基于Illumina MiSeq高通量测序技术内蒙古巴彦淖尔市酸粥真菌菌群多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明,酸粥样品中的优势真菌门（平均相对丰度>1.0%）为子囊菌门（Ascomycota）(98.11%);优势真菌属为毕赤酵母属（Pichia）(37.32%)、哈萨克斯坦酵母属（Kazachstania）(20.34%)、酵母属（Saccharomyces）(11.03%)、耐碱酵母属（Galactomyces）(9.41%)、假丝酵母属（Candida）(5.88%)、曲霉属（Aspergillus）(4.44%)、伊萨酵母属（Issatchenkia）(2.69%)和德巴利酵母属（Debaryomyces）(1.51%)。8份样品共包含50个核心操作分类单元（OTU）（存在于所有样品中的OTU）,其中有15个为优势OTU,分别被注释到8个优势菌属中,累计相对含量达92.49%,具有显著相关性的核心优势OTU间均为正相关关系,该酸粥样品中的真菌类群以Pichia等酵母菌为主,且核心真菌菌群之间大多为正相关关系。     

基于MiSeq测序技术石花酒大曲中微生物多样性解析

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对襄阳市石花酒大曲中微生物多样性进行分析。结果表明,4个样品中优势细菌门（＞0.1%）为变形杆菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）,且均为核心菌门;优势细菌属（＞1%）为假单胞菌属（Pseudomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、链霉菌属（Streptomyces）、魏斯氏菌属（Weissella）、明串珠菌属（Leuconostoc）和Kroppenstedtia。优势真菌门（＞0.1%）为子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和Mucoromycota,其中子囊菌门为核心菌门;优势真菌属（＞1%）为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、红曲菌属（Monascus）、热子囊菌属（Thermoascus）、青霉菌属（Penicillium）、曲霉属（Aspergillus）和Leiothecium。样品中假单胞菌属和曲霉属呈现显著正相关（P＜0.05）。综上,4个石花酒大曲样品中共有大量的核心菌群,且样品中细菌与真菌有一定的相关性。     

孝感凤窝酒曲真菌多样性评价

采集了3个孝感凤窝米酒曲样品,使用Miseq高通量测序技术对其真菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,相对含量＞0.5%的属分别为隶属于毛霉亚门（Mucoromycotina）的淀粉霉（Amylomyces）、小克银汉霉属（Cunninghamella）和毛霉属（Mucor）及隶属于子囊菌门（Ascomycota）的复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、曲霉属（Aspergillus）、念珠菌（Candida）、拟威尔酵母（Cyberlindnera）和接合酵母（Zygosaccharomyces）。在分类操作单元（OUT）水平上,发现26个核心OTU,包含的序列数占所有质控后合格序列数的94.32%。由此可见,孝感凤窝酒曲中的真菌微生物主要由隶属于毛霉亚门和子囊菌门的若干个真菌属构成,且米酒曲样品共有大量的核心真菌菌群。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

大竹米酒真菌群落研究及酵母菌分离鉴定

以四川省达州市大竹地区的7份米酒样品为研究对象,采用MiSeq高通量测序技术对米酒样品中真菌菌群多样性进行分析,并通过传统微生物培养技术与分子生物学手段分离鉴定米酒样品中的酵母菌。米酒中真菌群落α多样性分析结果表明,该研究的测序条件可以有效反映样品中生物信息。真菌群落结构分析表明,子囊菌门（Ascomycota）(50.11%)和毛霉亚门（Mucoromycota）(49.81%)为米酒中的优势真菌门（平均相对含量≥1%）,根霉属（Rhizopus）(49.64%)、复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）(19.93%)、酿酒酵母属（Saccharomyces）(16.58%)和威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）(11.53%)为米酒中的优势真菌属（平均相对含量≥1%）。操作分类单元（OTU）结果显示,米酒样品中含有13个核心OTU,占总序列数的86.35%,主要隶属于根霉属（49.48%）、复膜孢酵母属（19.61%）和酿酒酵母属（16.21%）。大竹米酒中可分离菌株以酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）为主,相对含量达87.5%。     

哈密地区奶疙瘩微生物多样性研究

采用MiSeq高通量测序技术对采集自新疆维吾尔自治区哈密地区4个奶疙瘩样品中微生物多样性进行解析。结果表明,奶疙瘩中细菌门主要隶属于硬壁菌门（Firmicutes,44.47%）、变形菌门（Proteobacteria,41.63%）和放线菌门（Actinobacteria,5.77%）;真菌门主要隶属于子囊菌门（Ascomycota,77.10%）、担子菌门（Basidiomycota,11.74%）和毛霉菌门（Mucoromycota,7.36%）。细菌属主要隶属于乳杆菌属（Lactobacillus,21.34%）、醋杆菌属（Acetobacter,12.44%）、不动杆菌属（Acinetobacter,9.86%）和乳球菌属（Lactococcus,9.06%）;真菌属主要隶属于毕赤酵母属（Pichia,19.53%）、曲霉属（Aspergillus,18.94%）和耐碱酵母属（Galactomyces,15.87%）。核心分类操作单元（operational taxonomic units,OTU）中细菌类群主要以Lactobacillus、Acetobacter、Acinetobacter和Lactococcus为主,核心真菌类群主要以Pichia、Aspergillus和Backusella为主。     

