基于Illumina Hiseq高通量测序分析酱香型白酒大曲曲皮和曲心的细菌群落差异

为探究酱香型白酒大曲曲皮和曲心细菌群落结构的差异,采用Illumina Hiseq高通量测序技术对某酱香型白酒大曲曲皮和曲心两个部位的细菌群落多样性及菌群结构进行研究。结果表明,曲皮样品中细菌群落的多样性高于曲心样品,但其物种丰富度低于曲心样品。曲皮和曲心样品中的细菌菌群归属于7个门、13个纲、19个目、29个科和55个属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）,曲皮样品的特有优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）;共有优势细菌属为枝芽孢杆菌属（Virgibacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、芽孢链菌属（Desmospora）、乳杆菌属（Lactobacillus）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）,除Desmospora外,其他优势细菌属在曲皮和曲心中的含量差异较大。曲皮样品的特有优势细菌属为链霉菌属（Streptomyces）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingo- monas）、片球菌属（Pediococcus）;曲心样品的特有优势细菌属为火山渣芽孢杆菌属（Scopulibacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）。     

清香型白酒酿酒大曲微生物菌群多样性解析

采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元（OTU）数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门（相对丰度＞1%）主要有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等,优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有泛菌属（Pantoea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、雀麦属（Bromus tectorum）等。绝对优势真菌门（相对丰度＞90%）为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属（相对丰度＞50%）为孢圆酵母属（Torulaspora）。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。     

南宁地区酸姜片微生物群落及基因功能分析

该研究采用纯培养方法和高通量测序技术解析广西南宁地区酸姜片样品的细菌多样性,并基于直系同源蛋白数据库对细菌潜在的功能进行预测。结果表明,样品中的优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、副乳杆菌属（Paralactobacillus）、梭菌属（Clostridium）、芽孢杆菌属（Bacillus）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、劳尔氏菌属（Ralstonia）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、不动杆菌属（Acinetobacter）和葡萄球菌属（Staphylococcus）;PICRUSt分析显示,酸姜片中细菌具有较强的碳水化合物和氨基酸转运与代谢功能。通过纯培养方法从样品中分离出的8株乳酸菌中戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）占总分离株的62.50%。综合分析表明,酸姜片中代谢氨基酸和碳水化合物的细菌菌群占比较高,优势细菌属以乳杆菌属为主。     

来凤地区泡凤头姜盐水细菌群落结构及功能解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北来凤地区泡凤头姜盐水样品的细菌菌群结构进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能进行预测。结果表明,泡凤头姜盐水样品中的细菌菌群归属于19个门、46个纲、96个目、163个科和393个属;优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria）;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、气单胞菌属（Aeromonas）、乳球菌属（Lactococcus）、拉恩氏菌属（Rahnella）、弧菌属（Vibrio）、肠杆菌属（Enterobacter）、克吕沃氏菌属（Kluyvera）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、黄杆菌属（Flavobacterium）和欧文氏菌属（Erwinia）,其中Lactobacillus为主要的核心细菌类群（累计相对含量16.97%）;泡凤头姜盐水样品中细菌的基因主要富集在氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输和代谢以及能量生产和转换功能上。     

巴彦淖尔酸粥细菌菌群多样性分析及其与风味的相关性

为解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中细菌类群及其风味品质特征，该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对巴彦淖尔酸粥样品的细菌菌群多样性进行分析，利用电子鼻和电子舌技术对其气味和滋味品质进行检测，并对优势细菌属与风味品质之间的相关性进行研究。结果表明，酸粥样品中优势细菌门分别为厚壁菌门（Firmicutes）(88.71%)和变形菌门（Proteobacteria）(9.97%)，优势细菌属分别为乳杆菌属（Lactobacillus）(85.45%)、魏斯氏菌属（Weissella）(9.81%)和醋酸杆菌属（Acetobacter）(1.60%)，所有样品中包含7个核心操作分类单元（OTU），且Lactobacillus和Acetobacter为核心细菌属。酸粥气味特征主要体现在氮氧化合物、甲烷和萜类化合物上，滋味特征主要体现在酸味上。相关性分析表明，Acetobacter与芳香型化合物的生成呈极显著正相关（P<0.01）,Lactobacillus与氮氧化合物的生成呈显著正相关（P<0.05）,Weissella与酸粥样品的涩味呈显著负相关（P<0.05...     

