丙沙星和头孢西丁表现为100%敏感,对萘定酮酸的耐药率为94.1%,头孢曲松的耐药率为17.6%,qnr B检出率为64.7%,17株肠炎沙门氏菌发生Gyr A基因突变,主要突变类型为Asp87Tyr;11株哈瓦那沙门氏菌对甲氧芐啶、氯霉素、磺胺二甲异唑、磺胺甲基异恶唑/甲氧苄啶、萘啶酮酸、头孢西丁的耐药率为100%、63.6%、36.4%、18.2%、9.1%和9.1%,氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸敏感率为100%,qnr B,qnr S的检出率均为9.1%,11株哈瓦那沙门氏菌Par C基因突变类型为Thr57ser。新疆乌鲁木齐肠炎沙门氏菌和哈瓦那沙门氏菌耐药情况比较严重,对抗生素的耐药状况应当予以关注,其喹诺酮类药物耐药决定区突变基因及质粒携带的耐药基因在一定程度上会影响肠炎沙门氏菌和哈瓦那沙门氏菌的耐药机制。     

肉鸡屠宰生产链中沙门氏菌耐药基因检测与耐药相关性分析

目的:了解肉鸡屠宰生产链沙门氏菌耐药性与耐药基因的相关性。方法:采用纸片扩散法对肉鸡屠宰生产链分离鉴定的72株沙门氏菌进行10种抗生素敏感性实验;采用PCR方法检测耐药沙门氏菌相应的耐药基因。结果:72株肉鸡屠宰生产链中沙门氏菌对萘啶酸（100%）的耐药率最高;对氨苄西林、甲氧苄啶/磺胺甲恶唑、环丙沙星、四环素、庆大霉素耐药率分别为69.44%、54.17%、38.89%、34.72%、13.89%。72株沙门氏菌中有67株至少含有一种耐药基因,bla TEM、bla CMY-2、sul2、sul3、tet B和tet C耐药基因较为普遍,其耐药菌bla TEM、bla CMY-2、sul2、sul3、tet B和tet C基因检出率分别为96.08%、100%、94.87%、71.79%、78.38%和100%。结论:沙门氏菌对常见抗生素具有不同程度的耐药性,且耐药基因普遍存在于耐药菌株中,药敏实验结果与耐药基因检测结果有很高的一致性（≥75%）。      

副溶血弧菌耐药诱导株的生物特性与多药外排泵表达

本研究将初始菌株副溶血弧菌F7经过环丙沙星连续体外诱导得到的实验室诱导株H128、H256、H512作为研究对象,研究了菌株F7、H128、H256、H512的药敏性、泳动能力、生长曲线、生物膜形成能力等生物学特性,分析了多药外排泵基因vme B、vme D、vpo C、vmr A的相对表达量。结果表明,诱导菌株不仅对诱导抗生素环丙沙星的耐药性明显提高,还对多种非诱导抗生素呈现交叉耐药。与初始菌株F7相比,诱导菌株H128、H256、H512泳动能力下降,泳动圈直径分别为4.83 mm、4.57 mm、5.13 mm,生物膜形成能力增强,吸光值分别为4.35 nm、4.35 nm、4.29 nm。诱导菌株H128、H256、H512均检测到外排泵基因vme D的相对表达量均高于F7,分别上调了1.20、3.55、2.02倍,仅在H256中检测到vme B、vpo C、vmr A基因表达量上调,分别上调了1.47、2.90、1.71倍,说明RND型外排系统Vme CD-Vpo C是与副溶血弧菌对环丙沙星的耐药性以及交叉耐药相关的主要外排系统。本研究为耐药性副溶血弧菌的风险评估提供参考依据,为解决副溶血弧菌耐药问题提供新的思路。     

进出口食品中不同血清型沙门氏菌PFGE和MLST分型比较研究

目的通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究。方法采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分型研究。结果两种血清型共30株沙门氏菌经PFGE分型可得到23种型别,DI值为0.9563;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经PFGE分型,DI值分别为1.000和0.9048。MLST对30株沙门氏菌分型得到4种ST型,DI值为0.5793;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经MLST分型,DI值分别为0.2571和0.1333。结论 在分辨力方面,PFGE更适合于同一沙门氏菌血清型的分型,MLST则适合于不同沙门氏菌血清型间的分型。MLST在替代、补充血清型分型方面有潜在的优势,PFGE在溯源研究方面更胜一筹。     

生猪屠宰环节沙门氏菌携带状况、耐药性及其耐药基因分析

目的 调查河南省生猪屠宰环节沙门氏菌污染情况,并分析其耐药性及耐药基因.方法 本研究从河南省不同规模的生猪屠宰企业共采集825份样品,通过常规检测方法和分子生物学技术对样品进行沙门氏菌分离鉴定,然后通过药敏实验检测沙门氏菌分离株对17种抗菌药的敏感性;对部分沙门氏菌分离株进行了12种耐药基因检测.结果 样品中共分离出沙...     

