鄂尔多斯地区酸粥细菌多样性分析及乳酸菌的分离鉴定

以采集自内蒙古鄂尔多斯地区的8个酸粥样品为研究对象,利用Illumina MiSeq高通量测序技术,对样品进行细菌菌群结构及多样性研究,分离鉴定其优势菌株。结果表明:8个样品中的细菌主要来自厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),乳酸杆菌属(Lactobacillus)和醋酸杆菌属(Acetobacter)为优势菌属。乳酸杆菌属在各样品中占比最高,为42.63%～97.49%。SZ1、SZ2样品与其他样品的菌群结构差异较大,可能与不同采集时间有关。对上述样品中的乳酸菌进行分离纯化,通过生理生化试验结合分子生物学方法,鉴定获得1株干酪乳杆菌(Lactobacillus casei),1株发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),2株植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和4株副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)。上述研究结果为酸粥工业化生产提供菌种资源和理论依据。     

山西河曲与内蒙古五原酸粥细菌类群结构及其基因功能的比较分析

该研究采用MiSeq高通量测序技术解析了河曲地区和五原地区酸粥的细菌群落结构差异，并探讨了其优势细菌属间的相关关系，最后对其细菌的基因功能进行了预测。结果发现，五原酸粥中的细菌丰度与多样性均显著高于河曲酸粥；所有酸粥样本共含有2个优势细菌门，分别为厚壁菌门(Firmicutes, 75.85%)和变形菌门(Proteobacteria, 23.31%);含有12个优势细菌属，分别为乳酸杆菌属(Lactobacillus,41.95%)、醋杆菌属(Acetobacter,14.10%)、芽孢杆菌属(Bacillus,6.72%)、梭菌属(Clostridium,6.69%)和戊糖片球菌(Pediococcus,5.36%)等，乳酸菌累计相对含量为59.19%;两个地区酸粥中Acetobacter和魏斯氏菌(Weissella)的含量存在显著差异。相关性分析显示，除Lactobacillus和肠球菌属(Enterococcus)间为显著负相关关系外，Clostridium与Weissella,乳球菌属(Lactococcus)与Acetobacter和Enterococcus以及气单胞菌属...     

巴彦淖尔酸粥细菌菌群多样性分析及其与风味的相关性

为解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中细菌类群及其风味品质特征，该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对巴彦淖尔酸粥样品的细菌菌群多样性进行分析，利用电子鼻和电子舌技术对其气味和滋味品质进行检测，并对优势细菌属与风味品质之间的相关性进行研究。结果表明，酸粥样品中优势细菌门分别为厚壁菌门（Firmicutes）(88.71%)和变形菌门（Proteobacteria）(9.97%)，优势细菌属分别为乳杆菌属（Lactobacillus）(85.45%)、魏斯氏菌属（Weissella）(9.81%)和醋酸杆菌属（Acetobacter）(1.60%)，所有样品中包含7个核心操作分类单元（OTU），且Lactobacillus和Acetobacter为核心细菌属。酸粥气味特征主要体现在氮氧化合物、甲烷和萜类化合物上，滋味特征主要体现在酸味上。相关性分析表明，Acetobacter与芳香型化合物的生成呈极显著正相关（P<0.01）,Lactobacillus与氮氧化合物的生成呈显著正相关（P<0.05）,Weissella与酸粥样品的涩味呈显著负相关（P<0.05...     

基于单分子实时测序技术的3个当阳广椒样品细菌多样性研究

本文采集了3个鲊广椒样品,使用单分子实时测序技术对其细菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,乳酸杆菌属(Lactobacillus)的相对含量为94.25%;在种水平上,相对含量大于1.0%的种分别为隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus)的破布子乳杆菌(L.pobuzihii)、食品乳杆菌(L.alimentarius)、费斯莫尔德乳杆菌(L.versmoldensis)、类短乳杆菌(L.parabrevis)、短乳杆菌(L.brevis)、朝鲜乳杆菌(L.koreensis)和类食品乳杆菌(L.paralimentarius),其平均相对含量分别为32.31%、23.17%、22.01%、8.90%、3.31%、1.63%和1.05%,隶属于魏斯氏菌属(Weissella)的类肠膜魏斯氏菌(W.paramesenteroides)的平均相对含量为1.05%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现6个核心OTU,包含的序列数占所有质控后合格序列数的29.58%。由此可见,当阳地区鲊广椒中的细菌微生物主要隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus),且样品间共有大量的核心菌群。     

