基于微型DNA条形码的多种动物源性成分的鉴定

通过分析51?种动物的DNA条形码序列,新设计一对微型DNA条形码的通用引物,建立一种联合微型DNA条形码和克隆测序法对动物源性多组分样品进行准确、高效鉴定的方法。用微型DNA条形码分别鉴定11?种常见食用肉类,判断其对物种鉴定的准确性,并比较其与标准DNA条形码对物种的鉴定效果,然后将11?种常见商品肉类等比例混合,探究克隆测序法对混合肉样品的鉴定效果。结果表明：引物有较好的通用性,能对具有不同的引物同源性水平的11?个物种进行有效扩增并获单一条带。微型条形码能准确鉴定11?个肉类物种,与常规DNA条形码鉴定效果一致。经克隆测序法,把混合样品的9?个物种一并检出,总体上达到了较高的检出效率,同时深入讨论了未能检出全部物种的原因。微型条形码良好的物种鉴定能力的研究结果为联合微型DNA条形码与二代测序技术进行混合样品中物种的高效鉴定提供参考依据。     

基于PCR技术的水貂毛皮鉴别研究

本研究应用荧光PCR技术鉴定水貂毛皮。方法建立:市场采购32件鞣制动物毛皮,提取足够的DNA,应用荧光PCR方法检测水貂成分;其中21件水貂毛皮检测到水貂成分,11件其他动物毛皮均未检出水貂成分,方法特异性达到100%。方法验证:市场采购10件毛皮服装样品,比较宏观法与PCR法结果;其中宏观法鉴定结果与PCR法一致,宏观法无法确定水貂的4件样品均可通过PCR法明确。本方法可用于水貂毛皮的鉴定,并作为宏观法的有效补充和验证。     

DNA条形码COI序列在常见肉类鉴别中的应用研究

为了对常见的4种肉类及相关肉制品进行掺假鉴定,判别与产品标签是否相符,本研究以COI基因为靶基因,建立了4种动物源性食品DNA条形码鉴别技术。分别提取牛、羊、猪、鸭四大物种的基因组DNA为模板,以其COI基因的保守序列区设计6对通用引物,结合文献报道及数据库提供的7对通用引物进行PCR扩增,并将测序结果提交Gen Bank数据库Blast比对,评价不同DNA条形码的检测鉴别能力。筛选出COI-A为最优序列,在4个物种中扩增效率100%。对抽检的20个批次的肉加工品样品进行检测,鉴定结果约有90%的样品与产品标签标示的成分相符。其中1个批次的牛丸制品因肉类成分含量低未扩增成功,1个批次的牛丸制品检出鸭源成分,判定掺假。DNA条形码技术快速有效,本研究筛选的COI-A序列可直接用于牛、羊、猪、鸭及其肉制品的鉴定,并为其它常见动物源性食品的种类鉴定提供一定参考依据。     

痕量样本高通量测序文库构建

目的 建立一种基于基于Illumina测序平台的高效稳定的痕量样本高通量文库构建方法。通过调整建库过程中的Adapter加入量、片段选择的执行与否、文库扩增循环数等条件来为痕量样本的建库提供依据。 高效稳定的痕量样本高通量文库构建方法。方法 本研究采用不同类型的样本,设计了不同起始DNA量 (最低至0.1 ng) 的文库构建策略,主要对接头使用量、扩增循环数等进行优化,并通过数据分析评估文库质量。结果 本研究通过优化文库构建流程,对于起始量低至0.1 ng的DNA样本,基因组文库构建成功率达100%。对于基因组较小的细菌,0.1 ng的起始DNA量的数据组装效果与100 ng起始DNA量相近;对于基因组较大、结构复杂的细菌,0.1 ng的起始DNA量的数据组装效果显著差于100 ng起始DNA量,但可通过增加测序数据量的方法提高组装效果。对于元基因组测序,起始DNA量为1 ng时,制备的测序文库与常规起始DNA量制备的文库得到的微生物群落结构相近,无明显差异。结论 本研究建立的0.1 ng起始DNA量文库构建方法稳定,可用于更多微生物基因组测序、元基因组测序的应用领域     

DNA条形码技术在鲑科鱼类真伪鉴别中的应用

本研究建立了基于DNA条形码技术的鲑科鱼类特异性检测方法,并用此方法对17种市售鲑科鱼进行物种检测。先从样品中扩增得到DNA细胞色素C氧化酶I(COI)和16S核糖体RNA(16S rRNA)的基因片段,然后进行一代测序,对测序结果进行比对,验证样品的真实属性。结果表明,以COI为靶标、16S r RNA为辅助靶标,可实现对由单一物种组成的鲑鱼制品的物种鉴定。本研究结果证实DNA条形码技术可用于鲑科鱼类的物种鉴别,为鲑科鱼的市场监管提供技术支撑。     

