网络药理学结合分子对接技术揭示芹菜籽抑制痛风的潜在分子机制

目的:运用网络药理学和分子对接研究芹菜籽抑制或治疗痛风的分子机制。方法:利用TCMSP数据库等在线靶点筛选平台收集芹菜籽主要成分潜在靶点,并利用Cytoscape3.9.0软件构建芹菜籽化合物—靶点网络图。在GeneCard数据库、OMIM数据库收集痛风相关靶点,与芹菜籽主要成分靶点取交集并导入STRING数据库进行蛋白质—蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)分析,得到核心作用靶点,将核心靶点导入DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路富集。最后,应用AutoDock软件对芹菜籽关键成分与痛风靶点蛋白进行分子对接验证。结果:通过数据库收集到芹菜籽主要成分16个,对应202个活性成分靶点,经过韦恩图取与痛风交集靶点69个,经过拓扑分析表明,芹菜籽通过槲皮素、芹菜素、木犀草素、柯伊利素、芹菜甲素5种核心成分与10个痛风关键靶点TNF、MAPK14、IL4、CXCL8、LYN、PDGFRβ、HCK、VEGFA、ITGA、IL2密切关联发挥抑制或治疗痛风的作用。GO及KEGG分析结果显示,芹菜籽核心成分通过调控细胞凋亡过程、增殖、迁移等生物过...     

基于网络药理学和分子对接技术研究乌梅改善消化不良的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接法,研究乌梅改善消化不良的分子作用机制。方法 利用TCMSP数据库挖掘乌梅潜在活性成分,通过Sea和STP数据库预测相关作用靶点;通过DisGeNET、OMIM和GeneCards 数据库筛选消化不良的相关疾病靶点;通过Venny在线平台映射筛选成分与疾病的交集靶点,使用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作分析,通过cytoscape分析连通度、节点紧密度和介数筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库分析靶点类型;使用Auto dock相关软件对关键靶点与对应成分进行分子对接;采用DAVID数据库对乌梅改善消化不良的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 筛选出乌梅11个潜在活性成分及其182个作用靶点,与消化不良相关的789个疾病靶点取交集,得到50个潜在作用靶点,包含SRC, EGFR, AKT1, PIK3R1等关键靶点;GO富集分析显示与生物过程相关的条目145个,与分子功能有关的条目51个,与细胞组分相关的条目有22个;KEGG通路分析显示与75条通路相关,涉及癌症中的蛋白多糖、催乳素信号通路、癌症通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt 信号通路、Rap1 信号通路等信号通路;分子对接结果显示活性成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 乌梅改善消化不良作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,可为其应用研究提供科学依据和参考。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨辣木叶抗肥胖的作用机制

目的：本研究基于网络药理学和分子对接技术预测和验证辣木叶活性成分抗肥胖的分子靶点和途径,探索辣木叶活性成分的抗肥胖作用及潜在机制。方法：利用PubChem、DisGeNET数据库和SwissADME、Swiss Target Prediction在线预测平台获取辣木叶活性成分靶点和肥胖相关靶点;利用Venny 2.0.1平台对活性成分靶点和肥胖相关靶点取交集,筛选出关键靶点,并利用STRING 11.0数据库进行PPI网络的核心靶点分析;采用Cytoscape3.8.2软件,构建“成分-靶点”相互作用网络,筛选出核心活性成分;基于David数据库进行GO功能富集和KEGG通路分析;最后,运用Auto Dock 4.2软件对通路富集靶点与核心成分进行分子对接。结果：筛选出辣木叶活性成分50个,共确定了126个辣木叶抗肥胖的核心靶点,其中主要活性成分为鼠李黄素、胆甾-5烯-3醇、杨梅素、木犀草素等。GO及KEGG分析结果显示,辣木叶活性成分通过RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、信号传导、基因表达的正调控、蛋白质磷酸化及凋亡表达的负调控等生物过程,通过HIF-1、胰岛素抵抗、二型糖尿病、胰岛...     