2019年江苏省部分地区儿童腹泻沙门氏菌的感染率及耐药状况研究

目的 了解江苏省部分地区2019年5岁以下食源性腹泻儿童中沙门氏菌感染的流行病学特征、血清分布及耐药性。方法 从江苏省各设区市哨点医院肠道门诊采集食源性腹泻患儿粪便标本,按照江苏省食源性疾病监测方案进行细菌的分离与鉴定、血清分型,用微量肉汤稀释法进行药敏试验。结果共收集3582份腹泻儿童粪便,沙门氏菌的检出率为2.9％,1～2岁患儿居多。全年均有检出,夏季高发。共有24种血清型的沙门氏菌,优势血清型为鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌,分别占41.9％和18.1％。耐药检测结果显示,沙门氏菌对红霉素的耐药率最高,达96.1%。其次为氨苄西林、氨苄西林/ 舒巴坦、萘啶酸和四环素,分别为67.5%、56.6%、53.5%和51.3%;对甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑、氯霉素和环丙沙星呈现中度耐药,耐药率分别为33.3％,31.6％和26.8％;对一、二、三代头孢类抗生素的耐药率有显著性差异。对阿奇霉素和亚胺培南的耐药率较低,为7.5％和2.6％。多重耐药率达72.4％。结论 江苏省部分地区腹泻儿童沙门氏菌感染以1～2岁高发,男孩多于女孩。主要血清型是鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌,多重耐药现象严重,在临床用药时应选择较为敏感的药物。     

Salmonella enterica multilocus sequence typing and its correlation with serotypes

Salmonella enterica is a foodborne pathogen of significant public health concern worldwide. In Thailand, S. enterica has also been ranked among the top five most significant bacterial agents of foodborne illnesses by the Ministry of Public Health. Conventionally, biochemical tests and antigen-antibody agglutination have been used to identify and subtype S. enterica, respectively. The objective of this study was to identify the serotypes of 180 S. enterica isolates. Multilocus sequence typing (MLST) was used to deduce the S. enterica serotypes based on sequence type (ST) correlation as shown in the MLST database (http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/). Initially, MLST was used to confirm serotypes of 53 previously identified isolates of S. Enteritidis, S. Typhimurium, S. Hadar, S. Virchow, and S. Infantis isolated in Thailand. MLST and serotype correlation confirmed 52 (of 53) known isolates. MLST was performed in 127 S. enterica isolates of unknown serotypes from various sources. Serotypes of all 127 S. enterica isolates were successfully deduced based on STs. With MLST and PCR-based identification, we have shown that the majority of isolates are of monophasic S. Typhimurium (ST34; 43 isolates) and serotype Rissen (ST469; 37 isolates), in agreement with the top serotypes commonly found in Thailand based on the WHO National Salmonella and Shigella Center. We have also confirmed that MLST is a powerful Salmonella subtyping method which could be used not only as a tracking tool for an outbreak investigation at nucleotide level but also as a serotype predictor for making correlations with food safety regulations.     

全球副溶血弧菌环境菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型

为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型（sequence type,ST）及肽序列型（peptide sequence type,pST）的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群分析和克隆复合体分析,并分别构建了基于ST型和pST型的最小生成树。结果表明,从数据库中共筛选到具有ST型及pST型的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据886 条,共含有663 个ST型,以ST3型为最多,但也仅含27 条菌株信息。其中,有436 条菌株数据来自中国（包括大陆、香港和台湾）,覆盖了410 个ST型,每个ST型含1～4 条菌株数据,这436 条菌株数据又可分为128 个pST型,其中pST1型为最多,达116 条菌株数据。利用eBURST软件对数据进行分析,共发现了73 个组,483 个单体。STRUCTURE软件分析显示来自全球的副溶血弧菌环境菌株的适宜亚群数为4,各亚群内的样品平均距离为0.981 7。综上结果表明,来自全球的副溶血弧菌环境菌株具有高度多态性,可更细分为4 个亚群,MLST分型时以ST3型为多,AA-MLST分型时以pST1型为主。     

新疆食源性单增李斯特菌MLST分型及耐药性分析

目的 研究新疆食源性单增李斯特菌分型和耐药情况.方法 将62株食源性和1株羔羊脑炎分离株进行多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)及耐药性实验.结果 63株单增李斯特菌分为20个ST型, 16个克隆群(clonal complex groups, CC), 其中68.25% ...     

