传统大豆酱不同发酵阶段微生物多样性变化

传统大豆酱发酵过程中不同发酵阶段微生物群落的差异比较大,该研究使用Illumina MiSeq方法对细菌和真菌基因序列进行分析,比较不同发酵阶段微生物群落结构组成及其多样性变化。结果表明,在细菌的群落结构上,前发酵阶段,发酵的第1、30和50天,优势菌门主要是厚壁菌门(Firmicutes),优势菌属主要为芽胞杆菌属(Bacillus);在低盐固态发酵阶段的第75和165天时,四联球菌属(Tetragenococcus)为主要优势细菌属。在真菌的群落结构上,发酵1 d时毛霉菌门(Mucoromycota)为优势菌门,毛霉属(Mucor)为主要优势菌属,其他发酵阶段均以子囊菌门(Ascomycota)为优势菌门,曲霉属(Aspergillus)为主要优势菌属。     

两个不同发酵时期豆瓣中微生物多样性的差异对比

为了探明传统自然发酵豆瓣不同时期微生物的多样性的差异对豆瓣风味品质的影响,采用纯培养的分离方法,对发酵中期（5个月）时期和成熟期（10个月）豆瓣进行了细菌16SrRNA和真菌18SrRNA的基因分析。结果表明,这两个时期豆瓣中的微生物种类丰富,且差异很大。从发酵五个月的豆瓣中分离得到7个属（Bacillus、Oceanobacillus、Virgibacillus、Lactobacillus、Pichia、Candida、Wickerhamomyces）,优势菌为Bacillus、Candida、Wickerhamomyces属,分别占54%、11%、14%。成熟期中分离得到8个属（Bacillus、Halomonas、Oceanobacillus、Virgibacillus、Lactobacillus、Gracilibacillus、Pichia、Aspergillus属）,优势菌为Bacillus、Oceanobacillus、Halo-mona属,分别占55%、16%、10%。     

高通量测序分析赤水晒醋各生产阶段微生物群落结构变化

以赤水晒醋生产过程中药曲、乙醇发酵、醋酸发酵和醋醅曝晒样品为研究对象,采用高通量测序检测微生物群落结构及丰度。结果表明,本实验测序深度有效地覆盖其微生物种类,药曲的优势细菌菌属为芽孢杆菌属(Bacillus)、链霉菌属(Streptomyces)和高温放线菌属(Thermoactinomyces),真菌菌属为曲霉属(Aspergillus)、嗜热真菌属(Thermomyces);乙醇发酵的优势细菌菌属为乳杆菌属(Lactobacillus),真菌菌属为Aspergillus、Thermomyces;醋酸发酵的优势细菌菌属为Lactobacillus和醋酸菌(Acetobacter),真菌菌属为Aspergillus、丝孢酵母菌属(Trichosporon);醋醅曝晒阶段微生物种类最多,相对丰度均匀,无绝对优势菌属,相对丰度较高的细菌菌属有Bacillus、Thermoactinomyces、变形杆菌菌属(Proteus)、葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)和红球菌属(Rhodococcus),真菌菌属为Aspergillus、枝孢属(Cladosporium)、梗孢酵母...     

郫县豆瓣发酵过程可培养细菌多样性及其演化分析

以郫县豆瓣不同发酵期的样品为原料,采用6种培养基分离,经过系统发育分析,共获得11个属的细菌(Bacillus、Oceanobacillus、Halomonas、Lactobacillus、Virgibacillus、Aidingimonas、Pantoea、Weissell、Enterobacter、Glycomyces和Gracilibacillus),其中芽孢杆菌属细菌种类最为丰富。Bacillus、Oceanobacillus、Halomonas、Lactobacillus、Virgibacillus、Weissella、Enterobacter和Gracilibacillus伴随于豆瓣发酵的整个过程,其中Bacillus、Oceanobacillus和Halomonas是郫县豆瓣发酵过程中的优势菌群,占可培养细菌总量的84.9%。郫县豆瓣细菌多样性丰富,并且存在着新的细菌种类,其中菌株XHU5999与已知同源关系最近的菌株Glycomyces halotolerans相似性仅为96%;菌株XHU5135与Aidingimonas halophila的同源性最近,相似性为97%。研究结果表明,郫县豆瓣在发酵过程中丰富的细菌种类和数量是随着环境变化而变化的,细菌在豆瓣风味形成过程中扮演着重要角色。     

