一株鲤春病毒血症病毒SVCV-shlj4全基因组序列分析

为了分析中国北方地区现行的一株鲤春病毒血症病毒(Spring Virernia of Carp Virus,SVCV)SVCV-shlj4全基因组序列,根据GenBank收录的SVCV参考毒株(SVCV-A2,DQ491000.1)基因序列设计了3对重叠引物,对SVCV-shlj4毒株基因组编码区进行扩增,利用RACE试剂盒对该基因组5′和3′非编码区(Untranslated region, UTR)进行扩增,并利用DNAstar软件对测得的序列进行拼接,获得完整的SVCV-shlj4全基因组,结合Lasergene及MEGA 5.1生物信息学软件对该病毒基因组及其编码的核蛋白、糖蛋白和磷蛋白基因序列进行系统进化分析。结果表明:SVCV-shlj4毒株基因组全长为11 029 bp,共编码5种结构蛋白(3′端-5′端),分别为核蛋白(Nuclear protein,N)、磷蛋白(Phosphoprotein,P)、基质蛋白(Matrix protein,M)、糖蛋白(Glycoprotein,G)和RNA聚合酶(RNA polymerase,L);基因组序列系统进化分析显示,SVCV-shlj4毒株与中国株SVCV-A2的核苷酸序列一致性最高(99.0%),与欧洲株VR-1390核苷酸序列一致性最低(93.0%);编码M蛋白、G蛋白和P蛋白的基因序列进化分析结果显示,SVCV-shlj4毒株在进化上处于亚洲分支,属于Ⅰa基因型,Ⅰaii基因亚型;SVCV-shlj4毒株各基因变异位点分析显示,与中国株SVCV-A1相比,SVCV-shlj4毒株在N基因编码区第1357、1364和1376 nt位点分别缺失1个碱基,在G基因3′端非编码区4630 nt位点和4639 nt位点分别缺失两段基因序列(44 bp和31 bp),与欧洲株VR-1390相比,SVCV-shlj4毒株在G基因3′端非编码区(4637 nt位点)插入10 bp的基因片段,与中国株BJ0505-2相比,SVCV-shlj4毒株在L基因编码区(5822 nt位点)缺失18 bp碱基。本研究系统地分析了中国北方地区现行SVCV分离株的分子特征,为SVCV分子进化研究提供了数据支撑。     

2017—2019年贵阳市流行性感冒病原学监测分析

目的 了解2017—2019年贵阳市流行性感冒（简称流感）病原学特征和变化趋势，为制定防控措施提供资料依据。方法 从中国疾病预防控制信息系统子系统中国流感监测信息系统中，收集并分析2017—2019年贵阳市流感监测哨点医院流感样病例以及暴发和聚集性疫情流感样病例标本的病原学检测结果。结果 2017年1月—2019年12月间共收集流感样病例标本13 028份，检出流感病毒阳性标本1 568份，阳性率为12.04%;2019年阳性率最高18.33%，各年度流感病毒阳性率差异有统计学意义（χ²=226.816,P<0.05）。阳性标本中，甲型H1N1占37.76%(592份)、甲型H3N2占30.55%(479份)、BV型占19.07%(299份)、BY型占10.84%(170份)、混合型流感病毒占1.78%(28份)；不同年度各型流感病毒阳性率差异除混合型（χ2=226.816,P<0.05）。阳性标本中，甲型H1N1占37.76%(592份)、甲型H3N2占30.55%(479份)、BV型占19.07%(299份)、BY型占10.84%(170份)、混合型流感病毒占1.78%(28份)；不同年度各型流感病毒阳性率差异除混合型（χ²=1.195,P>0.05）外，均有统计学意义（P<0.05）。结论 贵阳市不同年度流感亚型优势株不同，学校和托幼机构极易发生聚集性流感疫情，应加强相关场所的管理和健康宣传；加强流感监测，做好聚集性疫情调查处置工作。     

两起新型布尼亚病毒感染病例的病毒序列分析

目的:分析发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒感染(SFTSV)感染患者的临床特点、流行病学以及SFTSV基因序列。方法:收集本市2014年4-6月某医院送检的2例重症发热伴血小板减少(SFTS)患者的血清标本,经核酸荧光PCR检测阳性确诊。对病毒核酸测序并与GenBank数据比对。结果:两名患者均有典型的SFTSV感染的临床症状,以发热、腹泻为首发症状,血常规见粒系及血小板呈进行性降低。从2例患者血清提取的核酸经测序,其基因序列与GenBank中的SFTSV进行比对,0428株(安庆)的RNA多聚酶、糖蛋白、NS蛋白的同源性与安徽代表株AHL/China/2011的同源性最高,均达到99%。0507株(滁州)上述目的基因与江苏株JS2011-013-1的同源性高达99%。结论:SFTSV在本地区散发存在,基因序列分析结果提示其来源或有差异。     

