一种适用于高通量测序的红曲霉基因组DNA提取方法

通过比较5种红曲霉基因组DNA的提取方法,旨在获得一种简便高效、大量提取高质量基因组DNA的优化方法。分别使用改进CTAB法、改进氯化苄法、蜗牛酶法、SDS法、试剂盒法提取红曲霉基因组DNA,结果显示:除蜗牛酶外,其余4种方法均能够提取出红曲霉基因组DNA,其中利用改进CTAB法能够快速、经济地得到大量高纯度的DNA样品,完全满足高通量测序、分子标记等一系列精密分子生物学研究的要求。     

金黄色葡萄球菌基因组DNA提取方法的优化

实验分别采用CTAB法、碱法、改良型碱法、改良型SDS法等提取金黄色葡萄球菌基因组DNA,比较其提取质量,对金黄色葡萄球菌总DNA提取方法进行优化,以便高效、节约的应用于聚合酶链式反应(PCR)等分子生物学研究。结果表明:改良型SDS法稳定性好,能够有效破壁,DNA的质量高,A260/A280为1.76,介于1.75~1.85之间。提取所需时间较少,仅需40 min,有利于金黄色葡萄球菌总DNA高效、快捷的提取。     

酒醅微生物总DNA提取方法研究

高质量的微生物基因组DNA是进行微生物分子生态研究分析的基础。目前关于微生物基因组DNA的提取方法较多,根据研究对象的不同而方法各异。本实验针对浓香型白酒酒醅环境,对比了SDS高盐提取法和CTAB提取方法获得酒醅中微生物基因组DNA,对提取DNA进行PCR特异性扩增和DGGE多样性检测,获得适合不同研究目标的酒醅环境微生物基因组DNA提取方法。结果表明,(石英砂+CTAB)法可获得最大浓度总DNA;(液氮+SDS+溶菌酶)法可获得最高纯度总DNA。     

豆奶粉基因组DNA不同提取方法的比较

以三种市售不同品牌的豆奶粉为材料,利用CTAB法和SDS法提取豆奶粉基因组DNA,探索从豆奶粉中获得高质量DNA的提取方法。结果表明:CTAB法提取的三种豆奶粉DNA的OD260/OD280值在2.01~2.05,因组DNA纯度较高,符合要求。琼脂糖凝胶电泳检测结果显示利用CTAB法获得的三种豆奶粉基因组DNA的电泳条带均清晰明亮,而且比SDS法获得的电泳条带更明亮,无弥散拖尾。因此,CTAB法是提取豆奶粉基因组DNA的更好更有效的办法,是理想的提取豆奶粉基因组DNA的一种方法,为进一步开展豆奶粉食物掺假、转基因成分测定奠定基础。     

野油菜黄单胞菌基因组DNA快速提取方法和酶切

本文建立了一种野油菜黄单胞菌(Xanthomonas campestris)基因组DNA的简便快速提取方法。用去污剂SDS和CTAB破坏细胞膜结构,使胞内核酸释放,用酚/氯仿/异戊醇去除蛋白质,经异丙醇沉淀DNA,TE溶解DNA。采用此SDS和CTAB结合的方法提取的DNA琼脂糖电泳图谱与试剂盒UNIQ-10提取的基因组DNA及D-5010A试剂盒法提取的基因组DNA图谱相同,DNA经紫外分光光度计检测OD260/OD280在1.80～1.90之间。DNA能被EcoRI、XbalI酶切消化。本方法能快速简便地提取野油菜黄单胞菌DNA,提取的DNA含量较高、纯度较好,比试剂盒更经济,也可用于酶切分析、构建文库和PCR扩增。     