基于高通量测序技术巴彦淖尔市酸粥中细菌多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自内蒙古自治区巴彦淖尔市的10份酸粥样品中的细菌多样性进行解析,同时基于细菌属水平对其进行围绕中心点的划分（PAM）,并基于PICRUSt和BugBase软件对细菌的基因功能及表型进行预测。结果表明,所有酸粥样品中的细菌隶属于9个细菌门的55个属,样品间细菌多样性和丰度存在明显差异,但优势细菌门均为硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属均为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。所有酸粥样品可分为两个聚类,聚类I以醋杆菌属（Acetobacter ）为主,聚类II以乳杆菌属（Lactobacillus）为主;两个聚类中细菌对于碳水化合物的利用和细菌的生长繁殖等存在显著差异（P＜0.05）,隶属于聚类I的酸粥样品中,其细菌的代谢和繁殖更加迅速。     

基于高通量测序技术奶豆腐核心细菌类群的研究

使用MiSeq高通量测序技术对15个奶豆腐样品中细菌多样性进行了解析。结果表明,新疆维吾尔自治区塔城地区奶豆腐中优势细菌门为Proteobacteria(变形菌门)、Frimicutes(硬壁菌门)、Actinobacteria(放线菌门)和Bacteroidetes(拟杆菌门)。在所有样品中均存在且相对含量大于1.0%的细菌属为Lactobacillus(乳杆菌属,19.66%)、Acetobacter(醋酸杆菌属,16.69%)、Lactococcus(乳球菌属,13.90%)、Enterobacter(肠杆菌属,11.42%)、Staphylococcus(葡萄球菌属,3.33%)、Acinetobacter(不动杆菌属,2.79%)和Streptococcus(链球菌属,1.14%)。核心分类操作单元矩阵OTU注释为乳酸杆菌属、Macrococcus(巨球菌属)、乳球菌属、肠杆菌属、不动杆菌属和醋酸杆菌属。由此可见,塔城地区奶豆腐中含有大量的细菌类群,且以乳杆菌属、醋酸杆菌属、乳球菌属和肠杆菌属细菌为主。     

恩施市3种泡辣椒样品中细菌多样性研究

以恩施市3种泡辣椒为研究对象,使用MiSeq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术相结合的手段对样品中细菌群落的结构进行解析,并采用传统微生物培养方法及分子生物学技术对其中的乳酸菌进行分离和鉴定。结果表明,硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为泡辣椒中的优势细菌门,其平均相对含量分别为85.70%、12.59%;乳酸杆菌属(Lactobacillus)为优势细菌属,其平均相对含量达67.37%。通过传统微生物培养方法共分离鉴定出14株乳酸菌,其中7株为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),2株为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),3株为屎肠球菌(Enterococcus faecium),2株为香肠乳杆菌(Lactobacillus farciminis)。结果表明,泡辣椒中的优势乳酸菌为植物乳杆菌。     

建始地区酸豇豆盐水细菌多样性及乳酸菌分离鉴定

该研究采用MiSeq高通量测序技术对酸豇豆盐水的细菌多样性进行了解析,并通过纯培养方式分离了其中的乳酸菌。结果发现,细菌以硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为主,平均相对含量分别为84.41%和10.52%;细菌属以乳酸杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和片球菌属（Pediococcus）为主,平均相对含量分别为57.02%、9.33%、7.07%、4.73%和3.40%;发现44个操作分类单元（OTU）存在于所有样品中,所包括序列占总序列数的25.06%,其中有6个、11个和13个分别被鉴定为假单胞菌属（Pseudomonas）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）,所含序列平均含量分别为4.61%、4.97%和14.46%;通过纯培养共分离出了13株乳酸菌,其中12株被鉴定为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。由此可见,乳酸杆菌为建始地区酸豇豆盐水中的优势细菌,且乳酸杆菌主要为植物乳杆菌。     

