食源性致病菌全基因组测序及全球数据共享平台发展趋势

随着用于监测食源性致病菌和暴发调查的分子分型技术迅猛发展,全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)正逐渐显露出其重要性。在食品贸易全球化背景下,急需建立食源性致病菌与人类感染间联系的详尽认识,从而精确监测并减少其发生。在该方面,WGS的精确性明显优于之前的分析工具。本文主要以单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)为例,阐述食源性致病菌监测情况和感染暴发调查现状,强调WGS在食源性疾病溯源方面的价值,概述用于数据生成和分析的技术,着重介绍WGS在全球食源性致病菌分型领域的实际应用进展,并对其未来所面临的挑战进行展望。     

2013年山东省食源性疾病暴发事件 流行病学特征分析

目的分析2013年山东省食源性疾病暴发事件的流行病学特征,为制定食源性疾病预防控制措施提供依据。方法对2013年通过国家食源性疾病暴发报告系统上报的30起食源性疾病暴发事件进行整理分析。结果 2013年共发生食源性疾病暴发事件30起,发病人数654人,死亡2人。食源性疾病暴发事件的主要发病季节是第三季度,全年食源性疾病暴发主要发生在4~10月份,其中以8月份最高;16~60岁人群是暴发事件发生的主要人群;饮食服务单位是发生食源性疾病暴发事件的主要场所,其次是集体食堂;加工不当与交叉污染是引起食源性疾病暴发事件的主要原因:微生物是引起食源性疾病暴发事件发生的主要致病因素,不同致病因素之间导致的罹患率不同(P0.05);引起食源性疾病暴发事件的主要原因食品是混合食品。结论加强对高发季节、高发因素、高发污染环节的监控;加强食源性疾病暴发事件的调查处置;加大防控食源性疾病暴发事件的宣传力度等,是预防和控制食源性疾病暴发事件的有效措施。     

食源性致病菌及食源性疾病的监测动态

目前食源性致病菌及食源性疾病对公共卫生的威胁依然严重。由于全球性食品贸易的快速增长 ,战争、灾荒、旅游业等导致的人口流动 ,饮食习惯的改变 ,食品加工方式的变化 ,新食源性致病菌的不断出现以及细菌耐药等问题 ,成为人类必须面对的严重挑战。检测新的食源性疾病 ,确定食源性致病菌在食物链中相关的食品 ,寻找预防食品污染的关键环节 ,具备对突发事件的反应能力 ,为制定行之有效的公共卫生政策提供科学依据 ,对公共卫生干预行为的效果进行追踪和评价都依赖于监测的能力和水平。因此近年来各国政府及相关技术部门纷纷发展和运用高新技术…     

2018—2022年保山市食源性疾病暴发事件流行病学特征分析

目的：探讨保山市2018—2022年食源性疾病暴发事件的流行病学特征,为制定全市食源性疾病预防和控制措施提供依据。方法：对2018—2022年保山市食源性疾病暴发事件进行描述性分析及统计学分析。结果：2018—2022年共报告食源性疾病暴发事件259起,发病1 362人,死亡8人,罹患率13.98%。食源性疾病暴发事件以6—8月为发病高峰,共报告167起（64.48%）。毒蘑菇中毒报告起数和死亡人数占总数的47.88%和75.00%。家庭、餐馆、学校和农村宴席是食源性疾病暴发事件的主要场所,家庭报告190起（73.36%）,死亡8人（100%）;农村宴席平均每起事件发病人数高于其他场所。食用毒蘑菇（99起）和有毒动植物（44起）是致病的主要原因。微生物因素引起的发病人数（453例）居首。结论：2018—2022年保山市食源性疾病暴发事件主要发生在夏季,家庭为主要暴发场所,毒蘑菇中毒是致死率最高的致病因素。应加强卫生监管,有针对性地开展预防野生菌及微生物食物中毒健康教育,采取适当的干预措施可有效降低发病数和死亡数,降低食源性疾病的负担。     

