地黄甲基转移酶/去甲基化酶基因的注释及其在块根发育过程中的表达分析

利用Windows-BLAST软件同源比较分析获得地黄转录组中的DNA甲基转移酶/去甲基化酶基因,同时利用基因表达谱测序方法分析这些基因在地黄不同发育时期块根中的转录子水平。利用拟南芥11个C5-MTase和4个DMase基因的蛋白序列进行同源性比对,在地黄转录组中共获得了18个DNA甲基转移酶unigene和11个去甲基化酶unigene。差异表达基因(DEG)分析显示,11个DNA甲基转移酶unigene和5个去甲基化酶unigene在块根的发育过程中表达具有差异,随块根发育成熟转录子表达含量逐渐降低,说明甲基化基因参与调控地黄块根的发育。首次挖掘和分析了地黄基因组中DNA甲基转移酶/去甲基化酶基因的分布和表达,为进一步研究DNA甲基化在地黄块根发育以及连作下块根生长受抑的表观遗传学分子机理奠定了基础。     

PHC1基因敲降对小鼠胚胎干细胞多能干性的影响

探讨多梳家族蛋白PHC1敲降后对小鼠胚胎干细胞(m ESCs)多能干性的影响,并探索其与多能干性基因nanog的转录调控机制。对m ESCs细胞系进行PHC1蛋白沉默处理并设置阴性对照组(control组)和空白对照组(Empty vector组),采用qRT-PCR、Western blot、免疫荧光染色检测PHC1的表达量;荧光素酶报告基因技术(Luciferase Reporter)检测PHC1与nanog reporter之间的转录活性。结果提示:实验组m ESCs呈现分化状态,多能干性基因nanog、oct4、sox2的表达下调,且nanog下调最显著;荧光素酶报告基因结果提示PHC1和nanog可能会形成复合物参与nanog的转录调控(P<0.05)。实验表明,敲降PHC1基因后可能通过影响nanog转录调控,从而参与核心转录调控"铁三角"(nanog、oct4、sox2)之间的相互转录调控机制,导致m ESCs出现分化,进而参与m ESCs多能干性的维持。     

前手性酮全细胞转化体系中甲酸脱氢酶C-端无序结构与转化效率的关系研究

目的:构建前手性酮类化合物的重组全细胞催化体系,并研究CbFDH C-端无序的11个氨基酸与酶活性的关系。方法:利用基因工程方法构建野生型LbADH,CbFDH及C-端11个氨基酸缺失的CbFDH截短突变体的表达菌株;SDS-PAGE分析其表达方式及表达量,利用分光光度计法测定全菌破碎上清中的酶活性;将含野生型LbADH及CbFDH的菌株与底物混合孵育,考察双菌全细胞体系的催化效果;并将含野生型CbFDH及CbFDHΔ354-364的菌液分别与含野生型LbADH的菌株混合催化苯乙酮的转化,比较两种菌的协助转化效率。结果:构建了重组表达载体pETDuet-1-adh,pETDuet-1-fdh及pETDuet-1-fdhΔ354-364,并实现了在大肠杆菌中的异源表达,含野生型LbADH及CbFDH的两种菌株能够实现苯乙酮的协同转化,转化率为24.4%,产物对映体纯度为96.79%;CbFDH及CbFDHΔ354-364分别占上清总蛋白的28.54%及37.72%,C-端的缺失未影响CbFDH的可溶性表达,但CbFDHΔ354-364全菌上清催化NAD+转化为还原型NADH的效率降低,为CbFDH粗酶液的29.82%;且重组菌株Rossetta(DE3)-pETDuet-1-fdhΔ354-364与Rossetta(DE3)-pETDuet-1-adh协同转化苯乙酮的转化率降低至8%。结论:重组菌株Rossetta(DE3)-pETDuet-1-adh与Rossetta(DE3)-pETDuet-1-fdh能够协同催化苯乙酮转化,转化效率为24.4%,产物对映体纯度为96.79%;重组菌株Rossetta(DE3)-pETDuet-1-fdhΔ354-364与Rossetta(DE3)-pETDuet-1-adh协同转化苯乙酮的效率为Rossetta(DE3)-pETDuet-1-fdh与Rossetta(DE3)-pETDuet-1-adh协同转化效率的32.79%,且Rossetta(DE3)-pETDuet-1-fdhΔ354-364全菌上清催化还原型辅酶再生的效率降低,提示C-端无序的11个氨基酸残基对CbFDH酶活性的发挥起着重要的作用。     