麦芽糊精基因组DNA不同提取方法的比较

采用不同方法对麦芽糊精基因组DNA进行提取,从中选取满足麦芽糊精材料进行分子标记检测的最好的DNA提取方法。以市售麦芽糊精为材料,分别采用CTAB、SDS和异硫氰酸胍3种方法提取基因组DNA,比较不同方法的提取效果。光密度检测结果显示,异硫氰酸胍法的提取量和纯度均优于SDS法和CTAB法;琼脂糖凝胶电泳检测结果显示异硫氰酸胍法提取的基因组DNA谱带清晰、重复性好,SDS法和CTAB法提取的基因DNA观察不到谱带;3种方法提取的麦芽糊精基因组DNA都能够满足PCR分析的需要。结果表明,3种方法均能有效地从麦芽糊精中获得DNA,然而异硫氰酸胍法优于SDS法和CTAB法。     

银耳芽孢基因组DNA五种提取方法的比较

采用酚仿法、CTAB法、蛋白酶K法、氯化苄法和盐析法五种方法分别提取银耳芽孢基因组DNA,用吸光度估计DNA的纯度和得率、RAPD(随机扩增多态DNA)技术和限制性内切酶酶切反应评价DNA的质量.结果表明:五种方法所提的DNA纯度及产率有差别,氯化苄法和蛋白酶K法的产率要高于另外三种方法,但CTAB法所提DNA纯度最高.综合而言,CTAB法是五种方法中最为适合银耳芽孢基因组DNA提取的方法.     

苦瓜基因组DNA提取方法的比较研究

目的 研究不同方法提取的苦瓜基因组DNA的质量.方法 用酚-氯仿法、改良CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法、试剂盒法提取苦瓜基因组DNA,用Southern杂交和内参PCR检测提取DNA的质量.结果 改良CTAB法提取的苦瓜基因组DNA A260/A280=1.85,A260/A230=1.96,Southern杂交检测和PCR扩增都显示内参条带.结论 改良CTAB法是提取苦瓜基因组DNA的最适方法.     

猪肉类罐头食品中总DNA提取方法的比较

以7种猪肉类罐头食品为研究对象,比较了EE101-02 DNA提取试剂盒、SDS法、CTAB法和异硫氰酸胍法对猪肉罐头食品DNA的提取效果。以4种方法提取的总DNA为模板,根据猪线粒体基因组(mt DNA)16s r RNA基因和Cyt b基因,利用3对通用引物分别扩增片段大小为244 bp(16s r RNA)、376 bp(Cyt b)、472 bp(Cyt b)的目的片段,以评价不同方法提取的总DNA的效果。结果表明:不同提取方法提取效果差异明显——异硫氰酸胍法提取效果最好,其提取的7种罐头的总DNA均可利用16s r RNA和Cyt b通用引物分别有效扩增出244bp、376 bp目的 DNA片段,CTAB法和SDS法次之,EE101-02 DNA提取试剂盒提取效果最差。另外绝大多数猪肉类罐头样品中未能扩增获得472 bp大小的目的片段,表明猪肉类罐头产品中DNA降解严重。     

一种快速提取裂殖壶菌基因组DNA的方法

研究建立快速有效提取裂殖壶菌基因组DNA的方法。以裂殖壶菌Schizochytrium sp.FJU-512为试验材料,比较了十六烷基三乙基溴化铵（cetyltriethylammnonium bromide,CTAB）法、十二烷基硫酸钠（Sodium dodecyl sulfate,SDS）法、SDS快速法和裂解法4种DNA提取方法在裂殖壶菌中的提取效果。4种方法均能从裂殖壶菌中提取到长度大约为23Kb的DNA片段,不同的提取方法获得的DNA产量存在明显差异。运用真菌18S rDNA通用引物和β-酮脂-酰基ACP合酶（beta-ketoacyl[ACP]synthase,KS）引物分别PCR扩增均能得到目的片段。结论：CTAB法提取DNA的效率更高、操作步骤快速简单,适用于一次微量提取多个样品的基因组DNA。     

