基于高通量测序探究空间电场对带鱼保鲜过程中微生物群落的影响

为研究空间电场技术对带鱼的保鲜效果,采用高通量测序（Illumina Miseq）技术,对舟山带鱼在空间电场结合微冻保鲜贮藏期间菌相变化及其碱基段进行基因测序,通过操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）群落聚类及相关分析、多样性指数分析、菌群组成分析、样本菌落结构分析、相关性分析,分析影响带鱼保鲜效果的微生物菌落组成和生物信息。设置3 kV/m 和2 kV/m 两组电场参数,并以无电场处理组作为对照,各组均置于-4 ℃下低温贮藏,探究不同强度电场处理对舟山带鱼微生物群落组成的影响。根据菌属相对丰度结果,推测空间电场结合低温对舟山带鱼保鲜过程中,嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、假单胞菌属（Pseudomonas）、紫色杆菌属（Janthinobacterium）对带鱼腐败变质的影响显著,20 d 后,经3 kV/m 处理的样品其OTU6 嗜冷菌属和OTU13 假单胞菌属的相对丰度均小于1%,而且OTU7、OTU14、OTU8、OTU9 等菌属未被OTU 聚类。结果表明,带鱼在冷藏过程中存在卫生质量风险,而空间电场能够有效抑制带鱼贮藏过程中腐败菌的增殖,从而延长带鱼的货架期。     

基于高通量测序技术的不同产地腐乳微生物多样性分析

为了解我国不同产地及风味腐乳中微生物的多样性。本研究基于高通量测序（high throughput sequencing,HTS）技术,对16种不同产地的腐乳样品中的微生物群落的多样性和差异性展开分析研究。细菌多样性结果显示,在属水平上,腐乳中含量最丰富的是芽孢杆菌属（Bacillus）和乳酸菌属（Lactobacillus）,这两个属也分别代表了腐乳发酵后期的优势菌群;真菌多样性结果显示,腐乳中含有大量曲霉属（Aspergillus）和放射毛霉属（Actinmucor sp.）等水解酶产生菌;化学成分测定结果显示,不同产地对于腐乳中的化学成分具有一定的影响,腐乳中可溶性蛋白含量以及氨基氮含量与样品中的芽孢杆菌分布呈现正相关;主坐标分析结果显示,16种产地的腐乳样品中的真菌菌群结构与地区存在一定的聚类关系,具体表现为中国东部地区的真菌（ZJ2、ZJ4、ZJ5、ZJ6、SH9、AH11和JX12）可以归为一组,说明腐乳的真菌群落可能受地理因素的影响。本研究加深了对腐乳中微生物群落多样性的了解,为提高传统发酵调味品的品质提供理论支持。     

基于高通量测序的雪茄烟微生物群落结构和多样性分析

为探究雪茄烟产品细菌和真菌群落的结构和多样性,采用高通量测序技术对10个雪茄烟样品中细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因进行测序检测,根据测序数据进行微生物物种丰度分析、α多样性分析、菌群结构分析和聚类分析.结果表明:①所分析的雪茄烟样品中细菌和真菌的多样性丰富,共检出360个细菌属和49个真菌属,其中细菌和真菌群...     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

基于高通量测序技术分析不同地区自然陈化广陈皮表面微生物群落多样性

采用高通量测序技术对不同地区自然陈化1年广陈皮表面微生物群落多样性进行分析,比较群落结构的差异。结果表明,不同地区自然陈化1年广陈皮微生物丰富度和多样性差异不显著（P＞0.05）,群落结构相似,但相对丰度存在差异。北京地区优势细菌属为Methylocella、苔藓杆菌属（Bryobacter）等,优势真菌属为短梗霉属（Aureobasidium）、炭疽菌属（Colletotrichum）等;四川地区优势细菌属为甲基杆菌属（Methylobacterium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳球菌属（Lactococcus）等,优势真菌属为Symmetrospora、曲霉属（Aspergillus）等;广东地区优势细菌属为Rubellimicrobium、乳杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌属为假尾孢属（Pseudocercospora）、毛壳菌属（Chaetomium）等;云南地区优势细菌属为罗尔斯顿菌属（Ralstonia）、Glutamicibacter等,优势真菌属为平脐疣孢属（Zasmidium）、拟暗球腔菌属（Phaeosphaeriopsis）等。     