番茄SlWDR141基因的克隆及功能研究

为研究番茄WD40蛋白基因(SlWDR141)的功能,对SlWDR141蛋白进行生物信息学分析,发现SlWDR141蛋白在进化过程中高度保守,与土豆的同源性最高。在克隆SlWDR141基因全长序列的基础上,构建了亚细胞定位和酵母双杂交表达载体,证实SlWDR141蛋白主要定位在细胞核中,与DDB1具有相互作用。实时荧光定量PCR(real-time PCR)分析SlWDR141基因在组织中的表达谱,发现它在各个组织中均有表达,但在根中的表达量最高。为研究该基因的生物学功能,进一步构建了SlWDR141基因的干涉载体,用农杆菌介导法转化番茄得到转基因阳性番茄,荧光定量PCR鉴定出3个表达量下调的独立转基因株系。NaCl胁迫和Pst DC3000侵染野生型和转基因植株发现,转基因植株相对于野生型植株抗盐性和抗病性均下降,表明SlWDR141基因对盐胁迫和细菌侵染均起正调控作用。     

逆转座子LINE1在Hela细胞中的表达及转录组分析

为研究逆转座子LINE1(简称为L1)在Hela细胞内的作用机制,对转染L1的Hela细胞和正常细胞进行转录组测序,通过对转录组数据进行拼接组装,对差异表达基因进行了生物信息学分析。结果表明:试验共筛选出391个差异表达基因,其中45.6%的差异表达基因显著性上调,这些基因通过GO分类注释,可分为14类;通过KEGG对差异基因进行通路富集,表明差异基因主要富集在破骨细胞分化、色氨酸代谢、乙型肝炎、病毒致癌作用和可卡因成瘾等信号通路,发现了一些与细胞黏着连接、表皮相关的基因有差异性表达。研究表明,通过转录组测序,获得了丰富的关于L1在Hela细胞中表达的信息,为进一步研究L1在细胞中的作用机制供了思路和理论依据。     

芒果MADS1基因生物信息学分析

选取南逗迈4号芒成花前后的顶芽进行转录组测序,在构建的c DNA文库中获得一条表达量变化明显的c DNA,经分析该c DNA属于MADS-box基因家族,命名为MADS1基因,该基因全长为1377bp,编码459个氨基酸。通过NCBI网站的blast功能分析发现其具有MADS基因家族典型的MADS结构域和K-box结构域、DNA结合位点、磷酸化位点、二聚体接口;氨基酸同源性比较发现其与番木瓜的MADS1基因具有较高的相似性,推测它们可能为同源基因,具有相似的生物学功能。     

PAB-Gal4-DBD-HA-Twist重组质粒的制备

目的:构建人Twist基因的表达载体pAB-Gal4-DBD-HA-Twist,为研究其转录调控机制提供实验工具。方法:重组克隆质粒pcDNA-Flag-Twist用含有特异BamHⅠ和HindⅢ酶切位点的引物进行聚合酶链反应;对含有两种酶切位点的目的 Twist基因片段和pAB-Gal4-DBD-HA载体进行酶切、分离、回收纯化、连接后转入感受态DH5α中,细菌培养,菌落聚合酶链反应、测序鉴定。结果:鉴定结果显示,Twist基因正确克隆到PAB-Gal4-DBD-HA表达载体,并且转入了大肠杆菌中。结论:成功构建了人twist基因PAB-Gal4-DBDHA-Twist表达载体,为进一步研究其表达、调控、作用机制奠定基础。     

银杏细胞转录组高通量测序及分析

利用Illumina的Genome Analyzer IIx对银杏(Ginkgo Biloba)细胞转录组进行高通量测序,挖掘银杏内酯和紫杉醇生物合成基因,特别是新的羟基化酶基因,为今后最终完善红豆杉细胞紫杉醇生物合成途径中未知的羟基化步骤作准备。通过测序,获得了银杏细胞69 286个contig,56 387个scaffold,32 032个unigene。Unigene平均长度636bp。另外从gap分布、GC含量、基因组coverage等方面对unigene进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。通过分析unigene的表达和功能注释等信息,发现66个属于CYP450基因家族,726个参与次生代谢物合成,其中59个与萜类合成有关,17个与二萜类合成相关。利用生物信息学方法从Michigan State University银杏成熟叶、侧根、成熟果实、无菌苗以及次生茎的转录组数据中找到了与银杏细胞CYP450高度同源的紫杉烷羟基化酶候选基因15个,为后续研究奠定了基础。     