2006—2010年我国食源性疾病暴发简介

目的 分析2006-2010年中国食源性疾病暴发事件的流行病学特征.方法 对卫生部突发公共卫生事件网络直报系统公布的2006-2010年食源性疾病暴发资料进行统计分析.结果 2006-2010年,共收到食源性疾病暴发事件报告2 023起,累计发病62 920人,死亡967人.微生物引起的食源性疾病暴发事件数和患者数最多,分别占40.09％和61.92％;有毒动植物引起的暴发事件数和患者数分别占30.70％和17.64％.化学物引起的暴发事件数和患者数分别占17.99％和9.90％.结论 微生物病原菌是导致我国食源性疾病暴发的主要原因.     

2006-2008年广州市食源性疾病暴发监测分析

目的分析2006-2008年广州市食源性疾病暴发的特征,提出针对性的防控策略和措施。方法确定食源性疾病暴发的标准,利用食源性疾病暴发监测与报告系统收集2006-2008年暴发资料,建立excel食源性疾病暴发数据库,按季节、月份、致病因素、致病食品、就餐场所、引发因素等进行分析。结果2006-2008年食源性疾病暴发共189起,发病2678例,死亡6例,平均每起发病14.17例,罹患率13.47%,病死率0.22%。查明致病因素共166起,占总数的87.83%;微生物性暴发起数和发病人数最多,分别占总数的58.20%和70.95%;有毒动植物性暴发死亡人数最多,占总数的66.67%。微生物性(17.27例)平均每起患者数最多;化学性罹患率(91.83%)最高;有毒动植物性病死率(1.86%)最高。结论应提高食源性疾病暴发监测与报告系统的效率和质量,开展针对性防控,降低食源性疾病负担。     

2012—2021年江西省食源性疾病暴发事件流行病学特征分析

目的 分析2012—2021年江西省食源性疾病暴发事件的流行病学特征,为制定预防措施提供依据。方法 收集江西省2012—2021年食源性疾病暴发监测系统中报告的食源性疾病暴发事件资料,采用描述性流行病学方法对资料进行分析。结果 2012—2021年江西省共报告食源性疾病暴发事件1 285起,累计发病7 222人,死亡48人,病死率为0.66%（48/7 222）,各年度的病死率比较差异有统计学意义（P≤0.001）。10年间暴发事件数呈总体上升趋势,事件集中发生在5—9月份。在查明原因的768起暴发事件中,毒蘑菇引起的事件数和死亡人数最多,分别占50.78%（390/768）和93.75%（45/48）;微生物性因素引起的发病人数最多,占49.41%（2 266/4 586）,主要致病菌为沙门菌和副溶血性弧菌。家庭和餐饮服务场所是事件的主要发生场所,其中家庭发生的事件数和死亡人数最多,分别占64.75%（832/285）和95.83%（46/48）,主要致病因子为毒蘑菇;餐饮服务场所的发病人数最多,占51.77%（3 739/7 222）,主要致病因子为微生物性因素。结论 家庭是毒蘑菇死亡事件发生的主要场所;微生物性致病因子是餐饮服务场所和学校的主要致病因素。建议重点针对广大农村家庭开展食用野生蘑菇的危害性宣传,同时加大重点场所食品安全监督管理和健康教育力度,减少食源性疾病及死亡病例的发生。     

1998-2002年美国食源性疾病暴发监测

1998-2002年美国每年报告食源性疾病暴发在1243～1417起之间,平均每年1329起,共报告食源性疾病暴发6647起,患者128370例。其中病原明确的暴发为2167起,病例数为68981人。在病原明确的暴发及病例中,细菌性致病菌引起的暴发起数占55%,病例数占55%;病毒引起的暴发起数占33%,病例数占41%,病原以诺若病毒为主。化学因素导致的暴发起数占10%,病例数占2%。寄生虫导致的暴发起数占1%,病例数占1%。在细菌性致病菌引起的暴发中,沙门菌、大肠埃希氏菌、产气荚膜梭菌和金黄色葡萄球菌是主要的病原。     

