ITS序列在酵母批量分子鉴定中的适用性

内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列是目前最常用的酵母分子鉴定标识之一。该文利用ITS序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心的623株酵母分离物进行了鉴定。实验结果显示:581株酵母分离物(93.3%)可通过ITS序列直接鉴定到种一级,40株分离物(6.4%)可鉴定至属一级,仅有2株酵母分离物无法通过ITS序列获得有效鉴定。上述结果表明,ITS序列在大多数酵母种属鉴定中具有很高的敏感性和特异性,可以作为第一分子标识用于大批量酵母分离物的分子鉴定。     

基于rDNA ITS序列分析的桑黄真菌菌株分子鉴定

对6份桑黄真菌菌株的rDNA ITS区段进行克隆测序和序列特征比较分析,并与GenBank中获得的桑黄基源物种相关序列进行同源性比对,进一步将从GenBank检索获得的桑黄基源物种的ITS序列、复合外组ITS序列连同6份桑黄菌ITS序列一起作系统发育分析。结果表明:Sh-03、04、05、06与Phellinus linteus亲缘关系最近,Sh-01与Phellinus baumii亲缘关系最近,Sh-02与Phellinus baumii、Phellinus linteus、Phellinus igniarius的亲缘关系相差甚远,为一错误菌种。本实验的研究结果可以提供一种准确可靠且简单易行的桑黄真菌分子鉴定技术。     

基于ITS和IGS1序列分析对云南牛肝菌的分类鉴定

以采自云南地区的5个牛肝菌（Boletus sp.）样品为材料,根据样品的形态特征,并结合r DNA ITS和IGS1序列分析对5个样品进行分类鉴定,通过与Gen Bank上已登录的牛肝菌序列比对,采用邻接法（neighbor-joining,N-J）构建系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS和IGS1全长分别在739⁷87bp和537⁵83bp范围内,GC含量分别在48.31%⁵1.01%和48.42%⁵2.89%之间,遗传距离在0.017⁰.248和0.002⁰.225之间,上述数据表明云南5个牛肝菌样品之间存在一定的遗传差异。5个牛肝菌样品的ITS和IGS1序列聚类分析均表明,供试样品被分为两大类,其中样品YX1-2和QJ3-4聚为一个类群,样品CX2-10、QJ3-5和YX1-3聚为另一个大的类群,两种分析手段相互印证,且ITS序列聚类分析能将云南不同地点的牛肝菌鉴定到属甚至种的水平,上述分析结果表明ITS和IGS1序列分析相结合可作为牛肝菌亲缘关系鉴定的有效分子标记方法。      

基于ITS和IGS1序列分析对云南牛肝菌的分类鉴定

以采自云南地区的5个牛肝菌(Boletus sp.)样品为材料,根据样品的形态特征,并结合r DNA ITS和IGS1序列分析对5个样品进行分类鉴定,通过与Gen Bank上已登录的牛肝菌序列比对,采用邻接法(neighbor-joining,N-J)构建系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS和IGS1全长分别在739~787bp和537~583bp范围内,GC含量分别在48.31%~51.01%和48.42%~52.89%之间,遗传距离在0.017~0.248和0.002~0.225之间,上述数据表明云南5个牛肝菌样品之间存在一定的遗传差异。5个牛肝菌样品的ITS和IGS1序列聚类分析均表明,供试样品被分为两大类,其中样品YX1-2和QJ3-4聚为一个类群,样品CX2-10、QJ3-5和YX1-3聚为另一个大的类群,两种分析手段相互印证,且ITS序列聚类分析能将云南不同地点的牛肝菌鉴定到属甚至种的水平,上述分析结果表明ITS和IGS1序列分析相结合可作为牛肝菌亲缘关系鉴定的有效分子标记方法。     

柽柳核纤孔菌分子鉴定及基于ITS序列的系统发育分析

在对形态特征进行初步鉴定的基础上,对河南省郑州市分离的柽柳核纤孔菌6-27菌株的rDNA ITS区段进行克隆测序,并对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对.将从GenBank检索获得的22个相关分类元真菌的ITS序列连同柽柳核纤孔菌6-27菌株ITS序列一起用于系统发育分析,结果表明:形态鉴定与ITS序列分析结果一致,测定菌株为柽柳核纤孔菌.供试的23份材料被聚为6个类群,其中7个核纤孔菌属菌株和1个纤孔菌属菌株被聚在类群A;另一个来自南半球阿根廷的Inocutis jamaicensis 4508与来自印度的Fomitiporella caryophylli CBS 448.76被聚类在类群B,与类群A为大姊妹类群,与类群C为小姊妹类群;类群C包括2个Fulvifomes真菌;纤孔菌属,木层孔菌属,Mensularia,Fuscoporia等不同属菌株被聚类在类群D,E和F.相关分类元系统发育分析支持核纤孔菌为独立的属分类单元,Fulvifomes属分类地位比较稳定,纤孔菌属与木层孔菌属真菌具有较大的异质性,其分类地位有待于进一步规范和统一.     