一种基于单交换原理的地衣芽孢杆菌基因敲除方法及应用

目的:基于同源单交换原理构建地衣芽孢杆菌基因快速敲除方法,提高基因敲除效率。方法:以地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)20085内切纤维素酶基因celb为拟敲除对象,利用重叠PCR技术将celb基因内约500bp片段与氯霉素抗性基因(Cmr)相连接,经末端单酶切后电转化至B.licheniformis 20085感受态细胞中,仅通过一次同源单交换,将抗性基因Cmr插入至celb基因内部,实现目的基因的敲除。结果:经过氯霉素抗性筛选和基因组PCR鉴定,成功获得celb基因缺失菌株B.licheniformis 20085Δcelb;发酵验证结果显示,B.licheniformis 20085Δcelb较原始菌株滤纸崩解能力显著降低,其中发酵60h后内切纤维素酶(CMC酶)活力由1.86U/ml降低至0.50U/ml,表明celb基因在地衣芽孢杆菌降解纤维素的过程中起着重要作用。结论:通过重叠PCR技术结合同源单交换原理能够实现地衣芽孢杆菌目的基因的快速敲除,为该菌株甚至其它微生物提供了一种基因功能快速鉴定的手段。     

逆转座子LINE1在Hela细胞中的表达及转录组分析

为研究逆转座子LINE1(简称为L1)在Hela细胞内的作用机制,对转染L1的Hela细胞和正常细胞进行转录组测序,通过对转录组数据进行拼接组装,对差异表达基因进行了生物信息学分析。结果表明:试验共筛选出391个差异表达基因,其中45.6%的差异表达基因显著性上调,这些基因通过GO分类注释,可分为14类;通过KEGG对差异基因进行通路富集,表明差异基因主要富集在破骨细胞分化、色氨酸代谢、乙型肝炎、病毒致癌作用和可卡因成瘾等信号通路,发现了一些与细胞黏着连接、表皮相关的基因有差异性表达。研究表明,通过转录组测序,获得了丰富的关于L1在Hela细胞中表达的信息,为进一步研究L1在细胞中的作用机制供了思路和理论依据。     

住宅楼安装中央空调的加固案例分析

文章通过两处住宅用房安装中央空调的事例,现场查勘、验算与鉴定,证实了在住宅用房的混凝土梁上钻孔洞安装中央空调管线的做法,影响了房屋结构的安全,同时给出了加固处理意见,提出了个人的几点看法.     

测量标志普查资料汇集技术处理

为了适应新的形势发展需要,安徽省国土资源厅已启动新一轮测量标志普查工作。与过去不同,此次普查在资料汇集、调查人员组织、调查资料归档与调用等方面做了较大变革,文章简明阐述了变革后的测量标志普查资料汇集技术处理的过程。     

Regularities of development of settling of models of deep footings

Conclusions 1. The effect of relative penetration on the change in magnitude of settlement is substantial. With the same specific pressure on the base the settlement of the model decreases as the relative penetration increases.2. Published data on values of unit friction forces along lateral surfaces of deep foundations were confirmed. The maximum value of resistance along the side surface was 2 tons/m².3. It was established that the realtionship between the settlement of the model and its diameter is nonlinear. This is of great importance in working out a method for calculating foundations of deep footings from deformations especially if one considers that in this case the foundation carries substantial pressures and deforms under conditions of strongly developed shear regions.Translated from Osnovaniya, Fundamenty i Mekhanika Gruntov, No. 6, pp. 11–12, November–December, 1971.     

自动扶梯逆行故障成因与分析

对自动扶梯突然反转而导致逆行故障的类别和成因进行了分析,讨论了逆行速度及症状,分析了逆行概率及风险,并针对逆行提出了一些对策。     

浅析步行街的建筑工效学——上海市吴江路步行街建筑工效学调研

从建筑工效学的角度对上海市吴江路休闲步行街进行了调查研究，根据调查结果，分析了其在建筑工效学上的一些特点与不足之处并进行了探讨，以期对步行街的建筑工效学设计提供准确的参考。     

环境的共鸣--大连水产学院图书馆的设计

本文通过对大连水产学院图书馆的介绍,向人们展示了建筑与环境之间相辅相成,共同作用,引起环境共鸣的原则方法.     

浅谈饲料中有效能的测定技术

饲料中有效能是供动物生长发育的基础。不同动物所用的有效能体系不同,目前大多数动物采用消化能、代谢能体系,但随着研究的发展与深入,发现最能反映饲料有效能的是净能体系。无论哪种体系,采用合理的测定技术准确测定饲料中的有效能值显得尤其重要,通过对饲料有效能值的准确测定可以实现动物所需能量的精确供给,减少养殖成本,使经济效益最大化。文章综述了几种有效能评价体系的测定技术。     

混凝土碳化深度的灰色预测

混凝土碳化是导致钢筋混凝土结构耐久性损伤的主要原因之一。为了预测混凝土碳化深度,本文建议采用一种基于灰色系统理论的预测模型,该模型可以根据已知的混凝土碳化序列,较精确地预测未来时刻的碳化深度。文章最后以实例说明了该模型的应用。