北京豆汁微生物群落分析及淀粉絮凝菌分离鉴定

采集了三个商家的北京豆汁和麻豆腐样本,共12份,通过高通量测序技术分析其中的细菌群落组成及多样性,并利用绿豆汁培养基对优势菌进行分离纯化和鉴定。结果表明,厚壁菌(Firmicutes)、变形杆菌(Proteobacteria)和拟杆菌(Bacteroidetes)是豆汁和麻豆腐的优势菌门。乳酸乳球菌(Lactococcus)、链球菌(Streptococcus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)是豆汁中的优势菌属,乳酸乳球菌(Lactococcus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)、肺炎克雷伯菌(Klebsiella)和醋酸杆菌(Acetobacter)是麻豆腐中的优势菌属。利用产酸能力和絮凝淀粉能力筛选出两株符合豆汁发酵要求的絮凝产酸菌株D-23和M-10,经16S rRNA测序鉴定分别为乳酸乳球菌乳酸亚种(Lactococcus lactis subsp.Lactis)和醋酸杆菌(Acetobacter indonesiensis)。这两株菌对北京豆汁工业化纯菌发酵生产具有重要意义。     

山西老陈醋酿造过程中乳酸菌和醋酸菌的分离鉴定及高粱单宁对其生长的影响

利用稀释涂布法及透明圈法从山西老陈醋酿造过程中分离了36株乳酸菌和25株醋酸菌,利用形态观察、生理生化特性和16S rDNA序列测定对分到的菌株进行了鉴定;并研究了不同浓度的高粱单宁对这些菌株生长的影响。结果表明,36株乳酸菌分别为植物乳杆菌（Lactobacillus lantarum）,发酵乳酸杆菌（Lactobacillus fermentium）,干酪乳酸杆菌（Lactobacillus casei）,肠膜明串珠菌（Leuconostoc mesenteroides）,类食品乳杆菌（Lactobacillus paralimentarius）和短乳杆菌（Lactobacillus brevis）;25株醋酸菌分别为巴氏醋酸杆菌（Acetobacter pasteurianus）、醋化醋杆菌（Acetobacter aceti）,液化醋杆菌（Acetobacter liquefaciens）和恶臭醋酸杆菌（Acetobacter rancens）。当高粱单宁含量为0～1.5%时,所有乳酸菌和绝大部分醋酸菌的生长被促进;当单宁含量为2.0%时,对不同菌的生长影响不同（有一些菌株生长被促进,而另一些菌株生长被抑制）;当单宁含量为3.0%～6.0%时所有菌株的生长均被抑制。     

基于Miseq高通量测序技术的古襄阳酒窖泥细菌多样性评价

使用Miseq高通量测序技术对4份古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品的细菌多样性进行了评价,同时通过选择性培养分离出窖 泥中的优势乳酸菌,再利用16S rDNA序列分析方法,对其进行初步鉴定。 结果表明,乳酸杆菌是古襄阳酒窖池中的优势细菌,其相对 含量高达92.02%。在分类操作单元（OTU）水平上,发现8个核心OTU相对含量＞1.0%,其中7个隶属于乳酸杆菌属（Lactobacillus）。4份 古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品中共分离到12株菌株,初步鉴定其全部为副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）。     

基于Illumina MiSeq测序和传统可培养方法的洪湖鲊广椒乳酸菌多样性研究

为明确洪湖鲊广椒的乳酸菌多样性,从湖北省荆州市洪湖市采集了7份鲊广椒样品,分别采用传统可培养方法与Illumina MiSeq高通量技术对其进行多样性评价。高通量测序结果表明,硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)是鲊广椒样品中的优势细菌门,平均相对含量分别为77.78%、18.09%、1.74%和1.51%;优势菌属为乳杆菌属(Lactobacillus),海洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus),盐单胞菌属(Halomonas),平均相对含量分别为67.97%,3.88%,3.47%。在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,有12个平均相对含量>1.0%的OTU,其中9个隶属于乳杆菌属。由此可见,该地区鲊广椒中主要含乳酸杆菌属。基于传统可培养分离方法表明,从鲊广椒样品中分离到的29株乳酸菌被鉴定为3个属和8个种,其中植物乳杆菌(L.plantarum)和福莱乳杆菌(L.futsaii)分别有10株与8株,是优势菌。与其他地区不一样的是,洪湖鲊广椒中除了植物乳杆菌,还含有较多的福莱乳杆菌。     

