冬季农田不同深度土层及小麦根际土壤细菌群落结构和共现网络分析

为探究冬季农田不同深度土层及小麦根际土壤细菌的多样性和群落结构,采集不同深度的农田土壤(0≤FG-A≤5 cm、5+₄-N和TOC含量呈负相关。样本聚类显示GJ、FG-A和FG-B相互聚类。共现网络分析表明,变形菌门、酸杆菌门、拟杆菌门(Bacteroides)在网络中共现性较高,不同模块之间的细菌组成以及相互作用均具有独特性。     

三七种植前后土壤细菌群落结构与多样性分析

三七是我国特有的中药材,因存在严重的连作障碍,导致三七产量与品质下降.基于Illumina Mi Seq测序平台采用16S r DNA分析技术对三七种植前土壤、种植3年根际土壤、三七收后1年和3年土壤4种类型土壤中的细菌群落多样性进行了分析.结果表明:三七植株的种植对土壤细菌群落组成在门的分类水平上具有显著的影响,三七种植前后变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)为调查土壤中的的优势细菌门;三七种植使红游动菌属(Rhodoplanes)明显减少而假单胞菌属(Pseudomonas)增加明显;种植三七前后土壤细菌群落多样性指数和丰富度指数的变化规律基本一致,表现出未种植空白对照CK三七收后3年三七收后1年三年生三七根际.     

基于高通量测序技术的盐地碱蓬根际细菌群落多样性分析

碱蓬(Suaeda glauca Bunge)是盐碱性土壤的先锋植物,了解碱蓬根际的微生物,对理解碱蓬适应碱性土壤的生活习性,进一步开发盐地碱蓬具有一定意义。利用Miseq测序平台对采自辽宁红海滩的4个碱蓬样品进行细菌DNA V3+V4序列测定,并分析该植株根际土壤的细菌群落结构及多样性。结果显示,在这4个样品中共检测到143041条有效序列,1346个OTU,涉及27个门类、60个纲类、104个目类、193个科类、355个属类和408个种类;基于OTU数量进行样品间和样品内的多样性分析的结果显示:陆地的盐地碱蓬的根际土壤与水洼附近盐地碱蓬的根际土壤的细菌组成相似,其中陆地样品细菌群落多样性最高;门水平中占比最多的三个门类分别为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes);属水平上,20个优势菌属中变形菌门的细菌属占比接近50%。该结果对了解盐地碱蓬根系微生物组成,探寻碱蓬的生长特性提供了线索,也为寻找和筛选资源微生物提供研究思路。     

细菌性阴道炎患者阴道不同部位细菌群落多样性分析

细菌性阴道病(Bacterial Vaginosis,BV)是女性阴道内正常菌群失调所致的一种混合感染,以往的研究主要是基于显微镜观察和微生物的分离培养.阴道微生物群落结构为维持阴道菌群的生态平衡发挥关键作用,本研究可以为细菌性阴道炎的早期预防及治疗提供有力的信息.采用基于16S rRNA基因的高通量测序技术,对来源于云南省第一人民医院的9位BV患者阴道侧穹隆及后穹窿棉拭子样品中的细菌群落多样性进行分析研究.比较所有患者阴道侧穹隆及后穹窿细菌群落结构,侧穹隆与后穹窿样品细菌群落组成有较大差异,后穹窿样品多样性高于侧穹隆,但Lactobacillus与Cellulosimicrobium均为两者的优势属.在属的水平上分别分析各位BV患者阴道侧穹隆及后穹窿样品时,大部分患者的优势属是Lactobacillus,而在患者2及6侧穹隆与后穹窿中的最优势属分别是Cellulosimicrobium与Prevotella,其次为Lactobacillus;在患者5侧穹隆中的最优势属是Bacillus,而Lactobacillus的序列比只有1%;在7位患者后穹窿样品中,最优势的属是Acinetobacter,其次为Brevundimonas与Lactobacillus.对各位BV患者阴道侧穹隆与后穹窿的细菌群落结构进行聚类分析显示,同一患者不同部位细菌群落结构较为相近.9位BV患者阴道侧穹隆与后穹窿样品均具有较高的细菌多样性,由于生活环境及健康状况的不同,不同患者阴道侧穹隆与后穹窿微生物群落结构差异较大,且细菌多样性复杂;同一患者不同部位微生物群落结构较为相近.普雷沃氏菌属、芽孢杆菌属以及不动杆菌属在患者阴道中的大量存在,暗示BV患者阴道微生物确实处于极度不健康状态.     

