基于网络药理学的扶正抗癌方(FZAF)抗非小细胞肺癌的物质基础和作用机制分析

应用网络药理学探究扶正抗癌方(FZAF)抗非小细胞肺癌的有效活性化合物及其靶点、信号通路的作用机制.通过中药系统药理学技术平台(TCMSP、TCMID)数据库并结合相关文献筛选出扶正抗癌方中潜在化学活性成分及相关靶点蛋白;借助基因组注释数据库平台Genecards、TTD、CTD等数据库获取非小细胞肺癌的作用靶标;利用STRING数据库构建蛋白互作网络图并筛选出核心靶点;再通过DAVID进行GO、KEGG通路基因富集分析,最后利用Cytoscape-3.8.0软件构建药物-疾病-靶点网络、靶蛋白互作PPI可视化网络图.根据筛选条件得到165个扶正抗癌方的活性成分,1236个药物靶点;扶正抗癌方-非小细胞肺癌共同靶点189个,获得171条GO生物学过程和134条KEGG信号通路,主要涉及细胞周期、细胞增殖与迁移、炎症和免疫力.并利用pubchem数据库和AutoDock Tools 1.5.6软件、Autodock vina 1.1.2进行分子对接,采用Discovery Studio 2020可视化分析对接构象.研究其活性成分及其治疗非小细胞肺癌的相关靶点,能够在一定程度上说明活性成分与靶点蛋白的作用机制与结合活性.扶正抗癌方抗非小细胞肺癌体现了中药复方多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与抑制细胞周期、细胞增殖、迁移及调节免疫等作用有关,为后续实验验证提供了思路和依据.     

二苯氧杂葸衍生物的合成及抗肿瘤活性

为了研究二苯并[a,j]氧杂蒽类衍生物的抗肿瘤活性,在无溶剂微波辐射或者直接加热条件下,以6-溴-2-萘酚和醛为原料、对甲苯磺酸为催化剂合成了3,11-二溴-14-取代二苯并[a.j]氧杂蒽类衍生物.利用IR、1H NMR、13C NMR和HRMS等方法确定了目标化合物的结构,并采用MTT法评价了它们对4种肿瘤细胞和一种正常细胞的细胞毒活性.结果表明部分氧杂蒽类衍生物在体外展现了抗肿瘤活性,其中,化合物3m和31对NB4细胞的IC50值分别为25.8 μmol/L和51.4μ mol/L,说明在二苯并[a,j]氧杂蒽的3和11位引入溴原子可以增强其抗肿瘤活性.     

二苯氧杂蒽衍生物的合成及抗肿瘤活性

为了研究二苯并[a,j]氧杂蒽类衍生物的抗肿瘤活性,在无溶剂微波辐射或者直接加热条件下,以6-溴-2-萘酚和醛为原料、对甲苯磺酸为催化剂合成了3,11-二溴-14-取代二苯并[a,j]氧杂蒽类衍生物.利用IR、1H NMR、13C NMR和HRMS等方法确定了目标化合物的结构,并采用MTT法评价了它们对4种肿瘤细胞和一种正常细胞的细胞毒活性.结果表明部分氧杂蒽类衍生物在体外展现了抗肿瘤活性,其中,化合物3m和3l对NB4细胞的IC50值分别为25.8μmol/L和51.4μmol/L,说明在二苯并[a,j]氧杂蒽的3和11位引入溴原子可以增强其抗肿瘤活性.     

基于网络药理学初步探索散偏汤治疗偏头痛的作用机制

目的:采用网络药理学方法初步探索散偏汤治疗偏头痛的作用机制.方法:利用TCMSP数据库收集散偏汤各药物的成分,进行ADME筛选,得到潜在活性成分,并利用SwissTargetPrediction获取活性成分的作用靶点;运用OMIM数据库和GeneCards数据库搜集偏头痛相关靶点,将药物靶点与疾病靶点导入jvenn网站...     

金刚胺类药物载体研究

选取药物合成的单-6-O-对硝基苯甲酰-β-环糊精为载体模型,以金刚胺衍生物作为金刚胺类抗病毒药物模型,研究两者在水溶液体系中的包合作用.通过稳态光谱研究及竞争实验,确定两者间结合位点为金刚胺基团,该体系的Stern-Volmer常数为2.169×104 L/mol.     

去氢表雄酮的生物转化、衍生物合成及细胞毒活性研究

去氢表雄酮是一种重要的生物活性物质,也是甾体药物的重要中间体.研究了卷枝毛霉对去氢表雄酮的生物转化,从其发酵液中分离得到两种产物,7α-和7β-羟基去氢表雄酮.并利用Claison-Schim-idt缩合反应制备了7α-羟基去氢表雄酮的16-苯亚甲基衍生物,活性测试表明,在16位引入带有不同取代基的苯亚甲基结构可增强此类化合物的细胞毒活性.     