郫县豆瓣后发酵过程中细菌群落与呈香物质相关性研究

为揭示郫县豆瓣特有"日晒夜露"发酵工艺与"酱香浓郁"的产品特征之间的关联特性,以稳定发酵(6个月)至发酵末期(5年)合计5个不同发酵阶段郫县豆瓣为对象,通过偏最小二乘回归法(PLSR)和皮尔森相关系数(PCC)分析考察其后发酵过程中细菌群落变化与挥发性呈香物质的相关性。结果表明,属水平上细菌拟杆菌属(Bacteroides)、氨氧化菌属(Candidatus Nitrososphaera)、梭菌属(Clostridium)、梭菌科下未确认菌属(Clostridiaceae-Other)和消化链球菌科下未确认菌属(Peptostreptococcaceae-Other)可能与6种醛类和2种杂环类呈香物质具有较强的相关性,而肠杆菌科下未确认菌属(Enterobacteriaceae-Other)和芽孢杆菌科下未确认菌属(BacillaceaeOther)则与糠醇、4-乙基愈创木酚呈现出较强的关联;葡萄球菌属(Staphylococcus)与乙醇、糠醇、十二酸乙酯呈现出一定的正相关,乳杆菌属(Lactobacillus)则与乙醇、十二酸乙酯呈现出负相关性;芽孢杆菌属(Bacillus)则与芳樟醇呈现出负相关。芽孢杆菌属(Bacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)细菌的代谢是影响郫县豆瓣后发酵期挥发性呈香物质的重要因素。     

酱香型白酒4轮次堆积发酵理化因子、风味物质与微生物群落相关性分析

基于传统可培养方法和高通量测序技术分析酱香型白酒4轮次堆积发酵过程微生物群落组成及动态变化,采用气相色谱法解析酒醅中风味物质结构,并分析理化指标、风味物质和微生物群落间的相关性。结果表明,4轮次堆积发酵过程优势细菌主要为Bacillusamyloliquefaciens、B.licheniformis、unculturedKroppenstedtiasp.、K. eburnea、Sphingobium yanoikuyae和Lactobacillus sp.,优势真菌主要为Pichia kudriavzevii、Kazachstania humilis、Thermomyces languginosus、Byssochlamys spectabilis、Zygosaccharomyces parabilii和Aspergillus sp.。微生物群落与理化指标、风味物质形成存在复杂的作用关系：水分含量与P. kudriavzevii等酵母菌呈正相关,与T. lanuginosus、B.spectabilis、A.costiformis等丝状真菌呈负相关;淀粉和还原糖含量与Bacillus...     

郫县豆瓣自然发酵过程中真菌群落的演替及黄曲霉毒素B1的消长

以四川省郫县豆瓣为研究对象,运用PCR-DGGE指纹图谱技术研究豆瓣自然发酵过程中真菌群落的演替,采用酶联免疫吸附法(ELISA)检测豆瓣样品中黄曲霉毒素B1(AFB1)含量。结果表明:郫县豆瓣自然发酵过程中的优势真菌有米曲霉(Aspergillus oryzae)、淀粉丝菌(Amylomyces rouxii)、米根霉(Rhizopus oryzae)、异常毕赤酵母(Pichiaanomala)、汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)的近缘种,其中米曲霉是制曲阶段和发酵初期的优势真菌,淀粉丝菌和米根霉是制曲阶段的优势真菌,异常毕赤酵母和汉逊德巴利酵母是发酵初期的优势真菌。各发酵时间点样品的AFB1含量均低于国标(5μg/kg);在制曲和发酵初期阶段,AFB1的含量均不断增加,但在第14天后趋于稳定。因此,对AFB1的含量生物防治可重点集中在制曲阶段。     

