实时荧光PCR法快速检测乙型肝炎病毒基因YMDD突变株

目的建立一种敏感、特异、快速的实时荧光PCR定量检测乙型肝炎病毒基因YMDD突变株的方法,为临床治疗提供指导。方法设计引物和TaqMan-MGB探针,利用TaqMan-MGB探针技术,建立实时荧光定量PCR法。检测临床HBV-YMDD变异标本36份和野生型HBV标本20份,并将其YMDD变异结果与DNA测序结果进行比较。结果该方法检测灵敏度为101拷贝/μl;特异性为100%;最低检测限度为101DNA拷贝/30μl反应体系;实时荧光PCR方法测得YMDD野生株20份,变异株36份,与DNA测序结果完全一致,符合率为100%。结论应用TaqMan-MGB探针的实时荧光定量PCR方法检测YMDD变异株基因,具有灵敏、特异和精确等优点,对临床监测拉米夫定耐药具有重要意义。     

长效重组人生长激素纯化液中CHO-K1细胞残留DNA实时荧光定量PCR检测方法的建立及验证

目的建立检测CHO-K1细胞表达长效重组人生长激素(Fc-recombinant human growth hormone,Fc-rhGH)纯化液中残留DNA的实时荧光定量PCR方法,并进行验证。方法提取CHO-K1细胞基因组DNA,特异性PCR扩增后,克隆至pMD18-T载体,构建重组质粒,以其为标准品,建立实时荧光定量PCR检测方法;并对方法进行灵敏度、线性、准确度、精密度、特异性及耐用性验证。结果建立的方法灵敏度可达2. 6×10~1 copies/μL。标准曲线的回归方程为y=-3. 487 x+30. 201,R~2=0. 999;检测样品中DNA回收率在73. 56%～101. 87%范围内,RSD均小于10%;该方法可特异性扩增CHO-K1细胞的基因组DNA,而Vero细胞、MDCK细胞、Wish细胞及大肠埃希菌等基因组DNA均未见明显的扩增;样品精密度测定Ct的RSD在0. 4%～2. 95%之间;于两种不同PCR仪器上检测标准品,扩增效率分别为98%、99%,相关系数R~2均为0. 999。结论成功建立了一种检测CHO-K1细胞表达Fc-rhGH纯化液的残留DNA的实时荧光定量PCR方法,该方法具有较好的灵敏度、线性、准确度、精密度、特异性和耐用性。     

荧光定量PCR方法在脊髓灰质炎病毒突变分析中的应用

目的建立检测脊髓灰质炎病毒突变比例的荧光定量PCR方法,并进行验证及初步应用。方法分别建立检测Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型脊髓灰质炎病毒突变株和非突变株的荧光定量PCR方法,并进行特异性、重复性和灵敏度验证。通过Ct值计算样品的突变比例(revertant proportion,RP),并进行准确性和重复性验证。采用建立的荧光定量PCR方法检测脊髓灰质炎病毒减毒株的突变比例。结果建立的检测Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型脊髓灰质炎病毒突变株和非突变株的荧光定量PCR方法能够特异性扩增相应基因片段;重复性试验Ct值的变异系数(CV)为0.085%~5.564%;灵敏度为1×10-7~1×10-6ng,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型非突变荧光定量PCR可分别检测到含量约0.084 3、0.029 2和0.266 7 CCID50的病毒。荧光定量PCR测定RP的方法经验证发现,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型混合质粒对照的RP检测值与理论值的差异较小,分别为0.040 9±0.037 4、0.008 8±0.034 3和-0.029 6±0.026 8。Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型脊髓灰质炎减毒株的RP分别为0.001 0、0.002 0和0.001 7。结论荧光定量PCR分析脊髓灰质炎病毒突变比例的方法,特异性、重复性及准确性均较好,并具有较高的灵敏度,可用于实验室内部对脊髓灰质炎病毒的突变比例测定,并可能成为脊髓灰质炎病毒体内或体外神经毒力评价的替代方法。     

