基于纯培养方法和PacBio三代测序技术研究蒙古国传统酸马奶中乳酸菌多样性

通过纯培养方法结合PacBio三代测序技术对采自蒙古国的12份传统酸马奶中的乳酸菌多样性进行研究。应用传统的纯培养技术从12份传统酸马奶样品中分离出62株乳酸菌,通过16S rRNA基因序列分析和系统进化关系研究,62株乳酸菌被鉴定为5个属,6个种,分别是:25株瑞士乳杆菌、20株植物乳杆菌、7株产马乳酒乳杆菌、5株屎肠球菌、3株嗜热链球菌和2株粪肠球菌。采用PacBio SMRT测序技术研究其中8份样品中乳酸菌的多样性,宏基因组测序得到的优势菌为乳酸菌,同时也检测到一些痕量的其它种属细菌。共检测到5个乳酸菌的属,分别是:乳杆菌属、乳球菌属、链球菌属、明串珠菌属和肠球菌属,20个乳酸菌的种,即:瑞士乳杆菌、乳酸乳球菌、副乳链球菌、棉子糖乳球菌、肠膜阴串珠球菌和产马乳酒乳杆菌。宏基因组测序相对含量表明:蒙古国酸马奶样品中乳酸菌优势属为乳杆菌属(95.56%),优势种为瑞士乳杆菌(94.64%),纯培养方法和宏基因组三代测序方法都表明瑞士乳杆菌为蒙古国传统酸马奶中的优势菌种。宏基因组测序技术除检测到纯培养获得的菌株外,还获得14个低丰度乳酸菌,如棉籽糖乳球菌、肠膜明串珠球菌和开菲尔乳杆菌等,这些菌在酸马奶中含量较少。通过PacBio SMRT测序技术可以全面了解酸马奶中乳酸菌的多样性,为通过纯培养方法获得低丰度乳酸菌提供指导。     

内蒙古地区传统发酵乳中乳酸菌的分离与鉴定

对内蒙古地区传统发酵乳中乳酸菌进行分离并鉴定。以蒙古族传统发酵乳为材料，采用传统的细菌纯培养分离方法分离乳酸菌株，通过形态学特征及生理生化试验初步确定乳酸菌的基础上，进一步利用细菌16S r DNA基因序列分析和系统发育进化树构建，对其种属进行分析鉴定。分析鉴定结果显示，分离得到的29株乳酸菌共鉴定为2个属，6个种。2个属分别为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和肠球菌属（Entercoccus）,6个种分别为短乳杆菌（Levilaccillus brevis,4株）、植物乳杆菌（Lactiplantibacillus plantarum,8株）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis,9株）、鸡肠球菌（Enterococcus gallinarum,3株）、蒙氏肠球菌（Enterococcus mundtii,1株）、耐久肠球菌（Enterococcus durans,4株）。该研究采集的发酵乳样品中乳酸菌资源丰富，代表着内蒙古蒙古族传统发酵乳制品中优势性乳酸菌菌种，为优良发酵剂的研发奠定了微生物资源基础。     

水牛乳中可培养乳酸菌多样性分析

采用传统分离培养方法,从三品杂交生水牛奶混合样品中,分离出105株乳酸菌,通过形态、生理生化、API细菌鉴定系统及16S rDNA基因序列分析方法对各菌株属种进行鉴定。16S rRNA序列分析结果显示,105株菌共分为5个属8个种,呈现较为丰富的乳酸菌多样性,具体数量分布为乳酸乳球菌21株,植物乳杆菌19株,格氏乳球菌17株,乳明串珠菌13株,食窦魏斯氏菌11株,肠膜明串珠菌8株,类肠膜魏斯氏菌6株,嗜热链球菌5株,糊精乳杆菌5株。由此可知,水牛乳中可培养乳酸菌优势菌群的主次关系为：乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）＞植物乳杆菌（Lactobacillus plantaru）＞格氏乳球菌（Lactococcus garvieae）＞乳明串珠菌（Leuconostoc lactis）＞食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria）,此为后续开发水牛乳中优势乳酸菌资源提供了良好的理论基础。     

