阿尔金山盐湖极端嗜盐古生菌的分离及16S rDNA序列分析

为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种资源,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ2和AJ4,采用PCR方法扩增出其16S rRNA基因(16S rDNA),并测定了基因的核苷酸序列.基于16Sr DNA序列的同源性比较和系统发育学分析,发现菌株AJ2是Natrmema属中一个与其他成员不同的新种,命名为Natrinema ajinwuensis sp.nov.;菌株AJ4是Haloarcula属中成员argentinensis的一个亚种,取名为Haloar-cula argentinensis subsp.ajinwuensis.菌株AJ2和AJ4的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号分别为AY208972和AY208973.     

新疆艾比湖细菌视蛋白基因资源研究

针对新疆艾比湖这一特定生境中的嗜盐古菌的细菌视蛋白（bacterio-opsin, bop）基因资源进行了研究.通过PCR方法扩增并测定了11株菌株的编码细菌视蛋白螺旋C至螺旋G片段的基因序列.根据该片段基因序列进行的系统发育分析表明,艾比湖获得的bop基因大部分聚类到同一个类群,具有明显的地域特征.将翻译出的氨基酸序列与已报道的相应片段进行对比表明,从艾比湖菌株获得的序列与其他菌株来源的序列间存在明显差异.这些天然的突变体,尤其是菌株AB9、AB27、AB47,都是研究细菌视紫红质（bacteriorhodopsin,BR）蛋白结构和功能的良好材料,而细菌视紫红质是人工视网膜和光子开关等的良好生物材料     

一株中度嗜盐菌的分离鉴定研究

为探索中度嗜盐菌在高盐有机工业废水处理中的应用,从山东省威海市路道口盐场晒盐池盐水中分离一株嗜盐菌株YS-1,对该菌株进行原子力显微镜观察、生理生化测定、全细胞脂肪酸分析及16S rDNA序列同源性分析. 研究表明,YS-1菌株16S rDNA序列与Halomonas sp.(AB167061)的亲缘关系最为接近,确定该菌株为盐单胞菌属(Halomonas sp. ),属中度嗜盐菌;在SBR反应器中对其进行强化高含盐有机废水处理试验,结果表明,菌株YS-1结合海底泥对含盐(NaCl)10%、CODCr为1 645 mg/L的高含盐模拟有机废水进行处理,经72 h CODCr去除率为84.56%,108 h CODCr去除率为96.23%. 该盐单胞菌具有强化高盐有机废水处理的潜在功能,通过分离筛选中度嗜盐菌强化高盐有机工业废水处理具有潜在可行性.     

一株中度嗜盐菌SL21合成Ectoine的研究

从大连市普兰店盐场盐池淤泥中筛选出一株中度嗜盐细菌SL 21,对其进行形态和分子生物学鉴定.运用16 S rDNA技术建立SL 21系统发育树.该菌株为革兰氏阴性细菌,短杆状,最适生长NaCl浓度是10%.以其16S rDNA序列相似性为基础构建了包括7种相关种属在内的系统发育树.结果表明,SL 21与Halomonas venusta的同源性达到99%以上,应归属于盐单胞菌属.研究了中度嗜盐菌SL21的渗透压补偿溶质(Ectoine)的生成及生成条件.用含2 mol.L-1NaCl的肉汤培养基,在30℃条件下,培养48 h,诱导生成Ectoine为285.1 mg.L-1,其Ectoine生成的最适诱导温度是30℃,最适NaCl浓度是2 mol.L-1.     

基于末端产物和基因序列的SRB菌系统发育分析

为实现细菌的多相分类,应用Hungate厌氧技术,从大庆油田采出液中分离到8株硫酸盐还原菌.通过对菌株的气相色谱末端产物测定,16S rDNA、16S～23S rDNA间隔区(ISR)序列克隆进行菌株的系统发育分析.结果表明:8株菌分别属于Salmonella(D2、I7)、Clostridium(F4、D10、H1)、Anaerofilum(A8、A18)、Enterobacter(E1).聚类分析表明,菌株的ISR序列长度差异较大,包含的tRNA种类和数目不同,间隔区序列可以作为16S rDNA序列系统发育分类的一个有力的补充;气相色谱末端产物相似的菌株,亲源关系比较接近,可以作为细菌鉴定的依据;其中16S rDNA序列作为细菌分类的主要依据,对存在争议的菌株,应该结合形态、生理生化特征和ISR序列以及气相色谱末端产物等综合对其进行系统分类.     

br基因的定点突变与表达

细菌视紫红质(bacteriorhodopsin BR)是极端嗜盐菌(Halobacterium halobium)紫膜上的一种光能转换色素蛋白，是一种极有前途的生物光电材料．野生型BR蛋白达不到实用光电材料的要求，因此，通过对细菌视紫红质基因(br基因)的定点改造，构建和表达BR突变体成为生物光电材料研究中的一个热点．以野生型br基因为模板，通过连续PCR的方法向br基因引入一个点突变，并将之克隆至pUCl9载体中．将经测序鉴定的br突变基因重组到穿棱质粒pNov—R中并转化BR缺陷型嗜盐菌L33，得到紫色阳性克隆．经PCR分析和Western杂交检测表明，阳性克隆中构建的br突变基因获得了表达．     

