RNA假结结构分析

根据RNA二级结构的5个基本组成部分———自由单链、发夹环、凸环、内环、多分支环,补充提出了14种类型的假结结构,并使用一种改进的RNA平面结构表示法———弧图。依据弧图,不仅给出了假结的形式化定义,而且将这14种结构分为三类:单交叉、自交叉与双交叉。上述三类交叉是假结的基本交叉类型,所有的假结结构或属于这三种交叉中的一种或属于其组合,研究结果可有助于提高包括假结的二级结构预测的可靠性和准确性。     

基于局部结构交互的RNA假结预测

基于RNA局部结构间的交互作用,提出一种含假结的RNA二级结构预测新方法LIFold。对给定的RNA序列,首先通过能量计算得到不含假结的能量最优结构,然后应用局部结构交互配对生成假结茎区,在已得到的最优结构基础上构建含假结的能量计算模型,最后通过优化算法得到含假结的RNA二级结构。应用该方法基于HotKnots测试数据的敏感性和阳性预测值(PPV)分别达到84%和80%,基于PseudoBase数据库测试数据的敏感性和阳性预测值分别达到78%和73%,与HotKnots、ILM、PknotsRG、IPknot及FlexStem等知名软件相比较,准确率均有所提高。     

包括假结的RNA二级结构茎区组合预测新算法

提出了RNA茎区组合最优能的概念,给出了RNA茎区相容定义,利用相容矩阵与迭代矩阵以求出具有全局最大最优能的RNA茎区组合,建立了一种能够预测带假结的RNA二级结构的新方法。通过选取PseudoBase中的RNA序列,将预测得到的RNA二级结构与数据库上提供的RNA二级结构进行比较,同时用pknotsRG软件运行同样的数据与本方法得到的RNA二级结构进行比较,NGF-L2和NGF-H1的最好的敏感性、特异性均达到100%。试验结果与分析数据表明,本方法可靠、有效,具有较高的准确率,可以预测假结结构,尤其是tRNA类型的序列执行起来速度较快。     

基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法

针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法，提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法，利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进行RNA二级结构相似度比对.通过对Yeast tRNA phe、PSTV、poliovirus mutant 3种RNA分子二级结构构象的实验分析，表明了该方法的可行性和高效性.并将这种方法推广至任意两个RNA分子之间二级结构的相似度衡量，同样取得了不错的效果.     

基于禁忌遗传算法的RNA二级结构预测

生物RNA二级结构预测是生物信息学领域的一个重要研究问题.近来,研究人员提出应用元启发式算法来预测RNA二级结构.该文提出基于禁忌遗传算法的RNA二级结构预测方法(TGARNA),给出茎区相容性检测改进方法,保留最长茎区构造茎区相容个体,以改善种群性能；同时将禁忌搜索融入遗传操作以防止近亲繁殖,保持种群多样性.仿真实验...     

基于图论的平面图形划分算法

提出了一种基于图论的平面图形划分的新方法．首先,平面图形被表示为一有向图,然后用图论中计算基本回路的方法将其划分为只在公共边搭接、互不包含的若干小平面．运用实例表明,与其他算法相比,该方法具有实现容易、划分准确、运算效率高等优点,可用于二维、三维几何形体的集合运算．     

离散蛙跳算法预测RNA二级结构

针对RNA二级结构预测问题,提出了一种离散蛙跳算法,根据RNA分子折叠的特点,重新定义个体的移动距离和位置,并借鉴粒子群优化算法中的惯性权重加以改进,使算法在空间探索和局部求精间取得了很好的平衡.与同领域中著名的预测软件进行了仿真比较,结果表明新的算法具有较高的预测精度.     

结构光编码的动态程序设计

结构光具非接触性、高精度、易于实现等优点,将其应用在物体三维重建上,可以提高采集速度和测量精度。在VC＋＋平台下,改进结构光编码采用OpenGL编程方式,不仅可以绘制出各种形态的二维和三维图形,并能精确到像素级,而且能实现图形静态和动态的显示。这些优点恰能满足将结构光编码应用于医学上的动态显示,减少了人工干预,实现智能...     

