基于AdaBoost方法的蛋白质磷酸化修饰规则抽取

磷酸化是最重要的蛋白质翻译后修饰之一,随着蛋白质磷酸化数据的增加,利用已有数据对蛋白质磷酸化修饰进行规律挖掘和预测的条件日益成熟.设计新的基于AdaBoost(adaptive boost)分类器的规则抽取算法和利用修饰位点附近氨基酸性质作为特征并采用AdaBoost方法进行特征选择和分类器训练的磷酸化修饰位点预测方法AproPhos(using amino acid properties for phosphorylation sites prediction),使其在具有较高预测精度的同时可以对预测结果进行可理解的规则解释,规则抽取还有助于发现新的磷酸化修饰氨基酸性质分布规律,对揭示生命活动规律和药物开发有着重要意义.     

酪氨酸催化电化学及其生物检测应用

蛋白质重要的生理功能主要取决于蛋白复杂多变的结构。一些蛋白变性剂或环境污染物会导致蛋白质构象的变化,从而使其失活。另外一些活性氧物种通过对蛋白的氧化损伤,也能够破坏蛋白的结构和生物功能。蛋白磷酸化是一种重要的蛋白翻译后修饰,在细胞信号传导中起着关键的作用,控制许多细胞的生命过程。目前已经建立了一些方法检测蛋白质的构象变化、结构损伤和磷酸化,但是这些方法需要大型昂贵的仪器,并且数据分析过程复杂,人力和物力耗费大。     

蛋白激酶活性及抑制性检测研究进展

蛋白激酶催化蛋白磷酸化是一种非常重要的蛋白质翻译后修饰方式,能够调节细胞内大多数蛋白的功能,在众多生理过程中发挥着至关重要的作用。磷酸化过程的异常以及激酶的过度表达往往与许多疾病密切相关,如癌症、糖尿病和老年痴呆症。因而,测定蛋白激酶的活性及筛选蛋白激酶抑制剂对基础生物医学研究和酶靶药物的开发是非常重要的。近年来,研究工作者们采用电化学法、比色法以及荧光检测法等方法研究了对蛋白激酶活性及抑制性的检测。该文回顾了蛋白激酶活性测定及抑制性检测的研究进展,主要关注了荧光检测法的应用,并对其未来的发展进行展望。     

Weighted SVM在蛋白质磷酸化位点预测中的应用

Weighted SVM是标准SVM针对非均衡样本的改进。首次将Weighted SVM用于蛋白质磷酸化位点的预测,在最新版的蛋白质磷酸化数据集PhosphoBase上,取得了目前为止最好的分类精度。k-fold交叉验证和独立测试集实验的结果表明,通过对样本数相对较少的正样本赋予较大的惩罚参数,Weighted SVM有效地改善了分类器向负样本方向的“偏斜”,提高了总的预测正确率以及(正样本)查全率。     

果蝇昼夜节律调控网络的一个修正模型

PER和TIM是果蝇两个重要的生物钟蛋白.以往的研究一直认为PER和TIM是在细胞质中结合为二聚体并以二聚体的形式进入细胞核.但2006年Pablo Meyer等人的实验研究表明,PER/TIM复合物在细胞质中分离,然后PER和TIM在很短的时间内独立进入细胞核.根据该项实验结果,我们对果蝇昼夜节律调控模型进行了修正,修正模型反映了per和tim基因的转录翻译及蛋白质的翻译后修饰过程,二次磷酸化的蛋白质PER(P2)、TIM(T2)分别独立进入细胞核并参与后续的调控过程.计算了修正模型的振荡周期并由此确定了新模型所引入的参数值.对修正模型的振荡节律进行数值分析,发现修正模型振荡节律在DD、LD条件下均产生了近于24h的持续周期振荡而在LL条件下呈现出振荡衰减,这些结果与原模型相似,反映出所建模型的合理性.但修正模型对参数对称性的依赖性则更加强烈,具体解释还有待于进一步的工作.     