基于高通量测序的郫县豆瓣不同发酵期细菌群落结构及其动态演替

采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对郫县豆瓣全发酵过程中的细菌群落结构、丰度及演替规律进行深入研究,测序获得有效序列数731188条,归类为11个门（Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria、Chlorobi、Chloroflexi、Gemmatimonadetes、Fusobacteria、Cyanobacteria、Bacteroidetes、Acidobacteria、Deferribacteres）和其他未分类的单元,包含37082个OTU。研究结果表明郫县豆瓣细菌群落组成丰富,在发酵过程中细菌的种类和数量随着发酵的持续和环境的变化而不断变化,尤其是peijiao样品,其细菌组成的丰度与其他5个时期的样品（BZ1Y、BZ5Y、BZ10Y、HE1Y和HE5Y）差异显著。另外,还有一些未被分类的细菌新物种资源等待深入挖掘。结果揭示了郫县豆瓣中有185个细菌属,其中Staphylococcus、Weissella、Pediococcus、Lactobacillus、Corynebacterium和Bacillus属的细菌是豆瓣发酵的主要优势菌群,伴随于郫县豆瓣的整个发酵过程,对郫县豆瓣的质量与风味产生重要的影响。     

基于高通量测序和可培养方法的勐海发酵普洱茶细菌多样性分析

以勐海地区百中堂茶厂发酵普洱茶为研究对象,采用高通量测序技术,并结合传统可培养方法,对普洱茶从晒青毛茶原料到发酵完成过程中9个时间节点的细菌多样性进行了研究。结果表明,普洱茶发酵过程中细菌多样性丰富。高通量测序数据分析到61个属,212个OTU,发酵前期以欧文氏菌属(Erwinia sp.)、泛菌属(Pantoea sp.)和假单胞菌属(Pseudomonas sp.)为主,而发酵中、后期芽胞杆菌属(Bacillus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、短杆菌属(Brevibacterium sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)及小短杆菌属(Brachybacterium sp.)为优势菌群稳定存在。通过可培养方法,从发酵过程中分离到细菌18个属,30个种,优势菌属包括微杆菌属(Microbacterium sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、小短杆菌属(Brachybacterium sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)、泛菌属(Pantoea sp.)和芽胞杆菌属(Bacillus sp.)等。     

八宝豆豉制曲过程中微生物多样性与蛋白酶活性的动态变化及其潜在相关性

该研究采用高通量测序技术研究八宝豆豉制曲过程中微生物的演替规律,并对3种蛋白酶活性进行动态监测,进而利用皮尔森相关性分析建立优势菌属与蛋白酶活性的潜在关系。高通量测序结果表明,八宝豆豉制曲过程中,细菌菌群多样性高于真菌菌群多样性,且发酵使得微生物群落结构产生了较大的差异,从中共确定出9种优势微生物属（相对丰度＞1%）,包括6种优势细菌属和3种优势真菌属,且以芽孢杆菌属（Bacillus）和曲霉属（Aspergillus）为主。蛋白酶活性分析结果表明,碱性和中性蛋白酶为制曲阶段的主要蛋白酶。皮尔森相关性分析结果表明,Bacillus、Aspergillus、葡萄球菌属（Staphylococcus）以及假单胞菌属（Pseudomonas）这4种优势菌属与蛋白酶活性表现出正相关关系,而其他优势微生物属均与蛋白酶活性呈负相关关系。     

