白平菇不同菌株菌丝体的RAPD分析及系统进化关系的研究

本研究采用RAPD技术分析白平菇四个不同株系的DNA序列多态性,用15个随机引物对菌株基因组DNA进行PCR扩增,其中3个引物可以扩增出较好的多态性条带图谱,共产生66条清晰稳定的带。通过对供试菌株遗传相似系数的计算和系统聚类分析,构建了树状聚类图谱,在分子水平上分析了白平菇的种质遗传学差异,为白平菇菌株鉴定提供快速有效的技术和方法。     

木霉的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对18个木霉菌株进行基因组DNA多态性分析.扩增结果表明,18个引物均反映出18个菌株间的遗传多态性,供试18个木霉菌株的RAPD分析与其生防效果之间不存在相关性.引物OPA-04与OPA-13对木霉菌全基因组DNA具有特征性分子标记.聚类分析结果表明,种间的聚类分析结果与形态鉴定的结果趋于一致.以欧氏距离5.0～5.5为适宜的阀值范围,RAPD遗传标记木霉菌可以作为该菌分类的有效手段之一.     

烟草品种的DNA指纹图谱和品种鉴定

随机扩增多态性DNA(RAPD)是目前常用的DNA指纹图谱技术.采用改进的"ROSE法"提取DNA,并建立了重复性较好的RAPD标准分析条件.在此标准条件下,检测了烟草10个品种材料基因组的多态性.经10个引物扩增,在得到的53条扩增带中,有10个片段为10个材料所共有,多态性达81.1%.其中引物P7的扩增图谱,各品种间可以互相区别,差异明显,可用作烟草10个品种鉴定的DNA指纹图谱.     

草菇有性世代间rDNA序列变异分析及RAPD分析

草菇的遗传与有性生殖过程存在很多的特殊性和不确定性,本研究以草菇V23菌株的成熟子实体弹射孢子,单孢分离后得13个单株,分别摇瓶培养、收集菌丝,提取总DNA,用通用引物ITS4、ITS5进行PCR扩增后连接、转化并测序,将单孢间和单孢与亲本间的ITS序列进行比对,分析草菇ITS序列多样性及变异性;同时以相应单孢菌株DNA为模板,用20条随机引物进行RAPD扩增。结果表明:草菇单孢间和单孢与亲本间的ITS序列相似度均在99%以上,相较于亲本的ITS序列,单孢序列中发现了有5个位点出现碱基转换,但没有两个以上的单孢发生同一转换;20条随机引物分别与14个样本进行RAPD扩增,其中3个引物出现多态性条带,带型结果发现单孢菌株间的带型差异呈现一定规律。草菇ITS序列变异较少,不适于单孢间的变异分析,而RAPD方法对摸索草菇有性世代间的遗传分离规律有重要价值。     

不同来源酿酒酵母菌株的随机扩增多态DNA分析

研究中试用了20个随机引物对16株不同来源的酿酒酵母菌株全基因组进行了随机扩增多态DNA分析,其中OPG06,OPG11和OPG20三条适宜引物具有鉴别作用,每一引物均可扩增1～10条DNA片段,大多数片段分子量大小在100～2000bp之间,共扩增出34条RAPD谱带,多态性为85.3%,获得了稳定清晰的菌株RAPD指纹图谱。RAPD分析结果表明,不同来源的酿酒酵母菌株之间的遗传相似系数在37.5%～94.1%之间,反映出较高的遗传差异性,并可通过聚类分析将16株不同来源的酿酒酵母菌株按亲缘关系的远近分为6个类群。结果表明,利用RAPD标记技术在基因水平上对酿酒酵母菌株进行分子鉴定和分型是可行的。     

三种不同分子标记技术对灵芝单核体多态性的研究

为了探讨灵芝Ganoderma.lucidum原生质体单核体间遗传多态性,为育种材料的筛选提供分子水平依据。运用ISSR、SRAP、RAPD3种分子标记技术对制得的34株灵芝单核体进行了遗传多样性分析和聚类分析。结果显示,三种分子标记技术共扩增出347条条带,多态性条带为308条,多态比率为88.76%,其中ISSR-PCR扩增效果较好,多态性条带和多态比率最高;119-123与其余菌株相异系数最大,或已发生基因突变。根据综合分析结果,在相异系数为0.67时,可以把剩余33株菌株分为两大类群,Ⅱ类含5株菌株,分别为119-180、119-210、119-212、G0119和119-214,剩余的28株菌株为Ⅰ类。研究表明,ISSR、SRAP和RAPD分子标记可用于灵芝单核体多态性研究,这将为育种材料的筛选提供帮助,减少育种工作量和风险。     