2001~2018年苏州市学校食源性疾病暴发事件分析

目的 为预防和控制苏州市学校食源性疾病暴发事件的发生提供科学决策。方法 对2001～2018年苏州市学校食源性疾病暴发事件报告和调查报告进行统计分析,主要分析不同年份食源性疾病暴发情况、致病因子、月份、学校类别、事件起数、发病人数等。结果 2001～2018年苏州市学校中食源性疾病暴发26起,占4.69%(26/554),发病985例,占8.87%(985/11104)。致病微生物及其毒素是导致学校食源性疾病暴发的主要致病因子,9月份是事件的高发月份,且小学暴发事件最多。粮食类及肉类是暴发的主要食物,加工人员污染和加工销售污染是暴发的主要原因。结论 缩短食品加工到就餐的时间,防止加工环节和加工人员污染能有效防止食源性疾病的暴发。     

2015-2019年云南省家庭食源性疾病暴发事件分析

目的 分析2015-2019年云南省家庭食源性疾病暴发事件的流行病学特点,为制定家庭食源性疾病防控措施提供参考.方法 对2015-2019年云南省食源性疾病暴发监测系统中报告的家庭食源性疾病暴发事件数据进行统计分析.结果 2015-2019年云南省共报告家庭食源性疾病3 159起,发病12 402人,死亡229人,病死...     

Application of foodborne disease outbreak data in the development and maintenance of HACCP systems

Five-hundred and thirty general foodborne outbreaks of food poisoning reported in England and Wales between 1992 and 1996 were reviewed to study their application to the development and maintenance of HACCP systems. Retrospective investigations of foodborne disease outbreaks provided information on aetiological agents, food vehicles and factors that contributed to the outbreaks. Salmonella spp. and foods of animal origin (red meat, poultry and seafood) were most frequently associated with outbreaks during this period. Improper cooking, inadequate storage, cross-contamination and use of raw ingredients in the preparation of food were the most common factors contributing to outbreaks. Classification and cross tabulation of surveillance information relating to aetiological agents, food vehicles and contributory factors facilitates hazard analysis. In forming control measures and their corresponding critical limits, this approach focuses monitoring on those aspects that are critical to the safety of the product. Incorporation of epidemiological data in the documentation of HACCP systems provides assurance that the system is based on the best scientific information available.     

苏州市食源性单核细胞增生李斯特菌的全基因组测序分析

目的 应用高通量测序技术分析苏州市食源性单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes, Lm)的毒力基因携带情况、分子分型、遗传进化谱系及遗传进化关系等分子特征。方法 对2016—2020年分离自食品的42株Lm进行全基因组测序,运用CLC Genomics Workbench 21.0.4软件进行组装及毒力基因和耐药基因分析;通过与BIGSdb-Lm数据库比对获得谱系、克隆群(clone complexes,CC)、血清群、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST);利用柏熠微生物分析平台v4.0构建最大似然树。结果 42株Lm共包含两个谱系,谱系Ⅰ和谱系Ⅱ,以谱系Ⅱ为主(83.3%)。血清群分为Ⅱ_a、Ⅱ_b和Ⅱ_c,以Ⅱ_a为主(57.1%)。42株Lm分为11个CC型, 11个序列型(sequence type, ST型)...     