基于高通量测序技术分析浓香型白酒大曲真菌菌群多样性

采用高通量测序技术对15份浓香型白酒大曲真菌多样性进行分析。结果表明，不同样品真菌群落丰度和多样性存在显著差异。主坐标分析（PCoA）结果表明，样品NX-1、NX-3、NX-4、NX-10、NX-11真菌组成相似、样品NX-2、NX-8真菌组成相似、其余样品真菌组成存在差异。15份大曲样品中共检测到393个操作分类单元（OTUs），隶属于6个门19个纲和117个属，其中子囊菌门（Ascomycota）、酵母纲（Saccharomycetes）和散囊菌纲（Eurotiomycetes）在15份大曲样品中的相对丰度均较高。在属分类水平上，15份大曲样品出现明显差异，样品NX-1、NX-4、NX-11中的热子囊菌属（Thermoascus）、嗜热真菌属（Thermomyces），样品NX-3、NX-10、NX-13、NX-6和NX-14中的覆膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、毕赤酵母属（Pichia），样品NX-5、NX-12、NX-15、NX-7中的曲霉属（Aspergillus），样品NX-9中的曲霉属和根毛霉属（Rhizomucor）、样品NX-2中的威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）、酵母属（Saccharomyces），及样品NX-8中的耐碱酵母属（Galactomyces）和双足酵母属（Dipodascus）相对丰度较高。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

清香型白酒酿酒大曲微生物菌群多样性解析

采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元（OTU）数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门（相对丰度＞1%）主要有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等,优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有泛菌属（Pantoea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、雀麦属（Bromus tectorum）等。绝对优势真菌门（相对丰度＞90%）为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属（相对丰度＞50%）为孢圆酵母属（Torulaspora）。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。     

基于Illunima Miseq测序技术的黄酒麦曲真菌多样性分析

该研究以采集的4个黄酒麦曲样品为研究对象,利用Illunima Miseq高通量测序技术对麦曲样品中真菌的群落结构和多样性进行解析。研究发现,Ascomycota（子囊菌门）是麦曲中的主要菌门,平均相对含量高达90.21%;曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、犁头霉属（Absidia）和脉孢菌属（Neurospora）为麦曲中的优势细菌属,其中曲霉菌属（Aspergillus）的平均相对含量高达68.21%。在操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）水平上,OTU3213、OTU3344、OTU4507、OTU623 和 OTU3471 为麦曲中的优势 OTU,其中属于Aspergillus的OTU3213平均相对含量高达64.14%。由此可知,黄酒麦曲中含有大量的核心真菌微生物。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析来凤地区腌制大头菜叶中微生物多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门（Firmicutes,52.28%）和变形菌门（Proteobacteria,38.40%）为主要优势细菌门;子囊菌门（Ascomycota,88.19%）和担子菌门（Basidiomycota,11.15%）为优势真菌门。在属分类水平上,注释到明确分类地位的细菌属和真菌属分别有382个和31个,其中平均相对含量＞1%的分别有12个和8个。在操作分类单元（OTU）水平上,共发现17个核心细菌OTUs和11个核心真菌OTUs。综上,腌制大头菜叶具有较高的微生物多样性,且细菌群落物种数高于真菌。     

初烤和复烤对烟叶真菌群落结构的影响

为了解初烤和复烤环节对烟叶真菌群落结构的影响,以贵州湄潭、平坝和惠水的烟叶为研究对象,通过高通量测序技术分析不同加工阶段（初烤前、初烤后、复烤前和复烤后）烟叶的真菌群落。12个样本共检测到真菌界4个门、23个纲、71个目、196个科、445个属、724个种和1 171个OTUs。结果表明初烤和复烤前后的烟叶真菌组成存在明显差异:在属水平上,初烤前Sampaiozyma和Symmetrospora为优势属,其相对丰度分别为44.27%和21.24%;初烤后Sampaiozyma、链格孢属（Alternaria）和未分类的亚隔孢壳科（Didymellaceae）真菌为优势属,其相对丰度分别为37.87%、18.42%和12.89%;复烤前曲霉属（Aspergillus）、Sampaiozyma和根霉属（Rhizopus）为优势属,其相对丰度分别为60.82%、24.12 %和2.51%;复烤后Sampiozyma和曲霉属（Aspergillus）为优势属,其相对丰度分别为46.12%和25.78%。Sampaiozyma在4个加工阶段一直占据优势地位。      