基于网络药理学和分子对接技术的百合地黄汤抗肝癌作用机制研究

中医药是我国肝癌患者综合治疗方案的重要组成部分之一,本文基于网络药理学和分子对接技术探讨经典名方百合地黄汤治疗肝癌的作用机制。通过TCMSP数据库和文献挖掘百合地黄汤的化学成分,借助SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,经Uniprot数据库将靶点蛋白名称标准化。从OMIM、GeneCards数据库获取肝癌的有效治疗靶点。取百合地黄汤作用靶点与肝癌靶点制作韦恩图,运用String数据库结合Cytoscape3.7.2软件对百合地黄汤抗肝癌的潜在作用靶点作蛋白相互作用网络,构建“药物−化学成分−作用靶点”和“药物−活性成分−抗肝癌靶点”网络图。利用David平台对百合地黄汤抗肝癌潜在作用靶点进行GO(基因本体)和KEGG(京都基因与基因组)富集分析。运用Autodock Vina软件对百合地黄汤的主要活性成分与核心作用靶点进行分子对接验证。收集得到百合地黄汤131个化学成分,主要活性成分有山奈酚、百合皂苷、百合苷C等,共得到58个百合地黄汤抗肝癌靶点。蛋白−蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction, PPI)网络计算出主要有STAT3、CASP3、VEGFA等关键靶点。富集分析得到91条信号通路,涉及癌症蛋白聚糖、VEGF信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果表明百合地黄汤与肝癌蛋白靶点具有较好的亲和性。百合地黄汤通过多成分、多靶点、多通路抑制肿瘤细胞增殖,促进肿瘤细胞凋亡来治疗肝癌。     

新型异喹啉衍生物的合成

以双炔基取代的苯类衍生物为原料,与叠氮化钠环合生成1,2,3-三唑稠杂环化合物,然后在110℃条件下经脱氮开环反应得到四个异喹啉类衍生物,并提出了可能的反应机理.所有化合物经核磁共振氢谱和核磁共振碳谱表征以及高分辨质谱表征,波谱数据与化合物结构吻合.实验结果表明,通过1,2,3-三唑稠杂环化合物在加热条件下的脱氮开环,可以得到了四个新型的异喹啉类衍生物,提供了一种间接的合成1,3-二取代的异喹啉类衍生物的方法,为异喹啉类衍生物的进一步研究奠定了基础.     

基于网络药理学探讨绞股蓝治疗阿霉素心肌病的药效物质基础和分子机制

采用中药网络药理学方法探讨绞股蓝治疗阿霉素心肌病的药效物质基础和潜在作用机制.通过检索TC‐MSP、SymMap、TCMID数据库平台获取绞股蓝的候选药效成分,并借助Uniprot数据库获取候选药效成分的潜在作用靶点;采用Cytoscape 3.8.1软件构建有效成分-靶点蛋白相互作用网络图;运用Genecards、OMIM数据库筛选阿霉素心肌病的疾病相关靶点,结合String数据库绘制药物-疾病基因的蛋白互作网络;采用Metascape数据库对交集靶标进行基因功能分析(GO)及KEGG通路富集分析,对绞股蓝改善阿霉素心肌病的作用机制作出合理推测.共筛选出绞股蓝有效活性成分26个,包括槲皮素、谷甾醇、绞股蓝皂苷等,活性成分发挥作用的潜在靶标有89个,主要有TNF-α、TP53、AKT1、IL-6等;靶点参与的功能主要有氧化应激、凋亡调控、炎症因子刺激反应、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性调节等,主要富集通路有p53、TNF-α、PI3K-Akt、AMPK等信号通路,以及线粒体自噬和细胞钙调控通路等.结果表明,绞股蓝中槲皮素、谷甾醇、绞股蓝皂苷等有效活性成分能够通过调节p53、TNF-α、Akt、AMPK等信号分子,参与细胞程序性死亡、氧化应激和线粒体稳态调控,从而达到防治阿霉素心肌病的目的.     

基于网络药理学探讨罗汉果有效成分抗肺癌的作用机制

为分析罗汉果治疗肺癌的潜在作用机制,通过TCMSP数据库及网络药理学分析得出罗汉果中有182个潜在有效成分,运用化合物-靶点及蛋白相互作用网络筛选出4个与抗肺癌相关的有效成分及5个抗肺癌关键靶点.这5个关键靶点主要富集在cAMP、HIF-1和TNF等信号通路,且5个关键靶点在肺癌组织中的转录水平和蛋白水平有差异表达,与...     