基于ITS2序列及二级结构对紫苏与其变种、紫苏子与其混伪品的鉴别

采用ITS2 一级序列联合其二级结构对紫苏与其变种、紫苏子与其混伪品进行鉴定,为紫苏药材的使用提供更科学的分类方法.收集紫苏与其近缘种、紫苏子混伪品基源植物样本,提取DNA进行PCR扩增;并结合GenBank中的序列获得所有物种的ITS2序列.应用MEGA7.0软件进行序列分析、计算种内种间遗传距离、构建NJ树,利用I...     

基于ITS序列分析鉴定栓孔菌属物种

以采自四川盆地的栓孔菌属的12个标本作为研究材料,对形态特征进行初步鉴定,结合来自GenBank的6个最相似物种(Trametes ochraceae、Trametes obstinata、Trametes purpurea、Trametes villosa、Trametes pubeacens、Tram-etes velutina)共计18种栓孔菌属的rDNA ITS区段进行序列同源性分析。结果表明,三大类群中,粗毛栓孔菌和偏肿栓菌的菌株各自聚为1组。云芝栓孔菌属的菌株聚为三组,其中,HE2807和HE21006以98%,HE2925与来自Gen-Bank上的5个菌株,HE21080、HE21084和HE2905分别以较高的同源性聚为一起。说明根据形态特征观察的同时,ITS序列分析在近缘种的分类鉴别上有一定价值,但是只能作为大型真菌分类鉴定的参考依据。     

杨梅贮藏期真菌的分离鉴定及基于ITS序列的聚类分析

目的 分离并鉴定杨梅贮藏期真菌。方法 通过稀释涂布平板分离法以及划线纯化, 从贮藏期杨梅果实中分离、纯化真菌菌种, 并结合传统形态学与ITS (internal transcribed spacer)全序列分析对其进行准确鉴定。结果 最终鉴定出共14株真菌, 其中1株毛霉(Mucor racemosus)、1株白地霉(Geotrichum candidum)、 1株腐皮壳属霉菌(Diaporthe sp.)、1株好食链孢霉(Neurospora sitophila)、3株出芽短梗霉(Aureobasidium pullulans)、4株酵母菌(Pichia kudriavzevii, Pichia terricola, Hanseniaspora opuntiae, Saccharomycopsis crataegensis)以及3株青霉(Penicillium sp., Penicillium expansum, Penicillium herquei)。从进化关系上看有3类显示较近的亲缘关系, 第1类为青霉属, 第2类为出芽短梗霉, 第3类为毕赤酵母。结论 结合传统形态学与ITS全序列分析可对杨梅贮藏期真菌进行更为准确的鉴定。     

甘肃省曲霉菌的RAPD和ITS序列分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)分析和核糖体(rDNA)内转录间隔区(ITS)序列分析方法对145种曲霉进行分类鉴定与系统发育研究.RAPD分析构建的聚类树状图,显示出不同的曲霉种间只在较低的相似性系数聚为一类,这与形态特征分种基本吻合,可以清楚地将不同的种区分开来.ITS序列分析结果表明,形态上相似的6种曲霉之间的绝对遗传距离大于11个碱基,属于种间的筹别范围.对相同的供试菌株两技术所反映亲缘关系的趋势相同,也表明了这两种技术用于曲霉亲缘关系分析的种类鉴定具有合理性和可行性.     

基于ITS4/5 rRNA区序列对不同时期大曲中霉菌的分离与鉴定

利用大曲作为糖化发酵剂是中国传统白酒主要的工艺特点之一。大曲中的微生物组成十分丰富包括各种种类的霉菌、酵母以及细菌,这些复杂的微生物体系为白酒的发酵提供了必要的微生物、酶以及风味物质。其中霉菌作为酒类发酵生产中必不可少的微生物,在大曲发酵过程中能够分泌一些糖化酶和蛋白酶等多种酶类以及有机酸等多种代谢产物,对大曲质量好坏起着重要作用。为了探究大曲中霉菌功能,本文对不同时期大曲中分离的霉菌采用ITS4/5 rRNA区序列进行分析比对,共分离鉴定了193株霉菌,分属于13个种。主要为红曲(Aspergillus ruber),米根霉(Rhizopus oryzae),微小根毛霉(Rhizomucor pusillus),Rhizopus azygosporus,烟曲霉(Aspergillus fumigatus),嗜热子囊菌(Thermomyces lanuginosus),谢瓦氏曲霉(Aspergillus salwaensis),Aspergillus chevalieri,米曲霉(Aspergillus oryzae)等,并构建了M-L系统树。根据这些分离鉴定的结果初步探究出大曲生产过程中不同时期霉菌的组成和变化规律。这些结果为进一步研究中国传统白酒的酿造微生物奠定了一定的基础。     

