外源基因在噬夏孢欧文氏菌中的表达

用CaCl2法制备噬夏孢欧文氏菌(Erwinia uredouora)感受态细胞,热激处理可使质粒pACYC184转入噬夏孢欧文氏菌细胞,转化率为656 cfu／μg DNA,转入的质粒可以在细胞中稳定存在,并随着细胞分裂而复制,质粒上的氯霉素抗性基因在其启动子的控制下能够高效表达,氯霉素乙酰转移酶可达噬夏孢欧文氏菌菌体总蛋白的30．269／6。噬夏孢欧文氏菌可以作为一种新的原核表达系统。     

生孢噬纤维菌内切葡聚糖酶的异源表达及CBM6对其酶学性质的影响

内切葡聚糖酶是纤维素酶系的重要组分之一,但大部分内切葡聚糖酶酸碱耐受性较差。为挖掘新型内切葡聚糖酶,本研究从生孢噬纤维菌CX11基因组中克隆了一个内切葡聚糖酶基因Sm＿1350。该基因大小为2 196 bp,编码732个氨基酸,编码蛋白包含一个分泌信号肽、GH5催化结构域、6家族碳水化合物结合模块(CBM6)和一个C末端结构域(CTD)。利用实时荧光定量PCR技术对Sm＿1350在不同碳源条件下的相对表达水平进行了分析,结果表明,Sm＿1350在纤维二糖和滤纸培养基中的表达水平均显著高于在葡萄糖培养基中的表达水平,推测其在CX11降解纤维素过程中发挥一定作用。本研究构建了Sm＿1350及其3种截短突变体,分别为Sm＿1350、Sm＿1350-GH5-CBM6、Sm＿1350-GH5和Sm＿1350-CBM6,并在大肠杆菌中进行异源表达。结果表明,去除CTD结构域明显提高了目的蛋白的可溶性表达水平。以CMC为底物时,Sm＿1350-GH5-CBM6与Sm＿1350-GH5酶活力分别为(7 000.00±50.00)U/g和(2 542.73±35.03)U/g,表明去除CBM6降低了Sm...     

一株生孢噬纤维细菌的16S rDNA 基因序列分析

利用双层平板法从土壤中分离获得了一株能够降解纤维素的好氧性滑动细菌--生孢噬纤维细菌Sporocytophaga sp.JL02,通过菌株基因组DNA的提取、16S r DNA的PCR扩增及克隆、16S r DNA的全序列分析等手段,对该菌株的16S rDNA的基因序列进行了研究.通过扩增,得到了一长度为1560bp的16S rDNA的基因,并对其基因序列进行了分析.     

利用原生质体诱变技术提高纤维单孢菌的产酶活性

确定了制备纤维单孢菌－ＹＦ１原生质的最佳条件：利用紫外线诱变其原生质体，筛选出一遗传性能稳定的纤维素酶高产菌株，诱变株的产酶活性是原菌株的２．３３倍。     

噬夏孢欧文氏菌GGPP合成酶与八氢番茄红素合成酶相互作用的研究

GGPP合成酶与八氢番茄红素合成酶是噬夏孢欧文氏菌类胡萝卜素合成代谢中的两个关键酶。本研究将编码GGPP合成酶与八氢番茄红素合成酶的基因crtE和crtB共转化大肠杆菌或将crtE、crtB及编码八氢番茄红素脱氢酶的crtI共转化大肠杆菌,IPTG诱导其表达,然后利用亲和层析、凝胶过滤层析纯化重组蛋白。Western blotting分析结合N-末端序列分析表明,GGPP合成酶与八氢番茄红素合成酶以两种复合体的形式存在,而八氢番茄红素脱氢酶则不能与这两种酶形成稳定的复合体。     

sisI替换genP在绛红小单孢菌G1008中的功能表达

将依纽小单孢菌3′,4′-双脱羟基基因sisI组合到绛红小单孢菌G1008中,替代其中的同工异源酶基因genP,研究sisI基因异源表达的内在特征.以温敏型质粒pKC1139作为克隆载体,构建sisI替换genP的重组质粒pIP303,利用接合转移技术,将穿梭质粒导入绛红小单孢菌G1008基因组,影印筛选并通过PCR(聚合酶链式反应)鉴定,获得一株基因重组工程菌GIP95.借助TLC(薄层色谱)、HPLC(高效液相色谱)和MS(质谱)检测代谢产物组分及结构变化,结果表明突变株GIP95的代谢流未被阻断,仍能够合成庆大霉素C族组分.由此得出结论,外源基因依纽小单孢菌3′,4′-双脱羟基基因sisI参与了庆大霉素生物合成中绛红糖胺3′,4′-双脱羟基这一关键步骤,在绛红小单孢菌G1008中实现异源表达.     

球孢白僵菌几丁质酶基因chit1真核表达

采用PCR方法从球孢白僵菌的DNA中克隆出几丁质酶基因chit1,并将该序列构建到酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)诱导型表达载体pYES2上,转化到酿酒酵母H158菌株中,通过Northern检验确定该基因在酿酒酵母中成功表达.经过酶活检测该转化子在培养48 h达到酶活高峰,达0.47 U/mL.     

球孢白僵菌几丁质酶基因chitl真核表达

采用PCR方法从球孢白僵菌的DNA中克隆出几丁质酶基因chitl,并将该序列构建到酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)诱导型表达载体pYES2上,转化到酿酒酵母H158菌株中,通过Northern检验确定该基因在酿酒酵母中成功表达.经过酶活检测该转化子在培养48 h达到酶活高峰,达0.47 U/mL.     