丽水市食源性疾病调查结果分析

目的初步掌握丽水市食源性疾病的发病及流行趋势,提高食源性疾病的预警与防治能力。方法收集2013年5月—2014年10月食源性疾病哨点医院调查数据,统计分析丽水市食源性疾病流行特征。结果共调查病例3 492例,6~15岁组男性比例是女性的2.85倍,46~55岁组女性是男性的1.56倍。调查病例中,农民最多,儿童次之,分别为1 547例、802例,临床症状除腹泻外,腹痛占62.29%(2 175/3 492),发病主要集中在2013年6月26日~11月16日。儿童发病与就诊平均时间间隔与农民、干部职工、学生、教师差异有统计学意义(P0.05),农民、干部职工、学生、教师差异无统计学意义(P0.05)。216例经实验室确诊,占6.19%(216/3 492),菌株鉴定符合率为50.27%(189/376)。结论食源性疾病调查能够客观地反映丽水市食源性疾病的发生情况,但尚需进一步改进,提升病原溯源能力及鉴定能力。     

北京市食源性疾病监测系统评价指标体系的构建

目的 构建适用于北京市食源性疾病监测系统的评价指标体系,为北京市食源性疾病系统评价提供参考依据。方法 结合北京市食源性疾病监测实际情况,通过文献检索初步建立评价指标框架,应用德尔菲法对该指标体系进行2轮专家咨询,最终确立食源性疾病监测系统三级评价指标体系。结果 食源性疾病监测系统评价指标体系分为三级,包括一级指标3项、二级指标24项、三级指标94项。按照权重对指标排序,一级指标依次为监测系统结构与功能（0.402 3）、监测系统运行保障（0.321 5）、监测系统性能（0.276 2）;二级指标前3位为监测定义（0.065 0）、监测目的（0.063 1）、监测内容（0.059 3）;三级指标前3位为食源性疾病个案病例定义（0.032 7）、食源性聚集病例定义（0.032 3）、主动监测病例定义（0.031 0）。各指标重要性平均得分为7.68（5.62~9.18）,平均变异系数为0.21（0.11~0.39）。结论 本研究建立的指标体系涵盖了监测系统结构与功能、监测性能和运行保障等内容,研究方法适当,结果可靠,对今后其他地区开展食源性疾病监测系统评价工作具有参考意义。     

浙江省食源性疾病监测实践与思考

目的 分析浙江省食源性疾病监测现状及存在问题,提出对策建议,促进食源性疾病监测在保障浙江省食品安全中的作用.方法 对浙江省食源性疾病监测体系现状进行梳理,分析和总结当前做法、取得成效及主要问题.结果 目前存在监测机制不完善、监测质量不高、信息化建设标准不统一和数据利用不充分等问题.结论 建议从大学起培养医务人员报告意识...     

一起检出多种致病菌的食源性疾病暴发调查与病因探讨

目的对一起食源性疾病暴发中检出多种致病菌的情况进行探讨分析,找出真正的致病菌,为研究类似的食源性疾病病因提供参考。方法利用标准化的食源性疾病暴发个案调查表收集信息,采用描述流行病学描述事件特征、分析流行病学探索危险食物,采集的样本按照GB 4789系列食品卫生微生物学检验标准进行可疑致病菌分离培养,分离出的副溶血性弧菌按照DNA指纹图谱分析方法进行基因分型。结果搜索到共同进餐者30例,失访5例,其中符合病例定义的17例,罹患率为56.67%(17/30);临床表现主要以腹泻(17/17)、腹痛(16/17)为主,腹痛以上腹部疼痛为主(10/16);发病潜伏期为11~25 h;回顾性队列研究未发现可疑食物。在病例肛拭子中检出9株副溶血性弧菌,8株奇异变形杆菌,1株沙门菌混合副溶血性弧菌,1株空肠弯曲菌;在从业人员肛拭子中检出1株奇异变形杆菌;在环境涂抹拭子中检出1株副溶血性弧菌,4株奇异变形杆菌;在食品样品中检出1株副溶血性弧菌,4株奇异变形杆菌。对从9例病例检测到的副溶血性弧菌进行脉冲场凝胶电泳分子分型,结果发现其遗传相似性达97%以上。结论综合现场流行病学调查和食品卫生学以及实验室检测结果分析,排除其他致病因子引起该起事件暴发的可能,认为这是一起由副溶血性弧菌引起的食源性疾病暴发事件。     