基于DNA条形码技术对常见石首鱼科鱼胶的物种鉴定

摘　要：目的　运用DNA条形码技术对常见石首鱼鱼胶进行物种鉴定。方法　通过对26份鱼胶样品基因组DNA提取，PCR扩增COI基因、测序，用BOLD物种鉴定系统，与数据库中已有鱼类序列进行比对分析，鉴定出各鱼胶的物种；根据Kimura双参数模型计算样品序列遗传距离，并将所得序列构建NJ和MP系统发育树，进行聚类分析。结果　26份鱼胶样品通过鉴定引物“Fish-F”、“Fish-R”均可实现扩增，条带清晰单一，扩增和测序成功率均为100%；BOLD鉴定结果显示，26份鱼胶样品中23份能够确定物种来源（相似性达98%以上），包括石首鱼科12属15种鱼类，且多数为外来物种，另外3份鱼胶可推测其近缘物种。此外，系统发育树聚类分析结果与物种鉴定结果一致。结论　目前石首鱼类鱼胶来源物种较多，且多为外来基原鱼种。DNA条形码技术与BOLD鉴定系统相结合，可对大部分鱼胶进行准确的物种鉴定。     

基于DNA条形码技术的海参物种鉴定

DNA条形码技术(DNA barcoding)是一种新型高效的物种鉴别方法。本研究基于DNA条形码技术,以线粒体细胞色素氧化酶I基因(COI)和16S核糖体RNA(16S rRNA)基因作为靶基因对海参物种进行鉴别,结果表明COI基因或16S rRNA基因均能实现大部分海参的物种鉴定,部分样品需结合两个靶基因鉴定出来。将所建立的DNA条形码方法用于市售海参样品的物种鉴定,24份市售海参样品中10份市售海参样品的物种鉴定结果与标签名称相符,6份样品与标签名称不符,存在将低价海参品种标为高价海参的现象;其余8份样品的标签只有商品名但没有明确的物种信息,利用DNA条形码技术对其鉴定可得到明确的海参种名。本研究结果证实DNA条形码技术可应用于市售海参的物种鉴定,为海参的监管提供技术支撑。     

高通量二代测序基因条形码技术在动物源性制品物种鉴定中的应用

该研究利用二代测序和DNA条形码技术对生物制品中动物源性成分鉴定方法进行探索性研究。首先对常见的哺乳动物、禽类、鱼类物种以及多种混合样本进行了核酸提取,并利用PCR技术对其线粒体基因16S rRNA区域354 bp的检测位点进行扩增。使用Illumina Miseq二代测序技术获取所有序列信息,并与Gen Bank数据库比对分析样本中的物种组成。结果显示,混合样品中所有动物源性成分均得到正确鉴定;鹅和鸭核酸的最低检测下限为0.5ng/μL;市售商业化动物源性制品经检测发现2起标签不符问题。该检测方法在一个高通量测序和结果比对分析实验周期内,实现了混合DNA片段序列信息的一次性获取。检测结果准确,适用范围广,有望为动物制品标识符合性检查、打击走私等方面提供技术保障。     

多基因DNA条形码鉴定6 个鳗鱼物种

建立6?种鳗鱼的物种多基因DNA条形码精准鉴定方法。以鳗鱼DNA为模板,采用3?对通用引物对6?种鳗鱼的3?个基因（16S rRNA、Cyt b、COⅠ）部分DNA片段进行聚合酶链式反应扩增、测序,结果6?种鳗鱼各获得3?条16S rDNA（638～643?bp）、Cyt?b（464～466?bp）、COⅠ（705～707?bp）基因部分DNA序列,从中选取各物种序列同源的片段设计3 对新引物对6 种鳗鱼的16S rRNA、Cyt b、COⅠ基因部分DNA片段进行PCR扩增,其产物大小分别为504～507、400、609?bp,再从各片段中筛选出具有6?种鳗鱼物种特异性强的、碱基数分别为262、280、300?bp的3?条DNA片段序列,作为6?种鳗鱼物种的3?个基因的标准DNA条形码,应用DNAMAN?V6软件进行同源性分析,并通过GenBank数据库的比对验证,制定了供检测实践用的同源率判别指标,建立鳗鱼物种的多基因条形码检测方法。应用该方法对30?个待检鳗鱼样品进行检测,结果表明,各样品基于3?个基因DNA条形码的比对,符合同源率指标,物种判别结果互相吻合,从而精准判别样品的所属物种。该方法稳定、精准、易于操作,可应用于6?种鳗鱼的物种鉴定,值得推广。     