酸黄皮细菌群落研究及基因功能预测

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术结合多元统计分析解析广西地区酸黄皮样品中的细菌群落结构组成,并对其细菌序列的潜在基因功能进行分析。结果表明,酸黄皮样品中的细菌隶属于22个细菌门的593个属,4个核心优势细菌门分别为变形菌门（Proteobacteria）（49.75%）、硬壁菌门（Firmicutes）（41.15%）、放线菌门（Actinobacteria）（3.61%）和拟杆菌门（Bacteroidetes）（2.58%）;10个核心优势细菌属分别为罗尔斯通氏菌属（Ralstonia）（38.77%）、芽孢杆菌属（Bacillus）（8.36%）、伯克氏菌属（Burkholderia）（4.44%）、大洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）（4.13%）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）（4.00%）、梭菌属（Clostridium）（3.15%）、纤细芽孢杆菌属（Gracilibacillus）（3.05%）、枝芽孢菌属（Virgibacillus）（2.25%）、乳杆菌属（Lactobacillus）（1.40%）和诺卡氏菌属（Nocardia）（1.03%）,多数优势菌属间呈正向相互调节机制。广西酸黄皮样品中的细菌序列除具有较强的维持细胞生命活动的基本功能外,在氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输和代谢以及脂质转运与代谢方面的潜在功能较强。     

基于高通量测序技术巴彦淖尔市酸粥中细菌多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自内蒙古自治区巴彦淖尔市的10份酸粥样品中的细菌多样性进行解析,同时基于细菌属水平对其进行围绕中心点的划分（PAM）,并基于PICRUSt和BugBase软件对细菌的基因功能及表型进行预测。结果表明,所有酸粥样品中的细菌隶属于9个细菌门的55个属,样品间细菌多样性和丰度存在明显差异,但优势细菌门均为硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属均为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。所有酸粥样品可分为两个聚类,聚类I以醋杆菌属（Acetobacter ）为主,聚类II以乳杆菌属（Lactobacillus）为主;两个聚类中细菌对于碳水化合物的利用和细菌的生长繁殖等存在显著差异（P＜0.05）,隶属于聚类I的酸粥样品中,其细菌的代谢和繁殖更加迅速。     

武陵酱香型白酒七轮次高温堆积细菌群落多样性分析

本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品细菌群落多样性进行了分析。结果表明，武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中共检出39个门和756个属；门水平下，各轮次共有的优势菌门（相对丰度≥1%）为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes），属水平下细菌的相对丰度平均大于1%，且出现在1个样品以上的核心细菌属有5个，分别为乳杆菌属（Lactobacillus）、醋杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属(Bacillus)、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）和unclassified f＿＿Bacteria，各轮次共有的优势菌属（相对丰度≥1%）为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌（Acetobacter）。说明武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构具有多样性特点，同时菌群群落结构具有一致性和差异性。本研究结果揭示了武陵酱香型白酒7个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构与特征，为酱香型白酒高温堆积酿造过程中细菌群落结构变化规律解析提供了理论支持，为实现酱香型白酒高...     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

咸丰和当阳地区鲊广椒细菌群落结构差异性研究

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、片球菌属（Pediococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、盐单胞菌属（Halomonas）和明串珠菌属（Leukonostoc）。其细菌的丰度和多样性均极显著高于当阳地区（P＜0.01）,同时,一些低丰度的菌群在两个地区的样品中存在显著差异（P＜0.05）,乳杆菌属和片球菌属为主要优势菌属和核心菌属。此外,两地区鲊广椒中均广泛分布有肠杆菌属（Enterobacter）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）和芽孢杆菌属（Bacillus）等致病共栖菌。相关性分析结果表明,鲊广椒发酵菌群彼此间存在密切的相关关系,其制作和生产需要多种微生物的协调作用。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

东北粘豆包酸面团菌群多样性与自制酸面团中菌群变化规律的研究

东北粘豆包是我国北方地区一种历史悠久、风味独特的民族传统食品,长期以来深受广大北方人民的喜爱,但对东北粘豆包酸面团的研究十分匮乏。本文以不同地区采集的东北粘豆包酸面团和自制的东北粘豆包酸面团为研究对象,利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术探究了东北粘豆包酸面团中微生物菌群的多样性及动态变化。实验结果表明:在东北粘豆包酸面团中共鉴定了6个菌属、11个菌种的细菌,推测其中的发酵乳杆菌和植物乳杆菌为细菌优势发酵菌种;同时鉴定了3个菌属、4个菌种的真菌,推测其中的酿酒酵母为真菌优势发酵菌种;自制东北粘豆包酸面团中微生物菌群多样性比较丰富,在不同发酵阶段,菌群多样性与优势发酵菌种都会随时间推移而有所改变。     

