重庆东部地区鲊广椒乳酸菌分离鉴定及细菌菌群多样性分析

为明确重庆东部地区鲊广椒中乳酸菌多样性和细菌群落多样性，该研究以采集自重庆东部5个地区的鲊广椒为研究对象，采用微生物纯培养技术对其蕴含的乳酸菌菌株进行分离鉴定，并进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌菌群多样性进行了解析。结果表明，采用纯培技术共从鲊广椒样品中分离得到122株乳酸菌，鉴定为同一个门5个属下的22个种，其中戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）、消化乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）为鲊广椒中的优势细菌，分别占乳酸菌总分离株的26.23%、20.49%和18.85%。高通量测序结果表明重庆东部地区鲊广椒样品以厚壁菌门（Firmicute）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）为主，且在属水平上平均相对丰度大于1.0%的细菌属有7个，包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳球菌属（Lactococcus）、棒状杆菌属（...     

安康鲊广椒细菌菌群多样性、功能及相关性分析

为探究安康鲊广椒细菌群落结构并发掘其中的乳酸菌，采用纯培养方法及高通量测序技术分析其细菌菌群多样性、功能及相关性。结果表明，鲊广椒中细菌隶属于9个门的106个属，其中乳酸杆菌属（Lactobacillus）占绝对优势。共分离鉴定出25株菌，包括植物乳杆菌（Lactiplantibacillus plantarum）8株，弯曲广泛乳杆菌（Latilactobacillus curvatus）4株，短促生乳杆菌（Levilactobacillus brevis）和清酒广泛乳杆菌（Latilactobacillus sakei）各3株，消化伴生乳杆菌（Companilactobacillus alimentarius）2株及酸鱼联合乳杆菌（Ligilactobacillus acidipiscis）、布氏迟缓乳杆菌（Lentilactobacillus buchneri）、斯比氏促生乳杆菌（Levilactobacillus spicheri）、类肠膜魏斯氏菌（Weissella paramesenteroides）和肠膜明串珠菌（Leuconostoc mesenteroides）各1株。...     

巴东地区鲊广椒细菌多样性分析及乳酸菌分离鉴定

该研究使用高通量测序技术对巴东地区鲊广椒中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养方法对其蕴含的乳酸菌菌株进行分离鉴定。结果表明,14个鲊广椒样品中细菌隶属于23个门下的304个属,2个平均相对含量>1.0%的门为厚壁菌门（Firmicutes）(96.45%)和变形菌门（Proteobacteria）(2.12%),3个平均相对含量>1.0%的属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）(92.22%)、魏斯氏菌属（Weissella）(2.19%)和葡萄球菌属（Staphylococcus）(1.48%)。从14个鲊广椒样品中共分离出58株乳酸菌,其中53株被鉴定为植物乳杆菌（L. plantarum）、消化乳杆菌（L. alimentarius）、戊糖乳杆菌（L. pentosus）、仙人掌乳杆菌（L. senmaizukei）、短乳杆菌（L. brevis）和副干酪乳杆菌（L. paracasei）,5株被鉴定为屎肠球菌（Enterococcus faecium）。L. plantarum和L. alimentarius占分离株总数的51.72%和25.86%。由此可...     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析梅干菜中细菌多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对恩施地区梅干菜中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养技术对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,恩施地区梅干菜中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达60.70%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、四联球菌属（Tetragenococcus）和棒状杆菌属（Corynebacterium）,其平均相对含量分别为60.50%、8.69%、2.86%、1.73%、1.28%、1.07%、1.03%、1.00%。采用传统培养方法从梅干菜分离出5种共12株乳酸菌,经分子生物学鉴定分别为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、短乳杆菌（Lactobacillus brevis）,副干酪乳杆菌副干酪亚种（Lactobacillus paracasei subsp. paracasei）、食品乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和融合魏斯氏菌（Weissella confusa）。恩施地区梅干菜中的细菌主要以乳酸菌为主,且乳酸杆菌多样性较高。     

水牛乳中可培养乳酸菌多样性分析

采用传统分离培养方法,从三品杂交生水牛奶混合样品中,分离出105株乳酸菌,通过形态、生理生化、API细菌鉴定系统及16S rDNA基因序列分析方法对各菌株属种进行鉴定。16S rRNA序列分析结果显示,105株菌共分为5个属8个种,呈现较为丰富的乳酸菌多样性,具体数量分布为乳酸乳球菌21株,植物乳杆菌19株,格氏乳球菌17株,乳明串珠菌13株,食窦魏斯氏菌11株,肠膜明串珠菌8株,类肠膜魏斯氏菌6株,嗜热链球菌5株,糊精乳杆菌5株。由此可知,水牛乳中可培养乳酸菌优势菌群的主次关系为：乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）＞植物乳杆菌（Lactobacillus plantaru）＞格氏乳球菌（Lactococcus garvieae）＞乳明串珠菌（Leuconostoc lactis）＞食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria）,此为后续开发水牛乳中优势乳酸菌资源提供了良好的理论基础。     