传统发酵酸牛奶中乳酸菌多态性分析

以从内蒙古呼伦贝尔市牧区采集的1份传统发酵酸牛奶样品为研究对象,对其进行乳酸菌的分离鉴定。通过传统纯培养法分离出17株菌,并对17株菌进行16SrDNA序列分析、多位点pheS序列分析和生理生化鉴定,鉴定的结果为11株乳酸乳球菌乳酸亚种、1株格式乳球菌、1株粪肠球菌、2株植物乳杆菌植物亚种及2株弯曲乳杆菌。乳酸乳球菌乳酸亚种为优势菌(占总分离菌株的64.7%)。     

新疆伊犁牧区传统手工奶酪中微生物多样性及其功能分析

为探究新疆伊犁牧区传统手工奶酪中的可培养乳酸菌和细菌多样性,首先采用Illumina MiSeq高通量测序技术对细菌16S rRNA基因的V1～V3可变区进行测序分析,结果显示：14 份奶酪中共存在493 种细菌属和780 种细菌种,其中奶酪中的优势细菌属和优势乳酸菌属为雷尔氏菌属和乳杆菌属,优势乳酸菌种为瑞士乳杆菌,且奶酪中还存在致病菌。在此基础上,利用传统培养法从MRS培养基中筛选出68 株可培养疑似乳酸菌,经生理生化实验及16S rDNA序列同源性分析技术对其进行属种鉴定。结果表明：68 株疑似乳酸菌分别为短乳杆菌、融合魏斯氏菌、屎肠球菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、鸟肠球菌、棉籽糖肠球菌、植物乳杆菌、瑞士乳杆菌,其中融合魏斯氏菌为奶酪中的优势乳酸菌种。在乳酸菌的属种鉴定上,传统培养法能够更准确地将乳酸菌鉴定到种水平。奶酪微生物基因COG功能预测结果显示：奶酪中的微生物富含与氨基酸转运和代谢有关的基因。将各个样品的微生物群落组成与功能组成进行比较,发现各个样品的细菌群落组成虽存在明显差异,但其功能组成却具有高度相似性。     

SDS-PAGE电泳法分析朝鲜族辣白菜中乳酸菌分布

为了分析辣白菜发酵过程中乳酸菌分布,从自然发酵的自制朝鲜族辣白菜中运用平板稀释法根据细菌菌落形态特征分离筛选出59株乳酸菌,SDS-PAGE电泳法分析各菌株全细胞蛋白模式后将其划分为7大类,最后用16S rRNA序列同源性分析,鉴定出4种乳酸菌种类,分别为肠膜明串珠菌、柠檬明串珠菌、食窦魏斯氏菌和植物乳杆菌。     

利用16S rDNA序列及tuf-RFLP鉴定蒙古国发酵乳中的乳酸菌

运用16S rDNA序列分析和tuf-RFLP技术对采于蒙古国扎布汗省的25份发酵乳样中分离出的110株乳酸菌进行鉴定。首先将分离的110株乳酸菌的16S rRNA基因进行扩增,测序并构建系统发育树,初步鉴定为41株嗜热链球菌,40株瑞士乳杆菌,11株德氏乳杆菌保加利亚亚种,2株发酵乳杆菌,1株乳明串珠菌,2株肠膜明串肠膜亚种,1株乳酸乳球乳酸亚种和12株属于干酪族的菌株。由于干酪乳杆菌族的16S rDNA序列差异很小,故采用tuf-RFLP技术对这12株进行了进一步的验证,通过分离菌株与模式菌株tuf-RFLP图谱的比较分析,结果表明这12株菌均为干酪乳杆菌。     

自然发酵锦州小菜中乳酸菌的分离筛选

通过探究自然发酵锦州小菜中乳酸菌的构成以及风味特征变化与微生物多样性之间的联系,为工业化生产提供依据。本研究对27?份自然发酵锦州小菜的总酸含量、氨基酸态氮含量、亚硝酸盐含量、Nacl含量及菌落总数进行测定,根据采样地点的不同对样品进行差异性分析。结果发现,由于不同的发酵地点、条件、工艺而导致发酵液的成分含量存在显著差异（P＜0.05）,样品风味特征变化与小菜发酵过程中微生物变化存在直接关系。选择7?份在样品成分含量中具有代表性特征的自然发酵锦州小菜进行乳酸菌分离筛选,分离出24?株乳酸菌疑似菌株,初步鉴定10?株为杆菌,14?株为球菌。进一步采用16S?rDNA序列分析对24?株菌进行分子鉴定,通过序列分析进行属种鉴定。结果表明：24?株菌均为乳酸菌,分别来自4?个属10?个种,10?株乳杆菌属（Lactobacillus）,8?株肠球菌属（Enterococcus）,3?株链球菌属（Streptococcus）,3?株魏斯氏菌属（Weissella）。     