计算机辅助小区规划设计中的图形变换方法

本文讨论了二维和三维图形变换方法,在三维图形变换方法中提出采用分层构造三维实体的空间坐标方法。本文论述的这些图形变换方法适用于辅助小区规划设计的计算机作图。文中给出应用这些图形变换方法使用计算机绘制的小区规划平面图和鸟瞰图实例。     

基于动态规划RNA二级结构的比较

从RNA的二级结构描述着手,建立基于向量的RNA二级结构树的描述方法,并以该种描述方法为基础,应用动态规划算法,以高致病性的H5N1病毒的NA片段为例,对RNA二级结构进行树状比较。比较结果发现,在时间复杂性上,该方法优于利用最小自由能的方法,并且致病性越强,该结构的相似性越高,对生物实验具有指导意义。     

RNA二级结构预测SVMs模型研究

扩展NSSEL标签,对RNA分子中的stem-loop结构和伪结结构进行标记.将RNA分子序列中的碱基编码输入,经过支持向量机(support vector machines,SVMs)模型计算输出相应的结构标记.该模型经过训练后,待预测的RNA分子序列可得到对应的结构标识序列,这些标识序列可通过特定算法,唯一构建包括伪结在内的二级结构.实验结果表明,该算法在可接受的预测精度范围内具有较低的计算复杂度,克服了传统算法计算时间过长,无法在有限时间内得到有效结果的缺点.     

基于色度学空间的多元图表示

针对传统的多元图表示可以表示信息在空间中的几何分布,但无法表示类别概率的缺点,本文提出基于色度学空间的彩色多元图表示。在保留传统多元图表示优点的基础上,集成了色度学维度,利用色度混合原理表示不同类别数据在空间点所占的比例,有利于通过直观的视觉认识类别分布信息以及引入图像处理方法。比传统的多元图表示更适合可视化模式识别的应用。     

DNA序列的一类非退化的2-D图表示

Nandy ,Leong和Mogenthaler和Randic等给出了一些DNA序列的 2 D和 3 D的图形表示 ,它给了DNA序列的比较直观的描述 .本文给出了新的DNA图表示由在 2 D空间用 4个特殊的矢量分别表示那四个核苷酸的基 .这样一个DNA序列就能表示在一个平面上 .同时证明了这个新的DNA图表示是非退化的     

画法几何在机构分析中的应用

画法几何学是在平面上图示与图解空间几何问题的一种简单明了、形象直观、并易于掌握的方法.首先根据所需解决的问题进行几何分析,然后进行图示和图解,最后在所建立的画法几何模型基础上建立数学关系式,为借助计算机进行动态分析提供条件.本文作者运用画法几何的方法,分析了两轴的运动学联系的问题.     

SDL 的一阶谓词表示法及其应用

SDL 是 CCITT 推荐的一种用于描适时实系统软件的功能和行为的标准化语言.它有两种具体语法形式,图形表示法 SDL/GR 和本文表示法 SDL/PR.本文提出 SDL 的一阶谓词表示法,称之为 SDL/FOP.它可以用于 SDL/GR 输入后的内部表示形式.本文还给出一些例子,描述如何运用谓词演算构造处理 SDL/FOP 的工具.     

多元数据的子空间坐标图表示模型

多元数据可视化是理解多元数据的一种重要手段。常用的多元数据可视化方法如散点图矩阵、平行坐标、雷达图、三角多项式图等具有悠久的历史和广泛的应用,但是长期以来缺乏统一的理论基础。本文提出多元数据的子空间坐标图表示模型,该模型可以将这些传统多元图表示方法统一到同一个表示框架。该模型的提出对于研究新的可视化方法、图形优化以及促进实际应用具有重要意义。     

广义高斯分布在数据可视化中的应用

广义高斯分布是一类以高斯分布为特例的对称分布,在科学和工程上都有广泛的应用.利用广义高斯分布对Gabor相位进行建模,所得参数通过PCA降维到2维或3维空间,数据集的信息结构得到直观的展示,实现了数据的可视化.在COIL—100中目标可视化的实验进一步证实了广义高斯分布这一概率模型对没有直接欧几里德表示的数据集建模的可行性.     

“文革”时期版画图式探析

＂文革＂时期的版画受特殊政治因素的影响,同时也因着其自身的特质因素,形成特定的图示语言。对＂文革＂版画的红海洋、漫画化、高大全、文字标题四个方面的图示特征进行了研究与探讨。     

网络学习行为采集统计系统研究

研究了网络学习行为的数据采集和统计结果图形化表示两个方面,并就实现原理及方法步骤进行了分析阐述,有助于进一步促进网络环境下学习研究的深度和广度,并为网络学习行为与学习效果评价系统的智能化、自动化和个性化打下基础.