中国猴头菇栽培菌株的系统进化研究

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记对7 个猴头菇之间的亲缘关系进行研究,获得了猴头菇不同菌株的DNA 指纹图谱。结果显示：14 个随机引物中有3 个随机引物的扩增产物的DNA 条带表现出明显的多态性。这3个引物共扩增出44 条带,其中36 条为多态性条带,多态性位点比率为81.81%。同时利用NTSYSpc 2.1 生物软件分析7 个供试菌株之间的遗传相似性,并绘制系统进化树。     

田间不同繁殖代数烟草赤星病菌毒力变异的遗传本质

为弄清烟草赤星病菌毒力与DNA多态性的关系及田间不同繁殖代数烟草赤星病菌毒力变异的遗传本质,分别采用毒力测定和RAPD技术对采集于同一烟田不同生长期的6个烟草赤星病菌株进行测定。结果表明,田间赤星病菌繁殖代数越高毒力越强,毒力差异是病菌基因组DNA致病相关基因差异所致。根据供试菌株在3个烟草品种上的毒力反应,可将其分为2个组,利用RAPD标记可将其分为3个组。12个随机引物扩增供试菌株共产生105个RAPD标记,其中多态性标记占95.24%,表明烟草赤星病菌群体中具有丰富的遗传多样性,毒力多态性与DNA多态性之间存在一致性,但也存在一定的差异。     

中国莲子种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD标记对收集自全国不同地区的22个莲子(NympheaceaeNelumboAdans)栽培品种及野生品种的遗传多样性进行了分析。结果表明:筛选出的14个随机引物扩增出109条DNA指纹谱带,其中83条为多态性片断,为总数的76.1%。应用PhylTools统计数据软件进行差异条带的遗传距离系数分析,构建遗传距离系数矩阵,然后用PHYLIP软件包(版本3.573c)非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析并绘制聚类树状图,供试品种可以划分为五大类,其中江苏水选1号、建宁莲3号、建瓯莲分别单独为一类,其它19种聚为二类。从中可看出品种间的遗传距离与收集地区没有直接的关联,该研究为莲子育种提供重要的信息。     

云南品牌卷烟主体烟叶原料的ISSR多态性分析及标记

为考察云南品牌卷烟主体烟叶原料的遗传多样性,从27个ISSR引物中筛选出7个引物,分别在17份烟草材料中进行PCR扩增。结果显示,能够产生40条稳定的条带,其中多态性带28条。通过UPGMA聚类分析,将17个烤烟品种分为2类。品种间遗传相似指数范围为0.50~1.00。同时,利用1个多态性强的ISSR引物、通过聚丙烯酰胺凝胶可以将这17份烤烟材料区分开,每个品种均有各自独特的指纹图谱,表明ISSR标记适于烟草品种鉴定和遗传多样性分析。     

中国金顶侧耳菌株遗传多态性的ISSR分析

金顶侧耳是重要的食药用真菌。本实验收集全国各地18种金顶侧耳菌株,通过ISSR分子标记技术分析金顶侧耳菌株种内遗传多态性,11种引物扩增出102个条带,其中78个条带具有多态性,多态率为76.4%。结果表明,金顶侧耳菌株内具有丰富的遗传多样性,遗传相似系数在0.50～0.96。采用平均分类法UPGMA分析表明,在遗传相似系数为0.62时,18种菌株分为两大类。当遗传相似系数增大到0.75时,它们分为7类。16号菌株具有独立的遗传体系。     

RAPD在灰平菇菌株亲缘关系研究中的应用

采用RAPD技术分析了5个不同来源的灰平菇栽培菌株的DNA多态性。筛选出的8条随机引物共扩增得到107条带,其中多态性片段为69条,多态性比率为64.4%,说明收集到的灰平菇菌株具有一定的遗传多样性,它们之间存在一定的遗传差异。进一步聚类分析结果显示,当相性达到0.470的水平时,5个菌株聚成2组,第1组为1号(PL-72)、2号(PL-2)、3号(烟平2106)、4号(PL-A2);第2组为5号(PL-AD28)。当相似性达到0.570的水平时,第1组又被分为两个亚组,1号和3号菌株聚为一个亚组,而2号和4号菌株聚为一个亚组。本研究为灰平菇优良品种选育和亲缘关系的研究提供分子生物学依据。     