食用植物油DNA提取方法的优化

目的建立可从不同种类食用植物油中提取得到高质量的、可用于分子生物学检测的DNA的提取方法。方法使用2种改进十六烷基三甲基溴化铵法(cetyltrimethylammonium bromide,CTAB)和2种商用试剂盒提取6种食用植物油的DNA,通过紫外分光光度计检测所得DNA样品的浓度和纯度。设计特异性引物,并通过普通聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测DNA样品是否可用于分子生物学分析。结果使用改良CTAB法1及2种商业试剂盒无法有效提取得到的6种食用植物油的DNA,样品无法满足分子生物学检测的需要,使用改良CTAB法2提取得到的6种食用植物油DNA纯度和浓度检测结果均为最佳,其提取的橄榄油、菜籽油、花生油DNA样品可用于后续实时荧光定量PCR检测。结论该方法可为橄榄油、菜籽油、花生油DNA提取提供有效手段,为食用植物油检测和研究奠定基础。     

动物肌肉组织基因组DNA两种提取方法的比较

以猪、牛、羊、鸡等动物新鲜冷冻样品为实验材料,采用SDS法和异硫氰酸胍法提取动物肌肉组织基因组DNA,对提取的DNA进行光密度、琼脂糖凝胶电泳和PCR检测,比较了这两种方法的提取效果。结果表明：采用SDS法和异硫氰酸胍法均能从动物肌肉组织提取到完整的基因组DNA,均可满足PCR等后继分子生物学实验的要求。但是异硫氰酸胍法提取的基因组在纯度和浓度及稳定性方面优于SDS法,且操作简单,耗时短,更利于快速检测。     

苦瓜基因组DNA提取方法的比较研究

目的研究不同方法提取的苦瓜基因组DNA的质量。方法用酚-氯仿法、改良CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）法、试剂盒法提取苦瓜基因组DNA,用Southern杂交和内参PCR检测提取DNA的质量。结果改良CTAB法提取的苦瓜基因组DNA A260/A280=1.85,A260/A230=1.96,Southern杂交检测和PCR扩增都显示内参条带。结论改良CTAB法是提取苦瓜基因组DNA的最适方法。     

石斛基因组DNA提取方法比较研究

目的：比较3种基因组DNA提取试剂盒对提取富含多糖多酚类物质的铁皮石斛和霍山石斛鲜叶及冻叶的提取效果。方法：对提取的DNA进行纯度及产率检测、电泳质量分析及ITS2 PCR扩增效率检测。结果：市售基于蛋白酶K消化法的试剂盒不适用于石斛DNA提取；基于改良CTAB法的试剂盒更适用于需要较高DNA模板量的石斛鲜叶的DNA提取；基于改良SDS法的试剂盒更适用于石斛冻叶的DNA提取，该法提取的鲜叶DNA完整性最佳，更适用于对DNA完整度要求较高的DNA大片段的分析研究。结论：基于改良CTAB法和改良SDS法的试剂盒提取的石斛鲜叶及冻叶的基因组DNA均适用于常规分子检测。     

酿酒葡萄DNA的提取方法

采用琼脂糖凝胶电泳、核酸蛋白检测和聚合酶链反应扩增(polymerase chain reaction,PCR)检测DNA的浓度和纯度,对改良十六烷基三甲基溴化铵(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法与2种商业试剂盒提取4种不同品种酿酒葡萄DNA的方法进行了对比分析,结果表明改良的CTAB法提取DNA完整性较好,基因组DNA样品的OD260/OD280值均在1. 8左右,4个酿酒葡萄均能扩增出PCR条带,且条带清晰,无拖尾现象。说明改良的CTAB法提取的酿酒葡萄基因组DNA浓度和纯度均较高,可以进行PCR扩增、电泳检测、遗传多样性分析以及基因图谱构建等下游分子生物学研究试验。     

水体中基因组提取方法的比较及水体中铜绿假单胞菌检测技术的研究

以河水为研究对象,采用沸水浴法、SDS法、CTAB法、酚氯仿法和改良法提取河水中的基因组,对提取效果进行比较,确定出最佳提取方法;并利用传统培养法和分子生物学方法对人工污染样品中的铜绿假单胞菌进行检测,对两种方法检测结果进行比较;最后实验利用4种自然界水体验证了分子生物学方法的准确性。结果表明加入溶菌酶的酚氯仿法对河水中的DNA提取效果最好;传统培养法和分子生物学方法检测结果一致,且分子生物学方法比传统培养法节省一半左右的时间;用分子生物学方法可以检测出自然界水体中的铜绿假单胞菌。     