流感疫苗主种子批毒种中外源性禽腺病毒Ⅲ型荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立流感疫苗主种子批毒种中外源性禽腺病毒Ⅲ型(egg drop syndrome virus,EDSV)的荧光定量PCR检测方法,并进行验证及初步应用。方法针对EDSV六邻体蛋白保守区分别设计引物和探针,建立荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的线性、特异性、精密性、灵敏度及可行性。采用新建立的荧光定量PCR法对16株流感疫苗主种子批毒种进行外源性EDSV检测。结果该方法的最佳线性范围为1×10~4~1×10~9 copies/μl,回归曲线为y=-3.385 x+39.616,R~20.99;与其他种属的腺病毒及流感病毒间均无交叉反应;试验内和试验间Ct值的变异系数(CV)均2%;灵敏度为101 copies/μl;该方法检测P0代样品的最低检测限为10-6掺入体积比例,血清学方法检测P0~P3代样品的最低检测限为10~(-2)~10~(-3)掺入体积比例。该方法检测16株流感毒种中外源性EDSV的结果均为阴性,与血清学方法检测结果一致。结论成功建立了检测EDSV的荧光定量PCR法,提高了检测灵敏度和检测效率,更好地满足了流感疫苗应急检验中快检的要求。     

人干扰素诱导跨膜蛋白基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立人干扰素诱导跨膜蛋白(Interferon induced transmembrane protein,IFITM)1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法。方法根据GenBank中登录的人IFITM1、2、3及β-actin基因序列,分别设计4对特异性引物,以质粒pVAX1-IFITM1、2、3和pMD18-T-β-actin为模板,分别进行PCR及实时荧光定量PCR扩增,优化实时荧光定量PCR反应体系及反应条件,绘制标准曲线及扩增曲线,建立实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的重复性、灵敏度及特异性。结果各质粒的PCR及实时荧光定量PCR产物经琼脂糖凝胶电泳分析,均可见大小与理论值相符的特异性条带。IFITM1、2、3和β-actin的最佳荧光定量PCR引物浓度分别为0.2、0.5、0.4和0.5μl,最佳退火温度为55℃。各质粒标准曲线的循环数与起始模板拷贝数的相关性均较好(R2分别为0.998、0.990、0.990和0.995),扩增效率分别为106.284%、101.030%、104.929%和101.962%。IFITM1、2、3基因不同拷贝数的试验内CV为0.14%-0.72%,试验间CV为0.77%-1.58%;灵敏度分别为2.52×100、1.3×100和3.7×101copies;该方法未扩增出鸡肝脏及禽流感病毒H3N2 cDNA,可特异性扩增B型流感病毒cDNA,各标准质粒的溶解曲线约在同一温度出现1个单峰。结论已成功建立了IFITM1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法,该方法具有较高的重复性、灵敏度及特异性,为进一步研究IFITM1、2、3的功能及其基因表达与肿瘤发生发展的相关性奠定了基础。     

人源细胞间黏附分子-1基因SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立、验证及应用

目的建立并验证细胞间黏附分子-1(intercellular cell adhesion molecule-1,ICAM-1)基因的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,并用该方法检测不同细胞中ICAM-1的基因水平。方法根据GenBank中登录的ICAM-1基因序列设计并合成引物,建立ICAM-1基因的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法,验证方法的适用性、线性范围、灵敏性、特异性及精密性。同时采用该方法对人胚肺成纤维细胞(MRC-5)、人星形神经胶质瘤细胞(u251)、人原发性肝癌细胞(PLC/PRF/5)、人胚肾细胞(HEK293)及人脐静脉内皮细胞(HuvEc)进行检测。结果该方法的溶解曲线峰单一,无非特异性产物和引物二聚体;标准质粒在6. 74×10~4～6. 74×10~9 copies/μL浓度范围内与Ct值呈良好的线性关系,线性方程为y=-3. 576 log x+42. 982,R~2=1. 000;建立方法的灵敏性是普通PCR法的10倍;该方法检测不同物种细胞无交叉反应,仅能检出人源细胞ICAM-1;批内和批间CV均1%。不同组织来源的细胞内ICAM-1基因含量不同,其中MRC-5细胞含量最高。结论成功建立了ICAM-1基因的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,且具有良好的特异性、灵敏性及精密性,可用于ICAM-1基因的定量检测。     