PCR-RFLP Analysis of the Internal Transcribed Spacer (ITS) Region for Identification of 3 Clam Species

ABSTRACT Restriction site analysis of the internal transcribed spacer (ITS) region amplified by the polymerase chain reaction (PCR) was used for the specific identification of 3 clam species: Ruditapes decussatus (grooved carpet shell), Venerupis pullastra (pullet carpet shell), and Ruditapes philippinarum (Japanese carpet shell). PCR amplification using primers based on nucleotide sequences of Mytilus ITS regions produced a fragment of 1195 bp in R. decussatus, 1074 bp in V. pullastra, and 1188 bp inR. philippinarum. Digestion of the PCR products with endonucleases HinfI and Rsa I, followed by agarose gel electrophoresis of the digested products, yielded specific restriction profiles that enabled direct visual identification of the species analyzed.     

“恩七叶甜”绞股蓝甜味物质分子结构初步研究

从“恩七叶甜”中提取出的甜味物质有宜人的清凉甜味,提取率达9.3%。其为非糖类物质,热量低,可预防肥胖症、糖尿病、心血管病及龋齿;它又是一种新的天然甜味剂,可大量用于医药、保健饮食品工业产品中。本实验提取及检测方法是：“恩七叶甜”干叶粉末乙醚脱脂→ 95% 乙醇浸泡超声波破碎→热浸提→离心过滤→ZTC除杂→离心→浓缩→甲醇溶解丙酮沉淀→沉淀物用去离子水溶解水饱和正丁醇萃取→水相浓缩→过硅胶柱→过Sephadex G-10 纯化冷冻干燥→液质质谱检测。经分析甜味物质有两个组分,一个分子量为274;另一个分子量为170,分子式为C11H10N2,这两种都是新的甜味物质,值得进一步研究。     

用ITS2鉴定芥辣类调味品中山葵、辣根和芥末组分

日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、芥末和辣根,为该技术应用于芥辣类产品质量检测提供参考。以3种植物材料(山葵、辣根、白芥末)为实验材料,提取基因组DNA,通过引物ITS2_S2进行PCR扩增得到ITS2片段,测序结果通过生物信息学分析进行物种鉴定。MEGA7.0(Molecular evolutionary genetics analysis)分析ITS2序列结果表明,山葵、白芥末和辣根K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离在0.088～0.171,均大于0.01,种间变异位点有36个,初步推断利用ITS2序列能将山葵、白芥末和辣根3物种区分开来。另外,GenBank中获得山葵以及近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的ITS2序列,MEGA7.0进行种间序列分析,计算K2P,并用邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建进化树,山葵与近亲西北山嵛菜聚为一支,棕芥末与白芥末、黑芥末聚为一大支,而辣根单独为一支。通过分析ITS2序列,发现山葵与近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的种间K2P遗传距离在0.030～0.105,均大于0.01。研究表明,利用ITS2技术可以鉴别山葵、辣根和芥末等近缘物种,此技术可以用于芥辣类调味品特定原料成分鉴定及定量,为食品质量控制和食品安全提供科学依据。     

果实成熟度对南果梨近红外无损检测技术模型的影响

通过研究不同成熟度的南果梨内部化学成分含量的差异性,建立不同成熟度的南果梨可溶性固形物、酸度近红外模型,并研究模型性能的差异性,讨论成熟度的变化对南果梨近红外分析技术的影响。结果表明：在2007 年9 月13 日采收的南果梨糖、酸含量与在9 月7 日和9 月10 日采收的南果梨存在显著差异性,而7 日与10 日采收的无差异性变化;建立不同成熟度的南果梨可溶性固形物、酸度模型的相关系数都高于0.9,校正均方根误差为0.014～0.201;对模型预测能力分析表明,样品采收期在9 月13 日的模型适用范围明显高于其他两个成熟度的模型,证明成熟度的显著差异性变化,扩大了校正集样品化学成分含量的范围,进而提高了模型的适用范围。     