食品质量与安全专业探究性试验教学的实践——以肉制品基因组DNA提取为例

以肉制品为试验材料,对改良CTAB法、高盐法、改良SDS法三种不同基因组DNA提取方法,以及五种不同的样品前处理方法进行比较研究。通过紫外分光光度法测定A260/280、琼脂糖凝胶电泳法、实时荧光定量PCR测定Ct三种不同的方法评估所提取的DNA质量。最终确定60℃烘干处理结合高盐法提取的DNA质量最好。该实践教学中涉及资料检索、试验方案设计、试验结果分析等科研探索步骤,有助于提高学生的试验技能及综合能力,从而培养符合现代社会发展需求的创新型、应用型人才。     

5种常见加工肉制品的DNA提取方法比较以及猪源性成分检测

提取高质量的基因组DNA是采用基于DNA的技术鉴定肉制品掺假的一项基础工作。以蚝油牛肉片、鸡肉火腿肠、牛肉火腿肠、猪肉馅、猪肉脯等5种常见的加工肉制品为试验材料,采用SDS法、CTAB法、浓盐法、ROCHE试剂盒法以及TIANGEN试剂盒法探究常见加工肉制品DNA的最佳提取方法,并采用PCR技术对这5种加工肉制品进行猪源性成分鉴定,以评价它们标签的合理性。通过对所提基因组DNA的质量浓度、得率以及纯度的分析可知,采用CTAB法提取均能获得较好的得率和质量浓度,范围分别是(156.0±4.8)μg/g～(196.0±6.2)μg/g和(312.0±9.7) ng/μL～(392.0±12.4) ng/μL,同时所得DNA的纯度也较高,A260/A230均在2以上,A260/A280在1.8左右,可以满足PCR扩增反应的要求;实时PCR技术检测结果表明,这5种加工肉制品的食品标签均符合其真实属性。     

蓖麻DNA的提取及SRAP反应体系的建立

为建立蓖麻快速有效的DNA提取方法和SRAP标记的技术体系,本研究采用SDS法和CTAB法对蓖麻不同叶片（新鲜嫩叶、老叶和陈旧的嫩叶、老叶）的基因组DNA进行提取,并以DNA模板用量、Mg^2＋浓度、引物浓度和Taq酶用量4个因素的不同水平配制了10个反应体系对蓖麻SRAP反应体系进行优化。结果表明,SDS法和CTAB法均可获得较高质量的DNA,多数样品的A260／A280值介于1．7～1．9之间,但以CTAB法更为省工省时,不同叶片DNA的提取效果,以嫩叶效果最佳;设计的10个反应体系中,以反应体系A（总体积为15μL,40ng DNA模板,1．5mmol／L Mg^2＋浓度,0．2mmoL／L dNTPs,0．3μmol／L引物浓度和1Unit Taq酶）最为经济适用,将该体系用于蓖麻的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。本实验为蓖麻的遗传多样性研究及目标性状的分析定位提供了技术支撑。     

莲雾果实高质量总RNA提取方法的建立

为从莲雾果实中提取高质量RNA,以“黑珍珠”莲雾果实为材料,采用试剂盒法、十二烷基磺酸钠（sodium dodecyl sulfate,SDS）法、十六烷基三甲基溴化铵（hexadecyltrimethylammonium bromide,CTAB）法、改良CTAB法和Trizol法5 种总RNA提取方法进行比较分析。结果表明,SDS法得到的总RNA质量较差,有严重的降解和DNA污染;Trizol法提取物中有较多蛋白和多糖等残留,无条带出现。CTAB法、改良CTAB法和试剂盒法均能获得质量较好的莲雾果实总RNA,经实时荧光定量聚合酶链反应验证得到条带与目的片段大小一致,表明该RNA均能满足后续分子生物学研究。