一株人源性轮状病毒的分离及适应性培养

目的:研究轮状病毒野毒株的分离方法、组织培养适应条件及相应生物学性质。方法:对收集的样品采用胶体金、PCR、PAGE进行轮状病毒定性检测。阳性样品按常规方法处理并进行组织培养分离,对不同传代样品做基因组图谱、基因序列、病毒增殖动力学分析评价,采用轮状病毒P[8]G1型阳性血清进行病毒中和鉴别试验。结果:通过检测为A组轮状病毒,基因组为4∶2∶3∶2排列,基因分型G1P[8]型,在MA104细胞中传代后转至Vero细胞上适应培养可观察到CPE;电镜观察可见典型轮状病毒形态。毒株在Vero细胞上增殖到第10代,复制稳定,且感染性滴度达到7.25 log CCID50/ml,增殖高峰为96h。中和鉴别试验证实病毒培养液只包含轮状病毒,无其他病毒污染。结论:从腹泻样品中分离得到一株人源轮状病毒毒株,命名为ZTR-68株,该分离株具有良好的组织培养适应性,遗传稳定性,为进一步研究其生物学性质和疫苗制备提供了基础。     

鲤春病毒血症病毒Shlj1株糖蛋白空间结构及其B细胞抗原表位的预测

为预测鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)Shlj1株糖蛋白(Glycoprotein,G)的空间结构及B细胞抗原表位,采用RT-PCR法从接种SVCV的鲤上皮细胞悬液提取的病毒总RNA中扩增糖蛋白基因,并通过序列测定获得Shlj1株糖蛋白基因的核苷酸序列及氨基酸序列,利用Phyre2对Shlj1分离株的糖蛋白空间结构进行预测,使用DNAStar软件综合分析糖蛋白的柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数参数。结果表明:获得的SVCV Shlj1株糖蛋白核苷酸序列长1527 bp,推导出其氨基酸序列为509aa;空间结构预测显示,SVCV Shlj1株糖蛋白存在一定数量的α-螺旋、β-折叠、β-转角及大量无规则卷曲结构,空间构象较规则;抗原指数及抗原表位指数分析显示,糖蛋白中存在许多抗原指数较高的区域,该区域平均抗原指数为1.025,最大值达1.250,其中5个区域(4²6、14526、145¹57、293157、293³02、315302、315³27、407327、407⁴91氨基酸区段)可能是B细胞抗原表位的主要分布区域。本研究结果为SVCV糖蛋白表位疫苗的设计及单克隆抗体的制备奠定了理论基础。     

福建红罗非鱼源无乳链球菌的分离鉴定及其分子特征

为探讨2017年福建省漳州市某养殖场红罗非鱼出现疾病的发病原因,并为该病的有效防治提供理论基础,以常规方法从患病红罗非鱼Oreochromis mossambicus×O.niloticus脑组织中分离优势菌株,采用形态观察和16S rRNA基因序列分析等方法对该优势菌进行鉴定,通过分子血清型、MLST和毒力基因等分型方法对分离株进行了分子特征分析,并采用K-B纸片扩散法检测分离株对26种抗生素的敏感性。结果表明:从病鱼脑组织中分离获得1株具致病力的不溶血(即γ溶血)无乳链球菌,该分离株是Ⅰa-ST7型,其毒力基因型为bac⁺-bca+-bca⁺-cfb+-cfb⁺-hylB+-hylB⁺-fbsA+-fbsA⁺-fbsB+-fbsB⁺-lmb+-lmb^--scpB--scpB^--cpsE--cpsE⁺-sip+-sip⁺,且对头孢类药物、强力霉素、氨苄青霉素等13种药物敏感,对氟罗沙星、青霉素G、多粘菌素B等4种药物中度敏感,而对新霉素、庆大霉素、卡那霉素等9种药物耐药。本研究结果可为福建红罗非鱼无乳链球菌病的疫病监测、疫苗研制和药物防治等研究提供基础数据。     

多重耐药鲍曼不动杆菌耐药性及16S rRNA甲基化酶基因检测的意义

目的：探讨多重耐药鲍曼不动杆菌的耐药性及16SrRNA甲基化酶基因检测的临床意义,为临床合理使用抗生素和控制院内感染提供依据。方法收集2011年3月至2013年12月在南昌市第二人民医院住院的ICU患者各种临床标本分离的多重耐药鲍曼不动杆菌52株。采用纸片扩散（K-B）法对52株多重耐药鲍曼不动杆菌行抗生素药敏试验,采用聚合酶链反应（PCR）检测16SrRNA甲基化酶基因（armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD、rmtE和npmA基因）表达情况。结果52株多重耐药鲍曼不动杆菌对米诺环素、头孢哌酮/舒巴坦、美罗培南和亚胺培南耐药率分别为44．2％、53．8％、75．0％和78．8％,对其余14种抗生素耐药率均在90．0％以上。52株多重耐药鲍曼不动杆菌中有38株检出armA基因表达,表达率为73．1％（38/52）;其余均未检出。结论多重耐药鲍曼不动杆菌主要携带armA型16SrRNA甲基化酶耐药基因。米诺环素、头孢哌酮/舒巴坦对多重耐药鲍曼不动杆菌有较好的抗菌活性,而多重耐药鲍曼不动杆菌对其他多种抗生素呈多重耐药性。     