PCR产物的高通量测序方法及优化

PCR产物的高通量测序被广泛应用于功能基因筛选、肿瘤相关基因的突变和甲基化检测等。在高通量测序技术中,建库和上机测序实验一直是决定最终DNA数据质量的关键。作者优化了PCR产物样品的DNA文库制备条件和体系,设计了适合PCR产物特点上机测序方法,将已建库的PCR样品中混入一定量的基因组标准品后再上机测序,由此保证了测序数据的高质量和低冗余度。为低多样性DNA样品高通量测序技术方法运用提供方法上的参考。     

DNA条形码技术在牛肉干鉴定中的应用

食品的物种来源关系食品的营养价值、市场价格和安全性。研究采集了贵阳、昆明两地不同品牌、不同类型的71份牛肉干样品,通过对线粒体细胞色素氧化酶I基因(COI)和16S核糖体基因(16S)的DNA条形码测序,成功对其中的60份样品进行了鉴定。其中,39份样品(65%)来自水牛、马、骆驼等物种,在营养价值和经济上损害了消费者的权益。此外,一些样品混入了黑熊等保护动物肉品,可能涉及对保护动物的盗猎。研究证实DNA条形码对深加工肉制品物种来源鉴定的可行性,展示了该技术在食品安全领域应用的广阔前景。     

霍乱弧菌基质辅助激光解吸飞行时间质谱数据库的建立与应用

目的建立基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS)快速检测霍乱弧菌,并建立数据库。方法考察培养基、培养时间、培养温度以及样品前处理方法对图谱质量和鉴定结果的影响,对方法的稳定性、重复性进行研究;采集101株霍乱弧菌食品分离株MALDI-TOF-MS指纹图谱,并对图谱进行分析。其中标准菌株CICC23794及40株分离株作为建库菌株,其余60株用于建库后的测试。结果采用2%NaCl-TSA培养基,在37℃、24h条件下培养,可达到强峰值信号,谱图重现性良好,甲酸-乙腈提取法获得的质谱图特征峰多,信噪比高;建库后, 60株霍乱弧菌均可达到高于2.0的水平,其中约有20株霍乱弧菌鉴定分值可达到2.4以上。结论本研究建立的霍乱弧菌MALDI-TOF-MS鉴定方法结果准确,可用于实际检测。     

基于赭曲霉毒素A模拟表位的无毒素ELISA方法

以抗赭曲霉毒素A的单克隆抗体亲和筛选随机7肽库,ELISA方法鉴定阳性克隆,DNA测序推导出赭曲霉毒素A的模拟表位肽,共获得了11个模拟表位肤,共有序列为IRPMV.将化学合成的模拟表位肽与载体BSA偶联后,以之建立无毒素的竞争酶联免疫检测方法,并与常规酶联免疫吸附检测方法及高效液相色谱比较.结果表明:以赭曲霉毒素A模拟表位建立的竞争ELISA方法的线性范围和检测下限都与常规竞争ELISA方法结果相近,样品测试结果与常规竞争ELISA方法及高效液相色谱一致,显示良好的应用前景.     

DNA条形码技术在肉品防欺诈鉴别中的应用

以DNA条形码技术鉴别进出口监督抽检的鱼肉等水产制品的种类来源,用以判别其与申报或产品标签是否相符.分别提取鱼肉等样品的基因组DNA,以目前国际上比较公认的动物线粒体细胞色素氧化酶COⅠ基因通用引物进行PCR扩增.PCR产物经测序分析后,将得到的扩增片段序列与Genbank数据库进行序列比对,同时提交Barcoding Life DNA条形码数据库(BOLD)进行鉴定分析.本批次监督抽检的16份鱼肉、鱼丸等水产制品中除1份样品未能成功获得鱼肉COⅠPCR扩增外,其余15份样品均顺利得到种类来源鉴定,鉴定结果约有31.25％的样品与产品标签标示不符.作为一种简单、快速、有效的分子鉴定技术,DNA条形码可以直接应用于鱼肉等动物源性食品的种类鉴定.     