快速筛检活性污泥中硫酸盐还原菌的新方法

由于硫酸盐还原菌(SRB)的生物学多样性以及在系统发育学上的分散性,采用传统方法筛选活性污泥中的SRB准确率不高,且耗时、耗力,而直接采用16S rRNA基因(rDNA)序列分析方法既耗资又不适合从大量细菌中检测SRB.本研究开发出一种新方法,采用SRB16S rDNA特异引物SRB385F为正向引物,真细菌通用引物EUB926R为反向引物,通过梯度PCR,选择适当的退火温度来扩增SRB通用培养基分离的细菌,通过扩增条带与阳性和阴性对照比较,判断待检测菌株是否为SRB,整个过程仅需6h即可完成.将测试菌株进行16S rDNA测序表明该技术获得的阳性菌株全部为SRB.     

一种促进蓝藻生长的海洋细菌的分离与鉴定

从青岛海域的海水中分离出了一株促进蓝藻增殖的海洋细菌QD-3。该菌革兰氏染色呈阳性,周生鞭毛,其形态随着培养时间的不同而改变,培养10 h时,细胞呈短杆状,继续培养至48 h细胞呈球状。16S rDNA序列分析表明,该菌与乙酰微小杆菌DSM20416(ExiguobacteriumacetylicumDSM20416)的同源性最高,16S rDNA的同源性高达99.6%,结合菌株的菌落形态、个体特征及生理生化反应,将QD-3菌株鉴定为乙酰微小杆菌QD-3(E.acetylicumQD-3)。该研究对经济蓝藻养殖和有害蓝藻控制研究有一定的参考价值。     

一株耐盐菌EC51的生长特性及其系统发育分析

从大连市普兰店盐场盐池底部的淤泥中筛选出一株耐盐菌EC51,研究了分离菌株的形态和生长特性,该菌株为革兰氏阳性杆状菌.以其16S rDNA 序列相似性为基础构建系统发育树.结果表明,EC51与Bacillus Pumilus的相似性达到99%.耐盐菌EC51的渗透压补偿溶质（Ectoine）生成情况实验表明,用含2 mol/L NaCl的肉汤培养基,在30 ℃条件下培养48 h,诱导生成Ectoine为197.8 mg/L.     

聚丙烯酰胺降解菌株分离及其系统发育分析

应用Hungate厌氧技术,从大庆油田采油五厂十三区聚合物配注站的母液罐中分离到一株聚丙烯酰胺降解菌株CMW,该菌株为G ,杆状,黑色圆形菌落,最适温度为38℃,最佳pH为7.8,具有硫酸盐还原功能,产H2S,严格厌氧.研究表明,该菌株能以聚丙烯酰胺为唯一碳源,降解侧链,部分官能团发生改变,质量浓度为500 mg/L时菌株具有较高的聚丙烯酰胺降解能力,其溶液黏度下降效果显著.通过形态、生理生化、16S rDNA以及16S~23S rDNA间隔区序列鉴定,可能为梭菌属的新种,暂时命名为Clostridium.sticklandiiCMW(GenBank登录号为DQ011249).16S rRNA基因序列较为保守更适合属间的鉴定,16S~23S rDNA间隔区序列包含tRNAIle和tRNAAla基因,更适合属内种间鉴定.     

Alkalibacillus halophilus subsp. hitensis subsp. nov.:A new subspecies of moderately halophilic bacterium isolated from a chemical plant in China

In order to develop halophilic microorganism resources to improve environment,a Gram-positive,strictly aerobic and moderately halophilic bacterial strain JSA1 was obtained from the waste water sample collected from Jinhong Chemical Plant at Weihai city,by the methods of quick isolation and screening of halophilic bacteria. Systematic studies on it were carried out. Results show that the strain JSA1 is bacillus. The temperature range most suitable for its growth is 29-35 ℃ and the most suitable pH is 6.5-9.0. It can grow well at the salt mass concentration of 30-150 g/L. The C+G mole fraction of its DNA is 37.5%. The analytical result of 16S rRNA gene sequence reveals that this strain has the closest relationship with Alkalibacillus halophilus (DQ359731) of Alkalibacillus. Their similarities are as high as 99%. However,they have obvious differences in aspects of whole-cell main fatty acid components,cell size,cell morphology,motility,oxidase,gelatine liquefication,NaCl tolerance range,pH tolerance range,G+C mole fraction,sole carbon source,sole nitrogen source,antibiotic sensitivity and strain source. Comparing with other species of the same genus,differences of this strain are even more obvious. In view of multiple identification results,we believe this strain is a new subspecies of Alkalibacillus halophilus and name it Alkalibacillus halophilus subsp. hitensis subsp. nov.     

山药分子分类研究

提取山药基因组和叶绿体DNA作为模板,分别扩增山药核糖体18S rDNA和叶绿体核糖体16S rDNA片段.测序获得1646bp的山药核糖体18S rDNA和1351bp的山药叶绿体核糖体16S rDNA,GenBank登录号分别是JF703101和JF703100.将以上两个基因片段分别与GenBank中的一些物种的相关序列进行序列对比,结果表明,18S rDNA序列相似度较大,物种间差异较小.而叶绿体16S rDNA序列在分析不同科的物种演化关系上有较高的分辨率,为分子水平上山药资源的研究提供了资料.     