沙棘果酒专用酵母菌的分子生物学鉴定及其应用研究

目前工业上尚无酿造沙棘果酒的专用酵母菌,因此,筛选出适合酿造沙棘果酒的优良酵母菌尤为必要。利用ITS1-5.8S-ITS2 rDNA 序列分析及构建系统发育树对自选酵母菌Y23 进行分子生物学鉴定。结果表明,克隆的自选酵母菌Y23 的5.8S-ITS rDNA 序列(GenBank 接受号：FJ793809)全长874bp。自选酵母菌Y23 与Saccharomycescerevisiae CBS423T(AM262829)的遗传距离最近,两者之间的同源性为100%,因此,鉴定酵母菌Y23 为酵母属(Saccharomyces)酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。通过响应面分析法研究初始糖度、发酵温度、接种量对自选酵母菌Y23 酿造沙棘果酒品质的影响,得出沙棘果酒质量与影响因素间的回归模型,并根据模型进行工艺参数优化。结果表明,接种量对沙棘果酒质量的影响极显著(P ＜ 0.01)。利用自选酵母菌Y23 酿造沙棘果酒的最佳工艺参数是：初始糖度19.9%、发酵温度25.4℃、接种量10.3%。     

1-MCP和戊唑醇处理对青脆李果实贮藏期病害和品质的影响

研究5 μL/L 1-甲基环丙烯（1-methylcyclopropene,1-MCP）与两种质量浓度（13.5、27.0 mg/L）戊唑醇单独或者结合处理对采后青脆李果实贮藏期褐腐病的控制效果以及对色泽和硬度的影响,以探讨1-MCP结合戊唑醇处理应用于青脆李果实采后保鲜的可能性。结果表明,20、0 ℃贮藏条件下两种质量浓度戊唑醇单独处理、1-MCP与两种质量浓度戊唑醇结合处理能够有效控制青脆李果实褐腐病损伤接种发病和自然发病;1-MCP单独处理不能控制常温条件下损伤接种李果实的褐腐病,但能够控制低温条件下损伤接种李果实褐腐病发生以及常温、低温条件下果实的自然发病;1-MCP与27.0 mg/L戊唑醇结合处理控制病害的效果最好。同时,1-MCP单独处理、1-MCP与两种质量浓度戊唑醇结合处理能够有效抑制果实的转黄和软化进程,戊唑醇单独处理不能延缓李果实的转黄和软化进程。贮藏过程中,13.5 mg/L戊唑醇单独处理、1-MCP与13.5 mg/L和27.0 mg/L戊唑醇结合处理组李果实中戊唑醇的残留量均低于国标规定的最大残留限量。     

“巴山红”香椿不同发育时期挥发性物质分析

采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱结合主成分分析法测定"巴山红"香椿芽叶5个不同发育时期挥发性物质的组成特征,从15个香椿芽叶样品中共检出44种挥发性物质。结果表明:在不同发育时期挥发性组分的种类及相对含量具有明显差异,嫩芽期以萜烯类为主,芽叶期及新叶期含硫化合物相对含量最高,成熟叶及老叶期萜烯类和含硫化合物相对含量相当;在嫩芽期到芽叶期,挥发性化合物变化较快,对于嫩芽鲜销和加工品质稳定影响较大;在5个不同发育时期对香椿芽叶呈味特性有较大影响的化合物种类和数量有明显差异,影响较大的物质最主要集中在醇类、酯类、醛类和萜烯类化合物。本研究较全面地呈现了"巴山红"香椿挥发性物质的构成及不同发育时期的呈味物质构成特征,同时也为"巴山红"香椿尤其是成熟叶及老叶综合利用提供了理论依据。     

不同包装及延时预冷处理对模拟冷链贮运及货架期期间桃果实品质的影响

对不同包装和延时预冷的“八月脆”桃在－ 0.5～0℃低温条件下贮藏15d,随后回温3d,通过测定硬度、可溶性固形物、果实颜色、失重率和腐烂率等品质指标,以探求桃果实满足冷链贮运和货价期要求的最佳预冷和包装条件。结果表明,采用包装纸+ 纸箱(X1)和网套+ 礼品盒(X2)的果实在冷藏15d 后均能保持较高的硬度,SSC 变化不明显,X1 果实腐烂率显著高于其他两组,未包装(X3)果实失重率最高。在回温3d 后,X2 果实的硬度(11.45N)和SSC(9.99%)显著高于X1,腐烂率和失重率最低,果实表面着色充分,果肉未出现褐变;采后6h 入库预冷的果实在冷藏15d 和回温3d 后的硬度均显著高于采后12h 和18h 入库果实,腐烂率和失重率均显著低于对照组,果实表面色泽呈微红色,果心处无褐变。综合评定采后6h 入库预冷和采用网套+ 礼品盒包装果实的贮运性和货架期的商品率较高。