普洱茶发酵过程中可培养微生物的群落结构分析

为建立普洱茶传统渥堆发酵微生物菌种库,改善普洱茶传统发酵工艺,开发新的普洱茶产品,本试验采用传统培养技术、分子生物学测序技术对茶原料(SC)、不同发酵阶段茶样(JC)、发酵空间空气(KQ)和发酵地面(DM)的可培养微生物进行分离培养、纯化、鉴定,并对SC、JC、KQ和DM中的可培养微生物种类的异同进行网络关系分析。结果表明,普洱茶发酵过程中可培养的细菌多样性较真菌丰富,分离到细菌14种,分布于2个门,9个属,Bacillus sp.的微生物种类较多。真菌12种,分布于3个门,6个属,Aspergillus sp.和Arxula sp.的微生物种类较多。发酵茶样与茶原料中的可培养微生物种类相似性较大,与发酵环境中可培养微生物的种类相似性较小。     

基于高通量测序的郫县豆瓣后发酵期真菌演替变化分析

为研究郫县豆瓣后发酵过程中真菌群落变化规律,揭示其特有"日晒夜露"工艺的发酵本质,采用Mi Seq测序分析其从后发酵1周至后发酵6 a期间一共7个时间点的真菌群落演替变化情况。结果表明,郫县豆瓣后发酵过程中共有3个门类群、20个纲类群、47个目类群、77个科类群、106个属类群的真菌参与演替变化;后发酵时间对郫县豆瓣的真菌群落组成具有重要影响,随着后发酵的进行格孢菌科和黑霉科真菌持续减少,而酵母科、类酵母科和毕赤酵母科的真菌则呈现先增加后减少的趋势,其峰值大多出现在3~6个月之间,但后发酵6 a的郫县豆瓣真菌群落较其他样品呈明显偏低。该方法发现了大量的非培养真菌和未报道真菌,所得真菌多样性更接近于样品微生态,更能够全面解析自然发酵调味品郫县豆瓣的真菌多样性,为传统产业的现代化改造和食品质量安全控制提供科学支撑。     

甜面酱微生物多样性、高产蛋白酶菌株的筛选鉴定及产酶条件优化

为解析传统甜面酱中微生物群落结构及筛选高产蛋白酶菌株,利用宏基因组学技术探究其中微生物的演替规律,通过滤纸片法与福林法从中筛选高产蛋白酶菌株,并采用单因素试验及响应面试验优化其产酶条件。结果表明,甜面酱发酵过程中的优势真菌为曲霉属（Aspergillus）、接合酵母属（Zygosaccharomyces）、威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）;优势细菌为芽孢杆菌属（Bacillus）、拟杆菌属（Bacteroides）、假单胞菌属（Pseudomonas）。筛选到一株高产蛋白酶细菌PC9,其被鉴定为莫海威芽孢杆菌（Bacillus mojavensis）。菌株PC9最优产酶条件为：1%果糖,1%酵母浸膏,0.5%硫酸铵,1%NaCl,发酵温度28.5℃,发酵时间2.0 d、初始pH 9.0、接种量6%。在此优化条件下,碱性蛋白酶活力达到404.153 U/mL,是优化前的8.42倍。     

黑果枸杞酵素自然发酵过程中微生物群落的动态变化

以黑果枸杞酵素为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对不同发酵阶段的黑果枸杞酵素微生物的群落组成及多样性进行了分析。结果表明,黑果枸杞酵素在发酵0～20 d中细菌群落多样性和丰富度相对较高,在发酵30～50 d中真菌群落多样性和丰富度相对较高。在未发酵前,主要细菌为泛菌属(Pantoea),而真菌的种类较为复杂,无法归类的真菌较多,已知真菌中链格孢属(Alternaria)占比较大。在自然发酵过程中主要优势细菌为乳酸杆菌属(Lactobacillus),主要优势真菌为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota)。在发酵60 d后,主要细菌为乳酸杆菌属(Lactobacillus),主要真菌为酵母属(Saccharomyces)。     

中温大曲在发酵和贮存过程中微生物群落结构分析

通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术解析中温大曲在不同发酵期和贮存期的微生物群落结构,获得表征中温大曲细菌和真菌群落结构的DGGE指纹图谱。结果表明,中温大曲细菌有19种,其中芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸菌属（Lactobacillus）均属于优势菌群;真菌共13种,其中根霉属（Rhizopus）和酵母属（Saccharomyces）均属于优势菌。大曲微生物总体的变化趋势是发酵开始时微生物数量较少,发酵中期（4～8 d）微生物数量达到顶峰,大量细菌和真菌旺盛繁殖,发酵后期（12 d）微生物群落逐渐减少并趋于稳定;贮存期内,微生物的种类的趋于平稳,数量变化较大。     