低双乙酰酿酒酵母的DNA标记研究

对15株酿酒酵母菌株的外观发酵度、双乙酰生成和还原能力进行了比较,通过随机扩增多态性DNA(RAPD)和HSP150编码基因的长度多态性对不同酿酒酵母菌株的基因组DNA分子差异进行了分析。结果显示,菌株YZU-APK和SS-05的外观发酵度分别为77.2%和76.8%,双乙酰峰值分别为0.26mg/L和0.25mg/L,并在发酵第8d均降至0.09 mg/L。在46条随机引物中筛选出的2条引物P07和P42能够扩增出具有较好多态性的RAPD指纹图谱,可以将15个酵母菌株分成9个遗传型;对细胞壁热休克蛋白HSP150编码基因的PCR扩增,并根据扩增条带长度的不同可以将15株酵母分成6个遗传型。综合2种分析结果,并对低双乙酰酿酒酵母菌株YZU-APK和SS-05进行DNA分子标记,确定了其基因型分别是(P07:1,P42:1,hsp150:1)和(P07:1,P42:5,hsp150:2)。     

不同品牌酸乳中德氏乳杆菌的分离鉴定及RAPD分析

从不同品牌的10 种酸乳中分离得到10 株德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii),经生理生化实验及特异性PCR 鉴定,L.d3、L.d4、L.d5、L.d6、L.d8、L.d10 为德氏乳杆菌保加利亚亚种(Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus),L.d1、L.d2、L.d7、L.d9 为德氏乳杆菌乳酸亚种(Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis)。利用24 个随机引物对上述10 株德氏乳杆菌进行随机扩增DNA 多态性分析,并使用NTSYSpc-2.10e 软件对扩增图谱数据进行处理,得出10 个菌株之间的遗传相似系数矩阵及聚类分析图。结果表明,10 个菌株相互间的遗传相似系数在0.4167～0.8833 之间,不同菌株间存在一定的亲缘关系及遗传异质性。     

Genetic diversity of Gram-negative, proteolytic, psychrotrophic bacteria isolated from refrigerated raw milk

The random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting technique was used to assess the genetic diversity of 70 isolates of Gram-negative proteolytic psychrotrophic bacteria that were isolated from refrigerated raw milk. Three oligonucleotides, which generated 87 fragments of polymorphic DNA, were used in the amplification reactions. The genetic distance values calculated using Jaccard's coefficient showed there was high genetic variability among the isolates. Cluster analysis procedures suggested that the genetic variability among isolates belonging to the same species was as high as the variability among different species. Clustering by the UPGMA hierarchical method and data graph dispersion indicated a tendency of the isolates to group according to whether they did or did not ferment glucose.     

Delimination of brewing yeast strains using different molecular techniques

In general, the genetic characteristics, the phenotype and the microbial purity of the production brewing yeast strains are among the most important factors in maintaining a consistently good quality of products. Analysis of restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns of 18S rRNA-coding DNA was investigated to group ale and lager strains. All production brewing yeast strains showed the same RFLP pattern as the type strain and synonym type strains of S. cerevisiae, and were quite different from the type and synonym type strains of S. pastorianus. Based on these data, all production brewing yeast strains investigated in this study appeared to belong to S. cerevisiae. Electrophoretic karyotyping and random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis appeared to be suitable methods for distinguishing not only the type and synonym type strain of S. cerevisiae and S. pastorianus, but also the ale and the lager strains.     

啤酒酵母突变株发酵性能比较及随机扩增多态DNA分析

对9株啤酒酵母菌种及经过诱变获得的突变株进行了发酵试验，比较了不同菌株的发酵能力、产高级醇能力、双乙酰还原能力以及菌株稳定性。同时利用随机引物对不同啤酒酵母株的基因组DNA进行了随机扩增多态DNA（RAPD）分析，比较不同突变株之间基因组的分子差异。结果表明：不同酵母发酵14d后外观发酵度在72．3％-76．8％，其中酵母YZB具有较高的发酵能力，最终发酵产物的高级醇含量最低，双乙酰峰值最低为0．36mg／L，而酵母Y1110最终发酵产物的高级醇含量最低为67．4mg／L，但双乙酰峰值达0．41mg／L，后酵结束后这2株酵母的双乙酰均可降至0．1mg／L以下。菌株稳定性实验结果表明，在传代7次以后和第1代的主要性能没有明显变化。利用随机引物OPG-5对不同酵母的基因组进行RAPD分析，酵母Y1110、YZB和YZD可以通过特异的扩增谱带区别于其它菌株，该结果为啤酒酵母特异的分子标记奠定了基础。