TaqMan MGB探针实时定量PCR检测Vero细胞残余DNA方法的适用性验证及应用

目的对Taq Man MGB探针实时定量PCR检测Vero细胞残余DNA的方法进行适用性验证及应用。方法对Taq Man MGB探针实时定量PCR检测Vero细胞残余DNA的方法进行特异性、灵敏度、精密性、准确性验证,并应用该方法检测3批次脊髓灰质炎病毒浓缩液、纯化液和原液中Vero细胞残余DNA含量,计算Vero细胞残余DNA去除率。结果 Taq Man MGB探针实时定量PCR能够特异性扩增Vero细胞基因组DNA长串连重复序列;DNA浓度在10-1~10-6 ng/μl范围内标准曲线线性良好,相关系数为0.996,扩增效率为93.54%;检测灵敏度为10-6 ng/μl,高于斑点杂交法;检测高(10-2 ng/μl)、中(10-4 ng/μl)、低(10-6 ng/μl)浓度阳性对照DNA模板的试验内变异系数(CV)为0.145%~3.110%,试验间CV为0.624%~2.359%;检测不同浓度阳性对照DNA的回收率在101.5%~109.4%之间,均在定量方法可接受的回收率范围内;在斑点杂交检测灵敏度范围内,同一样品采用Taq Man MGB探针实时定量PCR法与斑点杂交法半定量检测的结果吻合。3批次脊髓灰质炎病毒浓缩液纯化后可有效去除Vero细胞残余DNA,总去除率约为100%。结论 Taq Man探针实时定量PCR法特异性、精密性、准确性良好,灵敏度高,可作为斑点杂交法的替代方法,用于实验室内部的质量控制。     

重组细胞中鼠细小病毒检测方法的建立及初步应用

目的建立生物技术产品用重组细胞中鼠细小病毒(Murine minute virus,MMV)污染的检测方法,并进行验证及初步应用。方法以NB324K细胞为指示细胞,建立MMV感染性检测方法,并以不同CCID50的MMV分别感染NB324K细胞,验证方法的灵敏度;通过设计针对编码非结构蛋白1(Non-structural protein 1,NS1)保守序列的引物和探针,建立用于重组细胞中MMV检测的实时荧光定量PCR,并对其线性、特异性、精密性、灵敏度、最低检测限及试验可行性和干扰性进行验证;将NB324K细胞感染试验与荧光定量PCR法相结合,建立NB324K细胞感染-PCR法,并通过对大量样本的检测,分析荧光定量PCR法和NB324K细胞感染-PCR法的可行性。结果 NB324K细胞感染试验的灵敏度为0.2 CCID50;荧光定量PCR检测方法最佳线性范围为1×108～1×104拷贝/μl,R2达0.99以上,特异性良好,与其他种属的细小病毒均无交叉反应,试验内和试验间Ct值的变异系数(CV)均小于5%,试验内病毒定量拷贝数的CV在20%～30%之间,试验间病毒定量拷贝数的CV在20%～50%之间,灵敏度为5×103拷贝/μl,最低感染性病毒颗粒检测限为2 CCID50。该方法能够用于细胞样品中MMV的检测,部分样品基质对病毒的检测具有一定的干扰性。NB324K细胞感染-PCR法的灵敏度为0.02 CCID50,检测时间可缩短为96 h,与荧光定量PCR法分别对47份样品进行检测,结果均为阴性。结论成功建立了MMV荧光定量PCR检测方法和NB324K细胞感染-PCR法,可应用于重组细胞中MMV污染的检测,为进一步提高生产用重组细胞的安全性奠定了基础。     

牛乳中蜡样芽孢杆菌荧光定量PCR检测方法的建立及验证

目的建立一种快速检测牛乳中蜡样芽孢杆菌的荧光定量PCR方法,并进行验证。方法根据GenBank中登录的蜡样芽孢杆菌gyrB基因序列及荧光定量PCR要求,设计合适的特异性引物,提取菌体DNA,对目的基因进行扩增及克隆;以重组质粒为模板进行荧光定量PCR扩增,绘制标准曲线;以蜡样芽孢杆菌DNA为模板进行荧光定量PCR扩增,确定其扩增条件。对建立的方法进行特异性及灵敏性验证。结果建立的方法检测其他3种牛乳中常见致病菌(大肠埃希菌、志贺菌、沙门菌)未见特异性扩增,即无交叉反应;最低检出限为1×10~(-7) ng/μL。以掺入蜡样芽孢杆菌的牛乳为样品,可检测到牛乳中10. 4 CFU/mL的蜡样芽孢杆菌,优于国标方法(GB 4789. 14-2014)检测含有相同菌落数的蜡样芽孢杆菌(仅能检测到1. 04×10~2 CFU/mL)。结论建立的方法特异性强,灵敏性高,适用于快速、准确检测牛乳中的蜡样芽孢杆菌,为实验室快速检测致病菌提供了参考。     