新疆传统酸奶中乳酸菌的筛选鉴定及菌相分析

酸奶是新疆各少数民族经常食用的一种乳制品。从新疆采集的22个酸奶样品中共分离出56株乳酸菌,通过形态特征观察、生理生化实验、糖发酵实验等传统鉴定方法,结合16S r DNA序列分析对其进行鉴定。结果表明,新疆传统酸奶中菌相构成为德氏乳杆菌(Lactobacillus.delbrueckii subsp.)46株(占总分离株的82%);发酵乳杆菌(Lactobacillus.fermentum)2株(4%);瑞士乳杆菌(Lactobacillus.helveticus)2株(4%);嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)1株(2%);鸡乳杆菌(Lactobacillus.gallinarum)2株(4%);屎肠球菌(Enterococcus faecalis)1株(2%);耐久肠球菌(Enterococcus canis)2株(4%)。说明新疆传统酸奶中德氏乳杆菌为优势菌。     

伊犁地区乳品中乳酸菌的分离及鉴定

从伊犁地区牧民家庭采集的乳品中分离得到10株乳酸菌,经过对其生物学特性的鉴定,有干酪乳杆菌假植物亚种(L.casei subsp.Plantaman)4株、鸡肠球菌(E.gallins.rum)1株、屎肠球菌(E.faecium)1株、乳酸乳球菌乳酸亚种(L.lactis subsp.cremoris)2株、肠膜明串珠菌肠膜亚种(Lc.Mesenteroides subsp.Mesenteroides)2株。通过研究发现,该鉴定菌株的生物学特性基本符合各属和种的鉴定标准,均属于中温性乳酸菌。     

韩国泡菜加工过程中微生物区系的研究

为了解韩国泡菜在制作过程中微生物的区系,分离鉴定其在腌制、发酵过程中的优势微生物。结果表明：韩国泡菜腌制过程中优势乳酸菌经鉴定为短乳杆菌（Lactobacillus brevis）、植物乳杆菌（Lactobacillusplantarum）;优势酵母菌为近平滑假丝酵母（Candida parapsilosis）、粗状假丝酵母（Candida valida）;韩国泡菜在发酵过程中的优势乳酸菌为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、弯曲乳杆菌（Lactobacillus curvatus）、短乳杆菌（Lactobacillus brevis）、肠膜明串珠菌肠膜亚种（Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides）;优势酵母菌为近平滑假丝酵母（Candida parapsilosis）、粗状假丝酵母（Candida valida）、酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）。     

甘南牧区犏牛酸奶中优良乳酸菌的分离与鉴定

从甘南牧区采集的犏牛酸奶中分离得到76 株乳酸菌。筛选得到3 株凝乳快速、产酸力强、凝乳质地优良的乳酸菌菌株,包括1 株球菌和2 株杆菌。采用16S rRNA基因序列比对分析,鉴定3 株乳酸菌分别是屎肠球菌（Enterococcus faecium）、德氏乳杆菌（Lactobacillus delbrueckii）和发酵乳杆菌（Lactobacillus fermentum）。通过球杆菌混合发酵实验,结果表明混合菌株发酵的产酸速率比单菌株发酵明显加快,且后酸化程度较弱,其感官质量也明显优于单菌发酵。     