山东地区大肠杆菌的耐药性及分子分型研究

目的了解山东地区肉鸡养殖环节大肠杆菌的分布情况,初步揭示山东地区大肠杆菌分离株的耐药性及分子流行规律和特征,为该菌的分子溯源及风险评估提供依据。方法选取山东地区2000—2012年肉鸡养殖场分离的42株大肠杆菌为研究对象,用13种抗菌药物进行药物敏感性试验,选用脉冲场凝胶电泳(PFGE)及多位点序列分型(MLST)两种分型方法对菌株进行分析。结果 PFGE方法可分为34个带型,菌株之间的相似系数为60%~100%,带型比较分散,未发现绝对优势的带型;MLST方法得到18个序列型(ST),菌株的7个管家基因均有不同程度的变异;耐药性结果显示,42株菌均为多重耐药,对氨苄西林(AM)、复方新诺明(SXT)和氧氟沙星(NOR)的耐药率较高,分别为97.62%、92.86%和90.48%。结论山东省部分地区肉鸡养殖场中大肠杆菌耐药谱较广,耐药现象比较严重,菌株基因呈多态性,菌株分布具有一定的时间性和地区性。     

成都市海产品中副溶血性弧菌耐药特征及多位点序列分型

目的了解成都市不同种类的海产品中副溶血性弧菌的污染程度、耐药情况、毒力基因分布、基因分型情况,为成都市食源性副溶血性弧菌流行及其风险评估提供基础数据。方法参照GB 4789. 7—2013《食品安全国家标准食品微生物学检验副溶血性弧菌检验》,从不同种类的海产品中分离副溶血性弧菌疑似菌株,通过生化试验及16S r DNA测序进行准确鉴定;采用纸片扩散法对分离株进行药敏试验,通过聚合酶链式反应(PCR)检测与其致病性相关的2个毒力基因,对分离株进行多位点序列分型分析。结果从采集的380份海产品中共104份样品检出副溶血性弧菌,总检出率为27. 4%。药敏试验表明,97. 1%(101/104)的分离株具有耐药性,其中对氨苄西林的耐药率最高(95. 2%,99/104)。分离株trh基因携带率为12. 5%(13/104),tdh基因携带率为1. 0%(1/104); 104株分离株共分为38个ST型,其中ST1801、ST392、ST413型分离率较高,分离株未出现流行克隆群。结论流通过程中不同种类海产品副溶血性弧菌污染率、耐药情况、毒力基因分布存在差异,可能与养殖环境、运输条件等有关。     

广州市售生猪肉中金黄色葡萄球菌检测及其耐药性研究

了解广州市某区猪肉中金黄色葡萄球菌的污染情况、分子分型及其耐药性特征。根据GB 4789.10-2010对样品进行金黄色葡萄球的分离及鉴定,用多位点序列分型法进行分子分型,纸片扩散法进行抗生素敏感试验,采用PCR法验证MRSA并筛选检测I类整合子及相关耐药基因盒。110份生猪肉样品中有34份样品检出金黄色葡萄球菌(30.9%),得到34株该菌,所有菌株共可分成7种序列分型(sequence types,STs),分别为ST6(1/34)、ST7(16/34)、ST9(9/34)、ST59(1/34)、ST239(4/34)、ST2259(2/34)及一株等位基因谱为5-4-1-4-4-6-53的新型ST,34株金黄色葡萄球菌对12种抗生素耐药率分别为对青霉素100%耐药,对四环素、甲氧苄胺嘧啶、红霉素、克林霉素的耐药率分别为88.2%、76.5%、64.7%、61.8%,MRSA检出率为38.3%(13/34),I类整合子的检测率为14.7%(5/34),其中2株菌携带相应基因盒。本次实验显示生猪肉中金黄色葡萄球菌污染比较严重且具有严重的抗生素耐药现象,ST7为主要的序列型号,I类整合子存在于食源性金黄色葡萄球菌中,相关基因盒对菌株耐药发挥作用。     

禽类中沙门氏菌MLST分型及毒力基因筛查

该文以36株沙门氏菌为研究对象,研究北京地区禽类中沙门氏菌基因型及毒力基因.采用全基因组测序、多位点序列测定分型(multilocus sequence typing,MLST)对菌株进行分型,ST11为优势型.鸡源包括ST11、ST13、ST17、ST96、ST241、ST1941、ST26;鸭源包括ST19、ST3...     

分子生物学技术在一起食物中毒检测中的应用

应用分子生物学技术对一起食物中毒样品进行检测,提高实验室应对食物中毒快速检测和溯源分析能力。方法 应用实时荧光PCR技术对一起食物中毒10份患者粪便和6份可疑食品进行快速检测,并对39份粪便和8份食品进行病原培养分离鉴定,应用PCR技术对分离菌株进行invA毒力基因检测,PFGE及MLST基因分型技术对分离菌株进行同源性分析,并与其他地区菌株进行遗传学差异对比。结果 10份患者粪便和6份可疑食物经实时荧光PCR检测均为沙门菌阳性,从39份粪便和8份食品中共分离到31株肠炎沙门菌。PFGE及MLST分析显示31株菌具同源性,表明食物和患者分离菌株基因型别一致,MLST分型显示本次分离株与其他地区优势克隆有同源性,31株肠炎沙门菌均具有invA毒力基因。结论 实时荧光PCR技术应用于食物中毒病原检测,缩短了病原检测周期,提高了检测的准确性,PFGE及MLST两种基因分型技术可对病原菌进行溯源分析,对于掌握病原菌流行规律具有重要意义。