内蒙古鄂尔多斯地区酸粥真菌多样性研究

以内蒙古鄂尔多斯地区的3种酸粥为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术与传统微生物学手段相结合的方法对其真菌多样性进行研究。结果表明,3种酸粥样品中存在着大量共有真菌菌群,其优势真菌主要由隶属于子囊菌门（Ascomycota）的假丝酵母属（Candida）和耐碱酵母属（Galactomyces）以及隶属于担子菌门（Basidiomycota）的毛孢子菌属（Trichosporon）构成,三者平均相对含量分别为84.30%、11.86%和3.45%;同时从3种酸粥样品中共分离出9株酵母菌,经分子生物学鉴定为茶叶籽酵母（Meyerozyma caribbica）、索拉尼假丝酵母（Candida solani）、库德毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）、白地霉（Galactomyces candidum）、解脂耶氏酵母（Yarrowia lipolytica）和隐球酵母（Cryptococcus albidus）各1株以及近平滑假丝酵母（Candida parapsilosis）2株。     

基于Miseq高通量测序技术对细菌型豆豉细菌类群的评价

采用Miseq高通量测序技术对6个细菌型豆豉细菌多样性进行了评价,同时使用电子舌对不同样品各滋味指标的相对强度进行了测定,进而探讨了细菌类群对产品滋味品质的影响。结果表明,Bacillus(芽孢杆菌)是细菌型豆豉中的优势细菌,其相对含量为95.26%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现5个核心OTU相对含量大于0.1%,其中4个隶属于Bacillus,OTU2133(隶属于芽孢杆菌)的平均相对含量为91.91%。酸味是豆豉间差异最大的滋味指标,且Bacillus、Staphylococcus(葡萄球菌)和Lactobacillus(乳酸杆菌)与豆豉酸味的形成均呈正相关。由此可见,鲊广椒中细菌微生物主要是由Bacillus组成,且Lactobacillus和Staphylococcus对豆豉滋味的形成具有影响。     

基于PCR-DGGE与高通量测序技术的恩施地区腊鱼细菌多样性评价

作为我国传统的发酵食品,腊鱼因具有独特的滋味和口感而深受人们青睐。以16 s rDNA基因为标靶,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)与Mi Seq高通量测序技术相结合的方法对采集自恩施地区腊鱼样品的细菌多样性进行了研究。PCR-DGGE结果表明,腊鱼样品中的细菌以Psychrobacter和Lactobacillus为主。Mi Seq高通量测序结果表明,腊鱼中的优势细菌门主要为变形菌门(Proteobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria),其平均相对含量分别为61.29%、30.21%、5.34%和1.74%。腊鱼中的优势细菌主要为Psychrobacter、Brochothrix、Pseudomonas、Staphylococcus、Acinetobacter、Vibrio、Pseudoalteromonas和Chryseobacterium,其平均相对含量为35.70%、19.74%、7.13%、7.12%、4.19%、3.90%、3.09%和1.98%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现了64个核心OTU,累计平均相对含量高达62.67%。由此可见,恩施地区腊鱼中的优势细菌主要由隶属于Proteobacteria的Psychrobacter及隶属于Firmicutes的Brochothrix构成,且不同样品共有大量的核心细菌菌群。     

Assessment of the microbial diversity of Brazilian kefir grains by PCR-DGGE and pyrosequencing analysis

The microbial diversity and community structure of three different kefir grains from different parts of Brazil were examined via the combination of two culture-independent methods: PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) and pyrosequencing. PCR-DGGE showed Lactobacillus kefiranofaciens and Lactobacillus kefiri to be the major bacterial populations in all three grains. The yeast community was dominated by Saccharomyces cerevisiae. Pyrosequencing produced a total of 14,314 partial 16S rDNA sequence reads from the three grains. Sequence analysis grouped the reads into three phyla, of which Firmicutes was dominant. Members of the genus Lactobacillus were the most abundant operational taxonomic units (OTUs) in all samples, accounting for up to 96% of the sequences. OTUs belonging to other lactic and acetic acid bacteria genera, such as Lactococcus, Leuconostoc, Streptococcus and Acetobacter, were also identified at low levels. Two of the grains showed identical DGGE profiles and a similar number of OTUs, while the third sample showed the highest diversity by both techniques. Pyrosequencing allowed the identification of bacteria that were present in small numbers and rarely associated with the microbial community of this complex ecosystem.