一起疑似阪崎肠杆菌引起的学校食源性疾病的流行病学调查

目的调查食源性疾病暴发疫情的原因,研讨致病危险因素,为食源性疾病防控提供依据。方法用现场流行病学调查方法,运用病例对照研究对暴露的可疑餐次进行分析,开展现场卫生学调查,并采集样品和标本进行实验室检测。结果本次调查共发现156名病例,罹患率为8.30%(156/1 879),临床表现以腹泻(99.4%,155/156)、腹痛(81.4%,127/156)、恶心(16.7%,26/156)、呕吐(3.8%,6/156)为主。病例对照研究显示,10月24日食堂晚餐是危险餐次(OR=49.91,95%CI=12.93~192.63),不同的班级罹患率差异有统计学意义(χ2=115.56,P0.01),采集的107份样品和标本中,患者肛拭子、送餐车及送餐箱桶和留样食品中的千张结烧肉检出阪崎肠杆菌。结论本次疫情是一起疑似由阪崎肠杆菌污染引起的食源性疾病,中毒原因可能为食用10月24日晚餐中千张结烧肉引起,建议加强餐饮行业监管,防止此类事件再次发生。     

一起多所幼儿园食源性疾病暴发事件的溯源分析

目的 对一起涉及多所幼儿园的食源性疾病暴发事件的可疑食品和致病因子进行溯源调查,为今后类似事件的防控和处置提供参考依据。方法 采用实时荧光PCR法、质谱技术等快速检测技术,结合分离培养、酶联免疫法（ELISA）等传统鉴定方法对3所幼儿园采集的32份样品开展病原检测。使用描述性流行病学调查方法对事件进行调查,脉冲场凝胶电泳（PFGE）方法对致病因子进行分子溯源分析。结果 3所幼儿园共有幼儿568名,62名病例,患病率为10.92%。临床症状主要为呕吐、腹泻等。从10份生物标本和某配餐公司统一配送的2份留存的拔丝肉松蛋糕检出金黄色葡萄球菌,蛋糕中金黄色葡萄球菌量分别为2.0×10⁷ CFU/g、1.4×10⁷ CFU/g,11株分离自病例和蛋糕的金黄色葡萄球菌同时检出葡萄球菌A型肠毒素基因（sea）和A型肠毒素（SEA）。PFGE指纹图谱为同一带型,提示病例和食品的分离株为同一来源。结论 本起暴发事件是由配餐公司统一配送的拔丝肉松蛋糕污染金黄色葡萄球菌产生肠毒素导致的3所幼儿园的食物中毒,应进一步加强对学校配餐食材的监管。     

食源性致病菌生长延滞期建模的研究进展

目的：本文研究了一种适合学校餐饮中快速鉴别三种食源性致病菌的检测方法。方法：基于等温多自配引发扩增技术（isothermal multiple self-matching-initiated amplification,IMSA）,选择沙门氏菌的invA基因、大肠埃希氏菌O157:H7/NM的rfbE基因和单核细胞增生李斯特氏菌的prfA基因设计特异性引物,检测菌液灵敏度、特异性、最短增菌时间、最低含菌量检出限等指标;以食品安全国家标准 食品微生物学检验（GB/T 4789.4-2016、GB/T 4789.30-2016、GB/T 4789.36-2016）为参考方法,比较两种方法的一致性。结果：该方法对沙门氏菌、大肠埃希氏菌O157:H7/NM和单核细胞增生李斯特氏菌的菌液灵敏度分别为2.14×10³、2.79×10³和3.62×10³ CFU/mL;特异性高达100%;人工污染最短的增菌时间分别为6、8和8 h;最低含菌量检出限分别为2.14、2.79和3.62 CFU/25 g;74例食品样本的IMSA法结果与国标法一致性达100%。结论：IMSA技术检测食源性致病菌的灵敏度高、特异性强、结果准确,可在短时间内完成食品中三种致病菌的检测,适合于学校餐饮中致病菌的快速鉴别。