酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立

以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分率为100%。利用NTSYSpc2. 10e软件进行遗传相似性系数分析,所有品种间的遗传相似系数变化范围在0. 71~0. 85之间,平均遗传相似系数为0. 76。通过非加权类平均法(unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0. 73处,将10个葡萄品种分成了2个类群,在一定程度上揭示了红白酿酒葡萄之间的亲缘关系。将扩增片段图谱按大小赋值后利用6对引物构建了酿酒葡萄分子身份证编码,可区分所有试材。同时,选择多态性高,重复性好的Vr ZAG79、Vr ZAG62、VVMD27、VVMD5和VVS2引物构建了酿酒葡萄品种的SSR位点荧光图谱,这为鉴定和检测葡萄品种及葡萄酒真实性和纯度提供了参考依据。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

从212对SSR标记引物中筛选出48对引物,对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

利用MFLP标记分析栽培种花生遗传多样性

利用5对多态性良好的锚定微卫星片段长度多态性（MFLP）引物,对包含两大亚种四大类型的18份花生栽培种质的遗传多样性进行分析。5对引物共扩增出291条带,其中多态性条带236条,多态率为81.1%。供试材料间的遗传相似系数值在0.3143～0.8286之间,平均为0.5862。UPGMA聚类分析将18份供试材料按照亚种聚为两类（I,II）;在两大类群下,大多数品种基本按照类型聚类,少数存在交叉。本研究结果表明,MFLP分子标记技术能有效检测栽培种花生的遗传变异,且在遗传关系分析及分子分类上有较高的效率。     

同科植物SSR引物在烟草遗传差异分析中的应用研究

为丰富分子标记类型,加速烟草种质资源遗传多样性的研究利用,从番茄、辣椒的SSR引物中选择22对SSR引物,用遗传差异较大的14个烟草材料筛选引物,应用筛选出的引物对24份烤烟材料进行扩增,分析其遗传差异性。22对SSR引物中筛选出8对重复性好、多态性高的引物。8对引物在24份烤烟材料中共检测到98条遗传多态性带,引物多态信息量变化范围为0.451～1,平均0.646。品种间的遗传相异系数变异范围为0.3445～0.8626,平均0.6052。引物9扩增的谱带可把24个品种完全区分开。在遗传距离为0.62水平可将24份材料聚为四大类,其聚类结果与实际亲缘关系基本一致。因此,同科植物的SSR引物能较好地从分子水平上揭示烟草种质资源遗传背景和亲缘关系,可以应用于烟草品种资源的遗传差异分析。     

常见水稻品种的DNA指纹图谱构建及其遗传

通过筛选的10条引物对供试的18种水稻材料进行PCR扩增。共扩增出清晰、重复性好的谱带144个,其中多态性带为138条,多态性比率高达95.8%;应用引物808、809、810、816及其组合获得了每个品种的ISSR特征带,有效区分出所有供试材料,并建立18个水稻品种的ISSR指纹图谱;统计10条ISSR引物的标记信息,对18个水稻样品的遗传相似性进行计算,得出遗传相似性系数在0.42⁰.94之间存在显著的遗传变异,平均相似性系数为0.680。通过UPGMA法构建的树状聚类图,在相似性系数为0.719时可以将18个供试样本以粳、籼稻严格地划分为2个大类群。     

43份葡萄种质遗传多样性的SSR分析

SSR(Simple Sequence Repeat,简单序列重复)标记技术被广泛应用于葡萄的品种鉴定和遗传多样性研究。本研究选取43份葡萄种质,采用6对SSR引物对供试品种遗传多样性进行了分析,构建了DNA指纹图谱,并根据遗传相似系数,采用非加权平均法(UPGMA)进行聚类分析,以期为品种鉴定和亲缘关系分析提供参考依据。结果表明,6对SSR引物共扩增出64个多态性位点,观测杂合度在0.74~0.84;利用获得的DNA指纹图谱,可以实现对葡萄品种的区分;聚类分析表明,在遗传相似系数为0.13时,全部供试品种被分为3大类,可以区分酿酒品种和鲜食品种,并能区分欧亚种和欧美杂种。研究结果表明,SSR标记可以从分子水平上有效区分葡萄品种和分析其亲缘关系。     