基于高通量测序的郫县豆瓣后发酵期细菌多样性研究

为研究郫县豆瓣后发酵过程中细菌变化规律,揭示其特有"日晒夜露"工艺的发酵本质,采用MiSeq测序分析其从后发酵1周至后发酵6 a期间一共8个时间点的细菌群落演替变化情况。结果表明,郫县豆瓣后发酵过程中共有57个门类群、174个纲类群、321个目类群、535个科类群、921个属类群的细菌参与演替变化。后发酵时间对郫县豆瓣的细菌群落组成具有重要影响,随着后发酵的进行肠杆菌科和链形菌科持续减少,而鞘脂单胞菌科、芽孢杆菌科、梭菌科和消化链球菌科的细菌则出现先增加后减少,其峰值大多出现在1~3 a,但后发酵6 a的郫县豆瓣细菌群落较其他样品呈明显偏低。该方法发现了大量的非培养细菌和未报道细菌,所得细菌多样信息更接近于样品微生态,更能够全面解析自然发酵调味品—郫县豆瓣的细菌多样性,为传统产业的现代化改造和食品质量安全控制提供了科学支撑。     

云南泡藠头和泡辣椒中细菌与真菌群落结构和多样性分析

采用高通量测序技术对云南省昆明市、红河州和文山州地区泡藠头和泡椒的细菌真菌多样性进行解析。基于Shannon指数的α-多样性分析结果表明,3个地区泡菜的微生物多样性、优势度和均匀度存在差异,文山地区泡藠头中细菌群落的多样性最高,且均匀度较好;红河地区泡藠头和泡辣椒真菌菌群结构最丰富。其中,泡藠头和泡椒中优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形杆菌门(Proteobacteria),相对丰度分别为99.21%和58.19%;优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)和魏斯氏菌属(Weissella),相对丰度分别为98.07%、19.46%和17.70%;文山和红河泡藠头和泡辣椒的优势真菌属为接合酵母菌属(Zygosaccharomyces),昆明泡藠头和泡辣椒的优势真菌属为毕赤酵母属(Pichia)。研究表明不同地区、不同种类的泡藠头与泡椒中微生物多样性存在差异。该研究初步揭示了云南附近地州的泡藠头与泡椒中微生物的多样性,为提高云南特色发酵蔬菜的品质提供理论指导。     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

【目的】为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。【方法】以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。【结果】发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%～98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）...     

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

该研究利用Illumina MiSeq测序技术，对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明，随着发酵的进行，细菌群落的丰度和多样性较为稳定，真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes），优势细菌属为乳植杆菌属（Lactiplantibacillus）、腐败乳杆菌属（Loigolactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、寡碳乳杆菌属（Paucilactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）等；优势真菌门为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota），优势真菌属主要有双胞菌属（Cystofilobasidium）、白冬孢酵母属（Leucosporidium）、镰刀菌属（Fusarium）、德巴利酵母属（Debaryomyces）、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动，参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示，细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为（74.11±0.11）%、（12....     

PCR-DGGE分析天源酱园豆酱发酵过程中微生物多样性

以天源酱园生产豆酱为研究对象,通过PCR-DGGE指纹图谱技术分析豆酱发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:豆酱发酵过程中的优势细菌为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis,相似率98%)和未培养明串珠菌克隆(uncultured Leuconostoc sp.clone,相似率100%)的近缘种,其中芽孢杆菌协助真菌分解原料中蛋白质和淀粉,明串珠菌有助于豆酱风味物质的形成;豆酱发酵过程中主要真菌为米曲霉(Aspergillus oryzae,相似率99%)的近缘种,在豆酱发酵前期分解原料中蛋白质和淀粉。