苦瓜苷活性成分干预糖尿病潜在靶点及作用机制

苦瓜作为一种药食两用食品,其中苷类成分有利于控制糖尿病的发展,但其具体的分子作用机制尚不明确,因此,通过网络药理学和分子对接方法,探讨苦瓜苷降糖作用的潜在分子机制。首先,通过文献检索收集苦瓜苷活性成分,通过数据库筛选得到符合类药五原则的活性成分;预测活性成分的靶点,找到活性成分对应的基因;检索获取糖尿病疾病相关靶点;取交集得到共同靶点。其次,构建PPI(protein-protein interaction)网络,对网络中的节点进行筛选,得到苦瓜苷治疗糖尿病的核心靶点,对核心靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)功能分析;最后,将核心靶点与相关苦瓜苷活性成分进行分子对接验证。结果表明,筛选得到苦瓜苷治疗糖尿病的核心靶点主要为PPARG、STAT3、MAPK3等靶点,这些靶点主要参与了促进胰岛素刺激、胰岛素抵抗等生物学过程;分子对接显示,Momordicine I、Momordicoside I、Charantal等苦瓜苷活性成分与PPARG、STAT3、MAPK3等靶点存在较强的结合作用。这...     

基于网络药理学研究苦瓜活性成分治疗肺癌的潜在靶点及作用机制

肺癌的发病率和死亡率较高,是严重威胁人类生命健康的恶性肿瘤之一.苦瓜作为药食两用的植物,其活性提取物虽已经被用于肺癌的治疗,但是其对于肺癌的作用机制并不明确.通过文献检索和PubChem构建苦瓜活性成分数据库,并预测活性成分可能的作用靶点,同时检索疾病数据库获取肺癌相关靶点,将苦瓜中活性成分的作用靶点与肺癌疾病靶点相映射得到苦瓜治疗肺癌的潜在靶点;通过网络构建和拓扑异构分析,筛选苦瓜中治疗肺癌的关键化合物和核心靶点,并对潜在靶点基因进行GO功能注释和KEGG通路分析.网络药理学分析结果显示:苦瓜可能主要通过Charantoside V、Caffeic acid、Goyaglycoside a等活性成分作用于AKT1、ALB、EGFR、SRC等靶点,这些活性成分参与了信号转导、凋亡过程的负调控、细胞增殖等生物学过程;关键基因主要富集在PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路、癌症途径等多条信号通路.研究结果表明,苦瓜通过多化合物、多靶点和多通路的共同作用对肺肿瘤细胞增殖进行抑制,为肺癌新药开发提供理论依据.     

基于网络药理学探究防己茯苓汤治疗肾病综合征的成分与机制

为了探究防己茯苓汤（FJFL）治疗肾病综合征（NS）的作用机制,结合网络药理学和分子对接的方法,通过TCMSP数据库和SwissTargetPrediction在线靶点平台获取FJFL的活性成分及其潜在作用靶点;从GEO数据库和DisGenet数据库获取NS的疾病靶点;采用STRING数据库对“复方-疾病”的共同靶点进行蛋白互作分析,并在Cytoscape软件上构建核心靶点网络;在DAVID数据库上对核心靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因和基因组数据库（KEGG）分析,获取FJFL治疗NS的核心通路机制。最后,利用Autodock Vina对核心化合物和核心靶点进行分子对接。结果表明FJFL包含106个主要活性成分以及309个药物靶点,与1 835个NS疾病靶点相交联后得到72个共同靶点;经MCODE分析得到一个包含30个靶点的核心网络。KEGG分析表明靶点涉及21条相关信号通路网络,包括VEGF信号通路、NF-κB信号通路、HIF-1信号通路等,分子对接显示核心化合物与靶点网络具备良好的对接可能性,其中最优对接结果为NOS3＿quercetin。进一步研究表明Kaempfero...     

N-取代氮杂冠醚铜(Ⅱ)配合物的电化学及其晶体结构研究

3,4:1 2 ,1 3-二苯并 - 5,8,1 1 -三氧杂 - 1 ,1 5-二氮杂环十八烷通过烷基化反应合成了一个全新 N-取代氮杂冠醚配体 3,4:1 2 ,1 3-二苯并 - 5,8,1 1 -三氧 - 1 ,1 5-二氮杂环十八烷 N,N′-二乙酸基(H2 L ) ,并制备了其相应的铜 ( )配合物 ,用循环伏安和四圆 x-射线等手段对铜 ( )配合物进行了表征     