西藏野生油菜遗传多样性分析

利用10对AFLP引物及13对SSR引物,分析了43份来自西藏地区部分野生类型油菜种质的遗传多样性。10对AFLP引物共得到276条清晰的谱带,其中多态性带214条,多态性位点比率为77．5％,平均每对AFLP引物得到21．4条多态性带。13对SSR引物共扩增出57条带,其中多态性带51条,多态性位点比率为89．5％,说明西藏野生油菜遗传多样性丰富。通过对西藏野生类型油菜资源的遗传距离以及聚类分析,可将西藏野生类油菜分为两大类群,分别为白菜型和芥菜型野生油菜种质资源;两种分子标记适合揭示西藏野生油菜的遗传多样性。     

基于SSR分子标记的普通菜豆种质遗传多样性分析

建立SSR-PCR反应体系对69份菜豆种质资源进行遗传多样性分析,并利用UPGMA法进行聚类分析及类群划分。17对SSR标记共检测获得等位变异位点55个,变幅2～5个,平均每对检测到标记3.24个;17对引物的多态性位点数17个,多态性百分含量100%。根据聚类分析结果：材料间遗传相似性系数（GS）变异范围0.392～0.963,平均值为0.659;在遗传相似系数0.67水平上将69份菜豆种子材料分为4个类群,说明普通菜豆种质遗传多样性丰富。     

云南品牌卷烟主体烟叶原料的ISSR多态性分析及标记

为考察云南品牌卷烟主体烟叶原料的遗传多样性,从27个ISSR引物中筛选出7个引物,分别在17份烟草材料中进行PCR扩增。结果显示,能够产生40条稳定的条带,其中多态性带28条。通过UPGMA聚类分析,将17个烤烟品种分为2类。品种间遗传相似指数范围为0.50~1.00。同时,利用1个多态性强的ISSR引物、通过聚丙烯酰胺凝胶可以将这17份烤烟材料区分开,每个品种均有各自独特的指纹图谱,表明ISSR标记适于烟草品种鉴定和遗传多样性分析。     

苦荞遗传多样性分析与核心种质筛选--测试文章

利用SSR分子标记技术,对来自西藏、陕西、四川、贵州等4省区的210份苦荞品种进行遗传多样性研究。结果表明,所选用的50对SSR引物中,有16对引物多态性良好,共扩增出178个条带,其中多态性条带达118个,占总数的66.3%;210份苦荞种质的遗传变幅为0.62～0.98,平均值为0.80,在遗传相似系数为0.88处可划分为5大类。聚类结果显示,来自同一地区的苦荞品种显示出聚为一类的趋势,表明苦荞的遗传信息受地理分布的影响较大;第V类所聚的41份分别来自西藏（27份）、陕西（8份）和贵州（6份）的品种表现出较为丰富的遗传多样性,与其他种质相比,这41份材料不仅遗传差异较大,而且遗传来源广泛,可作为苦荞核心种质筛选的基础。     

中国莲子种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD标记对收集自全国不同地区的22个莲子(NympheaceaeNelumboAdans)栽培品种及野生品种的遗传多样性进行了分析。结果表明:筛选出的14个随机引物扩增出109条DNA指纹谱带,其中83条为多态性片断,为总数的76.1%。应用PhylTools统计数据软件进行差异条带的遗传距离系数分析,构建遗传距离系数矩阵,然后用PHYLIP软件包(版本3.573c)非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析并绘制聚类树状图,供试品种可以划分为五大类,其中江苏水选1号、建宁莲3号、建瓯莲分别单独为一类,其它19种聚为二类。从中可看出品种间的遗传距离与收集地区没有直接的关联,该研究为莲子育种提供重要的信息。     

92份雪茄烟原料种质资源遗传多样性研究

为准确评价雪茄烟种质资源的遗传多样性,利用SSR引物对92份可用作雪茄烟原料的种质进行分析,共检测到234个等位基因,平均为5.441 9,每个位点的多态性信息量变化范围为0.099 5~0.846 9,平均值为0.608 2;Nei’s多样性指数平均为0.654 6,Shannon信息指数平均达1.303 5。UPGMA聚类分析在遗传距离0.35处可将供试种质分为4个类群,PCA主成分分析将供试材料划分为4个类群,Structure群体遗传结构分析将供试材料划分为5个类群;不同分析方法划分的类群虽然有所差异,但分析结果均与地理来源有一定的相关性。从中筛选出15对核心引物构建了供试种质的指纹图谱,为建立雪茄烟种质资源鉴定体系奠定理论基础。本研究可为雪茄烟鉴定评价、遗传背景研究和种质创新应用等提供科学依据。     