小红尖椒对红酸汤的微生物群落结构及其品质的影响

该研究基于Illumina Mi Seq高通量测序技术探讨小红尖椒对红酸汤微生物群落结构的影响,并对pH、总酸、氨基酸态氮、菌落总数和乳酸菌数进行比较分析。结果表明,与未添加小红尖椒的红酸汤（F组）相比,加小红尖椒的红酸汤（FL组）有较快的产酸效率和更高的氨基酸态氮含量。通过传统培养法可知,FL组菌落总数和乳酸菌数量均高于F组,FL组的乳酸菌显著高于对照组（P<0.05）。高通量测序结果表明,F组的优势菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）,而FL组的优势菌属为乳酸杆菌属、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）。Spearman相关性分析表明,F组的生物标志物与总酸呈负相关,而FL组中大部分生物标志物与总酸呈显著性正相关（P<0.05）。综上可知,添加小红尖椒的红酸汤具有更好的发酵优势,为红酸汤的产业化生产和工艺优化提供理论基础。     

建始地区酸豇豆盐水细菌多样性及乳酸菌分离鉴定

该研究采用MiSeq高通量测序技术对酸豇豆盐水的细菌多样性进行了解析,并通过纯培养方式分离了其中的乳酸菌。结果发现,细菌以硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为主,平均相对含量分别为84.41%和10.52%;细菌属以乳酸杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和片球菌属（Pediococcus）为主,平均相对含量分别为57.02%、9.33%、7.07%、4.73%和3.40%;发现44个操作分类单元（OTU）存在于所有样品中,所包括序列占总序列数的25.06%,其中有6个、11个和13个分别被鉴定为假单胞菌属（Pseudomonas）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）,所含序列平均含量分别为4.61%、4.97%和14.46%;通过纯培养共分离出了13株乳酸菌,其中12株被鉴定为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。由此可见,乳酸杆菌为建始地区酸豇豆盐水中的优势细菌,且乳酸杆菌主要为植物乳杆菌。     

秭归地区鲊广椒中乳酸菌及细菌多样性研究

该研究在采用纯培养方式对秭归地区鲊广椒中乳酸菌进行分离鉴定的基础上，进一步采用MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。结果表明，从14个鲊广椒中分离出的43株疑似乳酸菌被鉴定为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和屎肠球菌属（Enterococcus），鉴定到的种主要有植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、敏捷乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和屎肠球菌（Enterococcus faecium），占所有分离株的86.05%，其中L. plantarum占所有分离株的60.74%，为优势菌种。测序结果显示，鲊广椒中主要的细菌类群为隶属于硬壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus和戊糖片球菌属（Pediococcus）以及隶属于变形菌门（Proteobacteria）的假单胞菌属（Pseudomonas），其平均相对含量分别为47.85%、13.29%和21.31%，其中乳酸菌含量累计达61.14%。由此可见，秭归地区鲊广椒中蕴含了较为丰富的乳酸菌资源，但同时也存在Pseudomonas等具有致病性的菌属。     

东北酸菜发酵前后期细菌菌群多样性分析

采用一种新工艺发酵制备东北酸菜,选取发酵前、后期理化指标（pH、亚硝酸盐、总酸）及OD600 nm值变化明显的两个酸菜样本,使用Illumina Novaseq测序平台进行高通量测序,研究东北酸菜发酵前、后期的细菌多样性及乳酸菌菌属变化差异。结果表明,发酵12 h和72 h时,酸菜理化指标变化明显,发酵前期（12 h）酸菜样本的物种丰富度及多样性均高于发酵后期（72 h）,两个样本在门和属分类学水平上的菌群差异不大,发酵前期样本共含7个门的44个菌属,发酵后期样本共含8个门的42个菌属。两样本均含有4种乳酸菌属,分别为魏斯氏属（Weissella）、明串珠菌属（Leuconostoc）、乳球菌属（Lactococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）,其中魏斯氏属（Weissella）相对丰度均最高,达25%以上,且在发酵后期4种乳酸菌的相对丰度略有下降。     