绿豆源基因的实时荧光定量LAMP检测方法研究

针对绿豆转录间隔区设计一套引物,通过温度优化、特异性和灵敏度试验,建立一种绿豆源DNA的实时荧光定量环介导等温扩增(LAMP)检测方法。结果显示,实时荧光定量LAMP检测方法在温度为61℃时,引物能够将绿豆、大豆、玉米、木薯和马铃薯DNA区分开,灵敏度可以达到0.1pg·uL~(-1)。实时荧光定量LAMP方法能够快速有效地对绿豆源成分进行检测,为绿豆制品真实性检测提供了一种快速准确的检测方法。     

Real-time PCR检测核酸疫苗中宿主基因组残留DNA

目的建立Real-time PCR方法,用于定量检测核酸疫苗中宿主基因组的残留DNA。方法以Lightcycler平台为基础,选择大肠杆菌23S核糖体RNA基因为靶标基因设计扩增引物,建立基于SYBR GreenⅠ荧光染料的Real-time PCR检测方法,并用于核酸疫苗纯化过程中间产物的检测。结果整个检测过程可在30min内完成,特异性强,检测灵敏度可达10fg/μl,其标准曲线的相关系数为-0.99。结论该方法可用于核酸疫苗中宿主基因组残留DNA的检测。     

检测戊型肝炎病毒核酸的实时荧光聚合酶链反应法的建立

目的建立一种能快速、敏感地检测戊型肝炎病毒(HEV)核酸的实时荧光聚合酶链反应法(Real-timeRT-PCR)。方法基于HEVORF3保守区序列,设计引物和探针,从22对引物和4条探针中进行筛选,并对选出的引物和探针的浓度、反应体系、反应条件、核酸抽提方法等进行优化。采用常规套式RT-PCR和本研究建立的实时荧光RT-PCR检测不同样品,比较两种方法的特异性和敏感性。结果优化出1对引物和探针的组合。优化的30μl反应体系中,上、下游引物浓度均为0.10mmol/L,探针浓度为0.20mmol/L,Taq酶的浓度为3U,AMV逆转录酶浓度为2U。优化的反应条件为:50℃30min;95℃3min;95℃10s,50℃30s,72℃60s,5个循环;95℃10s,57℃40s,40个循环。初步检测结果显示,该方法与常规套式RT-PCR特异性符合率为100%,两种方法检测HEV1型样品的敏感性均为104,检测人和猪的HEV4型样品时,实时荧光RT-PCR敏感性均为104,明显高于常规套式RT-PCR的103和102。结论所建立的检测HEV核酸的实时荧光聚合酶链反应法具有简便、快速、敏感性较高以及不易被污染等优点,具有一定的临床应用潜力。     

Detection of Mycosphaerella graminicola in Wheat Leaves by a Microsatellite Dinucleotide Specific-Primer

Early detection of infection is very important for efficient management of Mycosphaerella graminicola leaf blotch. To monitor and quantify the occurrence of this fungus during the growing season, a diagnostic method based on real-time PCR was developed. Standard and real-time PCR assays were developed using SYBR Green chemistry to quantify M. graminicola in vitro or in wheat samples. Microsatellite dinucleotide specific-primers were designed based on microsatellite repeats of sequences present in the genome of M. graminicola. Specificity was checked by analyzing DNA of 55 M. graminicola isolates obtained from different geographical origins. The method appears to be highly specific for detecting M. graminicola; no fluorescent signals were observed from 14 other closely related taxa. Primer (CT) 7 G amplified a specific amplicon of 570 bp from all M. graminicola isolates. The primers did not amplify DNA extracted from 14 other fungal species. The approximate melting temperature (Tm) of the (CT) 7 G primer was 84.2 °C. The detection limit of the real-time PCR assay with the primer sets (CT) 7 G is 10 fg/25 μL, as compared to 10 pg/25 μL using conventional PCR technology. From symptomless leaves, a PCR fragment could be generated two days after inoculation. Both conventional and real-time PCR could successfully detect the fungus from artificially inoculated wheat leaves. However, real-time PCR appeared much more sensitive than conventional PCR. The developed quantitative real-time PCR method proved to be rapid, sensitive, specific, cost-effective and reliable for the identification and quantification of M. graminicola in wheat.     