基于高通量测序技术分析新疆不同地区自然发酵辣椒酱微生物群落多样性

采用Illumina Miseq高通量测序技术,分析新疆哈密(A)、伊犁(B)、昌吉(C)、阿克苏(D)和乌鲁木齐(E)地区自然发酵辣椒酱中细菌和真菌群落结构的差异。在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)共分类分出了1 562个细菌,396个真菌。链形植物属(Streptophyta)和乳杆菌属(Lactobacillus)是A、B、C和E地区样品中的优势细菌;链形植物和肠球菌属(Enterococcus)是D地区样品中的优势细菌。毕赤酵母属(Pichia)、孢汉逊酵母属(Hanseniaspora)、威克汉姆酵母(Wickerhamomyces)是A、B和C地区样品中的优势真菌,曲霉属(Aspergillus)是D和E地区的优势真菌。孢圆酵母(Torulaspora)是A地区样品中特有的真菌;粘帚霉属(Clonostachys)是C地区特有的真菌;链格孢属(Alternaria)是E地区特有的真菌。该研究揭示了新疆不同地区自然发酵辣椒酱中微生物的群落结构和多样性,为适合辣椒酱发酵微生物的筛选提供基础。     

基于高通量测序的紫贻贝中微生物群落分析

为探究不同状态下紫贻贝制品表面附着的微生物菌群组成情况。本实验以新鲜紫贻贝、冻藏紫贻贝、自制紫贻贝干,贮藏自制紫贻贝干和市售紫贻贝干为研究对象,通过对紫贻贝表面附着微生物提取及高通量测序分析,获得不同紫贻贝样品中微生物组成及变化情况。实验结果表明,各样本中有效序列范围为30066～40563条、Operational taxonomic unit(OTU)范围为28～128,其中市售紫贻贝干OTU数最低,而冻藏紫贻贝OTU数相对较高;新鲜紫贻贝和自制紫贻贝干中主要是嗜冷杆菌属和不动杆菌属,冻藏紫贻贝干中主要为嗜冷杆菌属,贮藏紫贻贝干中主要为假单胞菌属和嗜甲基菌属,而市售紫贻贝干中优势菌群为葡萄球菌属和肠球菌属。不同状态下的紫贻贝样品的菌群组成均存在着较大距离,表明紫贻贝状态、加工过程及贮藏销售环境等,均对贻贝产品菌群组成产生较大的影响。研究结果可为保障紫贻贝制品的质量与安全提供参考。     

基于高通量测序技术分析牛栏山大曲微生物多样性

为了探究牛栏山大曲的微生物菌群结构,为制曲工艺及成品曲质量评估提供理论依据,该研究采用高通量测序方法对牛栏山低温大曲原核16S rDNA V3/V4区和真核ITS1区进行微生物多样性分析。研究结果表明,从牛栏山大曲中共获得358种原核操作分类单元（OTU）,乳酸菌类群是大曲中主体原核生物,维斯氏菌（Weissella confuse）、耐酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）和戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceus）分别占大曲总OTU的22.68%、16.54%和9.84%,同时大曲中高温放线菌（Kroppenstedtia eburnea）可占14.78%;而真核多样性较低,仅获得69种OTU,扣囊覆膜酵母（Saccharomycopsis fibuligera）和库氏毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）是主体真核微生物,其余真核微生物含量较低;综上得出,牛栏山大曲中原核微生物多样性要远高于真核微生物,且大曲主体微生物较为明显。     

基于高通量测序的玉米中微生物多样性分析

为了明确玉米表面的微生物多样性特征,以新收获的玉米为原料,通过分离、纯化、鉴定玉米表面的优势微生物,并结合高通量测序技术,分析了玉米表面的主要微生物类群及其多样性。从玉米表面初步分离鉴定了11种细菌,其中假单胞菌3种,肠杆菌2种,克雷伯肺炎杆菌、泛菌、溶血葡萄球菌、肠球菌各1种;12种不同的霉菌,其中草酸青霉3种,黑曲霉2种,青霉、散囊菌目、绳状篮状菌、桔青霉、米根霉、串珠镰刀菌、黄曲霉各1种。通过高通量测序技术发现玉米中细菌的优势菌属为泛菌属、肠球菌属和鞘氨醇杆菌属,真菌的优势属主要有镰刀菌属、帚枝霉属、篮状菌属、青霉属和曲霉属。研究结果为深入阐述玉米储藏过程中微生物的发生发展及其生物毒素代谢规律奠定了基础。     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