西施舌16S rRNA基因片段PCR扩增及其核苷酸序列分析

利用酚/氯仿抽提法提取了西施舌闭壳肌总DNA,以总DNA为模板,利用两条16S rRNA基因特异引物,进行PCR扩增,扩增产物测序后进行序列分析。结果从西施舌的闭壳肌提取得到总DNA,获得一个长度约300 bp的PCR扩增产物;测序结果显示此片段为294 bp;核苷酸序列经WU-blast2分析,与Spisula subtruncata(AJ548774)和Corbicula sp(AY097259)的16S rRNA的同源性均为74%。经DNAStar分析,此核苷酸序列A,G,T,C含量分别为35.74%,25.51%,26.19%和13.59%,A T(61.90%)含量明显高于G C(38.10%)含量。     

基于16S rRNA 基因的戈登氏菌演化分析

探讨19种戈登氏菌共31株间16S rRNA基因演化关系。利用16S rRNA基因序列进行相似性分析和同源性比对,并运用Neighbor-Joining法构建进化树,进行演化分析。其中13条16S rRNA基因序列来自临床分离株,其他16S rRNA基因序列来自Genbank。结果表明：13株临床分离菌株包含4株Gordonia paraffinivorans,6株Gordonia bronchialis 和3株 Gordonia sputi,临床分离株的相似性百分比为93．5％-99．7％;16S rRNA基因序列在戈登氏菌不同种间存在较为明显的差异性（2％—6．2％）,可将临床分离株鉴定到种。进化分析结果显示：戈登氏菌分为两大类群,三种临床分离株在演化上按出现的先后依次为Gordonia bronchialis、Gor-donia sputi、Gordonia paraffinivorans。所做研究可为戈登氏菌相关疾病的流行、预防、治疗和控制提供一定的参考。     

基于ITS rDNA分析辣椒幼苗根际真菌群落结构差异

[目的]比较云南地方两个主要辣椒栽培种(Capsicum annuum L.和Capsicum frutescens L.)幼苗根际真菌群落结构相似性与差异性,为探索根际特有微生物群功能挖掘、调控机制及应用提供参考.[方法]运用ITS rDNA高通量测序技术对其根际土壤真菌群落组成进行测定并分析其多样性.[结果]一年生辣椒中子囊菌门Ascomycota为优势群落,而在灌木状辣椒中则是担子菌门Basidiomycota为优势菌群,表明不同辣椒可根据生长环境选择性"招募"不同的有益真菌群类来分解环境中不同有机体为自身提供养分以促进生长.在仅多样性分析中灌木辣椒根际真菌群落的丰度和多样性显著高于一年生辣椒、对照.[结论]辣椒根际真菌群落结构多样性受不同基因型辣椒品种的影响,灌木辣椒种相较于一年生辣椒种根际真菌群落结构表现出显著的差异性和丰富的多样性.     

基于PCR—DGGE技术分析不同深度土壤层细菌的群落结构

为了研究不同深度土壤中微生物的多样性以及优势菌群,采集来自于不同深度的土壤样品,利用SDS苯酚／氯缈异戊醇提取土壤中总DNA。扩增16SrDNA的V,可变区,变性梯度凝胶电泳进行分析。结果表明：土壤层自下向上各层香农指数分别为1．56、1．59、1．54、1．57、1．57、1．57、1．59、1．54、1．59、1．59、1．59。不同深度土壤层优势菌群数量和种类经测序分析并将结果在NCBI数据库比对,主要的优势菌属为anaerobacteraceae、Cyanobacteria、Firmicutes、Proteobacteria？ Gammaproteobacteria？ Oscillatoriophycideae？Clostridia？ Deltaproteobacteria、Desulfobacterales。