虹鳟传染性胰脏坏死病毒的分离鉴定及聚类分析

为研究传染性胰脏坏死病毒(IPNV)感染虹鳟Oncorhynchus mykiss的病理特性,取云南省某养殖场大规模死亡的虹鳟稚鱼进行了病原的分离与鉴定,试验中利用鲑鳟鱼常见病毒敏感细胞大鳞大麻哈鱼胚胎细胞(Chinook salmon embryo cells,CHSE-214)、鲤上皮瘤细胞(Epitheliaoma papulosum cyprinid,EPC)和虹鳟性腺细胞(Rainbow trout gonad cell line,RTG-2)对虹鳟稚鱼无菌组织悬液进行病毒培养,并对产生细胞病变的上清进行病毒RNA提取及鲑鳟鱼常见病毒的RT-PCR检测,利用敏感细胞进行病毒分离株的噬斑培养及滴度测定,并对病毒形态进行透射电镜观察。结果表明:细胞培养显示,该组织悬液能使CHSE-214和RTG-2细胞产生明显的细胞病变;RT-PCR结果显示,检测样本呈IPNV阳性,传染性造血器官坏死病毒(IHNV)呈阴性;该IPNV分离株(命名为Ch Rtm213)在CHSE-214、RTG-2和EPC细胞上的病毒滴度分别为10^(5.2)、10(5.2)、10^(3.2)、10(3.2)、10^(2.3) TCID_(50)/m L,在CHSE-214细胞上培养4 d即可形成肉眼可见的病毒噬斑;在透射电镜下清晰可见大量病毒粒子呈晶格状排列于细胞质内;Ch Rtm213分离株与西班牙毒株2310(AY489225)VP2相似度较高,核苷酸序列一致性为96.4%;聚类分析结果显示,Ch Rtm213分离株与参考毒株加拿大Jasper(ATCC:VR-1325)聚为一簇,属于Gengroup 5基因型。研究表明,Ch Rtm213分离株异于已报道的IPNV分离株,具有不同的血清型及病毒毒力,可为传染性胰脏坏死病毒的检测及防控提供参考。     

鲤春病毒血症病毒Shlj1株糖蛋白空间结构及其B细胞抗原表位的预测

为预测鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)Shlj1株糖蛋白(Glycoprotein,G)的空间结构及B细胞抗原表位,采用RT-PCR法从接种SVCV的鲤上皮细胞悬液提取的病毒总RNA中扩增糖蛋白基因,并通过序列测定获得Shlj1株糖蛋白基因的核苷酸序列及氨基酸序列,利用Phyre2对Shlj1分离株的糖蛋白空间结构进行预测,使用DNAStar软件综合分析糖蛋白的柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数参数。结果表明:获得的SVCV Shlj1株糖蛋白核苷酸序列长1527 bp,推导出其氨基酸序列为509aa;空间结构预测显示,SVCV Shlj1株糖蛋白存在一定数量的α-螺旋、β-折叠、β-转角及大量无规则卷曲结构,空间构象较规则;抗原指数及抗原表位指数分析显示,糖蛋白中存在许多抗原指数较高的区域,该区域平均抗原指数为1.025,最大值达1.250,其中5个区域(4~26、145~157、293~302、315~327、407~491氨基酸区段)可能是B细胞抗原表位的主要分布区域。本研究结果为SVCV糖蛋白表位疫苗的设计及单克隆抗体的制备奠定了理论基础。     

福建红罗非鱼源无乳链球菌的分离鉴定及其分子特征

为探讨2017年福建省漳州市某养殖场红罗非鱼出现疾病的发病原因,并为该病的有效防治提供理论基础,以常规方法从患病红罗非鱼Oreochromis mossambicus×O.niloticus脑组织中分离优势菌株,采用形态观察和16S rRNA基因序列分析等方法对该优势菌进行鉴定,通过分子血清型、MLST和毒力基因等分型方法对分离株进行了分子特征分析,并采用K-B纸片扩散法检测分离株对26种抗生素的敏感性。结果表明:从病鱼脑组织中分离获得1株具致病力的不溶血(即γ溶血)无乳链球菌,该分离株是Ⅰa-ST7型,其毒力基因型为bac~+-bca~+-cfb~+-hylB~+-fbsA~+-fbsB~+-lmb~--scpB~--cpsE~+-sip~+,且对头孢类药物、强力霉素、氨苄青霉素等13种药物敏感,对氟罗沙星、青霉素G、多粘菌素B等4种药物中度敏感,而对新霉素、庆大霉素、卡那霉素等9种药物耐药。本研究结果可为福建红罗非鱼无乳链球菌病的疫病监测、疫苗研制和药物防治等研究提供基础数据。