高通量测序分析不同增菌温度下冷鲜鸡肉细菌的群落多样性

采用Ion Torrent个人化操作基因组测序仪高通量测序技术,对冷鲜鸡肉贮藏过程中的细菌在4?℃与37?℃两种增菌温度下群落结构、相对丰度及演替规律进行深入研究。结果表明：在门水平上,变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门为3?大菌门。在属水平,4?℃条件下,贮藏前期（0～4?d）以假单胞菌属、希瓦氏菌属、不动杆菌属为主要的优势菌属,其中假单胞菌占最大的比例,最高达44.03%;在贮藏中后期（6～12?d）,类香味菌属迅速增加,含量大于假单胞菌属,成为冷鲜鸡肉贮藏中后期的优势腐败菌。在37?℃条件下,柠檬酸杆菌属、变形杆菌属、乳球菌属及未知其他菌属在贮藏前期占主要优势;到贮藏中后期,以类香味菌属、污蝇杆菌属为主,对冷鲜鸡肉腐败变质有着重要的影响。两种增菌温度下细菌群落多样性及菌群结构变化,反映了冷鲜鸡肉潜在的卫生质量风险,为后期冷鲜鸡肉冷藏过程或贮藏中温度失控情况下有效实施冷鲜鸡肉质量安全监测提供技术参考。     

基于高通量测序分析不同品种柠檬NFC果汁的微生物多样性

目的:探索柠檬非浓缩还原汁(Not From Concentrate,NFC)中微生物多样性,为柠檬NFC灭菌工艺优化提供理论数据.方法:采集不同品种柠檬NFC,利用HiSeq高通量测序技术,比较不同柠檬NFC样品中细菌和真菌多样性差异.结果:通过高通量测序共获得147231条有效16S rDNA序列和113238条有...     

古顺大曲微生物群落结构的分析

唐代邢州神曲酒是一种以含有多种中药材的特殊大曲酿制的白酒,历史悠久。利用高通量测序技术对河北古顺酿酒股份有限公司3类大曲样品的微生物群落结构进行研究。结果表明,3类大曲的细菌群落构成相似,以魏斯氏菌属、乳杆菌属和片球菌属为优势细菌;热子囊菌属和曲霉属是三者的优势真菌,嗜热真菌属是"神曲荷叶曲"的主要真菌群类。     

应用Illumina高通量测序技术分析3 种酒曲中微生物多样性

为了解贵州花溪（酒曲A）、盘州（酒曲B）、安顺（酒曲C）3 个地区的酒曲中微生物群落组成和多样性,运用高通量测序技术对酒曲中的细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS1区进行测序,比较不同地区酒曲中微生物群落结构差异。测定不同地区酒曲的基本理化指标,与酒曲主要细菌种群进行相关性分析。结果显示,细菌获得129 510 条有效序列,1 030 个OTU;真菌获得60 945 条有效序列,19 个OTU。细菌的多样性分析表明,酒曲B中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲C,酒曲A和酒曲C的细菌群落结构更为接近。真菌的多样性分析表明,酒曲C中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲B,酒曲A和酒曲B的真菌群落结构更为接近。在门水平上,酒曲A的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为接合菌门（Zygomycota）;酒曲B的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,优势真菌门为接合菌门;酒曲C的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,酒曲A优势细菌属为红球菌属（Rhodococcus）,酒曲C和酒曲B的优势细菌属均为芽孢杆菌属（Bacillus）;酒曲A和酒曲B的优势真菌属为米根霉属（Rhizopus）,而酒曲C的优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）。不同地方来源的酒曲中的微生物组成及多样性在属和门水平上有明显差异;酒曲理化指标与酒曲细菌种群结构具有一定相关性。     

基于传统培养和高通量测序方法分析羊肉加工过程中的菌群多样性

通过传统培养和高通量测序分析了羊肉加工过程中的菌群多样性及其变化,确定了羊肉加工过程主要的污染菌群组成。传统培养结果表明在羊肉加工过程中,初始胴体表面菌数在10³~10⁴ CFU/cm²之间,而在后续的分割过程中其菌数增长到10⁵~10⁶ CFU/cm²,说明加工过程可能会造成羊肉二次污染。从不同选择性培养基中分离得到43株菌,通过16S rDNA序列分析鉴定为嗜水气单胞菌、肠杆菌、变形杆菌、葡萄球菌和大肠杆菌,结晶紫染色测定成膜能力结果发现上述肠杆菌的成膜能力最强。高通量测序发现,胴体和台面表面的腐败菌均有莫拉菌科、嗜水气单胞菌科、嗜冷杆菌科、希瓦氏菌科、普雷沃氏菌科、假单胞菌科、李斯特菌科、葡萄球菌科、肠杆菌科等,说明胴体和加工环境间存在交叉污染。本研究发现羊肉加工过程中的优势菌群复杂,并且污染菌株也具有较强的成膜能力,为冷鲜羊肉的保鲜技术开发提供了理论基础。     