利川酱豆细菌群落组成及其对风味的影响

以湖北利川酱豆为研究对象，采用高通量测序技术解析样本细菌群落结构，采用电子鼻分析其挥发性风味成分，并对样本细菌群落与风味成分之间的相关性进行研究。结果表明，利川酱豆优势细菌主要隶属于厚壁菌门（Firmicutes），主要为芽孢杆菌属（Bacillus）（85.52%）、魏斯氏菌属（Weissella）（4.03%）和葡萄球菌属（Staphylococcus）（2.83%）；样本中核心操作分类单元（OTU）有422个，OTU包含的序列数占总序列数的84.70%。基因功能预测发现，利川酱豆细菌序列在“氨基酸转运与代谢”、“碳水化合物转运与代谢”、“转录”与“复制、重组和修复”等功能占比较高。相关性分析结果表明，优势细菌与风味指标具有明显相关性，且芽孢杆菌与烷烃芳香成分的形成呈正相关。结果表明，利川酱豆中含有丰富的细菌群落，且其中芽孢杆菌可促进酱豆风味的形成。     

基于高通量测序的陶融型大曲微生物群落结构分析

利用高通量测序技术研究成品陶融型大曲的微生物群落结构，并与大曲的理化性质进行相关性分析。结果表明：大曲中共检测到83?个细菌可操作分类单元（operational taxonomic units，OTU），主要细菌类群为厚壁菌门（Firmicutes）占79.15%、变形菌门（Proteobacteria）占15.30%、放线菌门（Actinobacteria）占4.05%、蓝藻门（Cyanobacteria）占1.42%，其他占0.08%，优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、泛菌属（Pantoea）、明串珠菌属（Leuconostoc）、Kroppenstedtia、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、片球菌属（Pediococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、Enterobacteriaceae_unclassified、Mitochondria_norank、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、Cyanobacteria_norank；检测到34 个真菌OTU，其中子囊菌门（Ascomycota）为绝对优势菌群，占99.19%，优势菌属为unidentified、嗜热真菌属（Thermomyces）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、曲霉属（Aspergillus）、根毛霉属（Rhizomucor）、威克汉姆酵母（Wickerhamomyces）、哈萨克斯坦酵母（Kazachstania）；陶融型大曲中细菌的多样性远高于真菌，大曲主体微生物明显，不同种属的微生物与大曲相关理化指标呈显著相关性。该研究对于指导陶融型大曲制作工艺的优化及陶融型白酒的生产具有重要意义。     

荆州地区霉豆渣真菌多样性研究

采用高通量测序技术,对采集自湖北省荆州地区下辖的监利市和石首县的霉豆渣样品真菌多样性进行解析。结果发现,子囊菌门(Ascomycota)平均相对含量57.77%、担子菌门(Basidiomycota)33.54%和毛霉门(Mucoromycota)8.00%,为荆州地区霉豆渣中主要真菌门,且各菌门在2个县市霉豆渣样品中含量差异不显著(P>0.05)。镰刀霉属(Fusarium)34.60%、丝孢酵母属(Trichosporon)28.96%、篮状菌属(Talaromyces)12.51%、放射毛霉属(Actinomucor)7.27%和枝孢属(Cladosporium)1.55%为主要真菌属,且镰刀霉属在2个县市霉豆渣样品中含量差异极显著(P<0.01),其在监利市和石首县样品中的平均相对含量分别为56.74%和12.45%。10个分类操作单元矩阵(operational taxonomic units,OTU)存在所有样品中,其中OTU1366和OTU963分别被鉴定为丝孢酵母属和镰刀霉属,平均相对含量分别为27.50%和29.08%。经聚类分析、主坐标分析和多元方差分析发现,采集自荆州地区下辖2个县市的霉豆渣样品真菌群落结构存在显著差异(P<0.05),且采集自石首县的霉豆渣真菌类群的组间差异性大于监利市(P<0.05);经LEfS e(linear discriminant analysis effect size)分析发现,导致2个县市霉豆渣样品存在差异的类群为耐碱酵母属(Galactomyces),其在监利市和石首县样品中的相对含量分别为1.46%和0.62%。由此可见,虽然共有大量的核心类群,但荆州地区不同县市制作的霉豆渣其真菌群落结构存在显著的差异,而该差异主要由耐碱酵母属导致。     

剁椒姜丝后熟阶段微生物与挥发性风味物质的相关性

以后熟阶段剁椒姜丝为研究对象,采用高通量测序技术和顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术对其微生物群落结构和挥发性风味物质进行分析,并基于多元统计分析揭示其关系。结果表明：在门水平上,鉴定出3个优势细菌门和2个优势真菌门,分别是变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、子囊菌门和担子菌门。在属水平上,鉴定出9个核心细菌属和11个核心真菌属,细菌属主要有罗尔斯顿菌属、不动杆菌属、肠杆菌属等,真菌属主要有炭疽菌属、青霉菌属、镰刀菌属等。剁椒姜丝后熟阶段共鉴定出87种挥发性化合物,其中烃类15种、酸类10种、醇类28种、醛类3种、酯类11种、酮类5种、酚类5种、醚类3种、萜烯类2种和其他类5种。基于Pearson相关系数揭示了36种差异显著（P<0.05,VIP>1）挥发性风味物质与优势微生物之间的相关性,发现德巴利氏酵母属、肠杆菌属和欧文氏菌属与多种风味物质的变化呈一定相关性。本研究为剁椒姜丝品质提升提供了一定数据支撑。