A类G蛋白偶联受体:结构、功能、计算机辅助药物设计及分子动力学模拟

G蛋白偶联受体(G protein coupled receptors,GPCR)是目前研究最广泛的药物靶标蛋白.超过30%的已上市药物以GPCR为靶点.这一重要的跨膜蛋白家族及其分子结构和功能一直是各大制药公司和学术界的研究热点.近年来,GPCR X射线衍射晶体学方面取得了重大突破,已有30多个A类GPCR的高分辨率结构得到了解析.这为基于结构的药物设计和GPCR功能研究提供了结构依据,以及新的药物靶点和药物设计策略.利用这些结构,计算机模拟方法也在GPCR的结构和功能研究中得到了广泛应用,并在过去几年中取得了一些突破性的成果.这些研究进展深化了对GPCR的动态结构、配体识别和激活机制等方面的理解.简要回顾近年来对A类GPCR的结构和功能研究方面的最新进展,并特别对计算机辅助药物设计和分子模拟在这方面的应用进行重点讨论.     

3-氧杂二环己烷类衍生物的合成方法研究

3-氧杂二环己烷类衍生物在具有生物活性的天然产物中经常作为基本分子结构单元出现,在一些具有药物活性的化合物中也存在该结构单元.本文选用廉价的乙烯基环丙烷类化合物为反应原料,使其和N-溴代丁二酰亚胺发生化学反应,制备出具有生物活性的化合物.该反应条件经过优化、选择,发现可以通过一锅两步法制备3-氧二环己烷类化合物.     

二代噬菌体展示淘选PD-1结合肽及其模拟位点分析

阻断PD-1/PD-L1相互作用可以激活肿瘤浸润性T细胞并恢复其抗肿瘤活性,对于恶性肿瘤具有较好的治疗作用。尽管靶向PD-1/PD-L1通路的抗体药物对癌症有一定的疗效,但现有抗体药物存在生产成本高、个体差异大、引发不恰当的免疫反应等问题,而且还伴随着不可避免的缺陷,如器官或肿瘤渗透性差、口服生物利用度差等,因此迫切需要寻求多肽抑制剂等来弥补当前PD-1/PD-L1相互作用抗体阻断剂的缺点。该文以重组人PD-1蛋白为靶标,首次采用二代噬菌体展示技术淘选Ph.D.-7和Ph.D.-12噬菌体展示文库,获得了400条潜在的PD-1结合肽同时基于BLOSUM62打分矩阵对PD-1结合肽数据集进行了聚类分析。最后,对PD-1结合肽数据集进行了氨基酸组成、基于位置的氨基酸偏好性分析以及模拟位点分析。该文获得的PD-1结合肽有望开发成阻断PD-1/PD-L1相互作用的候选多肽药物,研究结果对于PD-1结合肽的计算设计有一定的指导意义。     

N-甲基邻苯酰胺基苯甲酰胺衍生物的合成

为了获得结构简单、合成步骤少、收率高的邻苯酰胺类杀虫剂,首先以2-氨基苯甲酸甲酯与硫酸二甲酯为起始原料进行N-甲基化反应,再与不同酰氯进行酰胺化反应,然后在碱性条件下水解得到2-芳酰胺基苯甲酸. 将2-芳酰胺基苯甲酸与不同的芳胺反应得到5个邻苯酰胺基苯甲酰胺衍生物. 所有化合物经核磁共振氢谱以及质谱表征,波谱数据与衍生物吻合. 结果表明,这种合成邻苯酰胺基苯甲酰胺衍生物的方法是可行的,为杀虫剂的进一步筛选研究奠定了基础.     

苯及其衍生物的从头计算研究

采用HF/6-3-311G对苯及其衍生物进行结构优化,并对其电荷布居、振动光谱等进行了探讨,试图找出它们的规律性,为实验研究提供有意义的指导.     

利用药物重定位策略挖掘胃癌治疗药物

利用药物重定位和生物信息学的方法预测治疗胃癌的候选小分子药物及其潜在靶点，为胃癌的治疗提供新的思路。首先在胃癌数据集GSE54129、GSE26899和GSE65801中鉴定了203个差异表达基因，并利用关联图谱(connectivity map, CMap)分析筛选得到10种候选的小分子化合物。然后，通过对差异表达基因组成的蛋白质-蛋白质相互作用网络进行拓扑性质分析，鉴定TIMP1、PDGFRB、COL1A1等为枢纽基因。进一步，分子对接的结果显示，新鉴定的小分子药物左炔诺孕酮(levonorgestrel)与TIMP1具有较强的结合能力，结合能为-9.24 kcal/mol；已报道的胃癌药物西地尼布(cediranib)与靶点PDGFRB的结合能为-6.28 kcal/mol。另外，潜在靶点基因TIMP1和PDGFRB的表达模式、诊断和预后价值在胃癌数据集中得到了验证。