发酵辣椒细菌多样性的16S rDNA测序分析

以家庭自制的剁辣椒、酸辣椒、腌辣椒和辣椒酱为对象,研究不同样品中的微生物多样性,为分离其中的乳酸菌及开发发酵辣椒制品复合发酵剂提供参考依据。采用土壤基因组DNA提取试剂盒提取样品的基因组,然后PCR扩增细菌的16S r DNA V4区,琼脂糖凝胶电泳验证后回收胶,荧光定量后上机进行MiSeq高通量测序,然后分析样品中细菌的多样性。结果显示:不同样品所含细菌的种类多样性和丰度存在较大的差异。在属的水平上,剁辣椒中魏斯氏菌、明串珠菌和乳杆菌是主要的菌属,丰度在16%左右;乳杆菌(61.5%)和片球菌(28.6%)是酸辣椒中主要的细菌;腌辣椒中乳杆菌的丰度达到79.4%;辣椒酱的物种多样性最为丰富,魏斯氏菌(40.7%)和乳杆菌(11%)是其主要的微生物。     

新疆伊犁牧区传统手工奶酪中微生物多样性及其功能分析

为探究新疆伊犁牧区传统手工奶酪中的可培养乳酸菌和细菌多样性,首先采用Illumina MiSeq高通量测序技术对细菌16S rRNA基因的V1～V3可变区进行测序分析,结果显示：14 份奶酪中共存在493 种细菌属和780 种细菌种,其中奶酪中的优势细菌属和优势乳酸菌属为雷尔氏菌属和乳杆菌属,优势乳酸菌种为瑞士乳杆菌,且奶酪中还存在致病菌。在此基础上,利用传统培养法从MRS培养基中筛选出68 株可培养疑似乳酸菌,经生理生化实验及16S rDNA序列同源性分析技术对其进行属种鉴定。结果表明：68 株疑似乳酸菌分别为短乳杆菌、融合魏斯氏菌、屎肠球菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、鸟肠球菌、棉籽糖肠球菌、植物乳杆菌、瑞士乳杆菌,其中融合魏斯氏菌为奶酪中的优势乳酸菌种。在乳酸菌的属种鉴定上,传统培养法能够更准确地将乳酸菌鉴定到种水平。奶酪微生物基因COG功能预测结果显示：奶酪中的微生物富含与氨基酸转运和代谢有关的基因。将各个样品的微生物群落组成与功能组成进行比较,发现各个样品的细菌群落组成虽存在明显差异,但其功能组成却具有高度相似性。     

云南传统腌制食品可培养乳酸菌多样性及其发酵特性研究

以云南传统腌制食品为研究对象,采用纯培养分离、形态学观察及分子生物学鉴定方法进行乳酸菌多样性考察,并对分离菌株进行了发酵特性初步研究。结果表明,云南传统特色腌制食品中可培养乳酸菌多样性强,从11个样本中分离得到10株优势乳酸菌,涵盖乳杆菌属（Lactobacillus）、明串球菌属（Leuconostoc）、肠球菌属（Enterococcus）的菌株,分别为短乳杆菌（Lactobacillus brevis）1097b、哈尔滨乳杆菌（Lactobacillus harbinensis）1119b、干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）1128b、戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）1133b、植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）1116b、1125b、1126b、1127b、肠系膜明串珠菌（Leuconostoc mesenteroides）1089b、粪肠球菌（Enterococcus faecium）1129b;另外,不同分离源的乳酸菌发酵特性差异显著,乳酸发酵类型多样性丰富。     

清香型白酒酒醅发酵菌株分离鉴定及细菌群落结构分析

采用纯培养技术对清香型白酒酒醅中的乳酸菌和芽孢杆菌进行分离鉴定,同时通过Illumina MiSeq高通量测序技术解析清香型白酒酒醅细菌群落结构。结果表明,所有酒醅样品共分离得到13株乳酸菌,分别鉴定为乳酸片球菌（Pediococcus acidilactici）4株、副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）3株、短乳杆菌（Lactobacillus brevis）3株、粪肠球菌（Enterococcus faecium）2株以及希尔氏乳杆菌（Lactobacillus hilgardii）1株。从酒醅中分离得到的17株芽孢杆菌菌株分别鉴定为地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）9株、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）2株、短小芽胞杆菌（Bacillus pumilus）2株、澳洲芽孢杆菌（Bacillus australimaris）2株、解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）1株以及蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）1株。Illumina MiSeq高通量测序技术结果显示,酒醅中优势菌门分别为厚壁菌门（Firmicutes）（97.96%）、放线菌门（Actinobacteria）（1.24%）和变形菌门（Proteobacteria）（0.76%）;优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）（97.42%）、栖热嗜油菌属（Thermoleophilum）（1.22%）和假单胞菌属（Pseudomonas）（0.72%）。     