甲壳素水解酶产生菌的分离选育

从沿海滩涂土壤、海鱼消化道、海水和海底污泥等自然环境中采集样品34个，从中分离获得能降解甲壳素的微生物114株，经过初筛和复筛，从中获得产酶能力较高的菌株C43，用比色法测定其酶活，发酵液粗酶活达0．115u。初步鉴定C43菌株为噬纤维菌科、噬纤维菌属。暂命名为噬纤维菌C43（Cytophaga.sp C43)。研究表明：噬纤维菌C43产生的甲壳素水解酶为诱导型。其产酶的最佳条件为：起始pH6．0，温度28℃，摇瓶转速200r/min，发酵周期为60h。     

云南宾川脐橙蔗糖转运基因的克隆和表达分析

蔗糖不仅是植物光合作用的主要产物,也是植物体内运输的主要物质和许多果实中糖积累的主要形式,对果实品质的形成有重要影响.在蔗糖合成的路径中,蔗糖合成酶(Sucrose Synthase)和蔗糖磷酸合成酶(Sucrose phosphate Synthase)是蔗糖代谢的关键酶.在前人报道苹果蔗糖转运基因的基础上,对云南宾川脐橙蔗糖转运基因进行克隆和表达分析,并对其相关的生理生化指标(蔗糖等糖含量、蔗糖合成代谢相关酶活性等)进行测定.研究结果显示,在宾川脐橙果实接近成熟时蔗糖转运基因的表达量最高,成熟脐橙中果肉的蔗糖含量比果皮中高,而成熟脐橙果肉和果皮中蔗糖合成酶和蔗糖磷酸合成酶的活性差异不显著.     

松材线虫纤维素酶基因的克隆及在大肠杆菌中的表达

采用PCR技术克隆了松材线虫纤维素酶的编码基因BXC46,克隆基因与已报道的纤维素酶基因BXC10（GenBank登录号：FJ598020.1）的同源性高达99%,将其克隆到表达载体pET-15b上构建了表达载体pET-15b-BXC。将该重组质粒转化大肠杆菌BL21（DE3）菌株构建工程菌,SDS-PAGE分析表明,IPTG诱导了纤维素酶在工程菌中表达。采用Ni2＋-NTA树脂亲和层析部分纯化了重组松材线虫纤维素酶,DNS法进行的活性测定表明,部分纯化的重组蛋白具有纤维素酶的活性,其最适温度为45℃,最适pH为4.0。     

人类胰岛素信号通路基因表达分析

人类胰岛素信号通路基因是糖尿病药物的重要靶标.本文通过查询公共数据库获取人类胰岛素信号通路基因的表达数据,采用SPSS软件分析基因的组织表达谱特征和相关性.结果表明:胰岛素信号远端靶基因具有更高的差异表达水平;脂肪细胞和骨骼肌的基因表达谱具有显著的相关性,而肝组织的基因表达谱与脂肪细胞和骨骼肌都无显著相关性.提示在胰岛素的靶组织中,脂肪组织和骨骼肌可能具有相似的信号调控机制.     

多发性骨髓瘤基因表达谱分析

为了依据肿瘤基因表达谱数据提取出其中蕴含的样本分类规则,以多发性骨髓瘤的基因表达谱为例,提出了一种在基因表达数据中提取分类特征规则的方法．该方法从统计学角度出发,以基因与样本类别问的相关系数作为衡量属性包含样本分类信息量的标准,并利用神经网络进行属性规约找出分类特征属性集,最后利用决策树进行知识提取,给出样本分类的产生式规则．实验结果表明,所提取出的3条规则对实验样本正确分类率达到100％．     

代价敏感的GEP分类算法实现

在数据挖掘领域中,通常以分类精度作为分类算法效果的评估标准。这一标准是建立在假设任意一实例被误分类为任意类时都具备同样代价的基础上的。当此假设不成立时,直接使用传统分类方法就无法取得良好的分类和预测效果。针对这一问题,通过改进编解码方法以及在适应度函数中集成样本的不同误分类代价,提出了一种基于基因表达式程序设计的代价敏感分类算法(CSC-GEP),并在三个UCI数据集上对该算法进行了测试,实验结果表明CSC-GEP是一种有效的代价敏感分类算法。     

基因表达式编程在空间插值中的应用

空间内插是地理信息系统数据处理的常用方法之一.常用的空间插值方法存在难于客观地确定插值函数结构和参数的问题.基因表达式编程(GEP)是一种新型的遗传算法,具有极强的函数发现能力和很高的效率,并且在函数发现时不需要任何先验知识.将基因表达式编程技术应用到空间插值方法中,提出了移动拟合GEP算法(MF-GEP),无需预存函...     

p53基因在小鼠睾丸发育过程中的表达规律

以17组出生后不同发育阶段的昆明种正常小鼠睾丸组织为材料,利用地高辛标记的p53基因探针在其石蜡组织切片上进行DNA-mRNA分子原位杂交,探讨p53基因在小鼠睾丸生后发育全过程中的表达规律.结果发现：p53基因的首次表达出现在生后第15 d的初级精母细胞中,在睾丸后续发育至57 d的全过程中,初级精母细胞中均有表达信号;次级精母细胞和圆形精子细胞至生后27 d时也开始出现表达;而精原细胞和精子中始终均无阳性表达信号.p53基因的表达活跃期分别出现在生后20 d、33 d和50 d.上述结果表明：p53基因在小鼠睾丸生后发育过程中发挥着重要的作用;其表达活跃期和凋亡高峰期基本同步.     

基于SVM-OVA方法的多类别基因表达数据分类

本研究针对多类别的癌症分类问题,首先运用似然比检验筛选出表达水平发生显著性变化的特征基因,然后把支持向量机(SVM)和One-Versus-All(OVA)方法结合,提出了SVM-OVA多类别分类判别模型,通过对多类别的乳腺癌DNA微阵列数据进行计算,达到了77.3%的分类准确度。