巨细胞病毒感染PCR检测方法的建立

目的建立检测巨细胞病毒污染的PCR检测方法,并制备检测试剂盒。方法采用TaqMan探针,选择保守序列CMV-pp65设计引物,荧光定量病毒载量;对试剂盒进行敏感性、重复性和特异性等测试;对31份临床阳性血清标本和106份正常献血者血浆标本进行检测,并与国内同类试剂盒进行比较。结果该试剂盒检测线性定量范围可达202~3.6×109copies/ml,敏感性为360copies/ml,CV值在1%左右,特异性高,临床标本检测的符合率为100%。本试剂盒与国内已上市试剂盒比较,具有较好的相关性、更高的敏感性和更宽的定量检测范围。结论制备的试剂盒特异性和敏感性均较高,适用于临床上的病毒检测。     

鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立鸡主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)BF1和BF2基因实时荧光定量PCR[Real-time fluorescent quantitative(FQ)-PCR]检测方法。方法从鸡外周血淋巴白细胞(Peripheral blood leuk-ocytes,PBLs)中提取细胞总RNA,以其为模板,根据BF1、BF2和GAPDH基因相对保守序列各设计一对引物,应用RT-PCR法扩增目的基因,分别克隆至pGM-T载体上,制备重组质粒标准品,经PCR、EcoRⅠ酶切及测序鉴定;优化反应体系及反应条件,绘制标准曲线,建立Real-time FQ-PCR检测方法,并验证其敏感性、特异性及重复性。结果重组质粒标准品经PCR、酶切及测序鉴定构建正确;建立的定量标准曲线临界循环数(Threshold cycle,Ct)与BF1、BF2和GAPDH起始质粒DNA拷贝数的对数之间线性关系良好,相关系数分别为1.00、0.98、0.99,扩增效率分别为0.8、1.1、1.1;该方法的敏感性可达101copies/μl;融解曲线分析表明扩增效率一致,特异性较好;质粒DNA标准品3次检测的CV值误差不超过0.5,均小于5%。结论已成功建立了鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法,为下一步应用该法检测BF1和BF2基因的转录水平奠定了基础。     

猪呼吸道疾病综合征4种病原菌复合PCR方法的建立及其初步应用

目的建立检测猪呼吸道疾病综合征(Porcine respiratory disease complex,PRDC)中肺炎支原体(Mycoplasmahyopneumoniae,Mhp)、猪链球菌(Streptococcus suis,SS)、副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)和猪多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)的四重PCR方法。方法根据GenBank中登录的Mhp的P36基因序列设计引物,同时参考文献分别合成SS、HPS和Pm的特异性引物,通过4因素(Taq酶、Mg2+、引物、dNTPs)4水平的L16(44)正交试验优化PCR反应体系,建立检测Mhp、SS、HPS和Pm的四重PCR方法,并进行特异性、敏感性及重复性验证。运用该方法及单一PCR方法,对PRDC猪的鼻腔拭子及肺脏组织样品进行检测,另对肺脏组织样品进行SS、HPS和Pm的常规分离鉴定。结果确立了四重PCR方法最适反应体系及反应条件;应用建立的四重PCR方法在568、294、821和457 bp处均可见与预期相符的特异性条带,8次重复扩增后的电泳结果一致,最低检测限量分别为560、260、280和200 pg,表明该方法特异性、敏感性及重复性较好;PRDC猪的鼻腔拭子及肺脏组织样品的四重PCR方法检测结果与单一PCR方法相比,差异无统计学意义(P>0.05),四重PCR及单一PCR方法的HPS的检出率则显著高于常规细菌分离鉴定(P<0.05)。结论所建立的四重PCR方法,可直接用于临床PRDC 4种病原菌的鉴定,为开展PRDC流行病学调查提供了有效的技术手段。