六堡茶乳酸菌多样性及其降胆固醇特性分析

探究六堡茶渥堆发酵过程中乳酸菌多样性并筛选具有降胆固醇活性菌株，旨在评价其作为潜在益生菌的体外降胆固醇能力，预防人体因饮食不均衡导致的高血脂症。采用高通量测序、纯培养法分析不同渥堆发酵时期六堡茶中乳酸菌多样性，并对其体外降胆固醇能力、胃肠耐受性进行研究。结果表明，从25 个样品中共检测到乳酸菌4 个属（乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳球菌属（Lactococcus）和肠球菌属（Enterococcus））5 个种，其中乳杆菌属为优势菌。共分离得到76 株乳酸菌，包括55 株戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）、3 株铅黄肠球菌（Enterococcus casseliflavus）、5 株类肠膜魏斯氏菌（Weissella paramesenteroides）、8 株希腊魏斯氏菌（Weissella hellenica）、5 株台湾乳球菌（Lactococcus taiwanensis）。通过乳酸菌体外降胆固醇实验，发现胆固醇去除率为0%～30%，其中戊糖乳杆菌L131的去除胆固醇率最高，为（29.56±0.37）%；在pH值分别约为3.0、8.0的人工胃液、人工胰液中，L131有最高存活率，分别为（92.70±0.71）%和（77.54±4.81）%，显著高于其他菌株（P＜0.05）。本研究探明六堡茶渥堆发酵过程中乳酸菌的多样性，且发现具有降胆固醇特性的优良乳酸菌株，为健康黑茶产品和茶源益生菌的开发提供理论基础。     

南宁地区米酒曲源乳酸菌在糯米汁中氨基酸和有机酸代谢特征研究

该研究采用纯培养技术对广西省南宁地区米酒曲中乳酸菌多样性进行了解析,旨在揭示其分离株在糯米汁中产氨基酸和有机酸的特征。结果表明,11个样品共分离出20株乳酸菌,分别被鉴定为戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceus）、融合魏斯氏菌（Weissella confuse）、类肠膜魏斯氏菌（Weissella paramesenteroides）、屎肠球菌（Enterococcus faecium）、台湾乳球菌（Lactococcus taiwanensis）、植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）和戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）,其中戊糖片球菌（P. pentosaceus）占分离株的35%,为南宁地区米酒曲中的优势乳酸菌。选取除屎肠球菌（E. faecium）外的16株乳酸菌分离株进行糯米汁纯种发酵,结果发现所有菌株均不产氨基酸,乳酸为糯米汁中主要有机酸。主成分分析（PCA）结果表明,融合魏斯氏菌（W. confuse）HBUAS53367产有机酸的能力较强,可用于后续进一步研究。     

凯里地区辣椒酸细菌群落多样性及其乳酸菌分离鉴定

利用Illumina MiSeq高通量测序技术对凯里地区辣椒酸中细菌群落多样性进行研究,并结合传统纯培养技术对样品中乳酸菌进行分离鉴定。结果显示,样品中优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,相对含量分别为77.9%和19.59%;优势细菌属为乳酸杆菌（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacterales）、Lelliottia、芽孢杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）,相对含量分别为72.02%、5.59%、3.97%、5.30%、1.64%、1.07%和1.02%。同时,采用纯培养技术从辣椒酸中分离出了43株细菌,其中34株被鉴定为乳酸杆菌,6株为芽孢杆菌,3株为葡萄球菌。由此可见,乳酸杆菌为凯里地区辣椒酸中的优势细菌,且主要为植物乳杆菌;同时分离出了葡萄球菌,提示传统发酵辣椒酸存在一定的食品安全风险,应引起重视。     

新疆新源县酸马奶细菌菌群分析

通过对新疆那拉提高海拔草原自然发酵变酸后的传统酸马奶采用Illumina MiSeq平台高通量测序和生物信息学分析,检测酸马奶中可培养和不可培养的细菌菌群组成;同时利用MRS培养基分离纯化获得可培养乳酸菌,对菌株进行形态学、生理生化特征及分子生物学鉴定。结果表明,高通量测序后根据操作分类单元（OTU）划分水平,显示出酸马奶的细菌菌群结构丰富,但菌群多样性较低,其中厚壁菌门（Firmicutes）为酸马奶中的优势菌门,占所有菌群的85.78%;乳杆菌属（Lactobacillus）为酸马奶中的优势菌属,占所有菌群的84%。通过传统乳酸菌培养分离出菌株MN-Is,经鉴定为乳杆菌属（Lactobacillus）。