PTP1B中Arg221各种突变下底物与催化结构域相互作用变化的理论研究(英文)

蛋白酪氨酸磷酸酯酶1B(PTP1B)在胰岛素受体去磷酸化过程中发挥重要作用.本研究目的在于阐述PTP1B催化位点中Arg 221的作用.各种Arg 221的突变体通过HyperChem Release 7.0软件生成.结果表明Arg 221的突变会对底物与蛋白相互作用产生显著影响.当Arg 221突变为碱性残基时,底物与蛋白之间总静电相互作用能增加,但与催化相关残基的静电相互作用能降低,其余的突变则导致底物与蛋白之间总静电相互作用能降低.这一结果表明,Arg 221突变为碱性残基町减弱PTP1B的催化活性,但使底物与蛋白的结合能力增强,其余的突变则会同时减弱酶的催化活性及底物与蛋白的结合能力.     

山东主要土类中磷酸化酶及其与供磷特性的关系

山东3大土类中棕壤的3种磷酸化酶以酸性磷酸化酶活性最高,平均为0.9856μg 100g-1,其酸性磷酸化酶主要通过减少磷的吸附和固定,增加磷的解吸,提高缓效磷的含量,从而改善棕壤的供磷状况;潮土的3种土壤磷酸化酶以碱性磷酸化酶的活性最高,平均为0.7032μg 100g-1,其碱性磷酸化酶主要通过增加磷的解吸,提高缓效磷的含量,从而改善潮土的供磷状况;褐土的3种土壤磷酸化酶也是以碱性磷酸化酶的活性最高,平均为1.009μg100g-1,其碱性磷酸化酶主要通过减少磷的吸附和固定,提高有效磷和缓效磷的含量,从而改善褐土的供磷状况。高产农田的碱性磷酸化酶活性高于酸性磷酸化酶,酸性磷酸化酶活性高于中性磷酸化酶,其活性分别为0.8875μg 100g-1、0.7043μg 100g-1和0.2675μg 100g-1,而且高产农田的3种磷酸化酶活性均极显著高于中低产田,2类产量水平的农田,均主要通过酸性磷酸化酶来改善土壤供磷状况,其中高产农田的酸性磷酸化酶主要通过减少磷的固定,增加磷的解吸,提高缓效磷的含量;中低产农田的酸性磷酸化酶,主要通过增加磷的解吸,减少磷的固定,提高有效磷的含量。     

基于连接酶和磷酸化探针的单碱基突变检测方法研究

该文发展了一种基于表面连接酶反应及生物金属化的电化学方法用于单碱基突变的检测.金电极表面先固定捕获探针,然后和待检测的突变链及5'端磷酸化的连接探针杂交,在连接酶存在下,表面固定的探针会和连接探针连接起来.如果表面固定的探针和目标链不匹配,则连接反应不能进行.在90℃下进行热变性处理,形成的双链解开,进行了连接反应的连接探针连接到了金电极上.接着,生物素化的检测探针和连接产物杂交,再和链亲和素化的碱性磷酸酶反应,在碱性磷酸酶的作用下,非还原性的抗坏血酸磷酸酯(AA-P)转化成还原性的抗坏血酸(AA).溶液中的银离子在抗坏血酸的作用下,被还原生成银,从而使得银颗粒沉积在电极表面.用线性扫描伏安法来检测电极表面沉积的银.该方法已成功的用于检测编码K-Ras癌基因的第12位密码子的单碱基突变,检测下限低达80 fmol/L.     

网络坦克作战系统基于MAS的决策过程分析与研究

网络坦克作战系统的决策过程是一个群组决策过程.系统决策过程实质上是各组成部分协作进行问题求解的过程.基于多Agent系统(MAS)的网络坦克作战系统决策是系统中多个Agent面向作战任务进行协作问题求解的过程.运用MAS技术对系统的决策过程进行了分析,提出了系统基于MAS的群组决策基本框架,给出了分布式的系统决策结构,并对决策过程进行了设计和详细分析.MAS协作规划有利于系统的群组决策.     

一种弹性的软件过程模型验证工具

过程模型验证是保证软件过程定义正确性的重要手段.针对目前过程模型验证中的一些问题,首先提出了一种以活动为中心的软件过程元模型,并以XML对其进行描述.在此基础上,从行为、资源、组织视图结合的角度,提出了保证软件过程模型正确性的语义约束规则.最后,提出了一种弹性的用于验证XML描述的过程模型的机制,并基于此实现了过程模型验证工具,来验证过程模型的正确性.