恒温实时荧光法快速检测简单异尖线虫方法的建立

为了快速鉴定简单异尖线虫,本研究建立了一套检测简单异尖线虫DNA的恒温实时荧光环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法,根据LAMP方法原理,针对简单异尖线虫ITS2区域设计引物特异性识别靶标基因。进行了特异性、灵敏度、重复性和实际样品的测试,并与传统的PCR方法进行比较。结果表明,该方法能够特异性扩增简单异尖线虫DNA,对含有简单异尖线虫ITS2目的基因片段的质粒DNA检测限为1 fg/μL,灵敏度比传统的PCR方法高100倍,重复性良好,对实际样品进行检测,与传统的PCR测序方法结果相符。本研究建立的恒温实时荧光快速检测方法适用于特异性检测简单异尖线虫。     

DNA条形码技术在食用血制品掺杂成分鉴别中的应用

目的:建立一种可食用血制品中7种动物源成分(包括猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、兔)掺杂鉴别的分析方法。方法:血制品经DNA提取纯化及PCR扩增后,将克隆测序结果提交至7种血制品的DNA条形码本地数据库进行序列比对。对血制品的预处理方式、DNA提取方式以及PCR扩增条件进行选择和优化,并建立常见血制品掺杂模型,研究模型的最低掺杂检出率。结果:7种可食用血制品的DNA扩增效率为100%,各种掺杂模型中的最低掺杂检出率为5%;利用该法对25批次市售可食用血制品进行掺杂鉴定,发现有21批次存在掺有其他动物源成分的情况。结论:该方法简单、可靠,可作为日常可食用血制品质量监督的检测方法。     

DNA条形码技术在淀粉掺假鉴别中的应用

基于植物DNA条形码技术建立淀粉及其加工制品成分鉴别检测方法。通过提取淀粉5大物种苜蓿、马铃薯、木薯、番薯和玉米的基因组DNA为模板,分别以ITS2、matK、rbcL和trnH-psbA基因通用引物进行聚合酶链式反应扩增,并将测序结果提交GenBank数据库BLAST比对,评价不同植物DNA条形码序列对其鉴别能力。筛选出ITS2＋trnH-psbA为较适组合序列,并对自行采购的5 个淀粉样品和4 个粉条样品进行检测。     

线粒体细胞色素b基因在鱼唇制品物种鉴定中适用性的研究

目的 探讨线粒体细胞色素b基因(cytochrome b, Cyt b)作为DNA条形码在鱼唇制品物种鉴定中的适用性。方法 对全国31个城市购买的252份鱼唇样品进行聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)测序,同源基因比较分析,构建系统发育树,鉴定制作鱼唇产品的鱼种,并对其进行濒危评价分析。结果 成功鉴定250个样品,一致性物种基因序列相似性在99%以上,涉及8个鲨鱼物种,最多样品为大青鲨(Prionace glauca),占样品65.5%,其余还有镰形真鲨(Carcharhinus falciformis)、路氏双髻鲨(Sphyrna lewini)、锤头双髻鲨(Sphyrna zygaena)等7类鲨鱼物种。结论 Cyt b可以作为对鲨鱼物种进行鉴定的一种DNA条形码,在对鲨鱼种鉴定时可以使用Cyt b基因及细胞色素氧化酶亚基I基因联合鉴定条形码,为深加工海产品物种鉴定提供更多的技术支撑。     

基于毛细管凝胶电泳与DNA条形码技术鉴别可食用动物内脏掺假方法的研究

建立并优化了使用基于DNA条形码技术对可食用内脏制品中包括猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、兔7种常见动物源成分进行掺假鉴别的方法。用生理盐水清洗和真空冷冻干燥预处理后的内脏样品，经DNA提取扩增后，扩增产物经毛细管凝胶电泳分析系统进行确认，克隆测序结果提交本地数据库Viscera进行比对，同时筛选出适合7种动物源内脏DNA扩增的通用引物COI-A，优化DNA模板量和退火温度，验证考察了19个可食用内脏掺假模型的最低掺假比例。7种动物的5类内脏的PCR扩增效率均为100%，最佳的DNA模板量和退火温度为2μL和53℃，掺假成分的最低检出比例为5%。本方法灵敏度高，可靠性好，可作为常见可食用动物内脏掺假的有效检测方法。     

基于COI和16S基因序列的鱼胶基原鱼种鉴定

目的 建立基于COI和16S基因序列的DNA条形码鱼胶基原鉴定方法。方法 以汕头、厦门、莆田等地采集的28个鱼胶为研究对象,利用形态特征分类法对28个样品进行观察,再提取基因组DNA,分别利用6对引物扩增COI和16S基因序列并双向测序。PCR产物测序分析后,输入Genbank中进行BLAST搜索进行分析比对,再利用最大似然法(ML)进行系统发育分析。结果 采集的28个鱼胶样品可分为11种类型。主要有萝卜型、“Ｙ”字型、心型、纸片型和琵琶型等。BLAST分析比对共鉴定出26个鱼胶样品,隶属于5目6科9属12种。系统发育分析表明不同种类的鱼胶处于不同分支中。结论 该方法可用于鱼胶基原鱼种的快速分子鉴定,也为鱼胶的真伪鉴别及溯源提供理论依据。