烟草种质资源遗传多样性与群体结构分析

发掘优良基因,为改良烟草品种提供理论依据。采用ABI-3500xl遗传分析仪对87份烟草种质材料进行多态性检测。在87份烟草种质中,41对SSR引物共检测出241条多态性位点,平均为5.88个位点。遗传相似系数为0.47~0.91,PIC值为0.23~0.91,平均为0.63。群体结构分析表明,当K=2时,△K值最大,即87份烟草材料可划分为2个类群P1和P2,P1类群又可划分为5个亚类,P2类群可划分为2个亚类。烟草种质资源遗传多样性丰富,群体结构划分与种质类型不完全相关。     

利用荧光MFLP 标记技术分析烟草种质的遗传多样性

微卫星锚定片段长度多态性(MFLP)是一种新型分子标记技术,本研究依据该技术原理,通过将M13 通用荧光接头连接在设计的 SSR 引物上对扩增产物进行荧光标记,建立了适合于烟草的荧光 MFLP 标记体系;在此基础上,利用该技术从144对选择性扩增引物组合中筛选出15对适宜的引物组合,对32份来自于不同国家和地区的烟草种质材料的遗传多态性进行了分析。试验结果显示,这些引物组合扩增的产物在 32 个烟草种质中的多态性范围为 2～13 个,平均 4.3 个;利用种质材料间遗传多态性开展的遗传相似性分析表明,32 份烟草种质间的相似系数在0.40到0.83之间。运用UPGMA聚类分析和主坐标分析法,有效地将这些烟草种质材料的来源和类型进行了分类。结果表明,荧光 MFLP 标记技术能有效地发现供试烟草材料的DNA多态性,表明该技术适用于烟草遗传特性分析的研究和应用。     

2011-15-3等4个茶树新品系亲缘关系的 EST-SSR分析

目的对2011-15-3等4个茶树新品系进行亲缘关系分析,以期为新品系的识别、新品种登记及育种亲本选配提供可靠依据。方法利用文献开发的24对EST-SSR引物,对4个茶树新品系等7份材料进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图。结果 24对引物共扩增出69个等位位点,平均2.88;平均杂合度观测值(Ho)、平均杂合度期望值(He)、Shannon指数的平均值分别为0.42、0.54、0.75,相似系数变幅为0.47~0.89。槠叶齐、碧香早、高芽齐的后代与其母本相似系数值分别高达0.84、0.79、0.79、0.78。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在相似系数平均值0.66处可将参试的7份材料分为3类:第Ⅰ类为高芽齐和2011-34-1,第Ⅱ类为槠叶齐、2011-21-1和2011-21-3,第Ⅲ类为碧香早和2011-15-3。结论明确了4个茶树新品系与其他品种的亲缘关系及品种间的遗传距离。     

豫南烟区烟草青枯病菌的致病力及遗传多样性分析

为有效防控豫南烟区烟草青枯病,对来自信阳市罗山县、驻马店市确山县和遂平县的烟草青枯病菌的致病力和遗传多样性进行了测定分析。人工接种试验表明,豫南烟区烟草青枯病菌的致病力分为强、中和弱3种,不同寄主来源的烟草青枯病菌具有显著的致病力差异。从100个随机引物中筛选出8个扩增条带清晰且具有丰富多态性的引物用于不同地区烟草青枯病菌菌株DNA的RAPD分析,共扩增出720条带,其中多态性带占88.9%。聚类结果和遗传相似系数分析显示,供试菌株可分为A、B两大类,遗传相似系数范围为0.49~1.00,且供试菌株间的遗传相似性与其地理来源有一定的相关性。综上所述,豫南烟区烟草青枯病菌的致病力存在明显差异且其DNA具有丰富的遗传多样性。     