基于网络药理学和分子对接探讨紫苏籽抗癌抗肿瘤的分子机制

采用网络药理学和分子对接的方法对紫苏籽成分、靶点、通路与癌症肿瘤的治疗进行系统研究。借助TCMSP、Genecards、Uniprot数据库收集紫苏籽成分、靶点以及癌症和肿瘤的靶点,使用Cytoscape软件构建紫苏籽成分、靶点与癌症肿瘤之间的网络图;通过STRING数据库进行蛋白互作网络分析,并借助DAVID平台进行GO功能和KEGG富集,采用Auto Dock将紫苏籽的活性成分和抗癌抗肿瘤靶点进行分子对接。结果表明：共筛选出紫苏籽抗癌抗肿瘤作用的靶点72个,对应17种有效成分。KEGG信号通路涉及的癌种包括膀胱癌、甲状腺癌、胰腺癌等。分子对接结果显示木犀草素和TP53对接活性最好。结论：该研究通过构建紫苏籽成分—靶点—疾病网络,挖掘紫苏籽抗癌抗肿瘤的关键靶点,并模拟靶点蛋白和活性成分的分子对接,为紫苏籽在临床应用及机制研究等方面提供了方向和思路。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨白果抗氧化作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术初步探讨白果抗氧化的作用机制。方法：通过TCMSP数据库收集白果活性成分及靶点；利用GeneCards、OMIM和NCBI数据库对抗氧化靶点进行收集；利用STRING数据平台对药物和疾病靶标进行蛋白质-蛋白质相互作用分析(PPI),并将结果导入Cytoscape 3.9.1软件，拓扑分析得到核心靶点；基于核心靶点通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，建立“活性成分-核心靶点-通路”网络图并进行拓扑分析，筛选得到核心成分和核心靶点。利用AutoDock Vina进行分子对接对核心成分和核心靶点的相互作用进行验证。结果：共获得白果活性成分15个，对应靶点142个，疾病靶点11 255个，共有靶点139个。经过蛋白互作及拓扑分析，得到核心靶点13个，核心靶点涉及139个基因功能条目和71条通路(P<0.05)。将“活性成分-核心靶点-通路”网络图进行拓扑分析，共筛选出表没食子儿茶素没食子酸酯、槲皮素、β-胡萝卜素、山柰酚、芒柄花素、异鼠李素、β-谷甾醇和(+)-儿茶素共8个核心成分，以及CASP3、CCND1、MYC、CTNN...     

基于网络药理学和试验验证探讨镰形棘豆黄酮类化合物对于炎症的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接方法研究镰形棘豆黄酮类化合物（Flavonoids of Oxytropis falcata Bunge,FOFB）抗炎的分子机制。方法：通过SEAdatabase、SwissTarget Prediction和TargetNet数据库预测TFOFB相关靶点。从DisGeNET、GeneCards和Geneclip3数据库收集与炎症相关的靶点，通过靶点映射确定活性化合物作用于炎症的靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-疾病-靶点蛋白互作网络图。借助Omicshare和Metascape数据库分别对化合物与炎症的交集靶点进行GO及KEGG富集分析。用Griess法检测活性化合物对脂多糖（LPS）诱导的RAW264.7巨噬细胞iNOS的影响，以验证其抗炎活性。通过Autodock vina软件对核心化合物和核心靶点进行分子对接验证。结果：镰形棘豆黄酮类化合物与炎症共同靶点432个，关键靶点5个，包括AKT1、HSP90AA1、EP300等。KEGG富集结果显示FOFB抗炎主要调控cAMP信号通路、NF-κB信号通路、cGMP-PKG信号...     

基于网络药理学与动物实验探究肉苁蓉总苷对炎症性肠病的作用机制

目的：通过网络药理学及动物实验研究，探讨肉苁蓉总苷对炎症性肠病（IBD）的潜在作用机制。方法：应用Pubchem数据库及文献收集肉苁蓉总苷中7种主要活性成分的三维结构。通过PharmMapper,UniProt,GeneCards等数据库获取活性成分相关靶点与IBD相关的基因靶点信息。再将肉苁蓉活性成分靶点和IBD的靶点绘制韦恩图，得到交集靶点，并将交集靶点上传到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）筛选分析。使用DAVID数据库将肉苁蓉总苷活性成分对IBD发挥保护作用的靶点进行基因本体（GO）功能富集、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，采用Cytoscape3.8.0软件构建“活性成分-靶点-通路网络”，预测肉苁蓉总苷治疗IBD的作用靶点与途径，并构建IBD小鼠模型进一步验证。结果：肉苁蓉总苷活性成分对IBD具有防护作用的靶点有254个，PPI分析筛选出核心靶点30个。GO功能富集和KEGG通路富集发现肉苁蓉总苷可能主要通过调控癌症通路、mTOR通路、TGF-β通路、JAK-STAT通路、AMPK通路等，进而影响细胞信号传导、增殖、分化、凋亡来发挥作用...     