大蒜在葱科的分子分类地位研究

通过扩增获得18S rRNA和叶绿体16S rRNA基因序列,测序并提交GenBank ,登录号分别是JF719285和JF719286．利用大蒜和GenBank相关序列构建系统发育树,进行分子演化分析．结果表明：大蒜18S rRNA 基因与球序韭、韭菜、茖葱等葱科植物序列相似度高;叶绿体16S rRNA基因与龙舌兰科和薯蓣科的物种序列相似度高．大蒜与葱科植物在18S rRNA序列上具有较高的同源性．18S rRNA序列在植物演化方面的区分度比16S rRNA高．     

西施舌16S rRNA基因片段PCR扩增及其核苷酸序列分析

利用酚/氯仿抽提法提取了西施舌闭壳肌总DNA,以总DNA为模板,利用两条16S rRNA基因特异引物,进行PCR扩增,扩增产物测序后进行序列分析。结果从西施舌的闭壳肌提取得到总DNA,获得一个长度约300 bp的PCR扩增产物;测序结果显示此片段为294 bp;核苷酸序列经WU-blast2分析,与Spisula subtruncata(AJ548774)和Corbicula sp(AY097259)的16S rRNA的同源性均为74%。经DNAStar分析,此核苷酸序列A,G,T,C含量分别为35.74%,25.51%,26.19%和13.59%,A T(61.90%)含量明显高于G C(38.10%)含量。     

大豆耐盐相关基因的分离及其功能鉴定

利用大肠杆菌功能表达体系,从大豆开花40d未成熟种子的cDNA表达文库中筛选获得了11个耐盐相关cDNA克隆.对其中3个克隆的插入片段进行测序.结果显示,其中的Gm1013为一尚未报道的新基因片段;GmRPS25 2编码的蛋白质序列与西红柿40S核糖体蛋白S25有91%的同源性;GmAIP 2编码的蛋白质序列与大豆根铝诱导蛋白SALI3 2有97%的同源性.其中GmAIP 2可表达分子量为30 8kD的多肽.pET GmAIP 2转化后的大肠杆菌在含800mmol/LNaCl和700mmol/LKCl的液体培养基中生长状况明显好于对照菌,即前者表现出较短的生长迟滞期和较高的生长量.     

溴氰菊酯降解菌的分离与鉴定及其降解特性

以长期施用溴氰菊酯农药的茶园土壤作为菌源,以富集驯化培养法从中分离得到一株溴氰菊酯降解菌DXQ018。通过生理生化及16S rDNA分析,将菌株DXQ018鉴定为醋酸钙不动杆菌(Acinetobacter calcoaceticus)。研究了菌株DXQ018在不同条件下对溴氰菊酯的降解特性,结果表明:培养温度、培养基初始pH和底物质量浓度对菌株DXQ018的生长及其对溴氰菊酯的降解率都有影响;当培养温度为37 ℃、培养基初始pH为7、底物质量浓度为20 mg/L时,菌株DXQ018对溴氰菊酯的最高降解率达到58.27%。       

一株耐盐菌EC51的生长特性及其系统发育分析

从大连市普兰店盐场盐池底部的淤泥中筛选出一株耐盐菌EC51,研究了分离菌株的形态和生长特性,该菌株为革兰氏阳性杆状菌。以其16S rDNA序列相似性为基础构建系统发育树。结果表明,EC51与Bacillus Pumilus的相似性达到99%。耐盐菌EC51的渗透压补偿溶质(Ec-toine)生成情况实验表明,用含2 mol/L NaCl的肉汤培养基,在30℃条件下培养48 h,诱导生成Ectoine为197.8 mg/L。     

一株高效反硝化聚磷菌的筛选及脱氮除磷效能

高效的反硝化聚磷菌的分离及脱氮除磷效能的研究对于反硝化聚磷机理及脱氮除磷工艺的创新具有重要意义.采用专性培养基,从稳定运行的A/O/A SBR反应器中分离得到16株反硝化聚磷菌.通过poly-P染色试验、吸磷试验、硝酸盐还原产气及脱氮效能试验相结合的方法,筛选得到一株高效的反硝化聚磷菌Q-hrb05.实验结果表明：经1...     

高效氯氰菊酯降解菌的分离与鉴定及其降解条件优化

从长期施用高效氯氰菊酯农药的菜园土壤中,分离到一株能降解高效氯氰菊酯的细菌GCN019.经生理生化和16S rDNA分析,将菌株GCN019鉴定为荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens).应用Plackett-Burman试验设计确定了影响该菌株降解高效氯氰菊酯的主要因素,利用响应面分析法优化了其降解条件.结果表明,降解体系中高效氯氰菊酯浓度和接种量及初始pH是影响其降解的主要因素;优化条件下高效氯氰菊酯的降解率可达到73.94％,与所建立的模型预测值(74.30％)相吻合.