采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响

目的:比较涂抹法和冲洗法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响。方法:将4只冷鲜鸡对半分开,分别采用涂抹法和冲洗法采集其表面微生物,提取基因组DNA,对细菌16S rRNA基因V3~V4区进行聚合酶链式反应扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。结果:两种方法采集的样品在细菌基因组DNA提取、菌群丰富度、多样性及菌群结构等方面均无显著差异(P0.05)。高通量测序结果表明,冷鲜鸡表面细菌菌群主要分布于7个门,10个属。变形菌门为优势菌门,占70%以上;希瓦氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属和环丝菌属为优势菌属,分别占10%~20%。结论:两种采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序没有明显影响,但冲洗法比涂抹法简单易行,且不易发生二次污染,因此更具有实用性。本实验同时也为冷鲜鸡表面细菌的研究提供了数据资料。     

不同生物保鲜剂对带鱼冷藏保鲜效果的比较

为比较各种生物保鲜剂对冷藏带鱼的保鲜效果,考察不同生物保鲜剂在水产品防腐保鲜的应用,将百里酚、Nisin、茶多酚、ε-聚赖氨酸配制成浓度为1 g/kg的保鲜液,乳酸菌发酵液稀释1倍得到乳酸菌发酵液保鲜液,浸渍带鱼10 min,4℃冷藏,以菌落总数、挥发性盐基氮(TVB-N)、pH和TBA值为检测指标,考察不同生物保鲜剂的防腐保鲜效果。结果表明,各种保鲜剂处理组的保鲜效果均优于对照组,其中ε-聚赖氨酸和乳酸菌发酵液处理组显示出较强的保鲜效果,相比于对照组和其他保鲜剂处理组,能够显著抑制带鱼冷藏过程中菌落总数、挥发性盐基氮和pH的增长(p<0.05)。茶多酚处理组显示出较强的抗氧化能力,延缓了带鱼冷藏过程中TBA值的升高。百里酚和Nisin处理组能够一定程度延缓了带鱼的腐败变质,但总体上,其保鲜效果弱于ε-聚赖氨酸和和乳酸菌发酵液处理组。综合评定微生物指标、理化和感官指标,ε-聚赖氨酸和和乳酸菌发酵液对带鱼冷藏的保鲜效果较好。     

基于高通量测序技术分析朝鲜族传统米酒及其酒曲中微生物群落多样性

以吉林延边朝鲜族地区酒曲及其发酵后粗滤和精滤米酒为研究对象,分别采用Illunina MiSeq、Illunina HiSeq高通量测序平台对朝鲜族传统米酒及其酒曲中细菌16S rDNA V3区和真菌ITST1区进行测序,分析其微生物群落结构多样性。结果表明,本次测序深度有效地覆盖其微生物种类,酒曲及米酒中细菌和真菌有丰富多样性;与酒曲相比,米酒中微生物群落结构存在显著差异,粗滤、精滤米酒间微生物群落结构具有一定相似性。在属水平下,酒曲和米酒样品中共鉴定出147 个细菌物种,酒曲中优势菌种为假单胞菌属（Pseudomonas）（5.00%）、肠杆菌属（Enterobacter）（4.28%）,2 种米酒中优势菌均为乳杆菌属（Lactobacillus）（粗滤米酒3.72%、精滤米酒7.73%）和肠杆菌属（粗滤米酒6.31%、精滤米酒4.41%）;在种水平下,真菌菌属共鉴定出12 个物种,酒曲中优势菌为普鲁蓝久浩酵母（Guehomyces pullulans）（10.22%）,2 种米酒中优势菌均为酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）（粗滤米酒49.48%、精滤米酒81.52%）和伯顿丝孢毕赤酵母（Hyphopichia burtonii）（粗滤米酒29.47%、精滤米酒6.43%）。     

冷鲜鸡在微冻贮藏过程中的菌群结构变化

为揭示冷鲜鸡在微冻贮藏过程中的微生物变化规律,为微冻保鲜提供理论依据,本实验采用16S rRNA高通量测序技术解析冷鲜鸡在微冻贮藏条件下不同储藏时间菌群结构的变化规律。结果显示:冷鲜鸡在-3 ℃微冻贮藏过程中Shannon指数下降、Simpson指数升高,微生物多样性降低;丰富度指数（Ace指数和Chao1指数）随着贮藏时间先下降后上升,在贮藏第4 d时达到峰值,而后又逐渐降低;在门水平,冷鲜鸡在微冻贮藏过程中优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteriota）和绿弯菌门（Chloroflexi）,变形菌门相对丰度随着贮藏时间的延长而增加,其他菌门则降低;在属水平,冷鲜鸡优势菌属为假单胞杆菌属、不动杆菌属、希瓦氏菌属和嗜冷杆菌属,随着贮藏时间的延长,假单胞杆菌属相对丰度增加,不动杆菌、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属等微生物的丰度降低,贮藏第28天时,主要为假单胞杆菌属,其余菌属各自占比不足1%。由此可知,假单胞杆菌属是冷鲜鸡在微冻贮藏环境下的优势腐败菌。