SSR荧光标记毛细管电泳法与国家冬油菜区试指纹鉴定平台的构建

为了油菜品种指纹检测的精确性及未来构建大规模油菜新品种指纹数据库,应用SSR荧光标记毛细管电泳检测法构建国家冬油菜区试指纹鉴定平台。以40对荧光引物对2012-2013年度163份国家冬油菜区试参试品种（系）进行分析。结果共检测到42个等位位点和131个等位变异。其中A基因组（n1～n10）检测位点25个,C基因组（n11～n19）检测位点17个。每个位点等位变异数从2到6不等,平均为3.02。42个检测位点的PIC值变化范围在0.10～0.69之间,平均值为0.36。其中引物BRGMS171的杂合度、PIC值分别高达0.67、0.70,可考虑作为以后区试杂交种纯度鉴定的核心标记。SSR位点的纯合度分析得出本年度18份常规种平均纯合度为81.9%,145份杂交种为57.9%。以131个等位变异计算品种（系）间DICE相似系数,163份品种（系）间平均遗传相似系数变幅为0.607～0.765,变幅最大的为品种（系）FC03（0.438～0.879）,变幅最小为品种（系）宜油21（0.611～0.806）。     

广西地方葛根种质资源遗传多样性的SCoT分析

为了解广西地方葛根种质资源之间的亲缘关系,本研究以SCoT分子标记对44份广西葛根种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,并进行遗传多样性分析。结果表明,25条SCoT引物共扩增出223个条带,其中具有多态性的条带有194条,平均每条引物获得776个多态性条带,多态性比例为86.99%。聚类分析表明,44份葛根种质资源的遗传相似系数在0.587～0.982之间。在系数0.65处,44份葛根分为两大类,37号材料单独成为一类;在系数为0.74处,可聚为六类。综上所述,SCoT分子标记适用于葛根种质资源遗传多样性分析,本研究结果为广西葛根种质资源鉴定评价和新品种选育奠定了一定的理论基础。     

不同烟草群体间遗传多样性分析

利用SRAP标记对81份烟草种质进行遗传多样性分析,根据种性来源将81份种质材料分为黄花烟地方种质、普通烟草地方种质、选育种质以及引进种质四个群体.结果表明:(1)从160对引物组合中筛选出17对扩增带清晰、重复性和多态性好的引物用于81份烟草种质资源遗传多样性研究,共检测到163个位点,其中123个位点具有多态性,多态性比例为75.5%,平均每个引物检测到10个位点.遗传多样性指数(Nei's)和Shannon's指数分别为0.41和0.57,种质间遗传相似系数变异范围在0.11～0.99之间,说明我国烟草种质资源中存在着丰富的遗传变异. (2)四个群体遗传差异由大到小分别为:黄花烟地方种质>普通烟地方种质>引进种质>选育种质.(3)聚类分析可将81份种质材料划分为黄花烟草和普通烟草2大类群,烤烟、晒晾烟、白肋烟、雪茄烟以及香料烟五种栽培类型之间没有明确的界线;聚类分析和主坐标分析计算结果表明,黄花烟地方种质与其它三个群体的遗传距离较远,表明目前在我国烟草育种中对黄花烟的利用较少.引进种质和选育种质群体间遗传相似系数为0.99,说明目前我国烟草育种中较多利用引进种质,对具有丰富遗传变异的地方品种利用较少,育种亲本遗传基础狭隘.     

云南省烟草镰刀菌根腐病菌遗传多样性分析

【背景和目的】尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）引起的根腐病是烟草主要的土传病害,在云南烟区普遍发生。为分析云南省不同地理来源尖孢镰刀菌的遗传差异性和亲缘关系。【方法】采用ISSR(inter-simple sequence repeat)和SRAP(sequencerelated amplified polymorphism)分子标记技术分析40株菌株遗传多样性。【结果】（1）采用ISSR技术,供试的7条引物共扩增出53条条带,其中多态性条带44条,平均多态性条带83.02%。菌株间的遗传相似系数为0.49～0.96,存在遗传背景差异。遗传相似系数为0.68时,40株菌株可分为3个类群。（2）采用SRAP技术,供试的7对引物共扩增出44条条带,其中多态性条带32条,平均多态性条带72.73%,菌株间的遗传相似系数为0.55～0.96。遗传相似系数为0.70时,40株菌株可分为3个类群,结果与ISSR一致。【结论】云南省烟草尖孢镰刀菌菌株间遗传差异大,ISSR和SRAP分子标记技术可用于烟草尖孢镰刀菌的遗传多样性分析。