秭归地区鲊广椒中乳酸菌及细菌多样性研究

该研究在采用纯培养方式对秭归地区鲊广椒中乳酸菌进行分离鉴定的基础上，进一步采用MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。结果表明，从14个鲊广椒中分离出的43株疑似乳酸菌被鉴定为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和屎肠球菌属（Enterococcus），鉴定到的种主要有植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、敏捷乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和屎肠球菌（Enterococcus faecium），占所有分离株的86.05%，其中L. plantarum占所有分离株的60.74%，为优势菌种。测序结果显示，鲊广椒中主要的细菌类群为隶属于硬壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus和戊糖片球菌属（Pediococcus）以及隶属于变形菌门（Proteobacteria）的假单胞菌属（Pseudomonas），其平均相对含量分别为47.85%、13.29%和21.31%，其中乳酸菌含量累计达61.14%。由此可见，秭归地区鲊广椒中蕴含了较为丰富的乳酸菌资源，但同时也存在Pseudomonas等具有致病性的菌属。     

眉山泡菜中乳酸菌的分离鉴定

目的：分析眉山泡菜的基本数据和乳酸菌的菌种构成。方法：从眉山市采集泡菜12 份,测定pH值、总酸度、盐度、乳酸菌计数,用16S rRNA序列分析法鉴定菌种。结果：样品pH值的范围是3.37～3.89,总酸度的范围是0.65～0.92 g/100 g（以乳酸计）,盐度的范围是4.16%～5.28%（以NaCl计）,MRS和M17乳酸菌计数分别是1.71～6.33、1.33～5.78（lg（CFU/g））。总酸度对乳酸菌计数影响最大。共分离鉴定出16 株乳酸菌：Lactobacillus fermentum（2 株）、Lactobacillus plantarum（3 株）、Lactobacillus brevis（2 株）、Lactobacillusacidophilus（1 株）、Lactobacillus casei（1 株）、Lactobacillus pentosus（1 株）、Lactobacillus delbrueckii（1 株）、Lactococcus lactis（3 株）、Pediococcus pentosaceus（2 株）。结论：眉山泡菜中乳酸菌存在多样性,实验结果为工业发酵生产泡菜积累了菌株。     

内蒙古传统发酵乳制品中乳酸菌的分离及其耐药性研究

以内蒙古通辽地区自制的奶豆腐和酸性奶油（乌日莫）为材料,采用稀释涂布法从中分离乳酸菌,通过分子生物学技术对其进行菌种鉴定,并对其耐药性进行研究。结果表明,共分离纯化得到80株乳酸菌,经鉴定,归属于13个种,分别为短乳杆菌（Lactobacillus brevis）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）、乳酸片球菌（Lactobacillus acidilacticii）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）、瑞士乳杆菌（Lactobacillus helveticus）、屎肠球菌（Enterococcus faecium）、戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceus）、副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）、食二酸乳杆菌（Lactobacillus digitalis）、奥塔基乳杆菌（Lactobacillus ottaki）、耐久肠球菌（Enterococcus durans）、植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、开菲尔乳杆菌（Lactobacillus kefir）,表现出高的生物多样性。80株乳酸菌对萘啶酸的耐药率为100%;对链霉素、环丙沙星、万古霉素的耐药率较高,分别为95.00%、80.00%、72.50%;对利福平和四环素的耐药率中等,分别为51.25%,45.00%;对红霉素、氯霉素的耐药率较低,分别为26.25%、23.75%。此外,76株（95%）的乳酸菌还具有多重耐药性。     

奶酪中乳酸菌的分离筛选及其对小清蛋白的降解性能初步评价

为筛选可降解鱼类主要过敏原小清蛋白(parvalbumin,PV)的乳酸菌,该研究以产蛋白酶作为初筛标准从奶酪中分离筛选获得8株乳酸菌,经16S rDNA测序鉴定为Lactobacillus plantarum 4株,Lactobacillus casei 2株,Enterococcus faecalis 2株.利用这...     

摩洛哥发酵橄榄汁中乳酸菌的分离鉴定及其多样性研究

为了分离、保藏自然发酵食品中乳酸菌资源,丰富自然发酵食品中乳酸菌多样性信息,本文采用纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对采集自摩洛哥的2份自然发酵橄榄汁中的乳酸菌进行分离鉴定和多样性研究。结果表明:2份样品中共分离鉴定出52株乳酸菌,分属于3个属、4个种,其中乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）为摩洛哥卡萨布兰卡地区发酵橄榄汁中的优势菌种,占总分离株的42.31%,同时还分离到植物乳杆菌和肠球菌;利用PacBio SMRT16S rRNA测序技术,将橄榄汁中的细菌归为5个门、40个属和80个种,优势菌种同样为Lactococcus lactis,其次还检测到干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。     