基于网络药理学与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用的分子机制

目的:本文基于网络药理学技术与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用机制。方法:利用TCMSP、HERB等数据库,以口服生物利用度≥30%为筛选条件,得到费菜药效成分及其潜在靶点。利用GeneCards、OMIM等数据库查找炎症相关靶点,通过STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件绘制PPI蛋白互作图,分析费菜中抗炎的关键药效成分和潜在作用靶点。利用David数据库对潜在作用靶点进行GO富集和KEGG信号通路富集,并进行可视化分析。应用AutoDock软件将药效成分与核心靶点进行分子对接,并进行可视化分析。利用高效液相色谱法分析药效成分。采用LPS诱导的RAW264.7细胞炎症模型,验证药效成分的抗炎作用。结果:筛选得到5个药效成分及相关靶点130个,抗炎靶点421个,两者取交集后获得费菜潜在抗炎靶点22个,其中关键靶点有PPARG、EGFR、TP53等,发挥关键作用的主要成分为β-谷甾醇和没食子酸。GO及KEGG富集分析结果表明,β-谷甾醇和没食子酸主要通过调控聚合酶II启动子的转录正调控、神经元凋亡过程的正调控和脂多糖反应等生物过程,通过癌症通路、乙型肝炎、TNF信号通路、MAPK信号通路等信号通路发挥抗炎作用。分子对接结果显示抗炎药效成分均与靶点蛋白分子对接结果良好。高效液相色谱法证明费菜中含有药效成分β-谷甾醇和没食子酸。实验验证结果表明,β-谷甾醇和没食子酸可显著降低促炎因子NO含量,提高抗炎因子IL-10含量（P<0.05）,发挥抗炎作用。结论:本研究揭示了费菜通过调控多靶点、多途径发挥抗炎作用,为费菜的研究和应用奠定了基础。     

基于网络药理学探讨桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接技术探究桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制研究。方法:通过文献大数据挖掘获取桦褐孔菌主要成分，利用OMIM、DisGeNET和GAD数据库收集降血糖相关基因，Cytoscpe软件构建桦褐孔菌成分-靶点相互关系网络。主要靶点通过DAVID数据库进行GO和KEGG富集，并对KEGG信号通路进行可视化。最后，采用PyRx软件对成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选得到25, 26-二羟维生素D、桦褐孔菌酸，栓菌酸和桦褐孔菌醇烷D等19种成分为桦褐孔菌降血糖的功效成分，作用于AKT1、AGTR1、ADRA2B和HSP90AA1等21个关键靶点，参与调控89条信号通路。分子对接结果发现疏水作用和氢键连接是其主要的作用形式。结论:本研究通过桦褐孔菌主要成分降血糖的功效研究筛选出19个核心活性成分，为桦褐孔菌相关产品开发及其质量控制提供科学的依据。     

基于代谢组学及网络药理学分析天麻熟制过程中生物学活性变化

目的:通过代谢组学、网络药理学及分子对接技术阐述天麻在熟制过程中成分及其药理活性变化。方法:使用LC-QTOF-MS及R语言对天麻成分进行检测和分析;通过PubChem数据库及文献查找筛选出具有生物活性的成分;使用Swiss target prediction数据库及SEA数据库对成分靶点进行预测,GeneCards数据库和OMIM数据库获取疾病靶点;通过STRING 11.5数据库及Cytoscape3.8.2软件绘制药物-化合物-靶点网络及靶点蛋白互作网络,筛选关键成分及靶点;通过DAVID数据库和OmicShare Tools对交集靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析。结果:在熟制天麻和新鲜天麻中找出89种在含量方面具有差异的成分;分别筛选出11种具有治疗惊厥作用的成分以及410个潜在靶点,5种具有治疗糖尿病及其并发症作用的成分及698个潜在靶点;GO和KEGG富集分析发现天麻通过IL-17信号通路、cAMP信号通路、神经活性物质受体信号通路、阿尔茨海默病信号通路以及多巴胺能神经突触信号通路治疗惊厥,通过AGE-RAGE信号通路、HIF-1、VEGF以及TNF信号通路治疗糖尿病...     

咖啡酰奎宁酸类化合物抑菌活性的网络药理学研究

目的:基于网络药理学方法探讨咖啡酰奎宁酸类化合物抑菌的作用机制。方法:通过文献挖掘和数据库检索获取咖啡酰奎宁酸类化合物对应靶点、抑菌相关靶点及两者交集靶点,将交集靶点构建蛋白互作（protein-protein interaction network,PPI）网络,并进行基因本体（Gene Ontology,GO）分析及京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG）分析。结果:咖啡酰奎宁酸类化合物对应靶点483个,抑菌相关靶点805个,咖啡酰奎宁酸类化合物抑菌作用靶点75个,起关键作用的为TNF、AKT1、ALB、MMP9、EGFR、MAPK8等靶点。GO功能分析及KEGG通路富集分析结果显示,咖啡酰奎宁酸类化合物抑菌的作用机制主要涉及应激反应、代谢过程、生物调节、多细胞生物过程、细胞讯息传递等生物过程,并通过细胞外基质组织、胶原蛋白降解、基质金属蛋白酶的激活和神经生长因子信号通路等多条通路共同发挥作用。化合物与分子靶点对接结果良好,验证了网络构建预测的准确性。结论:本研究揭示了咖啡酰奎宁酸类化合物抑菌具有多靶点、多途径的特点,为其分子机制的进一步研究奠定了基础。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝防治肥胖的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术揭示绞股蓝防治肥胖的物质基础及潜在作用机制.方法:使用TCMSP数据库结合文献补充筛选绞股蓝活性成分;使用Pubchem、Swiss target prediction数据库收集绞股蓝活性成分作用靶点;使用GeneCards、OMIM、DurgBank数据库荻取肥胖疾病靶点.取绞股蓝作...     

基于网络药理学探讨预知子抗抑郁的作用机制

目的:运用网络药理学的方法揭示预知子抗抑郁的作用机制。方法:采用TCMSP、PharmMapper、Swiss TargetPrediction和GeneCards数据库挖掘预知子的活性成分及其抗抑郁的作用靶点,采用String数据库获取蛋白-蛋白相互作用关系,运用Cytoscape软件构建预知子的成分-作用靶点和PPI网络,利用DAVID数据库对关键靶点的GO和KEGG信号通路进行富集分析。最后,采用AutoDockTools-1.5.6 软件进行分子对接验证。结果:筛选得到预知子的木通苯乙醇B、豆甾醇葡萄糖苷、齐墩果酸等6个核心活性成分,EGFR、MAPK1/8、SRC、HSP90AA1、AR等8个重要抗抑郁靶点。参与调控的16条抑郁相关的信号通路包括催乳素信号通路（Prolactin signaling pathway）、ErbB信号通路（ErbB signaling pathway）、GnRH信号通路（GnRH signaling pathway）、黏着斑（Focal adhesion）等。分子对接结果显示预知子核心活性成分与靶点具有较好的结合活性。结论:预知子抗抑郁的作用机制可通过多成分-多靶点-多通路的综合作用而实现。     

基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制.方法:通过色谱-质谱联用得到刺老苞药材的化学成分信息,然后利用Stitch数据库预测其作用的靶点.应用GeneCards等数据库获取与骨质疏松症相关的疾病靶点.通过去异存同得出两者之间的交集靶点,对交集靶点进行基因本体注释(GO)及通路富集分析(KEGG...     

核桃仁预防动脉硬化性心血管疾病的网络药理学分析

采用网络药理学与分子对接方法探讨核桃仁中活性成分预防动脉硬化性心血管疾病（ASCVD）的作用机制。通过TCMSP筛选得到34种核桃仁主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测其潜在靶点,用Genecards、OMIM及DRUGBANK数据库筛选ASCVD相关靶点。利用STRING数据库以及Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络图提取核心靶点。运用Metascape数据库对潜在靶点进行GO富集及KEGG通路分析。富集分析发现,核桃仁可调节PPAR信号通路、粘附连接、血小板活化、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥作用。通过分子对接技术验证了关键成分（槲皮素、杨梅素、鞣花酸、山萘酚）与核心靶标（AKT1、EGFR、SRC、CCND1、ERBB2）具有较好的结合活性。结果表明,核桃仁可能通过调控细胞增殖与炎症反应参与发挥延缓ASCVD的作用。     

基于网络药理学分析咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法分析咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的作用机制。方法:通过文献挖掘和数据库检索获取咖啡酰奎宁酸类化合物作用靶点以及与II型糖尿病相关的疾病靶点,绘制咖啡酰奎宁酸类化合物的“成分-疾病-靶点”功效作用网络,对其进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析,并将核心靶点蛋白与关键成分进行分子对接验证。结果:咖啡酰奎宁酸类化合物对应靶点483个,II型糖尿病相关靶点2214个,交集靶点211个,关键靶点37个。咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的作用机制主要涉及细胞外基质降解、基质金属蛋白酶的激活、胶原蛋白降解等多条通路,主要涉及AKT1、MMP3、MMP9、HIF1A、IGF1R、MAPK8等基因,这些基因主要通过调控葡萄糖代谢以及调节相关蛋白质发挥作用。化合物与分子靶点对接结果良好,验证了网络构建预测的准确性。结论:本研究预测了咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的关键靶点与作用机制,为深入开展咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的分子机制研究提供了科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉治疗帕金森病的作用机制

基于网络药理学及分子对接对肉苁蓉治疗帕金森疾病的作用机制进行研究.利用TCMSP筛选肉苁蓉中的活性成分作为候选化合物,再利用PubChem和sea数据库获取肉苁蓉的靶点信息.在GeneCard数据库中获取帕金森病靶点信息,通过比对中药和疾病靶点,得到共有靶点基因信息.运用STRING进行靶点蛋白互作(protein-p...