茅台镇酱香型白酒不同生产轮次酿造环境的细菌菌群结构特征

基于高通量测序技术并结合数理统计分析,系统地对2018年度茅台镇主酿区酱香白酒1～7生产轮次的酿造环境中细菌菌群结构组成及多样性、差异性进行研究。结果表明,在1～7生产轮次酿造环境中的细菌菌群多样性丰富度高,且各轮次间存在差异,但优势菌门、优势菌属的菌群结构在组成上具有相似性,其主要优势菌群结构较稳定;从酿造环境样品中共检出19 个细菌门,396 个细菌属。优势细菌门为Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes和Actinobacteria。Sphingobacterium、Enterobacter、Pantoea、Pseudomonas、Escherichia-Shigella和Staphylococcus等14 个属为优势细菌属。结合偏最小二乘法判别分析（partial least squares discriminant analysis,PLS-DA）和Adonis、PERMANOVA等分析,1～7轮次酿造环境的细菌菌群结构在门水平上无显著性差异,但在属水平上存在差异。各轮次间细菌菌群结构的差异菌属主要是Lentibacillus、Enterobacter、Escherichia-Shigella、Cronobacter、Stenotrophomonas等。本研究进一步揭示了茅台镇酱香白酒不同轮次酿造环境中的细菌菌群结构多样性及特征,为解析茅台镇酿造环境中的细菌菌群结构及酱香型白酒高品质酿造机制提供了一定科学依据。     

基于高通量测序技术比较不同来源原料乳中的细菌特征

本文采用二代高通量测序技术研究北京、河北、内蒙古、天津四地区不同季节原料乳样品中的细菌多样性并对其进行功能预测。收集四地区不同季节原料乳样品23份,提取基因组DNA后使用Illumina Mi Seq测序平台对细菌16S rRNA的V3-V4"可变区"进行测序,结合数据库对原料乳中微生物群落分布、相对丰度和细菌功能基因代谢途径进行分析。原料乳中的细菌可分为33门732属,其中变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)为主要菌门,平均相对丰度占微生物总数的99.37%。优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),平均相对丰度之和为60.55%。不同地区、不同季节原料乳微生物群落的结构组成和相对丰度存在差异,且假单胞菌属和气单胞菌属的相对丰度在不同季节原料乳中存在显著性差异(p0.05)。氨基酸代谢、碳水化合物代谢和膜运输为原料乳细菌主要的代谢途径。     

张家界市酸鱼细菌类群解析及其功能预测

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自张家界市的7个酸鱼样品进行了细菌类群分析,结果发现厚壁菌门（Firmicutes）为优势菌门,其平均相对含量为95.49%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、四联球菌属（Tetragenococcus）和葡萄球菌属（Staphylococcus）,其平均相对含量分别为66.53%、11.77%和8.10%。发现8个核心分类操作单元中有6个注释为Lactobacillus,各有1个注释为Tetragenococcus和Staphylococcus,其中乳酸菌的累计平均相对含量达60.27%。PICRUSt技术预测酸鱼菌群功能结果表明,酸鱼中的细菌菌群在“氨基酸转运与代谢”和“碳水化合物运输和代谢”功能上表达较高,说明菌群在代谢方面的功能比较突出。由此可见,张家界地区酸鱼中蕴含了丰富的乳酸菌资源,且以Lactobacillus、Tetragenococcus和Lactococcus为主。     

南宁地区酸柠檬细菌多样性及潜在功能分析

为解析广西南宁市家庭自制酸柠檬中的细菌群落结构及潜在功能,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对酸柠檬样品细菌群落多样性进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能和表型进行预测。结果表明,酸柠檬中微生物多样性较高,不同样品间优势细菌含量差异较小。优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、硬壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,累计平均相对含量达98.23%;优势细菌属为劳尔氏菌属（Ralstonia）、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、诺卡氏菌属（Nocardia）、假单胞菌属（Pelomonas）和别样杆菌属（Alistipes）,平均相对含量分别为66.13%、8.18%、2.87%、1.27%、1.01%。酸柠檬中具有氨基酸转运与代谢、能量生产和转换功能的细菌序列占总序列的比例较高,均＞7%,可促进酸柠檬独特风味的形成。     

基于16S rDNA高通量测序分析水牛初乳与常乳中细菌多样性

目的:利用16S rDNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂三品杂水牛初乳与常乳的细菌多样性。方法:提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300平台进行高通量测序以及BLAST比对。结果:初乳组样本共得到19个门,292个属和437个种。而常乳两组样本共得到7个门,203个细菌属和330个细菌种,初乳组的细菌多样性高于常乳组。初乳组中的优势菌属为金黄杆菌属（Chryseobacterium）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单胞菌属（Pseusomonas）,而常乳组中的优势菌则为金黄杆菌属（Chryseobacterium）、乳球菌属（Lactococcus）、肠球菌属（Enterococcus）。样本层级聚类显示:初乳组与常乳组组间群落差异不显著。PCA与PLS-DA分析表明:两组样本组间菌群结构差异显著。结论:三品杂水牛初乳与常乳均呈现较丰富的多样性,常乳组中细菌多样性显著高于初乳组。