市售酸奶中乳酸菌耐药性及耐药基因的检测

为探讨酸奶中乳酸菌所携带耐药基因对人类健康的潜在影响,对市售酸奶中的乳酸菌进行分离和鉴定,并通过药物敏感性实验确定菌株的耐药谱,同时利用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增技术调查链霉素、庆大霉素、磺胺类和四环素等耐药基因的分布情况。结果表明：25 份市售酸奶样品中共分离得到56 株乳酸菌,包括26 株德氏乳杆菌保加利亚亚种、3 株植物乳杆菌、2 株嗜酸乳杆菌以及25 株嗜热链球菌。药敏结果显示,31 株乳杆菌对链霉素（87.1%）、庆大霉素（80.6%）、环丙沙星（74.2%）和四环素（61.3%）的耐药率较高,对头孢菌素类则较为敏感;而25 株嗜热链球菌同样对链霉素的耐药率最高,达76.0%;其次分别为万古霉素（32.0%）、环丙沙星（32.0%）和四环素（20.0%）。56 株乳酸菌中共检出5 种不同的耐药基因,分别为链霉素耐药基因ant(6)（检出率1.8%）、庆大霉素耐药基因aac(6')-aph(2')（检出率7.1%）、四环素耐药基因tetM（检出率5.4%）以及磺胺类耐药基因sulⅠ（检出率14.3%）和sulⅡ（检出率1.8%）。受试的乳酸菌中共有13 株检出耐药基因,其中有4 株携带两种不同的耐药基因。长期以来被认为安全并广泛应用于发酵食品领域的乳酸菌可能成为潜在的耐药基因贮存库。     

白酒窖泥中乳酸菌分离鉴定及其发酵产挥发性风味物质比较

从白酒窖泥中分离得到11株乳酸菌,经16S rDNA基因序列同源性分析,鉴定为1株短乳杆菌、1株鼠李糖乳杆菌、2株干酪乳杆菌和7株铅黄肠球菌。分析了11株菌MRS培养基发酵产乳酸性能,结果表明:乳酸产量与菌群生长呈正相关,鼠李糖乳杆菌L9、干酪乳杆菌L10与L11发酵液乳酸含量较高,分别为15.74、15.58、14.74 g/L。4株代表菌相同条件下发酵高粱培养液产挥发性风味组分,共有物质13种,包含了白酒中重要香气成分:乙酸、己酸、乙酸苯乙酯和苯乙醇,且乙酸、己酸相对含量较高。各菌产可挥发性组分差异明显,相对含量较高的化合物种类为:短乳杆菌L5产烷烃类化合物(27.91%),铅黄肠球菌L8产醇类化合物(43.14%),鼠李糖乳杆菌L9产酯类(7.35%)、酮类(3.61%)和吡嗪类(3.3%)化合物,干酪乳杆菌L11产酸类(27.98%)和芳香类(5.96%)化合物。仅有短乳杆菌L5产四甲基吡嗪,短乳杆菌L5和铅黄肠球菌L8可明显产乙醇,鼠李糖乳杆菌L9和干酪乳杆菌L11产3-羟基-2-丁酮。这些物质对白酒风味和口感有重要影响。研究显示,窖泥中各种乳酸菌特征不一,对白酒酿造有不同影响。本研究旨在为进一步挖掘白酒酿造功能微生物、拓展乳酸菌的应用提供理论依据。     

贵州少数民族酸肉、酸鱼中乳酸菌的分离鉴定

采用传统微生物分离方法进行乳酸菌纯种分离,利用16S rRNA序列分析方法进行乳酸菌鉴定,从7个酸肉、酸鱼样品中共分离出14株乳酸菌,有乳杆菌属、环丝菌属、乳球菌属3个属,9个种.从其中鉴定出7株乳酸菌,分别是:植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、消化乳杆菌(Lactobacillus alimentarius)、清酒乳杆菌(Lactobacillus sakei)、泡菜乳杆菌(Lactobacillus kinchi)、清酒乳杆菌亚种(肉)(Lactobacillus sakei subsp.carnosus)、草乳杆菌(Lactobacillus graminis)、弯曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus).