不同水源中GⅡ型诺如病毒实时荧光逆转录聚合酶链式反应检测方法建立及应用

目的建立不同水源中GⅡ型诺如病毒(NoV GⅡ)实时荧光逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测方法 ,对某市疾病预防控制中心送检的10份疑似引起诺如病毒中毒的水样进行NoV GⅡ检测。方法以瓶装水、河水和生活污水为研究对象,采用硝酸纤维素膜-聚乙二醇(PEG)沉淀法富集病毒,对取样体积、病毒洗脱条件、PEG终浓度及PEG沉淀条件等进行了优化,提取病毒RNA、建立实时荧光RT-PCR检测方法 ;通过外加MS2计算方法的回收率,评价所建方法对水样中诺如病毒的回收效果。结果建立的方法对瓶装水、河水和生活污水中NoV GⅡ的平均回收率分别为(60.1±8.0)%、(22.0±6.5)%和(35.7±8.1)%,10份送检水样中3份检出NoV GⅡ。结论建立的实时荧光RT-PCR方法适用于瓶装水、河水和生活污水中NoV GⅡ的检测,饮用水被NoV GⅡ是引发某市人员中毒的原因之一。     

实时荧光RT-PCR检测冷冻草莓中诺如病毒

目的：建立冷冻草莓中的GI、GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品的检测。方法：对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA的提取和纯化,然后采用实时荧光RT-PCR进行检测。结果：核酸提取方法能够有效地去除抑制因子,同时对104份送检样品进行检测,结果均为阴性。结论：所建立的核酸提取与实时荧光RT-PCR结合的检测体系适合于草莓样品中诺如病毒GI、GII型的检测。     

草莓中诺如病毒和甲肝病毒的多重实时荧光逆转录PCR检测方法的建立

目的建立草莓中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒等3种食源性病毒的多重实时荧光RT-PCR检测方法,并应用于实际样品检测。方法对草莓样品进行前处理、病毒富集、病毒RNA提取和纯化后,先采用单重实时荧光RT-PCR进行检测,随后进行多重实时荧光RT-PCR反应条件优化,建立多重实时荧光RT-PCR检测方法并分析其特异性和灵敏度。结果所采用的病毒富集和核酸提取方法可以实现病毒的有效富集和抑制剂的去除,建立的多重实时荧光RT-PCR方法特异性强(100%),对草莓样品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的检测灵敏度分别为56.2 RT-PCR50/20 g、31.6 RT-PCR50/20 g和31.4 CCID50/20 g。同时对50份样品进行检测,结果均为阴性。结论所建立的检测方法快速、灵敏、特异性强,适用于草莓产品中诺如病毒GI、诺如病毒GII和甲肝病毒的同时检测。     

实时荧光RT-PCR检测贝类中的札幌病毒

建立检测贝类中GⅠ、GⅡ、GⅣ和GⅤ型札幌病毒的实时荧光RT-PCR新方法。首先使用PEG 8000对贝类中的札幌病毒进行富集,然后采用Tri-reagent提取材料中的总RNA,针对札幌病毒RNA 3'端含Poly A尾的特点,使用带有Poly(dT)25的磁珠对病毒RNA进行纯化,用所获的高纯度RNA进行四种型别札幌病毒的实时荧光RT-PCR检测。该方法高效、灵敏,检测下限为101数量级拷贝,能够用于日常检验。     

西生菜中低污染量GⅡ型诺如病毒的富集与定量检测研究

目的优化新鲜西生菜中低污染量的GⅡ型诺如病毒富集方法,比较实时荧光RT-PCR与微滴式数字RT-PCR检测方法,研究适用于新鲜西生菜中低污染量的GⅡ型诺如病毒的定量检测方法。方法选取洗脱液种类、沉淀剂种类、沉淀剂作用温度及沉淀剂作用时间4个因素进行研究,以确定较优的GⅡ型诺如病毒富集条件。结合较优的富集条件,分别采用实时荧光RT-PCR方法和微滴式数字RT-PCR方法进行定量检测。结果病毒富集方法研究表明:洗脱液为牛肉膏-甘氨酸洗脱液、沉淀剂为PEG6000+PEG8000、沉淀剂作用温度为4℃,沉淀剂作用时间为4 h为较优条件,此时富集后的平均病毒浓度最高,平均回收率可达53.43%。实时荧光RT-PCR的检测限为1.44×10~4 copies/g;而微滴式数字RT-PCR的检测限为7.86×10~2 copies/g。结论通过优化西生菜中低污染量的GⅡ诺如病毒富集方法,比较实时荧光RT-PCR方法与微滴式数字RT-PCR方法定量检测病毒的效果,建立了适用于西生菜样品中低污染量GⅡ诺如病毒的定量检测方法。     

从生食鱼肉中提取GII型诺如病毒的不同方法的比较

目的本研究比较了多种可能适用于生食水产鱼肉中诺如病毒(No V)的提取方法。方法人工污染GII型No V三文鱼肉样品,通过病毒洗脱、浓缩、核酸提取,以及实时荧光定量反转录-聚合酶链式反应(RT-q PCR)检测等步骤的比较和优化,提高样品中No V的检测成功率和回收率。结果采用Tri/Glycine/Beef extract缓冲溶液洗脱、PEG/Na Cl溶液沉降、增加氯仿-正丁醇(1∶1,V/V)溶液萃取等步骤,可以有效富集样品中的No V,并有效去除样品中的PCR抑制成分。优化后的检测方案可以将人工污染GII型No V的鱼肉样品的回收率由不足3%提高至15.15%,检测灵敏度可以达到17.3 RT-PCRU/25 g。结论优化后的病毒提取方法具有良好的耐用性和重现性,适合于生食水产鱼肉中No V的快速检测。     

草莓中甲型肝炎病毒检测

目的：建立草莓中甲型肝炎病毒（hapatitis A virus,HAV）的有效富集方法及病毒RNA提取方法,用于草莓中HAV检测。方法：利用甲肝减毒疫苗对已知阴性的草莓样品进行人工污染,通过有效富集条件的优化及RNA提取后,采用实时荧光逆转录-聚合酶链式反应进行检测。结果：病毒富集选择Tris-甘氨酸-1 g/100 mL牛肉浸提物缓冲液洗脱、果胶酶30 U、氯仿-正丁醇为抑制剂去除剂、聚乙二醇沉淀、5 ℃孵育1 h等优化条件,检测灵敏度较高;最优RNA提取方法为美国ABI公司生产的RNA提取试剂盒。采用优化后的方法对草莓样品中HAV病毒的检测显示,该病毒粒子的检测灵敏度可以达31.36 CCID50/20 g样品。同时对50 份送检样品进行检测,结果均为阴性。结论：所建立的病毒富集方法和核酸提取方法更适合草莓样品中HAV的检测,灵敏度较高。     

秦皇岛市售生菜、草莓中诺如病毒监测分析

目的 调查秦皇岛市诺如病毒污染的高风险食品生菜和草莓中诺如病毒的污染状况。方法 2015年9月至2016年6月采集市售的生菜201份、草莓136份, 利用实时荧光RT-PCR法检测诺如病毒, 在样品中添加Mengo病毒进行过程控制, 并根据Mengo病毒标准曲线计算 诺如病毒回收率。结果 Mengo病毒回收率均达到了ISO/TS 15216-2-2013对 病毒回收率＞1%的要求。同时对201份生菜样品进行检测, 检出诺如病毒阳性标本9份, 总检出率为4.5%, 其中GⅠ型检出率为0.5%(1/201); GⅡ型检出率为3.5%(7/201); GⅠ型和GⅡ型同时检出率为0.5%(1/201)。136份草莓样品中检出阳性标本4份, 总检出率为2.9%, 其中GⅠ型检出率为0.7%(1/136); GⅡ型检出率为2.2%(3/136)。结论 秦皇岛市售蔬菜、浆果中部分存在诺如病毒污染, 诺如病毒检出率在不同采样环节以及时间分布比较差异无统计学意义, 需要进一步加强日常监测。     

反转录PCR技术检测贝类中诺瓦克样病毒的研究

目的:从病毒富集和核酸提取两方面进行探索,旨在建立一个反转录(RT)PCR技术检测贝类中诺瓦克样病毒(NLVs)的方法.方法:利用脊髓灰质炎病毒作为参照毒株,优化甘氨酸缓冲液一聚乙二醇(PEG)病毒浓缩方法;同时比较异硫氰酸胍法、SDS一蛋白酶K法、Trizol-异丙醇法、试剂盒法4种RNA提取方法:对市售贝类样品进行了检测,并利用基因测序对阳性样品进行验证.结果:采用pH 9.5甘氨酸缓冲液-16%聚乙二醇病毒浓缩法,病毒的回收率为16.8%;利用Trizol-异丙醇法提取RNA,检出限为8.1×102 RT-PCR50/5gg贝肉;实际检测贝类样品25件,其中3件样品为阳性,基因测序结果亦证实为阳性.结论:建立了一个灵敏度较高的RT-PCR检测贝类中诺瓦克样病毒的方法.     

北京市市售扇贝中诺如病毒监测分析

目的监测北京市市售扇贝中诺如病毒和A组轮状病毒污染状况,分析其基因特征。方法 2014年11月至2015年10月,采集北京市3个水产品出售市场新鲜扇贝72份。取扇贝消化组织,用聚乙二醇(PEG)8000沉淀法进行病毒富集后提取核酸,用实时荧光逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)法检测诺如病毒和A组轮状病毒核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒GⅠ/GⅡ组衣壳蛋白区基因,对PCR产物进行测序,用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对,用MEGA 6.06软件构建进化树。结果 72份扇贝样品均未检出A组轮状病毒;诺如病毒检出率为27.8%(20/72),其中GⅡ组16份,GⅠ组2份,GⅠ和GⅡ组混合2份。冬季检出率最高,为61.1%(11/18);夏季未检出。8份诺如病毒核酸阳性样品测序结果为GⅡ.17型,属于GⅡ.17型ClusterⅢb分枝。有6株GⅡ.17型毒株与2015年中国人源诺如病毒、2016和2017年日本人源诺如病毒、2017和2018年韩国水中诺如病毒以及2015年日本牡蛎中诺如病毒序列相似性为100.0%。结论北京市市售扇贝中存在诺如病毒污染,食用扇贝有引起病毒性急性胃肠炎的风险。     

猪胃黏蛋白偶联磁珠和聚乙二醇富集检测青葱和葡萄中诺如病毒的比较研究

目的:以青葱与葡萄为材料,建立以猪胃黏蛋白偶联磁珠(PGM-MB)和聚乙二醇8000(PEG8000)富集检测水果、蔬菜中诺如病毒的方法。方法:确定病毒原液中的相对病毒量,梯度稀释病毒原液并进行实时荧光-聚合酶链式反应检测,以每个反应管内的荧光信号达到设定的域值时所经历的循环数值与病毒量(实时荧光-聚合酶链式反应单位数)的常用对数值绘制标准曲线和线性方程;人工接种诺如病毒于青葱与葡萄表面,洗脱后,分别用PEG8000和PGM-MB富集诺如病毒,实时荧光-聚合酶链式反应扩增,用标准曲线对回收的病毒进行相对定量。结果:基质为青葱时,高接种量条件下,两种富集方法的病毒回收效果相当,低接种量下,PGM-MB法的富集回收率高于PEG8000法,且PGM-MB的检测下限更低;基质为葡萄时,PGM-MB法的富集回收率均高于PEG8000法,且检测下限更低。结论:PGM-MB富集效果良好,快速方便,适合应用于水果和蔬菜中的诺如病毒的富集检测。     

RT-PCR方法检测贝类中诺沃克样病毒的研究

目的:本研究从病毒富集和核酸提取两方面进行探索,旨在建立一个反转录(RT)PCR技术检测贝类中诺沃克样病毒(NLVs)的方法.方法:利用脊髓灰质炎病毒作为参照毒株,优化了甘氨酸缓冲液-聚乙二醇(PEG)病毒浓缩方法;同时比较了异硫氰酸胍法、SDS-蛋白酶K法、Trizol-异丙醇法、试剂盒法四种RNA提取方法;对市售贝类样品进行了检测,并利用基因测序对阳性样品进行验证.结果:本研究采用的pH9.5甘氨酸缓冲液 -16%聚乙二醇病毒浓缩法,病毒的回收率为16.8%,利用Trizol-异丙醇法提取RNA,检出限为8.1×10 2 RT-PCR50/5g贝肉,实际检测贝类样品25件,其中3件样品为阳性,基因测序结果亦证实为阳性.结论:本研究建立了一个灵敏度较高、较为有效的RT-PCR技术检测贝类中诺沃克样病毒的方法.     

RT-PCR法检测贝类中的甲肝病毒的研究

在世界范围内,甲肝病毒是与食用贝类有关的主要传染性疾病之一。由于贝类中含有PCR抑制剂以及病毒富集过程中病毒的回收率低,阻碍了天然污染的贝类中HAV的PCR检测。研究中建立了一种经苷氨酸缓冲液洗涤,2次PEG沉降富集病毒,然后进行RNA提取和RT-PCR对贝类中的甲肝病毒进行检测的方法。经比较,采用小体系肠道样品检测比采用全贝检测的富集效果更佳,并比较了PEG8000和PEG6000对病毒富集的效果,回收率分别为13.5%和7.6%,此方法可有效地降低PCR抑制剂的影响,最低检测限可达10个TCID50/1.5 g。     

GⅡ型诺如病毒微滴式数字RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为了建立快速准确的GⅡ型诺如病毒定量检测方法,本研究将微滴式数字RT-PCR技术应用于GⅡ型诺如病毒检测中,并与实时荧光RT-PCR法进行了比对。微滴式数字RT-PCR反应退火温度的优化实验确定了其最佳退火温度为56℃,实时荧光RT-PCR和微滴式数字RT-PCR两种方法的灵敏度实验对比表明微滴式数字RT-PCR法检测GⅡ型诺如病毒的灵敏度为5.40 copies/μL,其灵敏度高于实时荧光RT-PCR法,重复性实验对比表明两种方法在检测中间浓度的GⅡ型诺如病毒时重复性均较好;人工污染西生菜实验中表明微滴式数字RT-PCR法最低检测限为54.00 copies/μL。本研究建立的GⅡ型诺如病毒的微滴式RT-PCR检测方法,灵敏度高,重复性良好,在人工污染西生菜GⅡ型诺如病毒的检测中表现理想,具有良好的应用前景。     

蔬菜及水果中NLVs和HAV检测的研究

目的建立蔬菜水果中诺沃克样病毒(NLVs)和甲肝病毒(HAV)的RT-PCR检测方法。方法使用具有较强缓冲力的甘氨酸缓冲液将病毒从试样表面洗脱下来,用PEG6000将病毒沉降后进行RNA提取和RT-PCR检测。结果蔬菜中NLVs和HAV检测的灵敏度可达1.0×103RT-PCRU50/30 g试样和30 TCID50/30 g试样。而草莓样品的NLVs和HAV最低检出限为1.7×103RT-PCRU50/100 g试样和48 TCID50/100 g试样。结论该方法灵敏、可靠。     

蓝莓中诺如病毒检测方法的优化及其在果蔬中的应用

目的:建立蓝莓等浆果类和蔬菜类食品中GII型诺如病毒(NoV GII)的有效检测方法。方法:利用已知NoV GII病毒样本对阴性的蓝莓进行人工染毒,分别比较7种洗脱液和2种浓缩方法的回收效果,优化RNA提取方法,最后采用荧光定量PCR方法进行检测。用新建立的诺如病毒浓缩检测方法,对7种市购浆果和蔬菜样品进行检测并研究其最低检出限。结果:实时荧光RT-PCR检测结果表明,人工染毒后的蓝莓等浆果样品(表皮和基质)采用TP ALK洗脱液洗脱,经酶处理后超滤法浓缩,最后采用病毒核酸提取试剂盒(QIAamp Viral RNA Mini Kit)提取浓缩病毒的RNA,诺如病毒的回收效率达到较高的水平,其灵敏度达3.5～350 PCRU/10g。将该方法用于草莓、杨梅、葡萄、小番茄、生菜、胡萝卜、黄瓜等7种水果蔬菜中诺如病毒的检测,其中杨梅和小番茄的检测灵敏度达到3.5～3 500 PCRU/10 g,草莓、生菜和胡萝卜次之,为35～35 000 PCRU/10 g,黄瓜和葡萄的灵敏度较低。结论:所建立的果蔬中诺如病毒富集方法和核酸提取方法操作简便,灵敏度较高,适合于蓝莓等浆果和蔬菜类样品中NoV GII的检测。     

荧光定量PCR与常规PCR法检测GⅡ型札幌样病毒的比较

目的比较荧光定量PCR与常规RT-PCR法检测牡蛎中GⅡ型札幌样病毒的灵敏度与准确性,为该病毒检测提供适用的方法。方法采用荧光定量PCR和RT-PCR方法,分别检测牡蛎样品中的GⅡ型札幌样病毒。结果荧光定量PCR检测的灵敏度可达102拷贝/μl,札幌样病毒呈阳性的牡蛎有6例,阳性率为4.72%(6/127);RT-PCR的灵敏度为103拷贝/μl,札幌样病毒呈阳性的牡蛎有1例,阳性率为0.79%(1/127)。结论与RT-PCR方法比较,荧光定量PCR是更为敏感准确的方法,更适用于牡蛎中GⅡ型札幌样病毒的检测。